XLOC_017557


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_017557
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 40488004 ~ 40518327 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036649
attagtttgttgaGAAGGAAGCTAACTGGCTAATTGTCTGTCTAAAatgtaagttattgtatattaattAGCCGTTTTAATTGTCACAGAGAAGGTATAGTGTATTGTTTACTTTAGGAATCACAATAAGACTTTGCTTGTGATGAAGTATaatagtttttactttttttgacgATGTTACATGATGCGTGCTTCATAACTGTTCATAAATCTTTTGTTTGTAATATAGTGGCATGTAATTGTGACAGAGTGCTCCTTAAAGGAAATATATATGCCTACAGTATATATTTTCAAGACCAATAAGGGtgtaaatgaaatgttcagtAACTGTTAGCCTAtataccatttcaatgtggtgatgtcattggcctctaaacatttcctgcttgttatcaaacttttttttaaactgtaacaagagacaattcaatcataacttaattttaaaacaactatcttaacattatttatcaatatgtggctcatTCTGGATTCTCAGAATCtataaatagaaattaaaaatgtaaaacaataacaataagttgggcccattgtttttatttacatctctcaaaattgtctatatatatgtatgtatgtatatatctatgtctaAAAGGGCAAATATATTGATATCACATGACTTGCCACATACAGCTTGCTTTATCTGTGATAATGACTGTGTTAaacaaaattgtttataaaataaataagttgacAACAGAATATTACACATTTACCTCTATAAAACTACAATTGTGTTCCCTTTCCCCTGTTTTGACAGCAGATACTGTTCGCACATCATTGAAGTTGCAGTTCAGACAGTTTGCACCAGGGCAAAGTGAGCAAGTGAGTATTCtcttgtgtattttaaaatgacacGTGTATGTATTGCAATAATATATTCAGAATCAATTACATTATAGGGTTCTCACACTGTGTAGTTACAGGAACTCAGTTATTAACTCAGGAACAAGCCATATCCTACATGATTCTCTGAGAGTTAATATCTCTCCAGACCTGGTTGTATCATTGTCAGCTTTCTGAATGTGTACGTCTTGGAAAACTTAATTATATctaattgttttctttattatatgtttatatatcttTAAAAATTGCCTTAATCACCCCAAAGAACCACTAAAGAAAAGTTACTGATGCtataaaaatctgacattgcgatattttattttgccGCAGTTTATATTACAATATGAATAAATTGCTCAAAGATCTTATGAAATGTGTCTTTAATTCTGAAAACTATTGGACTCGCCAGTCAGGAGGGACTGATTAGACACCATACTTTGTTTTTAAAGCATCAATGTAATACATGAACATAAATCATTGTAGtaagaactatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaaaaaacacatccCATTCATTTATAACAAAAGACCAGAGTTTTTGATCAATACTGCAGACAGTCACAAGGGAGCCatcaaaatgttttgcttttcaCTTTTTATGACCTGTCATGCACACTTGTTTTGACGTGTTACGTATTAAGTTAAATTACGTATTAAGATAATTCCCACCAACATATGTATAAAGGAAAGCCCCTATGAATAGGATTTAGGATGcaatttgtacttttatttttgtcttggaAGTGCCATTTTCTAACACTAGAGGGCAACATTACACAACAATACTAGCGCTGAAACAGCTTTGACCTGAAAAGTTCAGAAACAGATGATAGCTTGATTATTTGGAGTTATTCGATTCCTGATGATATTACTCAGATATATTGCAGTACAAATCCATTGTAAAACTGTGATCAGACTAAGCaggattaaatgtatttttacatgTAAGATGGTAAAAGGATGCAGTCCTTCAACAATTCTATTCAGCCATGGGGGTGAAAACCCGTTGAAATTAAACTTCTGTCCTCCTCAGAGCACTCGAGTCTGTTGTGAAGAGGATTTTACCCGTGCAGCAGCTGCAAATAAAAAAACCTTACAAATTCTGCCCCTCCGAAGCCCAGCTCTCTctcccacacatacacacatgtgaTAGTAATTTCAGTTTTAGCTGATGTTATAAATAACTGATTATTGTGCTTTTTAAATGCTTAGCACttgatttaatttgttaagcCAGCTGCAAAACAAATTGCCTTCTGAGAGAAATAAAAGGCTGTGTTTAATTAACGAGAGCTGATGTTGGACATAGAGTAACTGTAAGTGTGGACTAACAATGCTAAGAGACGAACATTAAGGTGAGTGTTAGGGAGAATGAACTTGACAGGGCCGACTAATGAGAGCAGACAGTAATATCACATCAAACGATTGCATCAAAGGGTCTTTCCTAATAGCCATAATTAGAACATTCTTTGATTCTCGGTAGGAGAGATTATGTAGATGGTAAAAATCAGTGCGAATTACAGTTAGACAGGTGATAGGAAAGCCACTATTGCATATAGCACAGTTGCGGTAAAACACGtgacttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcagtaaCACTATATTATATTTCTGCTTCacccacttttgatgttgaaaattcagctctaaagtttaataaagtgacttttattgacactttaatagtttgaaataatatagtaaaaaagaaacaatatGAAGAAAAATGAGTctgtaaaatatcagaaaaaCTACTGGCAGTTTATAACAAGATTTTTGTACCGTAATATACAACATTAAAACAGACtctatatcactttaaactattatattatgtaaaatagcagaaaaaaatgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatacagtgcaCATTTTGTATATTACAGCCTCATTTCAAgatgaatgtatttattaattatttccttaaattctacacacaataccccataatgataaagtgaaaaagattttttgaaattgttgcaaatttattaaaaataaaaaagctgaaaaaaagtattcacaggctttgccatgaagctctaaattgagctcagatacattctgtttccactgatcattcttgagatgcttcagcagcttaattggagttcacctgtggtaaatttagttgataaaacattatttgaaaaggcatacgcCTGTCTATGTAAGGTCCCatggttgacagtgcatgtcaaagcacaaaccaagcatgaagacaaaggaattataTGTAGACCCCTGGGACaagattgtcttgaggcacaaggctggggaaggttacagaaaagtttctgatgctctgaaagttccattgagcacagtggcctccatcattcgtaagtggaagatgtttggaaccaccaggactcttcctagagctggccgaccatctaagctgagtgaacGGGGGAGAAGGGCCATAGTCAGGGTTGTGATCAATAACCTGGTGGTCACTCTGTTGAAGCTCCAGCGTTCTTTTGTGGAGAGATGAGAACTTTACAGAAAGACAACAaactgtgcagcaatccaccaatcaggcctgtatggtagagtggccagacggtagccactccccacctggaatttgccaaaaggcatctgaaggactctcagaccataagaaactaaattctctggtctgatgagactaaaatggaactctttggagtgaatgacAGGCGTTAtgtttagagaaaaccaggcaccgctcatcatcGTGCTAATATcattcctacagtgaagcatggtgtggtggcagcatcatgctgtgggggtgtttttcagcagcagcatgcagcaatgtacagagacatcctgaataaaaatctgcttcagagtgctcttgacttcggacaatgacccaaagcacaccgccaaaatatcaatggagtggcttcacaacaactctgtgaatgttcttgagtggcccagccagagcccagacctcaCTTTGGTTTCCAacccaacctgatagagcttaagagatactgcaaagaggaatgggctaaaattcccaaagacaggtgtgccaaacttgtggcatcatattcaaaaagacttgaggctgaaATTGCTGCCATAGGTGCATCAGTAATGTACTGAGCAAAGGCTATGAATCCTTATGTAcctgtgatttttcaggtttttttttttttttttcatttgcaaccatttcaaaaaaatcttttctcacaTTGCCATcatggtattgtgtgtagaattttgaggaaataaataaatgtaatccattttggaataaggctctctctatatatgtacacacagcTATGTAAAACACTAAAAgatgtattaaaaatgttcagtttCTCTTGATTCTCTTGAATTTCAAATCAAAATATTGTTGTTTAgagcattttttaaaagcattaattttaattattcaagTTACAACATTCTGATTTGAAATTTGTACGAAATGTTTACAATTTAACTCAATCCCATACCTAATTGATCCTGTAATTCCAAACATCctaagaataaaaaaatgcatcagtagtttacagattcttgtttacatttttaaggtAACTAAAGGCATGCCTGGTCAGGATATTCAAACAGAGCAAAGCTTTGGCATCACCAGTTAGATATATTATAGCATTCAAATTGAAACCTTTAGAAATAGTTGATAGGAGGTTGTGATATGCTTGATATTTTATCTTGTGTGCAAACACATGCCATGCGCAATTGAAAGTGATGCCAAATTGCACAAATGTAAGTATCGTGGCATCCCCATAATGTAAACAAGCAAACAATCGAAAACAAAAAGCAGATGTTGGAGTCAGCCGAGGTGACTGACACACTGTATCATTGAACCCGTTTGCTTGGACAGGCTTGATGTCTTCAGCTATAGGTACTGGTTGTGAAGCAGTACACTCACTTTCCCTTGCCCGctctttttgtct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>TCONS_00034884
CTGTTTTGACAGCAGATACTGTTCGCACATCATTGAAGTTGCAGTTCAGACAGTTTGCACCAGGGCAAAGTGAGCAACTTGGTGAGACTTGGAAATGGTTATAGACGATATGCTAGCCAGAGGCAATAAAAGAAACCCATCATTGTGTGTTGCGAGGACTAAAGCCGCTGTGGACCATGGATAAAGAAGCAGAAAAGGAAGCTGGATCCAAACTCTGTGAGGAACGGCCATGTGACCATGCTTTGACCCCCGCTCTTCAATCAAGGTGGTCTGAGTTGGCAGAGACGGATCAAAGTGTCaaagggacaaaaaaaaaagagccttCTTCAAGCTCAGGCAAGCACACTTTGTTTTGCATGCTGCCATATGG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096673

