RNA id: TCONS_00068563


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00068563
length 282
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_033561
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 17557560 ~ 17557847 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GACACAGCTGCAGACAGAAACGCAACTCTTCATCAGTCTTTGATAGACACTGTTGATCCAGGAGATTCAGTGAATTTGCAATGCAGCATCTTCACTGAGAGCTGTGCAGGACATCACAGCGTCTTTAAGCAAAGCTTAGGAGACTCTAAAGGAGTGCTTTACACAAAAGGAGAGAGAAATGGCTGCTGTAACAGCACTAAGTTCCAAACACAGAGCTGTGTCTACAGTCTCCACAAGAACAACATCAGTCAATCTGATACTGGCATTTACTACTGTGCTGTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068800 lncRNA upstream 220818 17294868 ~ 17336742 (+) False XLOC_033545
TCONS_00065639 lncRNA upstream 454384 17096343 ~ 17103176 (+) False XLOC_033542
TCONS_00065636 lncRNA upstream 516238 17023289 ~ 17041322 (+) True XLOC_033541
TCONS_00068562 lncRNA upstream 1296853 16260278 ~ 16260707 (+) True XLOC_033536
TCONS_00068799 lncRNA upstream 1332476 16224312 ~ 16225084 (+) True XLOC_033535
TCONS_00068801 lncRNA downstream 229243 17787090 ~ 17803644 (+) True XLOC_033564
TCONS_00065683 lncRNA downstream 258729 17816576 ~ 17905489 (+) False XLOC_033565
TCONS_00065689 lncRNA downstream 380075 17937922 ~ 17942385 (+) False XLOC_033566
TCONS_00065690 lncRNA downstream 380281 17938128 ~ 17942385 (+) True XLOC_033566
TCONS_00065700 lncRNA downstream 500744 18058591 ~ 18060651 (+) True XLOC_033570
TCONS_00065671 mRNA upstream 4040 17551908 ~ 17553520 (+) True XLOC_033560
TCONS_00065670 mRNA upstream 12230 17543487 ~ 17545330 (+) True XLOC_033559
TCONS_00065669 mRNA upstream 21395 17534485 ~ 17536165 (+) True XLOC_033558
TCONS_00065668 mRNA upstream 35467 17520427 ~ 17522093 (+) True XLOC_033557
TCONS_00065667 mRNA upstream 61587 17494169 ~ 17495973 (+) True XLOC_033556
TCONS_00065672 mRNA downstream 2082 17559929 ~ 17562422 (+) False XLOC_033562
TCONS_00065674 mRNA downstream 2961 17560808 ~ 17581853 (+) False XLOC_033562
TCONS_00065673 mRNA downstream 2961 17560808 ~ 17581853 (+) False XLOC_033562
TCONS_00065675 mRNA downstream 2961 17560808 ~ 17596931 (+) False XLOC_033562
TCONS_00065676 mRNA downstream 2961 17560808 ~ 17600540 (+) True XLOC_033562
TCONS_00065656 other upstream 210421 17346399 ~ 17347139 (+) True XLOC_033546
TCONS_00065650 other upstream 286553 17255728 ~ 17271007 (+) False XLOC_033545
TCONS_00065651 other upstream 296792 17255795 ~ 17260768 (+) False XLOC_033545
TCONS_00065626 other upstream 824770 16732674 ~ 16732790 (+) True XLOC_033539
TCONS_00065625 other upstream 1008471 16539935 ~ 16549089 (+) True XLOC_033538
TCONS_00065709 other downstream 1449993 19007840 ~ 19008579 (+) True XLOC_033580
TCONS_00065710 other downstream 1456920 19014767 ~ 19015511 (+) True XLOC_033581
TCONS_00065712 other downstream 1468467 19026314 ~ 19027070 (+) True XLOC_033584
TCONS_00065774 other downstream 2909702 20467549 ~ 20471363 (+) False XLOC_033616
TCONS_00065791 other downstream 3087334 20645181 ~ 20651731 (+) False XLOC_033625