RNA id: TU323818



Basic Information


Item Value
RNA id TU323818
length 10166
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 2
gene id G285698
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000072
NCBI id null
chromosome length 5473029
location 1658174 ~ 1668359 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


CCCAATTGCTGGGTTTGTCCATTTTCAACCCAACTTTTTGGGTTGTTTTTAACCCAGCAACCCATCTCTGATATAAACAGAATAAAATGAATAGATCTGTCAAAAGGAGGAGATGAGAGAGCAATCTTTCCACAGCTCTAATGTCCCACCCCCATGACCCGTGTAATTTTTTCTTCATTCTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTTCATTTAACTTTTTGATACACACTGCCCTGTTAGGGTAACTTAATGGCTGCACTTTGTTCTGCACTATGTTCCACCACTTGAAGACAAATGGATTTGTTGTTTGTTGTTTTTTCATATTCAAGAGATTATAAGCTAGATGCAGCCTTTTTGGGTTCACATCAAATGTTCTTTGACTTTTATACATAATAAATCTGTTTATGAATAAAGATTGATCAGTTGAAAGCAGTTATTTTGAGTTAGATGCCAAATGTTCTCCTCCTAGTTAAATTTTACATTGAGGGGGTGCATACAACATATTTGCCCACCGGCAACTATAGTTGCCACACATTCAAATATGATTTTCAAGAAAAAAGAAAAAAAAAAAAACCTGGGGAAAATAAATGCAGAACATGTTCACATAGGACACTATTAACATGACTATATGCATGAAACCATTCAGAAAAATTTGGGCACAAATGGGTTAAAATCGTATCCATAGTTTACATCTGAAAATACTGACGGAGTACACTGTTATATTGACCACATGGCTAAACATTTTGACTATCTTGTTTGTGAACAATGACACAAGGACTTGTCATTCTGATGGCACTGATATGTTCATTGATATAAATACTTACTTTTGGGAGATGAACTAAGGATTTTGAACAGGTTATAGGCCTTTGCAGGTAATCAATGTGTGGTGCTGTTTGTATGAATAGCTTTGAGAAATTCTCTTACTGGTTTGCAAATCTTAAGGATGAAAAAAAACTGTAATGAATATAGCCAAAAGCCAAGTTACCATTTTGAATCAGTCTGAAACACTGCCCTGTATATGTTTTGTACATATGTAAACAAAATGGACCCTACTGAAAAAAGAGAATCAGAATCGAATTAGTGCTTGTGAATCCGATTTAAACTGATTGATTGATTTATCAATCAATGAATGGTGCAGCCAGACTGTGCACTGCCTCTGCTGGGTATTTTTAAGGAAAAAACAGAGGATGGATGTTACATATTCCAAGAGTGAGACACGCAGTTTGAGTGTGCGGTTATGTTGTCTAATCAGGTCTATGTGGAACACTTCAAACATTCCCTCTCTCTCTCTTTGTAATCCACTCGCTTCCTTGATCATCTGCAACGTGACAGTACTAAAAAGAGGAAGGGGGTGAAACGTCTCGAACGCACATTTTGCCAGCTCCCCATTGCGTGTAACATCACATACACTGCCACCAAATAAAAAAAGCGACTCAGCCCGGTGAACTTCACATGTGAGGCTATAGTCTTCCAATGCTCAGCAAAGTCACCAGGGTTACAGTATGCATAGAAATCCCATTCCCTCCCCACTGTAAGCTCCTGGGCACCAGGCCCGAATGCACGGACCTCTGCTTCCTGATCCGCCGTAATGGATTTTTTCAAGCATGCAGCAGCGAGAGGATGTGCAGCTGCCCACAGTCGTGATAAAAACAGGCAATATGGAGCCACAGTGATGATGAAAAAAGTCCATGCGAAGAACATACACACACCAACAATCACATAAACACGCACGCATGCACACCGGCGGGAGATTTTCGCGGAAAAAGTGAGTATGTGGGCGGAATGTGAAAGGAGTGAGGCAGGACAGAACCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATAAAGCAAGGGAGAGGTACGGGAGCAAAGAAAGAATACAATCACAGGTAATCAAAGCATGCACTTCAAACAAGCCAAGACATTTGTTATTATTTGCAGGGTTCTTTTCATCTGTTTGTTTGATACTTGCAGGGTATTAAAAATGATTCGCCTCAATCACCAAAAGCAATTTTCCCAACATACTCTTTTATTTCTGATGACTATGAAGCCGCTTCTCCAGTCACACCAGGGAGTTGCCAGGGGCGAATCTTAATGTCTAGGGTGAGACCCTCTCCGAACCCTTTGATTGGTAACAGCTATTCATTCAGTAATCAGCAGCAATCAACACACAAAACAGCAATGATTGCCCAGCTTGACCCCCGAAAATCTCACTATTAGTAAATGGGTGGATTATAAATCATCAGCGGCACTCTTTATGCCATTTGTTTTAAATAATTTTTTGTGTTTACCTCATAATGCGGTATGTCAAAACACTGGAGAGATACGCGTGGGCAGGTAATTCAAAGATCTGTGTTTGACAGTTACAGGATATTGTGAATCACAGGGAGGGAGTGAAAATGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGAGAAAGACTGAAACAGACAGACAGAGGGAGAAGGAGGTGCTGCTGGCATTTAATCAAGCAAGTGTTCTTGTGCTAATCTGCCAGCCCACCTGATCAATGACTGAGCCCTCTTTGTCTTGTACCAGATGACCCCCAGGCTGAGACACATATTATCTTCAAGTCCCTCAGAATAACGTACCACCTTAAACACACACACACACACACATTTATACACGGACACATTTATGCTACTATACTTTTGGATTCTGATACTTTGTGATTGGTAAGTCGTGGCATTCTGTGCTAAAATGTTGTATAATTGACAACTCACTGGCCGCTTTATTAGGTACACTTTGCTAATAGCAGGTTGGAGTCGGTTTTGTCTTCAGAACTGCCTTAAAGGATTAGTTCACTTCTGGATGAAAAGTGACCTTTACTCACCCCCATGTCATCCAAGATGTTCATGTCTTTCTTTCTTCAGTCGAAAAGAAATTAAGGTTTTTGAGGAAAACATTCCAGGATTCTTCTCCATATAGTAGGGTTCACCAGGTGGAAGGTCCAAATTGCAGTTTCAATGCAGCTTCAAAGAGCTCTACACGATCCCAGACAAGGAATAAGGGTCTTATCTAACGAAATGATCAGTCATTTTCTAAAAAAAAATTTAAATTTATTTATAAAATTTATTTTTAACCACAAATGCTCATCTTGCACTAGCTCTGCTACAAACTTAATATTTTATCTATCTACACTAACCCTACCCCTAAACCTACCCATCACAAAAAACTTTCTGCATTTTTTAGTATGCATCGTTTAGTATGTAAGCAATAAGGTATGAGAGGCTGTGATGTATTGTGCATAAGTCACAGCTGAAAGGCGTTGTTAGACACAACGCGAAGCGGAGTGCCTGCAACCCCTTCAGCCGTGACTTATTCACGATACAGCCCTAGCCTCGAGTACCTTATTGCTTTTATAAAACGGTTACCGCACAATACAAATATTAAAGTCAAGAACATGTATTAATGCAACTTTCATGAAGTAAACTTTAACTAAAAGCCTTCCTTCCGCCAGAAAAAATAGTCCCTGACCGTGAACAGCAACAGAAGTTACATTATAACGCCATTAGATGGCGGCAAAGATTGTCTTTATGAGTGTGTCAGTCAGTAATCAGTAGTAGTTTTACATTCAAAAGACTGAATTGTTGTGAACACGGAACAAGACGCAACTGACAAATGCTTTGACTAGCGCTGTCAGTCACGGGAAAACCCATTAACTGTTAAAAGGACAAGATAATACATCGGACATTTAAACAGATTTTTTATTATGAACATAGGACTGACCTGAAGGAAAATGCCAAATCTGAATGCAGGTAATACATTTGTTCACTCAATCTCTTTCTAACAATACTCTTCTACATAATACAATAAGCTTCAATGAACAATATCAATTGAGAACAAACAGCTTACGTTGCTAAGAGTGGTTGCTAAGGGTGTTGTGTAGTGATACACAGAACCGTTGGGTGAAGCGGTCATAGCCGTGTTTTATCGTAAATAAAACACAGCTATTGACCAATCAGAATCAAGGACAGGAACTAACCGTTTTATACGTTTTTTTAAGCCATTTGGTTTGCGAGATTTGCTGCAGATTTGTCAGCTGCACATCCATGCTTAATGACTGGCTGACTACATTATCCTTTACATATTTCATCAAAAACAGATGTACAGGGTGTCTTGCCTCTGTTTACGTACAATATGCCAAAAGATAGCTACCATTTTCTGCTCTCTCCCTCACTTATTTATACATTTATATCACTGTGCAGAACTCTGTAACCCCAGATGCATTTCTGTAATAAAACACTGCGAGAAATTATCCTCTGTATTTTCACTCAGCCCATTGGGCATCATTATTCTACCCAGCATTCCTCTCGTCACCTGTGACACTAAGTGGAAGAAAAATTACACCCTTGAACCTCTCCGGTTTCTCTCCCTTTCTCTGTCTCTACAGCAAAATTTTAAAGAGGTTGGGGGCAAAATAATAGACAAGAAAAAAACAATTAATTTTAAGCTGCAACATTCAAGCACTCAGAGTACTTCATCCTTTCCCCCAAATTACCGAATCACAAATGCAAGCTGAGCCACCGCATGCTGCACACATTGGGCTGATCCCAGGGCATTGGCGAGCTCTATTCAGAGTTCCTCTCTTTTTCGGCCTCAGCATGTACTTTAAGTAAACCCCTTCATTATTTATACCAGAGTATACTACACAATGCCTGCTCCGACACGATAACCTCTTAACACATGCAATTACGAACTAATCGCTCACCGAATGCAATTGCTCAGCCATGGATATCTGGGTTTTTCTCGTAGTGAATTATATCCCTTTGCCTCTAATAGAGATGAGGTTTAATCTGGAATGTATCAAATGAGCCAGTAACTTTGATTATTGCAATAACGGCCTTGATATAATGCAGATTTGTGTGCATATTTGATCTGTTTACATGTTTAAACAGTGATACAGTGCCAGTGTGGATGTCAAAGTGGCCATGGTCGCTTTGGACTGGCGCACTGCTACATCCAAACCCACCACCAAAGGCAGCTCTAA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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU323612 lncRNA downstream 220371 1413878 ~ 1437803 (-) True G285521
