RNA id: TCONS_00002814


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00002814
length 360
lncRNA type intronic
GC content 0.30
exon number 1
gene id XLOC_000152
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 11933317 ~ 11933676 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aattctaaTGTTTAATTTGTACAAACAATTAAGTTGATTTGATGAATTTGTGTTAAGACAATGTGAAGGACGTCTTTTTTACAGTATTGTCTGTGAATGTTCAGCACGGAATTTTGATATTTACATTGTTACCAAATACCAAATACATATTATTCAAAAACGTGTCAAGCTATTTCAGTTGTAATTGTTCTCTATGGGacgaaaaaataaaaagagaaactcTGTAAAGCCTCTTTCCTCCATTCAGTGAAAGTGAATTTTTCAGGCAACAATGATGATCAAATAGAGCTTTATAAACGTGGTTCTTATAACCTGTGCATTGAAATCATGTAATATCCTTGTGTAAAGAttagacaaaaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00002813 lncRNA upstream 1146000 10780928 ~ 10787317 (+) True XLOC_000143
TCONS_00003036 lncRNA upstream 1252476 10645364 ~ 10680841 (+) True XLOC_000138
TCONS_00003035 lncRNA upstream 1265289 10645264 ~ 10668028 (+) True XLOC_000137
TCONS_00000251 lncRNA upstream 1269792 10662312 ~ 10663525 (+) True XLOC_000139
TCONS_00002812 lncRNA upstream 1315387 10617524 ~ 10617930 (+) True XLOC_000136
TCONS_00003037 lncRNA downstream 112816 12046492 ~ 12048509 (+) False XLOC_000155
TCONS_00000280 lncRNA downstream 238646 12172322 ~ 12181039 (+) False XLOC_000159
TCONS_00000284 lncRNA downstream 250821 12184497 ~ 12187708 (+) False XLOC_000159
TCONS_00000285 lncRNA downstream 252474 12186150 ~ 12187708 (+) True XLOC_000159
TCONS_00000292 lncRNA downstream 395867 12329543 ~ 12333372 (+) True XLOC_000162
TCONS_00000267 mRNA upstream 32897 11881559 ~ 11900420 (+) False XLOC_000151
TCONS_00000268 mRNA upstream 41298 11882186 ~ 11892019 (+) True XLOC_000151
TCONS_00000266 mRNA upstream 195722 11736420 ~ 11737595 (+) True XLOC_000150
TCONS_00000264 mRNA upstream 200187 11711226 ~ 11733130 (+) False XLOC_000149
TCONS_00000265 mRNA upstream 214296 11711503 ~ 11719021 (+) True XLOC_000149
TCONS_00000269 mRNA downstream 43750 11977426 ~ 11994710 (+) True XLOC_000153
TCONS_00000270 mRNA downstream 75997 12009673 ~ 12044390 (+) False XLOC_000154
TCONS_00000273 mRNA downstream 112868 12046544 ~ 12048509 (+) False XLOC_000155
TCONS_00000275 mRNA downstream 115553 12049229 ~ 12058439 (+) False XLOC_000156
TCONS_00000276 mRNA downstream 115555 12049231 ~ 12058134 (+) True XLOC_000156
TCONS_00000263 other upstream 238149 11691748 ~ 11695168 (+) True XLOC_000148
TCONS_00000259 other upstream 463667 11469536 ~ 11469650 (+) True XLOC_000146
TCONS_00000258 other upstream 552706 11380497 ~ 11380611 (+) True XLOC_000145
TCONS_00000253 other upstream 1236989 10683995 ~ 10696328 (+) True XLOC_000140
TCONS_00000247 other upstream 1569466 10363720 ~ 10363851 (+) True XLOC_000133
TCONS_00000271 other downstream 81440 12015116 ~ 12033278 (+) False XLOC_000154
TCONS_00000272 other downstream 81480 12015156 ~ 12031300 (+) True XLOC_000154
TCONS_00000274 other downstream 112915 12046591 ~ 12047368 (+) True XLOC_000155
TCONS_00000278 other downstream 138245 12071921 ~ 12077478 (+) True XLOC_000157
TCONS_00000299 other downstream 414682 12348358 ~ 12357076 (+) True XLOC_000164

Expression Profile

//