XLOC_014252


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_014252
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 41837751 ~ 41841201 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00030031
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>TCONS_00030032
gcaaattaaaacaataaaccaAGCACAAGAATGTTCCATATGTTTAATTCCAAAATAACTGATGACAAAACTGAAGATATTTACAGCACATATCGCGTAAAACACTTATGGTTTCTGTACAAAGAAATATACACATGCAGAAAAAAGCTAAagtataaaataatcaaaataaaatgagtCTAAAATGAtaatacatacattaaaaatacaatgccaTCAGAACTAAAATCAGACATTCaatgagagagaggaaaaaaaagtatCCAGTCCAAGTTCCCACGCTGTAAAGGCATCTGTACAACTTTACAATGACAAATAAATTAGGGGACATGATATGGGTCTGTACAGATGAAAATCAACAATTCCTACCGGGAAAGTGTCGCCGTCCACCGCTTGAAACATTTCATAcgcctcaaaatataaaaatgaacataaaaaaaactgatgGAGAACGCGAGCAACAGGCCAATGTTTACAGACTGCAATATCACTCCAGtgacgataaaaaaaaaaatagtcgaaTCTTACGACTAACCTCGGAACTAAAAAAAAGGACTTTAAACTATCAATATGACAAGATAAATATCATAATTTAAAGGCTTCACATTATTTGTTCATAACATCCTGCTATTCTGAAATTATTTCCATATCTAGTCTAAACTGGAGGTGCGCTTCGCAATCAAAAAACGAAACAAATCtttgaaatgtcaataaaacGGACACCGAATTACAAAACTAAACAACTCATCCCAATGTAAAGCTATGTAAACAACCGGTCACATCTATGAAGCGTTATAAGAGTGTCggaaacagaaataaacaaaactaattctCATAAAGCATGGAGAGCTTTGGCATATATCTCAACAGAAAAGTGACTAGCGTAAGTGCCAAGTAAAGAGGACAGGGCGTTTAATACTTAACCGAAAATACCAGCTTCAATAAATAACAGCAGAACTGATTCTACGTCTTTATTAAAGGTTTAACGGATGTCTTCAATAAATAGTCGCATAAACTGTCGAAGCCGCAACATTGCACATGGAAAGAACCAGAAAGGAGTGCGTTTACAGTATTCAGTCATTGTTCGATGTTGTCCTGCCGCCGTATGGCTTTCGCCGCCATcgttattaaaaactaaaaagagAAACGTCAGACGTGTAGTATAGAATAAGGCGTATACATCTGTAGATTGCACAACACAATTTGTTCTAGTCgtagtaaataaacaaattggCAACACTTAtttaactacacactatgaatgatttaagcattagcaaatagttcattcattatttgttaagtattAACTCTAACAGATACAAAGGCTGTATTTCTGACTTTATAACGTGCTTAATgactgtattttcatacttaattgttaattattaatttagatcagtgtttctcatccatgttcctggaggaccaccagctctgcagattttccatgtctctttaaccaaacactcctgatttagatcatcagctcctcatcagagactgaaagagctgaaatgggtgtgacagacaaaagagacatccaaaacacgcagtgctggtggtcctcaaagaacatggttgagaaacactgatttaaagcgTAGGTCTCAATTCAGCTGATCCAAAAAAATCAAGGCGTTCAAGACGACTAGGGACTATTACGCAGGTATGAATTGGatgtggttggagctaaactgtgcagagctgcagccctccagggtttgagtttgagaccattgatttGAAGTATCGCATTTTTTACAAACTAGTATGGCGTTTTTTCACTGACAAACGTcttgagcgcagtattacaagtcgagagcACATTCATGTAATAAGAGCGAGCTGAAAAAAGGACTTTAAACTATTAATATGAAAAGGTAAATATtatcatttaaaggcttcacaatATTTGTTCATGATATCCTGCTATGTTATTGGGTTCGTGGGCCCTTAATAACATCTCTGGGGGCCCCCAAGGTACGTAGGCTCTTTGAATACTCCAAACTTCTCCCGCCCATAAGCGACGCCCTTGTGCGCACTCAAATTGGGGGTCGCAGCCTAAAATGAAAAGCCTGGGGCTGGGTTCATGGGCCCCTAATAACATCTCTGGGGGCCCCCAAAGTAAATGGGCCCTTAAAATCATCCAATCTGCCGGACCAATCACGaaccaataataaaatatttaaatgttgatttgCATAGTTTATTGATCGTTTAATAGCTCATTCTGAATGATTGTAAAAGCCattaactactcttaaatacaaaggGTTTGTAAATAACGCAATACTGAACTTAATGATGAACGTTTAATTAGTTAATGAAGAATGAAAACACAACCTATTTTTAAACATCTAGTTTGTAATAAATGCGATCCCTAaatcagtggtctcaaactcaactcctggagggccgcagctctgcatagtttagctgcaacTACCTAcatctcacacctgcttaatagacTCTAGTAGACTTGAACACCTTggttagttggatcagctgtgtttgattagggttggtgcaaaactgcagagctgcggcccttcaggaatccagtttgagacctttgctttaaatataattattaacaaagcatgaaaatacaatcattaagcatgTTCTAAGtcaagaaaatgtatttataaactgcttactaacatctattaatgtcgAGTtcatgcttaacagataatgaattcactctttgctaatgcttaataaatgattgacagtgtgtagttattataaagttaccaacaaaacaaatttaacttGCATTCGGTAAAAATTTTGCAGctaaatatcatcatcatcatcattgtcgTTGTTGAATTAAGCAACTAATTACACTAGTAGACCAAAACAAGCTTTCACttaaaattcattcatgttttttgttatttttttgt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00030031 False 3241 lncRNA 0.37 2 41837751 41841201
TCONS_00030032 True 2921 lncRNA 0.36 2 41838071 41841201

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_014251 tinagl1 coding upstream 8030 41769135 ~ 41829721 (+)
XLOC_014250 gatad2b coding upstream 113505 41701660 ~ 41724246 (+)
XLOC_014249 si:ch211-57n23.4 coding upstream 240287 41551335 ~ 41597464 (+)
XLOC_014248 crtc2 coding upstream 297179 41520892 ~ 41540572 (+)
XLOC_014247 si:ch211-57n23.1 coding upstream 323942 41509956 ~ 41513809 (+)
XLOC_014253 si:ch211-13c6.2 coding downstream 206226 42047427 ~ 42068989 (+)
XLOC_014254 nfyc coding downstream 229832 42071033 ~ 42119699 (+)
XLOC_014255 NA coding downstream 286722 42127923 ~ 42140654 (+)
XLOC_014256 kcnq4 coding downstream 301180 42142381 ~ 42218821 (+)
XLOC_014257 CU896644.3 coding downstream 347789 42188990 ~ 42189104 (+)
XLOC_014244 NA non-coding upstream 599223 41233808 ~ 41238528 (+)
XLOC_014243 NA non-coding upstream 646232 41187812 ~ 41191519 (+)
XLOC_014238 CR749767.1 non-coding upstream 879135 40958500 ~ 40958616 (+)
XLOC_014234 NA non-coding upstream 1100767 40692428 ~ 40736984 (+)
XLOC_014230 NA non-coding upstream 1504657 40328712 ~ 40333094 (+)
XLOC_014261 BX571688.1 non-coding downstream 496116 42337317 ~ 42337431 (+)
XLOC_014264 BX950855.1 non-coding downstream 664773 42505974 ~ 42516134 (+)
XLOC_014265 NA non-coding downstream 677376 42518577 ~ 42547204 (+)

Expression


Co-expression Network