RNA id: TCONS_00000203


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000203
length 177
RNA type mRNA
GC content 0.43
exon number 2
gene id XLOC_000109
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 9071324 ~ 9074479 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTGAaagcaaaatatattgcaaaTAAAAATCGCCACGACACGGGCAACTTCGACAAGGAGTTCACCAAGATGGCGGTTGAGTTGACGCCAACCGATAAACTCTTCATCATGAATCTGGACCAAAACGAATTCCAAGGTTTCTCCTACACCAACCCTGAGTTTGTCATTCAGGTTTAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000184194

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003031 lncRNA upstream 94902 8967479 ~ 8976422 (+) True XLOC_000106
TCONS_00003029 lncRNA upstream 105385 8950874 ~ 8965939 (+) False XLOC_000105
TCONS_00000198 lncRNA upstream 105385 8950874 ~ 8965939 (+) False XLOC_000105
TCONS_00003030 lncRNA upstream 105385 8961004 ~ 8965939 (+) True XLOC_000105
TCONS_00000197 lncRNA upstream 372213 8694291 ~ 8699111 (+) True XLOC_000104
TCONS_00003032 lncRNA downstream 54907 9129386 ~ 9132490 (+) True XLOC_000111
TCONS_00003033 lncRNA downstream 79615 9154094 ~ 9155521 (+) False XLOC_000113
TCONS_00000210 lncRNA downstream 82897 9157376 ~ 9161475 (+) True XLOC_000113
TCONS_00000214 lncRNA downstream 203367 9277846 ~ 9285351 (+) True XLOC_000116
TCONS_00000220 lncRNA downstream 812476 9886955 ~ 9914630 (+) False XLOC_000120
TCONS_00000201 mRNA upstream 6412 9004719 ~ 9064912 (+) False XLOC_000108
TCONS_00000202 mRNA upstream 26977 9004752 ~ 9044347 (+) True XLOC_000108
TCONS_00000199 mRNA upstream 82820 8984068 ~ 8988504 (+) False XLOC_000107
TCONS_00000200 mRNA upstream 82820 8986138 ~ 8988504 (+) True XLOC_000107
TCONS_00000196 mRNA upstream 368640 8694196 ~ 8702684 (+) False XLOC_000104
TCONS_00000204 mRNA downstream 7938 9082417 ~ 9091659 (+) False XLOC_000110
TCONS_00000205 mRNA downstream 12463 9086942 ~ 9091935 (+) True XLOC_000110
TCONS_00000206 mRNA downstream 70479 9144958 ~ 9145896 (+) True XLOC_000112
TCONS_00000207 mRNA downstream 78662 9153141 ~ 9161843 (+) False XLOC_000113
TCONS_00000211 mRNA downstream 124552 9199031 ~ 9227204 (+) False XLOC_000114
TCONS_00000154 other upstream 2007381 7063837 ~ 7063943 (+) True XLOC_000081
TCONS_00000149 other upstream 2283520 6787690 ~ 6787804 (+) True XLOC_000078
TCONS_00000134 other upstream 2885792 6182342 ~ 6185532 (+) False XLOC_000067
TCONS_00000123 other upstream 3569240 5497285 ~ 5502084 (+) True XLOC_000062
TCONS_00000121 other upstream 3620880 5438743 ~ 5450444 (+) False XLOC_000062
TCONS_00000208 other downstream 79615 9154094 ~ 9155273 (+) False XLOC_000113
TCONS_00000209 other downstream 80514 9154993 ~ 9155521 (+) False XLOC_000113
TCONS_00000213 other downstream 144169 9218648 ~ 9221616 (+) True XLOC_000115
TCONS_00000230 other downstream 977295 10051774 ~ 10054771 (+) False XLOC_000126
TCONS_00000231 other downstream 977305 10051784 ~ 10058057 (+) False XLOC_000126

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000300_00732352_00734178.mRNA True 1387 mRNA 0.37 2 CI01000300 732008 ~ 734966 (+)