RNA id: TCONS_00003035


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003035
length 285
lncRNA type read_through
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_000137
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 10645264 ~ 10668028 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTTGTCGAGGTATGTAGATTGTTTCACTCCTCTCATAGTCGTCACTCTGAGCCAAACACTCCACGTACTTGCCATGAAACTGGGATAGCGGAAGTGTGATGTTGCTTGTAACAGTGGTTGAGCTGTCTTTGTTGTGGGTTGTGAAATCATCTGACCTGAAGTGCTTCAGCTCTTGTTCTCTGGATTTCCACTGGATTGTTGGAGCTGGTTTACCAGTGGCTGAACATGAAACCACAACTTCTGTGTCAGAAGTGTCTGCAGGATTCACTGCTGCTGTTATTTCTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00002812 lncRNA upstream 27334 10617524 ~ 10617930 (+) True XLOC_000136
TCONS_00003034 lncRNA upstream 182382 10462044 ~ 10462882 (+) True XLOC_000135
TCONS_00000233 lncRNA upstream 589961 10054408 ~ 10055303 (+) True XLOC_000126
TCONS_00002811 lncRNA upstream 693391 9946664 ~ 9951873 (+) True XLOC_000121
TCONS_00000220 lncRNA upstream 730634 9886955 ~ 9914630 (+) False XLOC_000120
TCONS_00002813 lncRNA downstream 112900 10780928 ~ 10787317 (+) True XLOC_000143
TCONS_00002814 lncRNA downstream 1265289 11933317 ~ 11933676 (+) True XLOC_000152
TCONS_00003037 lncRNA downstream 1378464 12046492 ~ 12048509 (+) False XLOC_000155
TCONS_00000280 lncRNA downstream 1504294 12172322 ~ 12181039 (+) False XLOC_000159
TCONS_00000284 lncRNA downstream 1516469 12184497 ~ 12187708 (+) False XLOC_000159
TCONS_00000250 mRNA upstream 148455 10378706 ~ 10496809 (+) True XLOC_000134
TCONS_00000249 mRNA upstream 148465 10378706 ~ 10496799 (+) False XLOC_000134
TCONS_00000248 mRNA upstream 196740 10378706 ~ 10448524 (+) False XLOC_000134
TCONS_00000246 mRNA upstream 320239 10318089 ~ 10325025 (+) True XLOC_000132
TCONS_00000244 mRNA upstream 330058 10305611 ~ 10315206 (+) True XLOC_000131
TCONS_00000252 mRNA downstream 15815 10683843 ~ 10696603 (+) False XLOC_000140
TCONS_00000254 mRNA downstream 52266 10720294 ~ 10739221 (+) True XLOC_000141
TCONS_00000255 mRNA downstream 103429 10771457 ~ 10776547 (+) False XLOC_000142
TCONS_00000256 mRNA downstream 103446 10771474 ~ 10776547 (+) True XLOC_000142
TCONS_00000257 mRNA downstream 439660 11107688 ~ 11117930 (+) True XLOC_000144
TCONS_00000247 other upstream 281413 10363720 ~ 10363851 (+) True XLOC_000133
TCONS_00000245 other upstream 321992 10318077 ~ 10323272 (+) False XLOC_000132
TCONS_00000236 other upstream 557739 10082478 ~ 10087525 (+) False XLOC_000127
TCONS_00000231 other upstream 587207 10051784 ~ 10058057 (+) False XLOC_000126
TCONS_00000253 other downstream 15967 10683995 ~ 10696328 (+) True XLOC_000140
TCONS_00000258 other downstream 712469 11380497 ~ 11380611 (+) True XLOC_000145
TCONS_00000259 other downstream 801508 11469536 ~ 11469650 (+) True XLOC_000146
TCONS_00000263 other downstream 1023720 11691748 ~ 11695168 (+) True XLOC_000148
TCONS_00000271 other downstream 1347088 12015116 ~ 12033278 (+) False XLOC_000154

Expression Profile

//