XLOC_017508


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_017508
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 36845114 ~ 36851296 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036630
caaagaagCAGTACATCAACACATTTAATTCACAGCAATTCATATATTTCTTAATCTGTTAATTAGGTAGATGGATGTGCCAATCGTTAATGAATGTTTTAGTTCCTGTTGCATTAACTGGTATCTCATGATCTGTGCtagccgattcgaatgttatcattggattgaatgggcgttatcagtggttatcagctgatagatacaGTATGGGCcaagtaggggccttctgcgcccaCTGGTAGACTCAGaaagctgttatcatccatccacatggttaatcagttatagatcacatatggctgcCTGTGGCGGAAAGTTAACGAGaactatatatattatttattagatttcccaataattgtattttattaacatctaccccaacccacACCGAACCATCAGagcaatgtaaaaacagatctggatctacAGTCTTCTCTTTTAGTATAGCTAATTAACCATATGGATGGATGagaacagccttctgagcctaccagtagacactgaaggcccctactggcccatatctatcagctgataaccactaataacgcccattcaatcgagtgataacattcaaagcgggTGTCAATATTTGAAAGTGTTGCCATTCATCTTAGTTTGATCAATTTCATAATTAAAAGATGTATTTGTAACACTGAAAGCATGTGCAAACAATAAGCAACTTAATTTGTATTGATTAAAATGCACAATGTTTAATAAAGGCTGTGAAAATATATTACTCACAATTAGATCAAATGAGTTAACATATTAAagtgtagttcactcaaaaattaacattgttattaattactcatccttATGTTGTGCTGAGGCCATTCATCAtcgtaaaaaaaaatgaagatattttaggtgaattCTGAGAGTTTAGTCATCATACATAGACAGCAATATTCCTGACATGTTCAATAGTCCAGAAAAATAGCAAacaacatcctcaaaacagaccatatgccttcagtggttcaaccgGAAAATTAACaagctacaagaatacttttgtgcacacAAAAATACCTACTTTATATAAATTTAGGGCATGCGTTCACATGTTATGTGCTGGTGTGATGTATTACCCCAGATGCAAGGAAGTTGTGTGTGGGTCCCCGGGGGATATAAGTTGAGCAATATACcggggggaaataagtattgaacatgtcactttttttacagaaaacatatttctaaaggtgctgttggtttgaaattttccccggatgttggtaacaactgaAGAAAtcaacatatgtaaagaaaacaaatctaattagtttccAAGGgaagtgtagaaaggcagtgaaagcccagacaggaATTGAAATCACTCTATAGTTATTTATCAATCCtttgcccttcctcattgtaaatgaatattagctgcttcagttcaacatctacattatcaggaatATGAAGTTGAAACTAGGGTGGACCTTTTAGCAAAAAAATGATCTATTGTAAAACATAGCCaaaaaaactctcaaatgctttcaaagaaagaaaatcaagctgtagaatggcccagccaatcacctgacttaagtccaatagaaaatacaaattaaagatcagatttaatagatgagacccacagaaccatcaagatttttacactcggCTGAAATCTGTGAAAAAATCGCCCCTGAGCAATTCATgtaacttcattctccatatgagaggcgtctttaagctgccataaccaaaaaagccttttatataaagtattaaatacatttcagaagTTCACTACTTtcttcttgtgtcatttcattgttattacacataacttattattcagttttgtttttttagttttttaaaatatttttatgtttgtattgtttggtttttaccaaaatctggttcaattctatGTAAACAGCTTCTTTAGTAGgattattcccagaaaaaaacaTAACGTTCAATGCTTATATTCCCCGCtgtactgacactgaggagaaactGTTCAATGAGGTTGTTGTGTTTGTTATATATGTGTACAAATGTACTTAGTTTGATAATATtttgattgaaccactgaagccATATGGACTGTTTGAGGGTCTGGACCTCAAAGGAATATTtggatgaactaaccctttaactatTGTCAATAAATAAGACCCATATAACTAATGTCTTGGTATGAGCAAATTTGCTAGAATCGTCAAACGTAGATGTTTATTTGTGGGTGCTGAGAGAAGTccgtacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaaaaaatccatATTACATTGAGAAAACCAGGACTTCATCATTGAAGTAAACTTTCTTATAAGAAAGTAGTCTATGACCAGTCTATCATCTTCAGTATGTAACGTATAACTAGTGTATAGGAAGACGCAGGTCTAACTACAAAAACAGACTGATcttgaaatcattaaaaaaaaaaaacttattgtatAGTTTATTTCAGCTTAGCTTTTATTTGGGCCTTTGGCAGCACCTTTCTTCTTAGCAGGAGTTTGTTTTTTAGGCTGGGCTTTGCTTGCCTTCGCTTTGGCGTCTTGGGATTTCGGGGCTTTGGGTTTTATCGCTGATGCTTTGGCTCCCTCAGATACAGCTGTGGCTTTCTGAGTGTCCTCTTCCTTAAGTGGCTCTTGTTTGGGTGGCTCCGGTTCAGGTACCTCAGGTTTAACAGCTTCATCTTTGCTCTCTTCTTTCACGACAGGCTTTGGCTGAGCGGATTCCTGTTTGAACGTGTCTTCTGCTTTTTTCACCTCTTCCTGTCTTGGTTCCTCTTTGGCAGACTCTGGTTTTCCTGCCTCTTGAGGAAGTTTGGACTCTACCTCAGGTTTGGTGAGTTCAGGAATTGTTGGTACTGATGGCTTCTCTGTATTCTGTTTCTCAGTGGTAGAGGATTTAACTTGTGTTGATTTTGGTTTATCCACTAGTTTCAGAGTTTCTTCAGGAAGTTTGGATTCCATCTCAGGTTTGGCATCTTCAAGAATGGTTGGTATTAAAGGCTTCACTGCGTTTACAGCAACCTCTGGTTTCAGATCTTCTGTGATAGATTTCTCTTCTGTTGATTCCAGTTTATCCACTGGTTTGGTGTCTTTTGGAAAAGGCTCTGGAGGAATTTTGGATTCCGTGTCAGGTTTGGTGGTTGCAGGACTTGTTGGCTTCTTTTCAGTGATTGTAACTTTTATGGTAGAGGATTCATCTTGTGTTGATTTCAGTTGATCAACTGGTTTGATGGACTCAAGTTGGGGAGCTTCAGGAAGTTTGGAATCCATCTCAGATTTGGTGGCTGTGGGCTTCTCTTCAATAACTTTTGTGGTAGAGGATTGCTCTTGTGTTGATTCCAGTTGATCTGCTTGTTTGATTGACTGAGCCTCAGGAATTGCTGgactgtctttttctttttcctcaTCCTCGCTATCAGACTCTCCAGCAACATCTGGTATGGGATTTAGCAGGGAAGCTGCAAAATCCTGTAAACGAACCTGTTCTGCTCGCAGCTTCTCCATCTCTGCAGTCAACATGGGATTGGGAGTCTGGACGAGCTCTGGAAGTTCATCTATCGGTGGTATGTCCACCACAGGTGCTGCCGTCATCTTCTCTGGGAACCGTATCTCTTTAATCTTGGCGTACAAACTTTTCCTTTCATCCTGCAATGCTCGACAGAGTGTCTCCAGACGGTCGATTTTCAGTGTGAAGAGCTCAAACTCTTTGCCCTTTTCCGATCTCTGTCAGAAAGGAAGTAATCGGTTAGGAAGCAAAAAGATAATGGTCAAGTGCTGACAAGTTAATGTGTGTTATTCACCTCGTCAATCATTTCCACAAGCGCTTTGTTGCAGCTTTCAAACCGCGTTTTCCATGTAGTGGACTCCTTTTCCAGCTTTTTCATCTTCTTTGTCATCTGTTCGCGTGAAAACAAGATCAACATTTTGTAAAAACCTTTCACTTTGTTCAATgctaaaaagtctttaaatacTTTTAAGAAGCATTTCTGACAAATTTTCCTAGGTGAAATGTCTGAAGCTAGAATCATTTCCTAAAAACAACActacataaaatatttatattcatctTCAAGGAAAGTATATTTAATATgagtacagttttttttactgcaCTTGCAGGTTTGTTCACATTTTTGAAGTAGATAATGTAATGGATAACAtgctagaccaggggtgctcaatcctgttcctggagatctaccttcctgtacagtttagctcctaccctgttCAAAcccacctaaaccaattaattaggacctgaaatccacttgataattacagacaggtgtgtttgataagggttgcaactgaaatctgcactaaggtagatctccaggaacaggattggccacccctgtgcTAGACGCATtttctggccactttattaggtacaccttactagttccgggttggacccctttgccttcagatctgTCTTTATCCTTCTTGGCATAGTTTTAAGAAGgcactgtaaatattcctcagagattttagtccatattaacatgatagcatcacacagttgctgtagatttgtcttctgcacatccatgatgcaaatctctcgttccaccacatcccaatggtgctctattggattgagactgGTGACTGAGGAAGCCATTtaagtaaagtgaactcattgtcatgttcaagaaaccagtctgagttgattcgcactttatgacatggcacattattctgctggaagtagccatcagaagatcagtacactgtggtcataaagggatgaacatggtcagtaacaatactcaattggtactaatgggccaaagtgtgccaagaaaatatccctcaaacattacaccaccaccaccagtctgaatcGTTAATACAAGGCATGATGGAtcgatgctttcatgttgttaacaccaaattctgactctaccatctgaatgttgcagcagaaatcgagactcatcagaccaggcaacatttttccaatcgtctattgtccaattttggtgaacctgtgcgaattgtagtttcctgttcttagctgacaggagtagcaccctgtctggtc

