RNA id: TCONS_00003712


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003712
length 10806
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 7
gene id XLOC_001874
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 6383270 ~ 6409781 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000170548

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003709 lncRNA upstream 32994 6340468 ~ 6350276 (+) False XLOC_001873
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TCONS_00005677 lncRNA upstream 502037 5880700 ~ 5881233 (+) True XLOC_001868
TCONS_00005818 lncRNA upstream 589744 5788407 ~ 5793526 (+) True XLOC_001867
TCONS_00005676 lncRNA upstream 795040 5587960 ~ 5588230 (+) True XLOC_001864
TCONS_00005820 lncRNA downstream 218838 6628619 ~ 6628997 (+) True XLOC_001877
TCONS_00005821 lncRNA downstream 234616 6644397 ~ 6644775 (+) True XLOC_001878
TCONS_00005822 lncRNA downstream 274637 6684418 ~ 6684796 (+) True XLOC_001880
TCONS_00005823 lncRNA downstream 344489 6754270 ~ 6755766 (+) True XLOC_001884
TCONS_00003730 lncRNA downstream 673958 7083739 ~ 7102754 (+) False XLOC_001887
TCONS_00003708 mRNA upstream 7876 6318348 ~ 6375394 (+) False XLOC_001873
TCONS_00003710 mRNA upstream 8141 6340478 ~ 6375129 (+) False XLOC_001873
TCONS_00003706 mRNA upstream 19896 6318227 ~ 6363374 (+) False XLOC_001873
TCONS_00003707 mRNA upstream 23527 6318257 ~ 6359743 (+) False XLOC_001873
TCONS_00003711 mRNA upstream 31453 6340479 ~ 6351817 (+) True XLOC_001873
TCONS_00003713 mRNA downstream 86404 6496185 ~ 6518065 (+) True XLOC_001875
TCONS_00003714 mRNA downstream 203498 6613279 ~ 6618833 (+) True XLOC_001876
TCONS_00003715 mRNA downstream 216004 6625785 ~ 6630364 (+) False XLOC_001877
TCONS_00003716 mRNA downstream 231733 6641514 ~ 6646684 (+) False XLOC_001878
TCONS_00003717 mRNA downstream 255130 6664911 ~ 6670283 (+) True XLOC_001879
TCONS_00003693 other upstream 613658 5744923 ~ 5769612 (+) False XLOC_001866
TCONS_00003679 other upstream 1230869 5151349 ~ 5152401 (+) True XLOC_001855
TCONS_00003675 other upstream 1235688 5135842 ~ 5147582 (+) True XLOC_001854
TCONS_00003668 other upstream 1395787 4986050 ~ 4987483 (+) True XLOC_001850
TCONS_00003658 other upstream 1889912 4493277 ~ 4493358 (+) True XLOC_001842
TCONS_00003731 other downstream 673990 7083771 ~ 7210108 (+) False XLOC_001887
TCONS_00003739 other downstream 1163535 7573316 ~ 7578051 (+) True XLOC_001890
TCONS_00003759 other downstream 1933407 8343188 ~ 8343305 (+) True XLOC_001906
TCONS_00003778 other downstream 2452740 8862521 ~ 8868895 (+) True XLOC_001921
TCONS_00003779 other downstream 2459687 8869468 ~ 8880126 (+) False XLOC_001922

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000304_01403041_01410830.mRNA True 980 mRNA 0.52 7 CI01000304 1402892 ~ 1410830 (-)