XLOC_012918 (CR405715.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012918
gene name CR405715.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 33622917 ~ 33626850 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00025746
CTTTTTTAGGTAATTCTGAGATGTacccagccggcacacgaccgaccttcaacgttgaaatatggttgaaataaggtcagatgtgttttgaacgttgaaataatgttgatagaacgtttaatgttgaacggttgaaaaacagcctgcatatgacaaggcttcaacgttgaaatgtggttgaaaatacgtcagtagttgctttaatgttgaaaaaatgttgaatgataaatggttgaaaaaagttacagaaatccttgtacaaatcaacgttgacattttttttatcatgatctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcggaggactaggcgcacgcggccacgcgcagtgcttcacttcacttaattacgaacaactgacctgcagtgcagcagaattcagagagatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgaggggCATCAAGAACACGCAGATGGCCTAAACCTGTGTCAGCCTGGACTGACTGCAGTTCTGCTATTCCACGccaaggcttttgtatggatgtctgactactactgtgttctctaaaggttttctggaagctccatttgaggtcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactaatacggtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaacagcatcctttacagtgaaatttgtgttcataaaagatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgttcgcctttgccacaacaggtcatggtgtgtgcatactgctcgtagtaaacacacatgctgatctgatgcgggagagatatacgcaaacacatttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacattttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggactattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtacttaataacagaacctatatgaacagttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataatggaataacaaattgcttttactgttgtgtttgtgagagagaatcaaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtactttatgcaaaaaaaaaaaaactactaaatatttagcatgcagacctgcaaagtgaaggagtaatgtcaggtttagattatagcatgagttttcactattgtgaaagtgaagccattcattcacaatagcaaacctcattattgattttgaaggaaactcacctggtgtttgagaaataaatatgtatttaactgctagactgatatagatgtttaagtgttttacacttgattctTTGTCCCAGTGCCATCTTTTACCTTAAGTTTTTctctcaacctataaaacctcaaacagatgtaatgtatttcacttttgattcttagttgtgagtgatgttttttatttttattttttttactgcagccactttaaaaatgggtattttgtaaactttgtaaacggaattgtattttggagactgtgatggttgaagcgtaatttagttacttagtttaatttagttagtatctgtctttctgaagacggtaacactttacaataaggttgtattagtaagtgttaatgtatttactaacatgaacaaagaacaatgaagcatctttcatataaagaaagtacagttcatgtcagctcagtgcattaatgttaacaagcatgcattttgattttaatagcatcgggacatatttcaattaattaaatgattaataaatgctgtacaagtatttgttctttgttcatgttagtaaacattaactaactttaattcatgaaacctaattaaaaagtgactatttaattggatgcctttttctgtatttgagcatgtatagtaacctgcatggttttaa
>TCONS_00025747
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>TCONS_00027129
ctaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtaagtttactttagctttaactaagctatctgttaaatcttcttgatgctttggttggtgatattctctttctaatctgtttgtttattgattgttaggctatgttgtgatattatattgttatattgatattattattgtgaaatcatgttgtgatgttatactatatgtgacagtattggggaacaaatatgtatttagttagaaattaatgcttaaattacactttgtatagtagcagataagaggtgtaatgggttttaattttctgggttttctggaaggtccagttgaggggCATCAAGAACACGCAGATGGCCTAAACCTGTGTCAGCCTGGACTGACTGCAGTTCTGCTATTCCACGccaaggcttttgtatggatgtctgactactactgtgttctctaaaggtattactggagcaaaacaacagcacctgttacagtgaaatttgtattcataaaaatagtgatacatgtgtagcaggtccagtacatgtgatctcattgagaagttgtttttattaaatgtccttaaaacaaataaataaacataccatttaaataaatctaaatattaaaaacttgaggattaagatgAGAAATGAAATTAATCATCTGTCTTGCGAAAGGGGTGTActtaagaattctggtgtttTCCAACTGAAAAAGATAGTTCAaccaagaatgaaaatttactcacattttactccccaaatggtttaaaaccattatgagtttattttgttgaacaaaaaaagaggctattctgaaaaaaaaactaaaaacctgtaaacattgacctccatagtagaaaaaaaatactatagaagtcaatggttatagatttgcagctttcttcaaaatatcttcttttgtgttaaacgtggtcagtaaatgacgacagaataaacattttgaactattcctttaattatctgtcctacatgcagacttttgtagaagtgctactccttctagagtttttctcaaccatatgtctaaaaagcttcaaacagcttttacagtacatgtaatggtttacaacaacttgtaattattagatgtgttgaatgtttcatgattctttactgcagcctttgttaaaaaaaaatgtaatttttttgagaatctgaaatttgaattctggaaatgctggcaccggtggtggcgaagggcttcctgacgatatcacacctaattcttcacttctcttagttaggaatattcagatggatgagtcaaaattattgagtgtgacgatattataggacaaatttggattcaataaaaaataaatatttgaatttcactttgtataatagcagacaccaacttagttgtaacctcgtatttcacttattgcaggttttctggaagctccatttgaggtcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactaatacggtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaacagcatcctttacagtgaaatttgtgttcataaaagatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgttcgcctttgccacaacaggtcatggtgtgtgcatactgctcgtagtaaacacacatgctgatctgatgcgggagagatatacgcaaacacatttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacattttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggactattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtacttaataacagaacctatatgaacagttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataatggaataacaaattgcttttactgttgtgtttgtgagagagaatcaaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtactttatgcaaaaaaaaaaaaactactaaatatttagcatgcagacctgcaaagtgaaggagtaatgtcaggtttagattatagcatgagttttcactattgtgaaagtgaagccattcattcacaatagcaaacctcattattgattttgaaggaaactcacctggtgtttgagaaataaatatgtatttaactgctagactgatatagatgtttaagtgttttacacttgattctTTGTCCCAGTGCCATCTTTTACCTTAAGTTTTTctctcaacctataaaacctcaaacagatgtaatgtatttcacttttgattcttagttgtgagtgatgttttttatttttattttttttactgcagccactttaaaaatgggtattttgtaaactttgtaaacggaattgtattttggagactgtgatggttgaagcgtaatttagttacttagtttaatttagttagtatctgtctttctgaagacggtaacactttacaataaggttgtattagtaagtgttaatgtatttactaacatgaacaaagaacaatgaagcatctttcatataaagaaagtacagttcatgtcagctcagtgcattaatgttaacaagcatgcattttgattttaatagcatcgggacatatttcaattaattaaatgattaataaatgctgtacaagtatttgttctttgttcatgttagtaaacattaactaactttaattcatgaaacctaattaaaaagtgactatttaattggatgcctttttctgtatttgagcatgtatagtaacctgcatggttttaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000092510

