RNA id: TCONS_00036630


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00036630
length 5058
lncRNA type antisense_over
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_017508
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 36845114 ~ 36851296 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

caaagaagCAGTACATCAACACATTTAATTCACAGCAATTCATATATTTCTTAATCTGTTAATTAGGTAGATGGATGTGCCAATCGTTAATGAATGTTTTAGTTCCTGTTGCATTAACTGGTATCTCATGATCTGTGCtagccgattcgaatgttatcattggattgaatgggcgttatcagtggttatcagctgatagatacaGTATGGGCcaagtaggggccttctgcgcccaCTGGTAGACTCAGaaagctgttatcatccatccacatggttaatcagttatagatcacatatggctgcCTGTGGCGGAAAGTTAACGAGaactatatatattatttattagatttcccaataattgtattttattaacatctaccccaacccacACCGAACCATCAGagcaatgtaaaaacagatctggatctacAGTCTTCTCTTTTAGTATAGCTAATTAACCATATGGATGGATGagaacagccttctgagcctaccagtagacactgaaggcccctactggcccatatctatcagctgataaccactaataacgcccattcaatcgagtgataacattcaaagcgggTGTCAATATTTGAAAGTGTTGCCATTCATCTTAGTTTGATCAATTTCATAATTAAAAGATGTATTTGTAACACTGAAAGCATGTGCAAACAATAAGCAACTTAATTTGTATTGATTAAAATGCACAATGTTTAATAAAGGCTGTGAAAATATATTACTCACAATTAGATCAAATGAGTTAACATATTAAagtgtagttcactcaaaaattaacattgttattaattactcatccttATGTTGTGCTGAGGCCATTCATCAtcgtaaaaaaaaatgaagatattttaggtgaattCTGAGAGTTTAGTCATCATACATAGACAGCAATATTCCTGACATGTTCAATAGTCCAGAAAAATAGCAAacaacatcctcaaaacagaccatatgccttcagtggttcaaccgGAAAATTAACaagctacaagaatacttttgtgcacacAAAAATACCTACTTTATATAAATTTAGGGCATGCGTTCACATGTTATGTGCTGGTGTGATGTATTACCCCAGATGCAAGGAAGTTGTGTGTGGGTCCCCGGGGGATATAAGTTGAGCAATATACcggggggaaataagtattgaacatgtcactttttttacagaaaacatatttctaaaggtgctgttggtttgaaattttccccggatgttggtaacaactgaAGAAAtcaacatatgtaaagaaaacaaatctaattagtttccAAGGgaagtgtagaaaggcagtgaaagcccagacaggaATTGAAATCACTCTATAGTTATTTATCAATCCtttgcccttcctcattgtaaatgaatattagctgcttcagttcaacatctacattatcaggaatATGAAGTTGAAACTAGGGTGGACCTTTTAGCAAAAAAATGATCTATTGTAAAACATAGCCaaaaaaactctcaaatgctttcaaagaaagaaaatcaagctgtagaatggcccagccaatcacctgacttaagtccaatagaaaatacaaattaaagatcagatttaatagatgagacccacagaaccatcaagatttttacactcggCTGAAATCTGTGAAAAAATCGCCCCTGAGCAATTCATgtaacttcattctccatatgagaggcgtctttaagctgccataaccaaaaaagccttttatataaagtattaaatacatttcagaagTTCACTACTTtcttcttgtgtcatttcattgttattacacataacttattattcagttttgtttttttagttttttaaaatatttttatgtttgtattgtttggtttttaccaaaatctggttcaattctatGTAAACAGCTTCTTTAGTAGgattattcccagaaaaaaacaTAACGTTCAATGCTTATATTCCCCGCtgtactgacactgaggagaaactGTTCAATGAGGTTGTTGTGTTTGTTATATATGTGTACAAATGTACTTAGTTTGATAATATtttgattgaaccactgaagccATATGGACTGTTTGAGGGTCTGGACCTCAAAGGAATATTtggatgaactaaccctttaactatTGTCAATAAATAAGACCCATATAACTAATGTCTTGGTATGAGCAAATTTGCTAGAATCGTCAAACGTAGATGTTTATTTGTGGGTGCTGAGAGAAGTccgtacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaaaaaatccatATTACATTGAGAAAACCAGGACTTCATCATTGAAGTAAACTTTCTTATAAGAAAGTAGTCTATGACCAGTCTATCATCTTCAGTATGTAACGTATAACTAGTGTATAGGAAGACGCAGGTCTAACTACAAAAACAGACTGATcttgaaatcattaaaaaaaaaaaacttattgtatAGTTTATTTCAGCTTAGCTTTTATTTGGGCCTTTGGCAGCACCTTTCTTCTTAGCAGGAGTTTGTTTTTTAGGCTGGGCTTTGCTTGCCTTCGCTTTGGCGTCTTGGGATTTCGGGGCTTTGGGTTTTATCGCTGATGCTTTGGCTCCCTCAGATACAGCTGTGGCTTTCTGAGTGTCCTCTTCCTTAAGTGGCTCTTGTTTGGGTGGCTCCGGTTCAGGTACCTCAGGTTTAACAGCTTCATCTTTGCTCTCTTCTTTCACGACAGGCTTTGGCTGAGCGGATTCCTGTTTGAACGTGTCTTCTGCTTTTTTCACCTCTTCCTGTCTTGGTTCCTCTTTGGCAGACTCTGGTTTTCCTGCCTCTTGAGGAAGTTTGGACTCTACCTCAGGTTTGGTGAGTTCAGGAATTGTTGGTACTGATGGCTTCTCTGTATTCTGTTTCTCAGTGGTAGAGGATTTAACTTGTGTTGATTTTGGTTTATCCACTAGTTTCAGAGTTTCTTCAGGAAGTTTGGATTCCATCTCAGGTTTGGCATCTTCAAGAATGGTTGGTATTAAAGGCTTCACTGCGTTTACAGCAACCTCTGGTTTCAGATCTTCTGTGATAGATTTCTCTTCTGTTGATTCCAGTTTATCCACTGGTTTGGTGTCTTTTGGAAAAGGCTCTGGAGGAATTTTGGATTCCGTGTCAGGTTTGGTGGTTGCAGGACTTGTTGGCTTCTTTTCAGTGATTGTAACTTTTATGGTAGAGGATTCATCTTGTGTTGATTTCAGTTGATCAACTGGTTTGATGGACTCAAGTTGGGGAGCTTCAGGAAGTTTGGAATCCATCTCAGATTTGGTGGCTGTGGGCTTCTCTTCAATAACTTTTGTGGTAGAGGATTGCTCTTGTGTTGATTCCAGTTGATCTGCTTGTTTGATTGACTGAGCCTCAGGAATTGCTGgactgtctttttctttttcctcaTCCTCGCTATCAGACTCTCCAGCAACATCTGGTATGGGATTTAGCAGGGAAGCTGCAAAATCCTGTAAACGAACCTGTTCTGCTCGCAGCTTCTCCATCTCTGCAGTCAACATGGGATTGGGAGTCTGGACGAGCTCTGGAAGTTCATCTATCGGTGGTATGTCCACCACAGGTGCTGCCGTCATCTTCTCTGGGAACCGTATCTCTTTAATCTTGGCGTACAAACTTTTCCTTTCATCCTGCAATGCTCGACAGAGTGTCTCCAGACGGTCGATTTTCAGTGTGAAGAGCTCAAACTCTTTGCCCTTTTCCGATCTCTGTCAGAAAGGAAGTAATCGGTTAGGAAGCAAAAAGATAATGGTCAAGTGCTGACAAGTTAATGTGTGTTATTCACCTCGTCAATCATTTCCACAAGCGCTTTGTTGCAGCTTTCAAACCGCGTTTTCCATGTAGTGGACTCCTTTTCCAGCTTTTTCATCTTCTTTGTCATCTGTTCGCGTGAAAACAAGATCAACATTTTGTAAAAACCTTTCACTTTGTTCAATgctaaaaagtctttaaatacTTTTAAGAAGCATTTCTGACAAATTTTCCTAGGTGAAATGTCTGAAGCTAGAATCATTTCCTAAAAACAACActacataaaatatttatattcatctTCAAGGAAAGTATATTTAATATgagtacagttttttttactgcaCTTGCAGGTTTGTTCACATTTTTGAAGTAGATAATGTAATGGATAACAtgctagaccaggggtgctcaatcctgttcctggagatctaccttcctgtacagtttagctcctaccctgttCAAAcccacctaaaccaattaattaggacctgaaatccacttgataattacagacaggtgtgtttgataagggttgcaactgaaatctgcactaaggtagatctccaggaacaggattggccacccctgtgcTAGACGCATtttctggccactttattaggtacaccttactagttccgggttggacccctttgccttcagatctgTCTTTATCCTTCTTGGCATAGTTTTAAGAAGgcactgtaaatattcctcagagattttagtccatattaacatgatagcatcacacagttgctgtagatttgtcttctgcacatccatgatgcaaatctctcgttccaccacatcccaatggtgctctattggattgagactgGTGACTGAGGAAGCCATTtaagtaaagtgaactcattgtcatgttcaagaaaccagtctgagttgattcgcactttatgacatggcacattattctgctggaagtagccatcagaagatcagtacactgtggtcataaagggatgaacatggtcagtaacaatactcaattggtactaatgggccaaagtgtgccaagaaaatatccctcaaacattacaccaccaccaccagtctgaatcGTTAATACAAGGCATGATGGAtcgatgctttcatgttgttaacaccaaattctgactctaccatctgaatgttgcagcagaaatcgagactcatcagaccaggcaacatttttccaatcgtctattgtccaattttggtgaacctgtgcgaattgtagtttcctgttcttagctgacaggagtagcaccctgtctggtc

