RNA id: TU411047


Basic Information

Item Value
RNA id TU411047
length 2019
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 2
gene id G361683
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 5855193 ~ 5858759 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

gaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtagttagaatggatactgttaggatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagattgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagaatgggtactgtttgaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtactgttagatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatatttactggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatacttatagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatggatactggatactgttagaatgtatactggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaaggGATACttatagaatgggtagttagaaatgatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttatagaatgggtagttagaaaggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtagttagaatggatactgttaggatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagattgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagaatgggtactgtttgaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtactgttagatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatatttactggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatacttatagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatggatactggatactgttagaatggattctggatactgttagaatggatactgttagaatggacactgttagaatgggtactgttagaatggatactggatactgttagaatgtatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatacttatagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtagttagaatggatactgttaggatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggctacttttagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaattggtagttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtactgttagatggatactgttaggatgggtactgttagaatggatacttttagaatgaatactgg

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU411044 lncRNA upstream 3473 5845276 ~ 5852491 (+) True G361681
TU411043 lncRNA upstream 6910 5841624 ~ 5849054 (+) True G361680
TU411017 lncRNA upstream 55146 5800531 ~ 5800818 (+) True G361665
TU411004 lncRNA upstream 70670 5784959 ~ 5785294 (+) True G361652
TU410991 lncRNA upstream 81832 5773530 ~ 5774132 (+) True G361639
TU411039 lncRNA downstream 6113 5864872 ~ 5897405 (+) True G361677
TU411027 lncRNA downstream 34945 5893704 ~ 5927926 (+) False G361671
TU411028 lncRNA downstream 38730 5897489 ~ 5927926 (+) False G361671
TU411033 lncRNA downstream 52957 5911716 ~ 5916583 (+) False G361671
TU411032 lncRNA downstream 57869 5916628 ~ 5927926 (+) True G361671
XM_036976655.1 mRNA upstream 95016 5672649 ~ 5760948 (+) True LOC110522836
LOC110524936 mRNA upstream 278024 5577014 ~ 5577940 (+) True LOC110524936
XM_036976652.1 mRNA upstream 397099 5417605 ~ 5458865 (+) False LOC110524934
XM_036976667.1 mRNA downstream 629643 6488402 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
XM_036976668.1 mRNA downstream 629643 6488402 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
XM_036976669.1 mRNA downstream 629643 6488402 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
XM_036976670.1 mRNA downstream 629643 6488402 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
XM_036976666.1 mRNA downstream 655070 6513829 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
TU411029 other upstream 14695 5803828 ~ 5841269 (+) False G361671
TU410157 other upstream 556561 5296870 ~ 5299403 (+) True G360985
TU409301 other upstream 1207964 4639016 ~ 4648000 (+) True G360276
TU409312 other upstream 1308108 4547035 ~ 4547856 (+) True G360287
TU409284 other upstream 1435895 4419741 ~ 4420069 (+) True G360261
TU411797 other downstream 1327167 7185926 ~ 7189819 (+) False G362297
TU411798 other downstream 1327271 7186030 ~ 7189819 (+) True G362297
TU412128 other downstream 1831681 7690440 ~ 7692514 (+) True G362554
TU412257 other downstream 2060163 7918922 ~ 7919565 (+) True G362662
TU412732 other downstream 2916573 8775332 ~ 8846116 (+) False cdc42se2

Expression Profile