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036649 False 5578 lncRNA 0.35 1 40488004 40493581
TCONS_00034884 True 370 lncRNA 0.46 3 40488776 40518327

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_017556 serinc1 coding upstream 15485 40457599 ~ 40472519 (+)
XLOC_017555 si:ch211-199i15.5 coding upstream 234322 40237441 ~ 40253682 (+)
XLOC_017554 trdn coding upstream 256625 40150612 ~ 40231379 (+)
XLOC_017553 CR847530.2 coding upstream 566898 39920443 ~ 39921106 (+)
XLOC_017552 NA coding upstream 605644 39848711 ~ 39882360 (+)
XLOC_017558 cx28.1 coding downstream 221637 40739964 ~ 40774857 (+)
XLOC_017559 tbc1d32 coding downstream 248318 40766645 ~ 40840993 (+)
XLOC_017560 NA coding downstream 351568 40869895 ~ 40888021 (+)
XLOC_017561 NA coding downstream 408804 40927131 ~ 40944911 (+)
XLOC_017562 man1a1 coding downstream 502727 41021054 ~ 41242638 (+)
XLOC_017544 AL845306.1 non-coding upstream 1155912 39331969 ~ 39332092 (+)
XLOC_017541 NA non-coding upstream 1292887 39048059 ~ 39195117 (+)
XLOC_017538 BX511178.1 non-coding upstream 1712917 38774972 ~ 38775087 (+)
XLOC_017563 NA non-coding downstream 730132 41248459 ~ 41473366 (+)
XLOC_017566 NA non-coding downstream 1340950 41859277 ~ 41963921 (+)
XLOC_017567 NA non-coding downstream 1645339 42163666 ~ 42164250 (+)

Expression


Co-expression Network