RNA id: TU464075


Basic Information

Item Value
RNA id TU464075
length 4094
lncRNA type antisense_over
GC content 0.40
exon number 2
gene id G403725
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000299
NCBI id null
chromosome length 6567443
location 132613 ~ 136933 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

CATGACATCATATCCTGTTCCTTCTAAAATAATTCTGTATTAATCTTACATGCTTATTATCTAGTGTGTCCATCCTTTGATCAGTTGGTTAATCATGTCACTCATTGAATCTTTCATTCAGTAACCATCTCAATATCACACTCTTTCACCAATCACAGTTCAGTATGCAAATAAATTCAAGAACGAGGACCAATCGCTATTCAGTTTGCATGATGACATCAACACAGTCACTTCATTTTTAATGGTGAACATGCTGTCAAAGGGACAGTTTCTTCATTTTCTTAAAAAGTATAAAGTTTACAAAACCCAACAAGCACACTTAAGACTGAAATGATGCAGAAAATAAAGTTTGACTGGAGTCTGTATACGTTTAGGGCTGAATTAATGGCAGAAGTTTAATACTGAGGAAAAGAGATCGAGAACAAACCCAAACCAGAATGTTTGCTGAGTACAAACACTGTGAATATCCACTATCTTTAATGTGGGAGATTCACGGGGGGCCGCACTGTTAGTCGATAGCTTCAGGAGTGAAGACAAAGACCCTCAGAAGCAGACAAAGCAGAAAAGGGTCGGTCGATGCCCTTGAGGCATCACTGAAGAGAAGAGTGCTTGTTCTGGGGGTCTTTTGGCCTTAATGCATGGCATTGAGTTTCAGGTCTACTTGCTCCGTGATGCAGCAGGGGAAGTGCAGGATGTCGGCCAAGCTGTTAGCAGAGCTTCAAAACTAGGGCCAAGGCACAGATTCAACCTAAGCAAATCATGACCTTTATGTGACTCCAACTAACCCATCTGTAGCAGTCAATGAATCAACCTTTCACCAGCTGGAGGGGCGGCCACACTAGACCTCCGCCCGATCGCTTTCATTCATACTCATGTACAGTAGAGGCCTTTGCTACATTTTCCTGGTTCACTTCAAACAGCACTCGCAACAGAAAAGGCCTCCGCTTGCGCTCGAAAAAGAGCCCCACCCCCAACAAACACACAGTGCATACACCAGGGTGAGAAATTAATAGGGGCTTGGGGCAAAAAGGCCACCAAAATGAATAAAAATGCTTCCAAAAAAACAAGATATGGTGCAAAAAAGTCTCTGTATAAGTTCTTGTTTTTATTATTTATAAACAATATCACAGAAGCAAAAGTGCTGCTTTCCCAAAAATCAGCAGCATGTTTGCAAATGTGATATTGATTATATTGATAAAGCAATAAGTTAATAGGCTAGGTGACTTACATTTTAGACACAATATTGTCAATATTGTCAGTTTATCCTTTTTTTTCCTCTCTGAAAAGGGCTTCTGAACTGCAAAGGCCGCCTCTGCTCGTGTAAACACGGGGTATGCGAGAATGTGCGTAGGACTTTCTGACCTGGAAATCTGCATTTGTAAAAAAGATGCTTGGCCAATTCGTAACATTAACATCACTGATTCACCTCCTGGCTAAACATCAAACGCTCATTTTGACATCAGTACCTGTTTACAAGAACATGAACTTACACTACTGAAGAAAAGAGAAACTTTTGTTGTAGAGTCGCTAGGGCATTTCTATGCAGTTGCTATGGTGTTCAAATTGGCTTCCAGATTGTTGCTAGGATGCTATTGGTGTTTGTTAGTGTTGTATGTAGTTGCTAGGGCATTTCTAAGTAGTTTCTATTGTGTTTTGGGTGGTTGCTATGGTGCTCAAAGTGATTTCTAAGATGTTCTTGGTCTTTGCTACAGAAGATTGTTTTGGTAGTTGCTAGGGCATTTCTATGCAGTTGCTATGATGCTCAGAGTGTTGTAGAGTTGCTAGGGCATTTCTATGCAGTTGCTATGGTGTTCAAATGGGTTTCCAGATTGTTGCTAGGATGCTATTGGTGTTTGTTAGTGTTGTAGGGAGTTGCTAGGGCATGTCTATGCAGTTGCTAGGATTTTATTGCTCTTTACTACAGTAAATTATTGTAAGTAGGGCATTTCTAAGTAGTTTCTATTGTGTTTTGGGTGGTTGCTATGGTGCTCAAAGTGGTTTCTAAGCTGTTTCTAAGATGTTCTTGGTCTTTTGCTACAGAAGATTGTTTTGGTAGTTGCTATGGTGTATCTATGCAGTTGCTATGGTGTTAAAAGTGATCTAAGACTGTTGAAAGTATGCTCTTGGTGATTGCTAGAATGTTGTAGAGTTGCTAGGGCATTTCTATGCAGTTGCTATGGTGTTCAAATTGGTTTCCAGATTGTTGCTAGGATGCTATTGGTGTTTGTTAGTGTTGTAGGGAGTTGCTAGGGCATTTCTATGCAGTTGCTAGGATTTTCTTGGTCTTTACTACAGTAAATTATTGTAAGTAGGGCTGTTTCTAAGATGTTCTTGGTCTTTTGCTACAGAAGATTGTGTTGGTAGTTGCTAGGGTTTTTCTATGCAATTGCCATGGTGTTCTAGGTGGTTGCTATGTTGTTCAAAGTGGTTTCTAAGCTGTTTCTAGGATGTTCTTGGTCTTTGCTACATTAGATTTTTGTAGGTAGTTGCTATGGTGTATCTATGCAGTTGCTATGGTGTTAAAAGTGGTCTAAGACTGTTGCAAGTATGCTCTTGGTGATTGTTAGAATGTTGTAGTTGCTAGGGCATTTCTATGCAGCTGCTAGGATTTTCTTGGTCTTTACTACAGTAAATTATTGTAAGTAGGGCGTTTCTAAGAAGATTCTATTGTGTTGTGGGTGGTTGCTATGGTGCTCAAAGTGGTTTCTAAGCTGTTTCTAAGCTACAGAAGATTGTTTTGGTAGTTGCTAGGGTGTTGAAAGTGGTTTCCACACTGTTGCTGGAAAGCTCTTAGTGTTTGTTAGTGTTGTAGGTAGTTGCTAGGGTGTTTATATGCAGCTGCTAGAATGTTCTTGTCTACTGCTACAGTAGATTGTGGTAGGTAGTTGCTAGGGCATTTCTATACAGTTGCTATGGTGTTCGGGGTGGTTGGTAGGATTGTGCTATGATGCTATTAGTGCTTAAGTTACTAAAGTGTTGTGGGTAGTTGCTTAGGTGTTTCTATGCAGTTGTCATGGTGCTCTGGGTGTTTCCTAGGCTGTTGCTAGGTAGTTGTAACAGCATTTTTTTAGTGTTCACTGCAGAGTTGCTTATCAATTCCTAAGGTGTTGCTAACAGTTGCTAAGGTGTTCTGGATGGTTGCTAGAGTGTTGCTAGCTAGCTAGACAGATGTGTCAAGCTACATGTTTTGTATTGTCGCTGGAAACAGAATAGGTATATTTTAACATTGTGAATTAAAAAAAAATCTTCAAACTTTATATATTCTTTCAGGTCCAAATTAATTTAACATTCTTAAAATCTAGTGTGACCGCCCCTGTTGCATTACAGTTAACCAGTTGACAATGGTTGGCTAGTTAGTTTTTAGAGGGATCGGTTGGTCAGAGCTGGTCAACTCTGGATGGGTTAGAAAACAAAACTGAACAGTGCATACAGTACGACAATGAACAATGTCACAAAATCACAGATAAAATATCATCTTTCACATTGTGACATGGGTTCAGCTCCTCCCATGTCTCGCAAAAGGAGAGTAGCACCATATTCAGAAGAATCATGGTATAAACTAGTATCTTTAAACCCTGATCTGGAAGCAAAAGTTCTCTTTGGAGCTTGATGTAGTGTAATATAATCCTTCAGTTTGTCAAAACCTGCTTGGATCTTGGCAGGTATCTCATCAGAGTGTAAAAAAGTCTTCTTTAACATTTCTTGTTTCAATGTAGACTGACGAAACGTTTATAAATCCAACAAAAAGTGTTCCCGGCTGATATAAGAATGTGCTTAGTGCAATATTTGAGTAATTTGCCCTGGTCGTTGACTCTGATTCAGTAGTTATTTCCTCTGAGAGTGTAGTTGCTCCTTTCAGGCGGTGCATAACGTGACGAGACGCGTCCCAGAGTTTTTCAGTTGTCACCACGGCTTCCAGGTCGGAAGGGGACAACTGTACTGTCTTTGTCAATCCAGCTCCAGCTCCATGAGTTTGTTGCGAGAGCGTGGAGTAGGTGTAGTGGTTTTACAGCAGCAGTGAGCACAGACCAGGCCCAGGGCGAGAGAAAAGAAGCCTACAGTTACTGAAGCGCAGATCCCATACAGTAAAGGCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU464055 lncRNA downstream 16514 104170 ~ 116099 (-) True G403714
TU464061 lncRNA downstream 28127 100151 ~ 104486 (-) False G403714
TU464060 lncRNA downstream 32080 97454 ~ 100533 (-) False G403714
TU464056 lncRNA downstream 34828 93601 ~ 97785 (-) False G403714
TU464098 lncRNA upstream 97107 234040 ~ 234262 (-) True G403737
TU464136 lncRNA upstream 102604 239537 ~ 239755 (-) True G403772
TU464099 lncRNA upstream 103280 240213 ~ 240461 (-) True G403738
TU464137 lncRNA upstream 104217 241150 ~ 242770 (-) True G403773
TU464138 lncRNA upstream 105893 242826 ~ 243621 (-) True G403774
CI01000299_00169255_00170695.mRNA mRNA upstream 32290 169223 ~ 170986 (-) True CI01000299_00169255_00170695
CI01000299_00185106_00209299.mRNA mRNA upstream 47841 184774 ~ 209299 (-) True CI01000299_00185106_00209299
CI01000299_00448948_00449565.mRNA mRNA upstream 311930 448863 ~ 449757 (-) True CI01000299_00448948_00449565
CI01000299_00452374_00452868.mRNA mRNA upstream 314408 451341 ~ 452868 (-) True CI01000299_00452374_00452868
CI01000299_00670925_00672195.mRNA mRNA upstream 533747 670680 ~ 673625 (-) False CI01000299_00670925_00672195
TU464604 other upstream 533901 670834 ~ 672856 (-) True CI01000299_00670925_00672195
TU464792 other upstream 933674 1070607 ~ 1075891 (-) True G404372
TU465225 other upstream 1522722 1659655 ~ 1660000 (-) True G404784
TU465428 other upstream 1718706 1855639 ~ 1880988 (-) True G404976
TU465509 other upstream 1880754 2017687 ~ 2018050 (-) True G405053

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00003015 True 3832 lncRNA 0.36 2 NC_007112.7 2001716 ~ 2005632 (+)