RNA id: TCONS_00003454


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003454
length 5807
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 2
gene id XLOC_001394
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 40648878 ~ 40664705 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCTGCAATAGTTGTTGATGATGATTCTACTGCTTTGGATATTGGTGTAATGGATGTAGCATCATATGTTGGCATTATTTCTCCAGCAGCTGGTGTAGTTTCAGATGCAGTTGTGGTTACATTTTCATTTGGTGTAGTCCTTGGTACTCCATTACTAGATGTAGTTGTCTCTACAGTTGAGGATGCCAATGAAGGGTATACGGCATCAAAAGTTGTTGCCGTTGATGCCCCAGCATCTGTTGTAGATTGAGCTGTAGATGTTATAGCTGCATCAGGTATTAAAGTCATTGTTTCTCTATTACTTGTAAGGGTTGACTCAACAGTTGTAAATACTGCTGAGGTGGATGTGGCATCAAAACGTGTTGTCCCAGCAGCTGTTGTGGATTGATCTGCAGTTGTGGTTGTTGTATCAATTGTTTCTATATAACTTGCTGAATTTGACACCACAGTTGAGGATAGCATTGATGTGGAATTGACATCAAAGATGGTTACTGTTGCTGCTTCAGAAGCTGTTGAGGATTGAGTTGTAGTGGTGGTTTTTGTATGAGGTCCTAAAGACATTGTGTCTGCATTAATTCTTGATTTTGATCCTAAAGTTGAGAAAACTGGTGAGGTGGATGTGACATCATAAAATGTCGTTGTTACCCCAGTGGCTGTTTTGGATTCGGACGCAGTTCCAGTTGCTGTATCAGGTGCTGTAGTCATTGTTTCTGAAGTATTTGCAGAAGTTGACTCCACAGTTGAGGACACCCATGAGGTGGATGTGGTAGCAGTAGCTGTTTTTGTTACTGACCCAGCAGCTGTTGTTAATTGAGCTATAGTTGTGTTTGCTGTGTCAGGTGCCAAAAAAACAGTTTCTGTATTACTTGATGTTGTCTCCAAAGTTGAGGATACTAATGAGGTGGATGTGGAATCAAATGTTATTGTTGCTGCTCCAGCAGTTATTGTGGATTGAGCTGTAGTTTCTTCTGTATTAGTTGCTACAGTTACTGTGACTGTATCTGTTGAGGTTGATTCAACATTTGAGGATACAGTTGAGCTGGATGTGCCATTATAGGTTTTTGCTGTAGACCCAGCCGTTGTTGGGGTTTGAGCTGCAGCTGTGGTTGATGCATCAGGTGCTAAAGTAACTGTTTCTTCAGTAATTGAAGAGGTTGACTCATCAGTTGAGAATACTAGTGAGGTGGATGTGGTATCAACATTTGTTGTCCCAACAGCTGTTGCGGTTTGATCCACAGATGTGGTTGATATATCAGATGTTTCTATATTACTTCTTGAATTTGACACCACAGTAGAGGACAACACTGATGTAGATGTGGCATCAAAAGTTGATGTTTTTCCAGCAAATGGTGAGGATTGAGCTTTAGTTTTGGTTTCTCTATCAGGTTCTGTAGCCATTGTATCTGCAATAGTTGTTGATGATAATTCTAAAGCTGTGAATATTGGTGTAATGGATGTAGCATCATACATTGGGGTTATTTCTCCAGCAGTTGGTGTAGTTTCAGAGACAGCTGCGGTTGCATTTTCAGGTGCTGTAGTCATTTTTTCTGCAAAACTTGTTGAAGTTGTCTCCACAGTTGAGGATGCCAATGAAGTGTATGTGACATCAAAAATTGTTGCTGTTAATGCCCCAGCATCTGTTGTGGATTGGGCTGAAGATGTTATTGCTGTATAAGGTGTCAAAGGCATTGTTTCTGCATTACTTGTAAGGGTTGACTCAACAGTTGAGAATATGGGTGAGGTGGAAGTGGCATCAGAAGATATTGTTCCTTCAGCAGCTGTTATGTTTTCAGGCATATCCCTTGTCGATAAACCAAGTGCTGTAGTCATTGTTTCTCTTATACTTTTTGAGGTTGATTCCATAGATGAGGATACCAAAGAAGTTGATGTAAAGACAAAAGTTACTGTTGCTGCCCCAGCGGTTGTTGTGGATTGAGCTGTAGTTGTTCCTGTATCAGGTGCTGAAGTTACTGAGTCTGTCCCAGTTGTTGAGGTCAATTCTACATTTGACGATACAATTGAGCTGGATGTGCCATCATAGATATTTGCTGTTGCCCCAGCAGTCGTTATAGTTTGAGTTGCAGCTGTGGTTGATGTATCAGGTGCTAAAGTAACTGTTTCTTCATTATTTGTAGAGGTTGACTCAACAGTTGAGATTACTGGTGAGGTGAAAGTGCCATCAAAACTTGTTGTCTCAAGAGCGGTTGTGGTTTGATCTGCAGTTGTGGTTGATGTATCAGATGTTTCTATATTACTTCTTGAATTTGACACCACAGCAGAGGAAATCATTGATGTTGACGTGGCATCAAAAGTGGTTGTTGTTCCTGTTCTAGCAAATGGTGAATATTGAGCTGTAGTTGTGGTTTCTGTATCAGGTTCTGTAGCCATTGTGTCTGTAATAGTTGTTGTTGATAGTTCTTCAGCTGTGGATATTGGTGTAATAGATGTAGCATCATACGTTGGGGTTATTTCTTCAGCAGCTGGTGTAGTTTCAGATGCAGTTGTGGTTGCATCATTAGGCGCTGTAGTCTTTGTTTCTGCAAAACTTGTTGAAGTTGTCTCAACTGTTGAGGATGCCAATAAAGTGTATGTGGCAtcaaaatttgtttctgttactgCCCCAGCATCTGATGTGGTTTGAGTTGAAGATGGTATTGCTGTATCAGGTGTTAAAGTCATTGTTTCTGCATTACTTGTGAGGGTTGACTCAGCAGTTGAGATTATAGTTGAGGTGGAAGTGGCATCAGAAGGTATTGTTACCTCAGCTGCTGTTATGGTTTCAGTCATATCCCCTGTTACTAAATCAAGTGCTGTAGTCATTGTTTCTGCTGTACTTGTTGAGGTTGACTCCATAGTTGATGATACTGATGAGGTGGAAGTGAAGTCAAAATGTATTGTTGCTGCCCCAGAAGTTGTTGTGGATTGAGCTGTAGTTGTTTCTGTATCAGGTGCTGAAGTTACTGAGTCTGTCTCAGTTGTTAAGGTCAATTCTACATTTGACGATACAGTTGAGCTGAATGTGCCATCATATATATTTGCTGTTGCCCCAGCAGTCGTTATGGTTTGAGCTGCAGCTGTGGTTTCTGTATCAGGTGCTAAAGTAACTGTTTCTTCATTATTTGTAGAGGTTGACTCAACAGTTGAGATTACTAGTGAGGTGGATGTGGCATCAAAACTTGTTGTCCCAACAGCTGTTGCGGTTTGGTCTGCAGTTGTGGTTGATGTATCAGATGTTTCTATACTACTTCTTGAATTTGACATCACAGTAAAGGATAAGATTGTTGTTGATGTGGCATCAAACATTGTTGTTGTTCCTGTTCCTGCAAATGGTGAGGATTGAGCTGTAGTTGTGGTTTCTGTATCAGATTCTGTAGCCATTGTGTCTGTAATAGTTGTTGATAGTTCTTCAGCTGTGGATATTGCTGTAATGGATGTAGCATCATACGTTGGGGTTATTTCTTCAGCAGCTGGTGTAGTTTCAGATGCAGTTGTGGTTGCGTCATCAGGTGCTGTAGTTTTTGTTTCTGCAAAACTTGTTGAAATTGTCTCCACAGTTGAGGATGCCAATGAAGTGTATGTGCCAtcaaaatttgtttctgttactgCCCAAGCATCTGTTGTGGATTGAGCTGAAGATGGTATTGCTCTATCAGGTGTCAAAGTCATTGTTTCTGCATTACTTGTAAGGGTTGACTCAACAGTTGAGATTTTGGTTGAGGTGGAAGTGGCAGCGGTTATGGTTTCAGGCATATCCCCTGTTACTAAATCAAGTGCTGTAGTCATTGTTTCTGCTGTACTTGTTGAGGTTGACTCCATAGTTGATGATACCGCTGAGGTGGAAGTGAAGTCAAAATTTATTGTTGCTGCCCCAGAAGTTGTTGTGGATTGAGCTGTAGTTGTTTCTGTATCAGGTGCTGAAGTTACTGAGTCTGTCTCAGTTGTTGAGGTCAATTCTACATTTGACGATACAAAGGAGCTGGATGTGCCATCATATATATTTGCTGTTGCCCCAGCAGTCGTTATGGTTTGAGCTGTAGTTGTGGTTTCTGTTTCAGATTCTGTAGCCATTGTGtctgtagtagttgttgttgataGTTCTTCAGCTGTGGATATTGGTGTAATAGATGTAGCATCATACGTTGGGGTTAGTTCTTCAGCAGCTGGTGTGGTTTCAGATGCAGTTGTGGTTGCATCATCAGGCGCTGTAGTTTTTGTTTCTGCAAAACTTGTTGCTGTTGCCTCCACTGTTGAGGATGCCAATAAAGTGTATGTGGCAtcaaaatttgtttctgttactgCCCCAGCATCTGATGTGGTTTGAGTTGAAGATGGTATTGCTGTATCAGGTGTCAAAGTCATTGTTTCTGCATTACTTGTGAGGGTTGACTCAGCAGTTGAGATTATAGTTGAGGTGGAAGTGGCATCATCAAAAGGTATTGTTGCCTCAGCAGCTGTTATGGTTTCAGTCATATCCTCTGTTACTAAATCAAGTGCTGTAGTCATTGTTTCTGCTGTACTTGTTGAGGTTGACTCCATAGTTGATGATACCGATGAGGTGGAAGTGAAGTCAAAATTTATTGTTGCTGCCCCAGAAGTTGTTGTGGATTGAGCTGTAGTTGTTTCTGTATCAGGTGCTGAAGTGACTGAGTCTGTCTCAGTTGTTGAGATCAATTCTACATTTGACGATACAGATGAGCTGGATGTGCCATCATATATATTTGCTGTTGCCCCAGCAGTTGTTATAGTTTGAGCTGCAGCTGTGGTTTCTGTATCAGGCTCTAAAGTAACAGTTTCTTCATTATTTGTTGAGGTTGACTGAACAGTTGAGAATACTGGTGAGGTGGACGTGGCATCAAAACTTGTTGTCTCTACTGCTGTTGCGGTTTGATCTGCATTTGTGGTTGCACAATCAGGTCCTGTAGTCATTGTTTCTTCATTACTTGTTGAGGTTTTCTCTGCAGTTGAGGCTATGAATGAGTTGTATGTGGCATCAAAAGTTGTTGTTGATGCTCCAGCAACTGTTGTGGTTtgagttgtagttgttgttgctgTATCAGGTGTCAAAGTCATTGTTTCTGCATTACTTGTAAGGGTTGACTCAACAGTTGAGGATATGGTTAAAGTAGAAGTGGCATCAGAGGATGCCTTTTCCCCAGCAGCTGTTATAGTTTTAGGCATAGTTCTTGTTCCTAAAACAATTGCTGTAGTCATTGTTTCTGTATTACTTGTTGAGATTGACTCCACAGTTGAGGATGAAGATGACATGGATGtgggaaaaaaaattgtttcccCAGCAGTTATTGTGGATTGATCTGTAAATGTTTCTATATCAGGTGCCGTAGTTTTTGAGTCTGTCCTAGTTGATGAGGTTGATTCTACATTTGAAGTTACTGATGAGGTGGATGTGCCATCAAAGGTTTTTGCTGTTGTGGTTTGAGCTGCAGTTGTGGTTGATGTAACAGGTTCTAAAGTCACTGCATCCTCATTACTTGTATGTGATGTCTCAGCAGCTGTTATAGTTTGAGCTGTAGTTGAGGTTGTTGTATCAGCTGATGTAATAGATGTTTCTGTATTACGTGACTTTGACACCATAGTTGACGATACTATTGATATGGATGTGGCATCATAAGTTGTCAGTGTTCCTGTTTCAGCAACTGTTACTGACTGAGCTGTAGTTGTGGTTTCAGCATCAGGTGCTGTTGTCATTGTGTCTGCATTAGTTGTTGACATTAATTGCACAGTTGAGGATAGCGGTGACGAGGATGTGACATCATAATCTGTTGTTGTTGCTACAGTCGTTGCCAGAGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003453 lncRNA downstream 733 40647644 ~ 40648145 (-) True XLOC_001393
TCONS_00003452 lncRNA downstream 310476 40333894 ~ 40338402 (-) True XLOC_001390
TCONS_00003451 lncRNA downstream 340253 40268545 ~ 40308625 (-) True XLOC_001389
TCONS_00003450 lncRNA downstream 492013 40156021 ~ 40156865 (-) True XLOC_001385
