XLOC_012645


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012645
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 12030408 ~ 12033482 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00027063
tgTGGAATAAGTAGCTTACACTGGAAACGAGAAAAGGGACTTTTATTGAATCTCGTCACTTCCACCTCACTACAACAAACCAGAGTTCCCTTTGACCCAGCTGGAGTCAGAAAGGAAGAATTGGCATCTCTGCTTCAAAAAATAAAGAGTTGCAGGTACAGTAACCTCAGGAGAAATCAAATGGTGTTGACAGTGGTGTACGATGTTCAGCCGATGCCAAAGCCCAAACAACCTGCCAAGAGATGCCTGGCTCCAGTCTTTCATCAGTCTTTTCATGGCCATAAAGCAAAAACTCAATGACAAATAGATCTGCCAACTTGAGAATGAATTTGGCTTAAATGCAGTACTATGACTGCAAGCTAGCAAAACCAATGACGTATTAAATTATTGTTGATGGTGATGGGTTACAGgtataatttttacaattttagaatatgtaaaataatagtaaataaaaacagatgaaatATGACAACCAAGCTAAAAGGTGGagaacaattttaatttaaaacacgaAATACAGGTAAACAAATACGATATACAGATTGTCAGCTATATAATGTAATAAGCCCATGTGCAAATGGCTTGATTTGGTCCAACTGTGTTACACTTAAAAATGACATGCATTATATGGCACAGCTAAGGCAGGAATGGCTCTGACTGTATGCAACTGTAATAGCTGACTTAATAGGCCTATGAACTGTATAAtcatgtaaaattataataaacatgtaatgATTG
>TCONS_00027064
CTGGATTTTAAGATCTCCGAAGATCATTTATACAGATAATATTTCAACATGTGTCCATCAGAGTTCCCTTTGACCCAGCTGGAGTCAGAAAGGAAGAATTGGCATCTCTGCTTCAAAAAATAAAGAGTTGCAGGTACAGTAACCTCAGGAGAAATCAAATGGTGTTGACAGTGGTGTACGATGTTCAGCCGATGCCAAAGCCCAAACAACCTGCCAAGAGATGCCTGGCTCCAGTCTTTCATCAGTCTTTTCATGGCCATAAAGCAAAAACTCAATGACAAATAGATCTGCCAACTTGAGAATGAATTTGGCTTAAATGCAGTACTATGACTGCAAGCTAGCAAAACCAATGACGTATTAAATTATTGTTGATGGTGATGGGTTACAGgtataatttttacaattttagaatatgtaaaataatagtaaataaaaacagatgaaatATGACAACCAAGCTAAAAGGTGGagaacaattttaatttaaaacacgaAATACAGGTAAACAAATACGATATACAGATTGTCAGCTATATAATGTAATAAGCCCATGTGCAAATGGCTTGATTTGGTCCAACTGTGTTACACTTAAAAATGACATGCATTATATGGCACAGCTAAGGCAGGAATGGCTCTGACTGTATGCAACTGTAATAGCTGACTTAATAGGCCTATGAACTGTATAAtcatgtaaaattataataaacatgtaatgATTG
>TCONS_00026874
cagaaaGACACAGCACtccattaaaataattaactatGGTTTAATCATAGTAAACGTTTATTAACCATCATAAATTGCACATTATCTTTTGTATTACAGATTTACTACAGATTAGGTGTAATAATTTATGGATTGTGTATCAGAATCGTGGTGAATTTGCGTAAACATTCATATACACAGAATATGTTTTTGTGCTTCTGTCTCAGAGTTCCCTTTGACCCAGCTGGAGTCAGAAAGGAAGAATTGGCATCTCTGCTTCAAAAAATAAAGAGTTGCAGGTACAGTAACCTCAGGAGAAATCAAATGGTGTTGACAGTGGTGTACGATGTTCAGCCGATGCCAAAGCCCAAACAACCTGCCAAGAGATGCCTGGCTCCAGTCTTTCATCAGTCTTTTCATGGCCATAAAGCAAAAACTCAATGACAAATAGATCTGCCAACTTGAGAATGAATTTGGCTTAAATGCAGTACTATGACTGCAAGCTAGCAAAACCAATGACGTATTAAATTATTGTTGATGGTGATGGGTTACAGgtataatttttacaattttagaatatgtaaaataatagtaaataaaaacagatgaaatATGACAACCAAGCTAAAAGGTGGagaacaattttaatttaaaacacgaAATACAGGTAAACAAATACGATATACAGATTGTCAGCTATATAATGTAATAAGCCCATGTGCAAATGGCTTGATTTGGTCCAACTGTGTTACACTTAAAAATGACATGCATTATATGGCACAGCTAAGGCAGGAATGGCTCTGACTGTATGCAACTGTAATAGCTGACTTAATAGGCCTATGAACTGTATAAtcatgtaaaattataataaacatgtaatgATTGCTGTTGCTTTCAATTTTAGGCATTTCCTTTAAATTGccctagatagatagatagatagatagacagacagacagacagacagacagacag

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00027063 False 741 lncRNA 0.36 4 12030408 12033392
TCONS_00027064 False 719 lncRNA 0.36 3 12030663 12033392
TCONS_00026874 True 954 lncRNA 0.35 2 12032452 12033482

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012644 si:dkeyp-2c8.3 coding upstream 57149 11970987 ~ 11973259 (+)
XLOC_012643 tmtc2b coding upstream 120936 11858397 ~ 11909472 (+)
XLOC_012642 CABZ01026684.1 coding upstream 199388 11830905 ~ 11831020 (+)
XLOC_012641 NA coding upstream 336140 11661577 ~ 11694268 (+)
XLOC_012640 PRMT8 coding upstream 480502 11506561 ~ 11549906 (+)
XLOC_012646 bicd1a coding downstream 24921 12058403 ~ 12118907 (+)
XLOC_012647 fgd4a coding downstream 114489 12147971 ~ 12229524 (+)
XLOC_012648 NA coding downstream 326997 12360479 ~ 12362826 (+)
XLOC_012649 NA coding downstream 418672 12452154 ~ 12462510 (+)
XLOC_012650 NA coding downstream 546967 12580449 ~ 12654645 (+)
XLOC_012639 BX936417.1 non-coding upstream 573078 11457213 ~ 11457330 (+)
XLOC_012638 NA non-coding upstream 761059 11264335 ~ 11269349 (+)
XLOC_012635 NA non-coding upstream 1288245 10713532 ~ 10742163 (+)
XLOC_012652 NA non-coding downstream 908318 12941800 ~ 12942020 (+)
XLOC_012654 NA non-coding downstream 1100175 13133657 ~ 13159754 (+)

Expression


Co-expression Network