RNA id: TCONS_00021908


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021908
length 3789
lncRNA type antisense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_009806
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 16644679 ~ 16648875 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CACATTTGTTTAATAGCTGACATCTCCTTTTCAAGAAGCTCAATTCTTTCCCTCAGTGCAGCCATGTCCGTCTCACAACCTCCATTGCATGTTCCTTGTACCAGGTTGATTCGATGAGTCATAACCAGAGGAGATCCAGGATTCAAACTTAGTTCTGTTTCTCGTATTTTAGTTATGTTACCTACATCTCCCTGAGACTTCCGCTGAACACAACCCTCGGTTATAACTATTTTAATTGGTGAACTCTCTGCAAGTTTGTCTATATCTAGATTTTGTGTGCCATCCATCACAGGGCTTGTGGATGTGACAGCTTgatcattgttgttattttttgatGAACTAGGCTTAGTTTGGTTTTTCGTTTTGGTGTTTGGTGGTGTAGTTATTGGCTTTGATGCATGAACATCAATAGATTGAGAAGCTGACTTGACAGTAAAATTTTTTTTCTTGCCAAGGCTGATTTCACCCTCAACAGGCTTAGTGGTAGATGGGGATGTCTGATTGGCTTTGCTTATTTTTAATGATGTTGATTGAGTTTGGTTTTTCGTTTTAGTGTGTAATGATGTAGTTACTGGCTTTGATGCATTGATATTAATTGTTTGTAACCTTGCCTTGACAGTAGAATTTTTCTTCATTCTATGTGTGACTTCATCCACAAATTTTGTGCTGAATGGGACAGTCTGATTGACATGGCTTATCGTTGAAAAAGAAGGATGAGTCTGGTTTTTcagtttaatatttaacaatgtaGTTAGTGTTGGAACATTATTCCTAATAGTTTGAGCTGTTAACTTGGATGTGGAATTTTTCTTTGTACCAGATATGTCTTGTAGAGCAGACCCAGGTGTCTTAACATCTACAGCAGGCTTTGGTGTGGATAAGAGAGTCTGATTAATGTGAGTAGGTTTTGAAGAAACTGACTGAGTTTGAACCTTAGTGTTTTCAGGCTTTGAAGCATTAACATTAATATTGTGGCTCACTAACTTGGTAGTAGTGTTTCTCTTCTCACCAAATGTAGTTGGAGAAGGAGACACAGATTTTTGCACAACATCTACAGCAGGCTTAGCAGAAAGAGAAGTTTGATCTATAATGCTGTTTTTTGTAGAATTAGAGAGAGCTTGGATTCTCATTTTGTTTTTTAGTAATGTACCTACTGGTTTCTGAACAATAATATGATTGTCTGTTGACTTAGTAGTAGAATTTTTCTTGTCATTGATTGTGGTTTGCACACTTTGGACAGGCTTCTGTATGGAGTCCACATCAGACTTTGTAGAGGCTGGGAGAGTCTGATTTACTTGACTTGTTGTTGAAGAAATAGATTgagttctttctttctgtttgtttttcaatAATGTAGTTACTGGCTTCTTAACATTAATAATGTTGACTGTTGACTTAGTGGTAGAATTTGTCTGGTCACCAATTGTGTTTTTTGCACTTTGGACAGGTTTCTGTATGGAATCCACCTCAGGCTTTGTAGAGGTTGTAAGTGTCTGATTTACTTGACTTGTTGAAGGAGTAGATTGAGTTTGTTCTTTGAGTTTGGTCTTCAATAAAGAAGTTACTGGTTTCTGAATGTTAATAGTGTTGACTGTTGACTTAGTAGTAGAATTTTTCTTGTCACCAATTTTGTTTTGTAGACTTTGGATAGGTTTCTTGACAGTGTCCACATCAGGCATTGTAGATGAGGGAAGAGTGTGATTTACTTTGCTAGTTGTTGAAGAAGTAGATTGAGTTTGGTCTTTAAGTTTGGTGTTTAATCTAGTAGCTGGATTTTGAACATTAATAGTGTTGACTATAGACTCAGTGGTAGAATTTTTCTTGTCACCAATTGTGTTTTGTACACTTTGGACAGGTTTCTGTGTGGTGTCCACCTCAGGCTTTGAAGAGGTTGTGAGAGTCTGTTTTACTTGACTTGTTGAAGGAGTAGATTGAGTTTGTtctttcagttttgtcttcaataAAGAAGTTACTGGTTTCTGAACATTACTAGTGTTAACTGTTGACTTAGTAGTAGAATTTTTCTTGCCACTAATTGTGTTTTGTACACTTTGGACAGGTTTTTGTACGGAGTCCACCTCAGGCATTGTAGATGATGGGAGAGTCAGATTTACCTGTGTTGTTGTTAAAGACGTAGATTgagtttgtactttcattttggtGTTTAATTTAGTAGCTGGTTTCTGAACATCAACAATGTTGACTATTGACTTAGTGGTAGAATTTGTCTTGCCACCAAATGTGATTTGTAGACTTTGGACAGGTTTGTGTATGGAGTCCACCCCAGGCTTTTGAGAGGTTGTGAGAGTCTGATTTAATTGACTTGTTGAAGAAGAGGATTGAGTTTGTTCTTTTAGTTTGGTCTTCAACAAAGAAGTTACTGGTTTCTGAACATTAATAGTGTTGACAGTTGACTTAGTAGTGGAATTTTTCTTTCCACTAATTGTGTTTTGTACACTTTGGACAGGATTCTGTATGGAGTCCACCTCAGGTCTTGTAGAGGTTGTGAGAATCTGATTTACCTGTGTTTTTGTTGAAGAAGTATATTGAGTTTGTACTTTCAGTTTGGTGTTTAATTTAGTAGCTGGTTTCTGAACATTAACATTACTGACTGTTGACTTATTAGTAGAATTTGTCTTCTCACTAATTTTGTTTTGAACACCTTGCATTGGCTTTTGGCTAGTATGAATATTAGGCTTTGTAGAGGACGAGAGAGATTGGTTCACTTTGCTATATGTCAAGGAAGTAGATTGAGTTTGGTccttttttttgctatttaatgAAGTAGTCACAACTTTAATAGTTTGGGTTGGAGACTTCATCGTAGAGTTTTTCTTTTGACTATGTGGGTCCTGCAAAGAAGGTGGATGCTTCTCAACAATGTCTTGATGTTGATTGATGTTGCTAGTTATTGAGAAAGTGGACTGAGTATGGTTTTTGGTTTTCTTGTCAGTCTTTGGCACAGAAATAATTTGGGTAGGTAAATTTGCAGTGGAATTTTTTTTCTCAGTAATTGTACTTTGATCTGCAACAATCTTTTTAACTGATGGAAGAGTCTGGTTAACACTGCTCGGTTTTGCCAAAGTAGGACGAGTCTGgtttttcattttgttaattagCTTTGTTGTCACCAGCTTTGGAATGTCAAGACTACCTAGGTGTGCTGTTGACTGCACAGTAGAATGTTTTTTCTCATTAAGTTTGCCTCTTAAAGCAAGCACAGGTTTCTGAACACCATCTACAGCAGGCTCTGTAGAGGATGGGAGAGTCTGACTGATGCTGCTACTTATTGATGAAGTAGATTGAGTTTGGTTTCTGATTTTGGTGTTTGATAATCTGGTTAAGGGTTTATGCACATTATGTGCATTCAATCTTGATTCCGAAGTAGAATTGTCCTTGGCACTAAGTGTGTCTTGAAAAAGAGGGACAGATTTCTGGATATCATCTACAACAGGCTTCGGAGTGAATGGAAGAGTCTGATTGCTGTTGCTCATTTTTGAAGAAGCAGCatgagtttgtttttttacttttgtgcTTAATGGTGTAGTTACTTGTACGGGAATATGATGACTAAAGGTATGGTCTATGGTTTTGATAGTGTCATTTTTATTCTCGCTAAGTGTGCCTTGAAGAAAAGACACATTTAGAATGAGAAAAACTAATGAGATTAACATTTTATACTGGGTTGATGTGCCCAGTTTATTCATACAAATTAATGATCTATACTAATAATATAAAGCCTAAATTAAGTTATTTTCCCCAGCTATTCGACTTGTCTTTGGGATATAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00019586 lncRNA upstream 584871 16055484 ~ 16059808 (+) True XLOC_009802
TCONS_00021907 lncRNA upstream 643937 15999747 ~ 16000742 (+) True XLOC_009801
TCONS_00019584 lncRNA upstream 934596 15709411 ~ 15710083 (+) True XLOC_009799