Function

GO:

id name namespace
GO:0004591 oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00036629 lncRNA upstream 48608 36790939 ~ 36796506 (+) True XLOC_017505
TCONS_00036628 lncRNA upstream 53146 36783414 ~ 36791968 (+) True XLOC_017503
TCONS_00036401 lncRNA upstream 129295 36714903 ~ 36715819 (+) True XLOC_017504
TCONS_00036400 lncRNA upstream 140755 36682146 ~ 36704359 (+) False XLOC_017503
TCONS_00036399 lncRNA upstream 541008 36302797 ~ 36304106 (+) True XLOC_017500
TCONS_00036402 lncRNA downstream 9441 36860737 ~ 36872734 (+) False XLOC_017509
TCONS_00034791 lncRNA downstream 9441 36860737 ~ 36872734 (+) False XLOC_017509
TCONS_00036631 lncRNA downstream 9441 36860737 ~ 36873125 (+) False XLOC_017509
TCONS_00036632 lncRNA downstream 9472 36860768 ~ 36880386 (+) False XLOC_017509
TCONS_00034792 lncRNA downstream 9491 36860787 ~ 36872734 (+) False XLOC_017509
TCONS_00034789 mRNA upstream 6040 36820965 ~ 36839074 (+) False XLOC_017507
TCONS_00034790 mRNA upstream 6067 36821005 ~ 36839047 (+) True XLOC_017507
TCONS_00034787 mRNA upstream 26919 36812368 ~ 36818195 (+) False XLOC_017506
TCONS_00034788 mRNA upstream 27561 36814559 ~ 36817553 (+) True XLOC_017506
TCONS_00034786 mRNA upstream 28150 36806398 ~ 36816964 (+) False XLOC_017506
TCONS_00034799 mRNA downstream 442816 37294112 ~ 37297352 (+) False XLOC_017512
TCONS_00034800 mRNA downstream 442895 37294191 ~ 37297158 (+) False XLOC_017512
TCONS_00034801 mRNA downstream 443710 37295006 ~ 37298274 (+) True XLOC_017512
TCONS_00034802 mRNA downstream 449000 37300296 ~ 37379578 (+) False XLOC_017513
TCONS_00034803 mRNA downstream 449403 37300699 ~ 37376660 (+) True XLOC_017513
TCONS_00034779 other upstream 564950 36280048 ~ 36280164 (+) True XLOC_017499
TCONS_00034762 other upstream 1422287 35422698 ~ 35422827 (+) True XLOC_017490
TCONS_00034760 other upstream 1462497 35382438 ~ 35382617 (+) False XLOC_017489
TCONS_00034756 other upstream 1556143 35279996 ~ 35288971 (+) False XLOC_017488
TCONS_00034743 other upstream 1781133 35062806 ~ 35063981 (+) True XLOC_017485
TCONS_00034815 other downstream 969694 37820990 ~ 37826136 (+) False XLOC_017519
TCONS_00034825 other downstream 1262501 38113797 ~ 38119890 (+) True XLOC_017523
TCONS_00034845 other downstream 1769370 38620666 ~ 38648890 (+) False XLOC_017535
TCONS_00034847 other downstream 1769438 38620734 ~ 38633460 (+) True XLOC_017535
TCONS_00034852 other downstream 1923676 38774972 ~ 38775087 (+) True XLOC_017538

Expression Profile

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