RNA id: TU456863


Basic Information

Item Value
RNA id TU456863
length 5530
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 1
gene id G398345
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000242
NCBI id null
chromosome length 629286
location 598928 ~ 604457 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

AAAAGATGGTTCTTTTAAGAACTTTCACTGAAAGGTTCTTTGAGGAACCAAAAATTGTTCTTCACATCACTGTGAAAACCCCCTTTTAGAATCATTATTTTTAAGAGTGAAAAAGAATCGTAAGAGACCATTTTTAATGTTGACTCACAAAGATCACTTATATTAATTATAACCCTTAATCCAGCCTGCCTTTTGCAAGAGTACGAAAATGTAAAATCCTCTCTCTGACCTCATTCCCTGTTTACCATCTCAAACTTATGGCCTATTTTTCCAGGCACACAGGCTGATGATCTTGCTGGAGGGAAGATTTGTCCTCATGTTGACCGTTAAGAACTCTGAATGTTCTGGTGCACACTTTAGTTTTCAAGGTGTTTCACTTGTACTTCGGTTGGGCTGCGAGACCCCACAAGCTGTTTGAATACGACTGTCACGACTCAAGATTTTAAGAAGCCCTGCGAGGAACCACTCAGTCGAGAGGCATTATGAGCGAATTCTGCAGCAGTGACTGACCTTCTTTATTAGCACTCATACAAGGCAGAGAGAGATAGTGAATGATGATATGCAAGGCTTTTGTACCAGAAGAGAAATAGAATATTATTTTATTGATCATTAATATGAACAAAAGTATGATTTTGGCTTATCATTATTGCACAGAAGCTGTGGCTCGGGGTTGTGAAGAGAGATTCTGCAATCCGTGTGCGAATGAAAAATGACTTTTAAGCCTTATTTAGGGGAACAGACTCTCATAATTCTCATCCTGGTTACAATATAACATTATATCAATATTTTAGTATTTCACATGTCACGTTCATGTTGATTTGAGCGTCATGCTTGACACTTCAGCCGAACACATCTGTTCATCACAGGAATGATAGCAGGCTGCATTTCACTGCTTTGGAAGTCGAGATTCATGTCGCTTAACTTACCTAACTTTTGTTATGTGACATCCCAAGCAATTTGGGACCTCAAAGTAATTTTAAAATTACTCATAATTCCACTGCAGAGAGTATGTGTGTGTATATATGCATACACTACTGTTTAAAGGTGCAGTATGTAATATTGACAGTGGTTGGACTGGGCACTGCATTCCAAATTCAACACGACGTGACACTCATTTTACGTGACACTCCTGTGGGTTGCCAGATTGAGGACATGCTACAGGAAAGAGCACAACTGACAATGGAAGGCGATGACCCTTAGGCTTTTTAGTAGGGGTGTGGTGAGATCTCGTGCTGCCTCGCGATTGCCATGACTGAGTGTGAGGATGAAATTAGGATAGAATATGCCACCGCTACGTTTACATTACACCTCCACTGTCATTTTGCTTTTTAATTTTATATTTAATTCATTTGGATAACGGTCACTTCAGTTCCATCCAGCTCATCCAGCATGAGCAGCGGAGTCATATGTAGTACAGCAGGAATCAGATATCACTGATCACATGACGTGAGTAAGACTGACAAGACCATGGTGGAGGATTGCACAACAGAGCCTAAGTGTCTGACAAATGTCTTATCTTGTAGAAGGCACGCTCAGCACTTTCGCCGCTTCACAGAGTATTCACAATCCCGAAAGCGAAAGTAAAACGCGAATGCGCATTCAAATGCGATTATTGTTGTCTTTTACTGCATATGATAATTCATACTCAGAAATGTAGAACTGAAATGACATTCATTACAAGATGATTAGTTAAAGCATTTCAAAATGCACCTGCAGACTATTTTTCTAGTCATGTATTTCGTCATTAAGGATTTCTTAAAAATACTGTGTAAAAATATTGTCTTGTTTCGTTCTCGTGAACTCAAATCTCGTGTCTCGTCTTGTGAGTTAACCATTTCTTTACACCCCTACTTTTTAGGTTGTAGAATCTGTAATCTCTGACCCAGTTTATTTGCTTCCATGGCTACAATACGCTGTGTTTTCCACCAACTGGCAACCCGGGGTGTCGAAAATACTATTGGGAAAATTGGCAGTGGGCGGGATCACACAGACCAAAACAAAAACAGACATTCTGACACGGAACGCACATTTCAAAGTGGAATAACTGGCGGTAGAATTGTTTTTCAGAGAAACAAGTATGTGAACTTAGCATAATTGTGTGTTGGAAGTGTGTTTACACAGCCACCCTATAGTTGTAAAAATCCACCCACTCCTCTTTTTTTAATCCCCATAAATCATAAGCAGTGTCTCAGAATAAGTCATTTGCAGATTGTAGCTTTTGTGACGTCACATTGCTTTAGGCCCCGCCCACGACTGCTGACGGACTCTGCTCTATTAGCATAGACCCCACCCTGAGTGAGCTGTACACAGTCCGCCATGTTTATACCAGAGCATTTAACAGCAGGATTCAAGTAAGAAATGTATTCTTATTAAAGCTACTAAAGTTATTCAGTCAAGAGCAGTGAGTGATTTTCTGTTTTTATTTTGTTGTTTGATATATATTAACAGCATATATAGCAGTAGGTACTGTATATTATGCTGCTTTTATTTTAATACACAGATCTAATATACACATGTGATTTCTTTACTGTTTATGTTCACAGACATAACTGACTGTTTATGTGAACTTTGTGTGTTTTTGACATAACCTTGTGTGTATTTGACAGTTTAAGCGCAATAACACGTGAAAGAGAACTCAGCCATCTGACATCCAGCTTTCTGTGCACGTGTTTCAGATGTATGCGCTCAGAAAAACATATGTCAGAAGTTTAGACTGATATGGCTTTAAAACGCATGCAGGTAATACATTTTTATGATGATGAAGAACTGCAATGTCATGTGAACGTGACCGCAATAGAGATGATCATCAAAACCAAACAGATGTTTTTGGCAGAGTATTCAAGGCACAAGTTGTACAGGCTCTGCCCTCTTCTGGAAAATGGGGTGGGGAGCAGCAGCTCATTTGCATTTAAAGATACATGCACAAAACAGCATGTTTTTCCTTCCACTCAAAAATGGGCATTTACAAGATGTTATAATAATGATCTGTGGGGTATTTTGTGCTGAAACTCACAGATACATTCTGGGGACACCAGAGACTTATATTACATCTTGTAAAAAGGGGTGTAATAGGTCCCCTATGTTTTTGGGTTTTTTTTTTGTGAATTGTGGGGACATTCCATAGGCGTAATGGTTTTTATACTGTACAAACCGTATTTTCTATCGCCCTACACCTACCCTACACCTAAACCTACCCATCACAGGAAACTGTGCACATTTTTACTTTCTCAAAAAAAAAAAAAAACTCATTCTGTATGATTTATAAGCCTTTTGAAAAATGGAGACATGGGGTAATGTCCTCATAAGTCACCCTCTCCTTGTAATACCTATGTCATACCCATGTCATTATACAAATTTGTGTCCTGATATGTCACAAACACACACACACACACACACACACACACACTTTATATACTTCTATTGAATATGCACCCATAAGCTATAGTTTCCCCTGCTACACACCTGTATATCAATGACTTCTCATGTTGTTCTTATATTGATATATTGGGTGACATTTTGTGTGACATTTTAAGTTTTTACTTTTCTAATTAATATGATTTTGTTTGTTTATATAGTATTTAAATCCAGTTTTTCATGCATTAGTACTTTTTATTTTTTTCAGACGAAACAGAGCAATGTCAGAACACTGATGAATAAATGTTGATTAATTATTACACCAACAGTAATATGTGCAAAATGTCCCTGTCCCTGTGAAAACAAAATAGTGTGTGAATCAGTGTGTGTGTGATGTGTTGTGAAAATGATGTTCCTGTAAAAACGAGAAGCTGTGCTCTGGCTGAGACGGTGAGAGCCAATCATTTCTCTCTCCTCAGGGGTTCCACCAATTAAAACATGTCGTCGCTGACTGTGTGCATCTGGTGAACAGTGCTCTGTGCTCTGCCTCATGACACATCTCTGTAATGAAGGGACGGCTGACGTTTGTCACATCACTATAATGGTTATTAGGATGGTCGACAGAAGATCTATTTTTCATTAAGTTGGCTTCCAGACAGGAGAAGCAGGAGCGAGGGGGTGACGTGGCGTCTCTAAGCACTCTATCAGCGCTTAATCTCTTTTCCAAACCCTAGTGAGCTGCCAACCTAGACAACATTATAGGGCACTGTCTATATGCGTGCTACATACTGTTTCAAACAGTGTGTAGAAATCTCAAGATGGCCCAATACTGAGCGTGAGCTGAATGAGAGTCGCAGCACAGATCAGCAGCAGGAGTCAGATTTCATTAATCACGAGAGAGAGGAGCTGACTGACAAGACGATGGCAGAAGATTTGGTTTCAAAGTGAAATGTAAAAGCACCTATTTGGCAATTAGCCCCGGAATTGTCACTAATTTGAAAGTGAAAGTAAAATGTGCACGGCCGCACGGGCATTCATAATCGATTTAAAAGTGAGGTGGAAAAGAGGGAAAACTCCAACATATGCATATGAGTCAGCATTCTATAGATTTGTACTTATTGATGAAAGTGTAATAATTCTGATGAAATATAAAAATAAATAGACTAAATTACAAAAATTGCTGACAAAATTAATGCAAACTTTTGAAAATGGGTTTCACAGTGCAAGTTTTTGAAAACGATACCGTTGTCGTCTCTGTGTAAACTACAAAAAGGCAAATTTTTTGACAACTAATGGTTTAAACTTAATCGTTTAAACAATTTTTGTGAATTTAAATAAAGCTGAAATAAAATAAAATATAAATATTAAATAAAAAAATAGAAACAACTTAGCAACTAAGTGAAATAAAGTATTAAAATTACTAAAATAAAAAAAATAAATTAAACTAAATAGAAATAAAAAATCTAAAAATAAAAGCCAATTCAAATTATTATAATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATACGCATATATACATATATATATATATACTATAATAGTATATGAACAATGTCCTGGATTCTGATTGGTCAAATGTTTTTTTCACGATATGATACGCCATGACCGTTTC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU456859 lncRNA downstream 140 597498 ~ 598788 (-) True G398341
TU456864 lncRNA downstream 21839 571671 ~ 577089 (-) True G398346
TU456861 lncRNA downstream 55416 543162 ~ 543512 (-) True G398343
TU456855 lncRNA downstream 100187 497978 ~ 498741 (-) True G398337
TU456850 lncRNA downstream 138036 456146 ~ 460892 (-) False CI01000242_00457985_00464094
TU456860 lncRNA upstream 2094 606551 ~ 614248 (-) True G398342
CI01000242_00546022_00570147.mRNA mRNA downstream 28545 545037 ~ 570383 (-) True CI01000242_00546022_00570147
CI01000242_00508735_00531321.mRNA mRNA downstream 67283 508561 ~ 531645 (-) True CI01000242_00508735_00531321
CI01000242_00499626_00500135.mRNA mRNA downstream 98238 499541 ~ 500690 (-) True CI01000242_00499626_00500135
CI01000242_00475400_00477268.mRNA mRNA downstream 120868 475357 ~ 478060 (-) True CI01000242_00475400_00477268
CI01000242_00457985_00464094.mRNA mRNA downstream 134834 457964 ~ 464094 (-) False CI01000242_00457985_00464094
TU456773 other downstream 267552 331321 ~ 331376 (-) False G398279

Expression Profile