RNA id: TCONS_00044772



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00044772
length 316
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 3
gene id XLOC_021427
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 3939908 ~ 3944734 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


cagaagtataaatcaggcttaaagcTTACTCTGCTACTGTGTGCGTCTACGATAAACTCTCAAAACTAAAACTGAAGAGGGAAACAGGGAAGTGAGAATTtgcattagcaaaaaaaaaaatcagcagttTTAAGAAAAGGCTTGCTaaatcattcacacactcatcTGGACTGACAGTTTAACACACTTCAGTGTGATTCTGCCAACGCACATCAACTGCCGAGTTGTCACCTCAGATATAACAACAGAGCACTGGTGAACCTGGGAAACTTCTATCAGTGAACAACGCCACAGAGGAACCCCAACACAAACACAA

Function


GO:

id name namespace
GO:0017153 sodium molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00042601 lncRNA upstream 24766 3913304 ~ 3915754 (+) False XLOC_021426
TCONS_00042600 lncRNA upstream 24766 3913304 ~ 3915754 (+) True XLOC_021426
TCONS_00044771 lncRNA upstream 300747 3629097 ~ 3639773 (+) True XLOC_021424
TCONS_00044770 lncRNA upstream 402777 3537328 ~ 3537743 (+) True XLOC_021423
TCONS_00044652 lncRNA upstream 402867 3537283 ~ 3537653 (+) False XLOC_021423
TCONS_00042608 lncRNA downstream 330711 4273916 ~ 4281107 (+) True XLOC_021432
TCONS_00042619 lncRNA downstream 430131 4373336 ~ 4380531 (+) False XLOC_021438
TCONS_00042621 lncRNA downstream 430160 4373365 ~ 4380765 (+) True XLOC_021438
TCONS_00042625 lncRNA downstream 616359 4559564 ~ 4572025 (+) False XLOC_021441
TCONS_00044773 lncRNA downstream 616413 4559618 ~ 4600418 (+) False XLOC_021441
TCONS_00042598 mRNA upstream 195682 3731375 ~ 3744838 (+) False XLOC_021425
TCONS_00042599 mRNA upstream 195999 3734491 ~ 3744521 (+) True XLOC_021425
TCONS_00042597 mRNA upstream 200105 3721042 ~ 3740415 (+) False XLOC_021425
TCONS_00042595 mRNA upstream 311326 3627379 ~ 3629194 (+) False XLOC_021424
TCONS_00042594 mRNA upstream 314399 3625083 ~ 3626121 (+) False XLOC_021424
TCONS_00042604 mRNA downstream 79415 4022620 ~ 4071748 (+) True XLOC_021428
TCONS_00042605 mRNA downstream 283136 4226341 ~ 4243553 (+) True XLOC_021429
TCONS_00042606 mRNA downstream 310752 4253957 ~ 4259712 (+) True XLOC_021430
TCONS_00042607 mRNA downstream 317253 4260458 ~ 4271984 (+) True XLOC_021431
TCONS_00042609 mRNA downstream 345759 4288964 ~ 4295743 (+) True XLOC_021433
TCONS_00042596 other upstream 205511 3721041 ~ 3735009 (+) False XLOC_021425
TCONS_00042520 other upstream 3498168 442237 ~ 442352 (+) True XLOC_021384
TCONS_00042519 other upstream 3527861 412542 ~ 412659 (+) True XLOC_021383
TCONS_00042509 other upstream 3627201 309063 ~ 313319 (+) False XLOC_021378
TCONS_00042508 other upstream 3691420 240604 ~ 249100 (+) True XLOC_021377
TCONS_00042666 other downstream 2333970 6277175 ~ 6304274 (+) True XLOC_021459
TCONS_00042675 other downstream 2882483 6825688 ~ 6825802 (+) True XLOC_021466
TCONS_00042706 other downstream 5364369 9307574 ~ 9308561 (+) True XLOC_021488
TCONS_00042716 other downstream 5675008 9618213 ~ 9618335 (+) True XLOC_021493
TCONS_00042717 other downstream 5784205 9727410 ~ 9727432 (+) True XLOC_021494

Expression Profile


//