TCONS_00021906 lncRNA upstream 1273418 15369692 ~ 15371261 (+) True XLOC_009798
TCONS_00021698 lncRNA upstream 1312532 15331862 ~ 15332147 (+) True XLOC_009797
TCONS_00021699 lncRNA downstream 59276 16708151 ~ 16714418 (+) True XLOC_009807
TCONS_00019598 lncRNA downstream 284172 16933047 ~ 16935466 (+) True XLOC_009809
TCONS_00021909 lncRNA downstream 355139 17004014 ~ 17004375 (+) True XLOC_009811
TCONS_00021910 lncRNA downstream 651278 17300153 ~ 17302519 (+) True XLOC_009814
TCONS_00021911 lncRNA downstream 899916 17548791 ~ 17551059 (+) True XLOC_009817
TCONS_00019592 mRNA upstream 90549 16529748 ~ 16554130 (+) True XLOC_009805
TCONS_00019589 mRNA upstream 340532 16265110 ~ 16304147 (+) False XLOC_009804
TCONS_00019590 mRNA upstream 340532 16265850 ~ 16304147 (+) False XLOC_009804
TCONS_00019591 mRNA upstream 340532 16266428 ~ 16304147 (+) True XLOC_009804
TCONS_00019588 mRNA upstream 341228 16253710 ~ 16303451 (+) False XLOC_009804
TCONS_00019593 mRNA downstream 175803 16824678 ~ 16839497 (+) False XLOC_009808
TCONS_00019594 mRNA downstream 177629 16826504 ~ 16839497 (+) True XLOC_009808
TCONS_00019595 mRNA downstream 200345 16849220 ~ 16939089 (+) False XLOC_009809
TCONS_00019596 mRNA downstream 200367 16849242 ~ 16945650 (+) False XLOC_009809
TCONS_00019597 mRNA downstream 284127 16933002 ~ 16939101 (+) False XLOC_009809
TCONS_00019587 other upstream 490221 16154324 ~ 16154458 (+) True XLOC_009803
TCONS_00019585 other upstream 777514 15866224 ~ 15867165 (+) True XLOC_009800
TCONS_00019534 other upstream 3203046 13424548 ~ 13441633 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019535 other upstream 3203084 13424551 ~ 13441595 (+) False XLOC_009767
TCONS_00019518 other upstream 4263833 12380730 ~ 12380846 (+) True XLOC_009756
TCONS_00019609 other downstream 868073 17516948 ~ 17517082 (+) True XLOC_009816
TCONS_00019610 other downstream 921935 17570810 ~ 17570934 (+) True XLOC_009818
TCONS_00019630 other downstream 2416470 19065345 ~ 19128471 (+) False XLOC_009830
TCONS_00019642 other downstream 3055549 19704424 ~ 19704538 (+) True XLOC_009838
TCONS_00019651 other downstream 3518959 20167834 ~ 20170828 (+) True XLOC_009843

Expression Profile

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