TCONS_00002282 lncRNA downstream 633296 40014400 ~ 40015582 (-) True XLOC_001381
TCONS_00003455 lncRNA upstream 564063 41223078 ~ 41260278 (-) False XLOC_001400
TCONS_00003456 lncRNA upstream 832286 41491301 ~ 41493481 (-) True XLOC_001403
TCONS_00003457 lncRNA upstream 873649 41532664 ~ 41533488 (-) True XLOC_001404
TCONS_00003458 lncRNA upstream 929140 41588155 ~ 41591134 (-) True XLOC_001405
TCONS_00002970 lncRNA upstream 940203 41599218 ~ 41608702 (-) True XLOC_001406
TCONS_00002295 mRNA downstream 40486 40572757 ~ 40608392 (-) True XLOC_001392
TCONS_00002294 mRNA downstream 129538 40352827 ~ 40519340 (-) True XLOC_001391
TCONS_00002292 mRNA downstream 236934 40336160 ~ 40411944 (-) False XLOC_001391
TCONS_00002293 mRNA downstream 307572 40336567 ~ 40341306 (-) False XLOC_001391
TCONS_00002291 mRNA downstream 422757 40218677 ~ 40226121 (-) True XLOC_001388
TCONS_00002296 mRNA upstream 74906 40733921 ~ 40735381 (-) True XLOC_001395
TCONS_00002297 mRNA upstream 250735 40909750 ~ 40911332 (-) True XLOC_001396
TCONS_00002298 mRNA upstream 253598 40912613 ~ 40914752 (-) True XLOC_001397
TCONS_00002299 mRNA upstream 333667 40992682 ~ 40994259 (-) True XLOC_001398
TCONS_00002300 mRNA upstream 483866 41142881 ~ 41192206 (-) False XLOC_001399
TCONS_00002278 other downstream 662718 39985905 ~ 39986160 (-) True XLOC_001380
TCONS_00002277 other downstream 665825 39982172 ~ 39983053 (-) True XLOC_001379
TCONS_00002266 other downstream 970958 39675706 ~ 39677920 (-) True XLOC_001374
TCONS_00002265 other downstream 1274967 39373802 ~ 39373911 (-) True XLOC_001373
TCONS_00002260 other downstream 1835460 38808689 ~ 38813418 (-) False XLOC_001371
TCONS_00002305 other upstream 564063 41223078 ~ 41239584 (-) False XLOC_001400
TCONS_00002306 other upstream 571800 41230815 ~ 41260278 (-) True XLOC_001400
TCONS_00002308 other upstream 652762 41311777 ~ 41311892 (-) True XLOC_001402
TCONS_00002309 other upstream 942020 41601035 ~ 41601152 (-) True XLOC_001407
TCONS_00002314 other upstream 1618508 42277523 ~ 42277650 (-) True XLOC_001412

Expression Profile

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