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00025746 False 2331 processed_transcript 0.35 4 33622917 33626850
TCONS_00025747 False 2297 lncRNA 0.35 3 33623312 33626850
TCONS_00027129 True 3109 lncRNA 0.33 1 33623742 33626850

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012917 olfcq15 coding upstream 23717 33591704 ~ 33599200 (+)
XLOC_012916 olfcq14 coding upstream 36213 33580391 ~ 33586704 (+)
XLOC_012915 olfcq13 coding upstream 45693 33570170 ~ 33577224 (+)
XLOC_012914 olfcq12 coding upstream 61178 33557125 ~ 33561739 (+)
XLOC_012913 olfcq11 coding upstream 69020 33550667 ~ 33553897 (+)
XLOC_012919 olfcq16 coding downstream 26126 33652976 ~ 33656425 (+)
XLOC_012920 olfcq17 coding downstream 48814 33675664 ~ 33679254 (+)
XLOC_012921 olfcq18 coding downstream 58269 33685119 ~ 33689274 (+)
XLOC_012922 NA coding downstream 98726 33725576 ~ 33731615 (+)
XLOC_012923 CU463109.2 coding downstream 108485 33735335 ~ 33747115 (+)
XLOC_012909 BX649633.1 non-coding upstream 178660 33443264 ~ 33444257 (+)
XLOC_012896 NA non-coding upstream 454826 33165613 ~ 33168091 (+)
XLOC_012885 NA non-coding upstream 710316 32906489 ~ 32912601 (+)
XLOC_012884 NA non-coding upstream 725555 32896576 ~ 32897362 (+)
XLOC_012878 NA non-coding upstream 1085472 32536584 ~ 32537445 (+)
XLOC_012928 NA non-coding downstream 401422 34028272 ~ 34048667 (+)
XLOC_012935 NA non-coding downstream 1315878 34942728 ~ 35038409 (+)
XLOC_012936 AL935279.1 non-coding downstream 1446126 35072976 ~ 35074637 (+)

Expression


Co-expression Network