TU323598 lncRNA downstream 245306 1411299 ~ 1412868 (-) True G285507
TU323605 lncRNA downstream 251970 1402207 ~ 1406204 (-) True G285514
TU323596 lncRNA downstream 252121 1398128 ~ 1406053 (-) True G285506
TU323622 lncRNA downstream 291965 1361073 ~ 1366209 (-) True G285531
TU323809 lncRNA upstream 7537 1675896 ~ 1686044 (-) True G285696
TU323804 lncRNA upstream 23459 1691818 ~ 1740592 (-) False G285694
TU323805 lncRNA upstream 23459 1691818 ~ 1704923 (-) False G285694
TU323806 lncRNA upstream 23459 1691818 ~ 1704923 (-) True G285694
TU323796 lncRNA upstream 145038 1813397 ~ 1827905 (-) True G285692
CI01000072_01596829_01610605.mRNA mRNA downstream 47314 1596783 ~ 1610860 (-) False CI01000072_01596829_01610605
CI01000072_01508008_01512181.mRNA mRNA downstream 145993 1507658 ~ 1512181 (-) True CI01000072_01508008_01512181
CI01000072_01379641_01387648.mRNA mRNA downstream 270526 1378344 ~ 1387648 (-) True CI01000072_01379641_01387648
CI01000072_01367142_01373874.mRNA mRNA downstream 284300 1366405 ~ 1373874 (-) True CI01000072_01367142_01373874
CI01000072_01266686_01269274.mRNA mRNA downstream 387892 1265981 ~ 1270282 (-) False CI01000072_01266686_01269274
CI01000072_01792476_01805286.mRNA mRNA upstream 123714 1792073 ~ 1805712 (-) True CI01000072_01792476_01805286
CI01000072_01816759_01818078.mRNA mRNA upstream 148365 1816724 ~ 1818345 (-) True CI01000072_01816759_01818078
CI01000072_01826415_01834432.mRNA mRNA upstream 157966 1826325 ~ 1834447 (-) True CI01000072_01826415_01834432
CI01000072_01854562_01862622.mRNA mRNA upstream 185975 1854334 ~ 1862688 (-) True CI01000072_01854562_01862622
CI01000072_01901888_01919435.mRNA mRNA upstream 232565 1900924 ~ 1919473 (-) False CI01000072_01901888_01919435
TU323812 other downstream 30279 1602289 ~ 1602443 (-) True G285697
TU323815 other downstream 30279 1594111 ~ 1627895 (-) True CI01000072_01596829_01610605
TU323625 other downstream 303242 1335507 ~ 1354932 (-) True G285534
TU322054 other downstream 1373895 283623 ~ 283764 (-) True G284127
TU323892 other upstream 337192 2005551 ~ 2008309 (-) True G285766
TU323875 other upstream 499689 2168048 ~ 2170658 (-) True G285752
TU324139 other upstream 1325410 2993769 ~ 2999495 (-) True G286005
TU324361 other upstream 2301911 3970270 ~ 3976002 (-) False G286205
TU324366 other upstream 2301911 3970270 ~ 3976067 (-) False G286205

Expression Profile