Function

GO:

id name namespace
GO:0004591 oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036630 True 5058 lncRNA 0.39 2 36845114 36851296

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_017507 heca coding upstream 6040 36820965 ~ 36839074 (+)
XLOC_017506 abracl coding upstream 26919 36806398 ~ 36818195 (+)
XLOC_017505 NA coding upstream 48608 36790939 ~ 36796506 (+)
XLOC_017503 ncoa1 coding upstream 52404 36682051 ~ 36792710 (+)
XLOC_017504 NA coding upstream 129295 36714903 ~ 36715819 (+)
XLOC_017509 NA coding downstream 9441 36860737 ~ 36910951 (+)
XLOC_017510 NA coding downstream 74494 36925790 ~ 37207373 (+)
XLOC_017511 BX855623.1 coding downstream 405358 37256654 ~ 37280782 (+)
XLOC_017512 cx23 coding downstream 442816 37294112 ~ 37298274 (+)
XLOC_017513 vta1 coding downstream 449000 37300296 ~ 37379578 (+)
XLOC_017500 NA non-coding upstream 541008 36302797 ~ 36304106 (+)
XLOC_017499 BX000468.1 non-coding upstream 564950 36280048 ~ 36280164 (+)
XLOC_017496 NA non-coding upstream 864662 35857399 ~ 35980452 (+)
XLOC_017515 NA non-coding downstream 643792 37495088 ~ 37605125 (+)
XLOC_017520 NA non-coding downstream 984830 37836126 ~ 37842006 (+)

Expression


Co-expression Network