XLOC_017821


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_017821
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 2135895 ~ 2140246 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036784
CCAAATTCTCCCACGAGTACTGAGAAATTGGCCAGGCGGACTCCAGTGCGCATGCGCACAGCCGTCGCGCTTCACACTCGCCCGTCATGACAATATCGAAAGTTTTGCGCCGAAACAATTCGTGTGGATCTCGGCGATGTGGCGATTGATTACCGACACATCAAGCTCCTTTTTAACCTGTCCCTGACTCTTAAAATGTGCAATGACGCGCTCTGACGGCGGAAAACATCGCCATTACTGTTTTGATGCTAAAAATAAATTCCTGCCCGCAGCCGAACCTCCCAAAATGTACAGAAACCTCTCAGTAAATACAAACTGTCAAACTCTCGAGCAATAAGTGTGTTTTTAATACGCGACGATAGACAAATATGAGGCAAACTAGCAAAGGCAGCCCGCATAGCAACAAAACACACTGTACACGACTGTCCTTGCTATACTACCAAGCTGTAAAACTACATGCTAAACAGCAAAACGACTCTTAACTATCACCTAGAAGACTGAAAGTCAAAGTGAACTGCTTTAAACCTGACCAAATTCTTCATATCAACGCATACCAACACGATATTAAAAGCTAATAGCTAATCCACTTGAAAGTAGATCTCACTAAACTGTTCACATTCGTCTTTATCTTTATAGCAGCAAATATTCTAACAAATTATTCAAATGAAATATAGTGTAATGAAGTATAGCTAGCTAATAAAATGAGTAAAGATGAATTTAAATGGTCTGAATGCACTTTATTAGCCTATGAATTTAGAGTACACGTGAATCCTCACACTTTTTATTGGCATACAGGATCTGACAGATATATTTCAAACTTTTAATGTAAGTACAACTATATCTGGACAATTAAATTACAAACTAAATATGATCGACAAAAATGATGCAAACAAGCAAAGGCTGACCGCATAGCAACTAAATACACTGTACACGACTGTCCTTGCTATACTACCAagctgtaaaacaacagaaatgcATACTGACGTGGCTAAAAGTCAAACTAAACTGTCTTAAACCTAACTTAATACTTCACATCAATGCATACCAACACGATATTGAAATGTAATAGCTAGTCCACTTGAAACTATAGATCTCACTAAATTGTTTACATTCGTCTTTATCTTTATAAAGGCAAACTTTCTGACAATTATTCAAAACGAAATATAATAAAGTATAGCTAAAGTgagtaaacattaatttaaatggtTTGAATGCACTTTATTAGCCTATAAATATCACTGTAGGGTACATGAGAATATTCACACGTTTTATTGACATACAGGATCTGACAGATATATTTTGACAATTTAATGTAATAACACTTAGGCTACacttacaattttacaattacaaaataaatgtgaTCGACAAATATGATGCAAACTAGCAAAGGCAGCCCGCATAGCAACAAAACACACTGTAAACGACTGTACTTGCTATACTACCGAGCTGTAAAACTACAGAAATACATACTAAACAATGAAACAACTCTTAACTATCACCTAAAAACTAAAAGTCAAACTGCCTTAAACCTGACTAAATCCTTCATATCAACGCATACCAAAACAATACTAAAAGCTAATAGCTAATCCTCTTAAAACTATTGATCTCGCTAAACTGTTTACATTCGTCTTTATCTTAATAGCAGCAAATATTCTAACAAATTCATCAAATGAAATATAGTATAATGAAGTATAGCTAGCTAATAAAATgagtaaacatgaatttaaatggTCTGAATGCACTTTATTAGCCTATAAATTTAGAGTACACGTGAATCCTCACACTTTGTATTTACATACAGGATCTGACAGATATATTTGACACTTATAtccccggtttcacaaacaaggtttaaggctagtcaagattaaattgcatgtttcagctgtctcaactcaaaataacttgcagtgagatgtcttaaaatacgtcagtgtctttttttgtctccaggtgcacaccagtaatatatttttctaaggccatttttataaatgtggcttaaGTAGCCCAATTTAACTAAGCCTTAGTTCTGGCCTAATCTAAgccttgtttgtgaaactgggccttaATGTAATAACACTTAGGCCACAATTATCTCTGGACAGTCATTAAATTACAAACTAAATGTGATCGACAAATATGATGCAAACAAGCAAAGGCAGCCCGCATAGCAACAAAACACACTACACGACTTTACTTGCTATAGCTACTATCGAGCTGTAAAACTACAGAACTGCATACTAAACAACGAAACATCTCTAAACTATCACCTAGAAGACTAAAAGTCAAACTAACCTCACTTAAACCTAACCAAATCCTTCATATCAAGCACAACATTCTCACTAAACATTCGTCTTATCTTTATAACAGCAACTATTTTAACGCATCATTCAAATGAAATATAGTATAATGAAGTATAGCTAgctattaaaatgaataaacatgagTTTAAATGGTTTGAATGCACTTTATTAGCCTATAATTGTCACTAAATGTAGGGTACATGACATGTGAATCCTTACACTTTTTATTGTCATACAGGATCTGACAAATATATATTGTGACACTTTTAATGTAATAACACTTAGGCTACACTTATATCTGGACAATCATTAAACTACAAACTACATGTAATGCTAAACAGCGAAACATCTCTAGAAACTATCACCTAGAAGACTGAAAGTCAAACTAAACTGAGGTAAACCAAACTAAATCCTTCATAAAAAgcacaacaaaatattaaaagcTAATAGCTAGTCCACTTGAAACTATCTATCTCACTAAAATGTCAACATTCGTCTTTATATTTATAATGGCAAACTTTCTGACAATTTATTCAAATGAAATATAGTATAATGAAGAATAGCTAGCTTTTAAATTGAGTGGACATTACTTTAAACGGTTTGAATGCACTTTAtcagcctgtaaatgtcactgaATGTAGGGTACATGTGAATCCTCACACTTTTATTTGTACATTGacagaatctgacagatttatgtgacacttttaatgcaCTAACACTTAGGCTACACATAAATCTGGACAATCATTAAATTACAAACTAAATGCGATCGAATAATACTAAAACAAGCAGAGCACATTATTACTCTGTTCCACCAAGCAGTCTAGGCCTGAAATTATTATTAAGCATCTTAGTAGTTAAAGTAGTTTGTCATTGCTATAGATTTAGTTTATAAGTTCAAGGCATTTAGGCCTTCTTTAGGATGAACACAATCAGAGTTATATTTAATTAGTCTTGCTTGTGTTTATGGGCTGCACTGGAAAATATTTATGCTTCATTACATGTATAATAAATAGAATTTTGTagttaggacgattctaagggcccatacaATTAGGGGGGccccagagacattatcaagggTCCGCGCcaaatccctgtagatcagcagtttctgaaatactcagaccagcccgctcGCCGcttgctttgaactgcagcagatcgtcttgaccatgtctacatgcctaaatgcattgagttgctgccatgtgattggctgattaaaaaattgcattacgggcagttgaacaggtgtacctaataaagtggccagtgagtgtatttttattgttttaaggaaaaactcacttaattttgactcaatatttctgaaaacagctaaatatttttgtttgcctTGGAAATGCTTATTGTTTTAAGAATTTTTGGATATTTGGCGTTTTTTAGACAAGAAACAAAATAGttgtaaaataattagaaaataagcaaaataataaaaattataattaaataacaattataaaactaaaattaaaaaataaaaataagcaaaacaaagtaaaaatttGATTATTTCTCTTACCCCATTAGCAgaatttgcttgttttatggaaaaactcGCTTAAttggactcattatttctgaaaacaagaccatattttttgcttgtccagaaaatgcttcttgattcaagAATTTGTATAGAGgttttgactagaaacaagatgaAAACTCTATAAGAAAAGCTAAAAGACCAGTTTAAAAAATGCActtgtaaaataatgcaaacataataatacataatcaaaattatatataataaatagtaaaaaaataagcaaaataatgttatttcaaagtgaaaatttgattattttgcttgtttttatcaAAAGCTCActcaattttgactcattatttctgaaaacaagacatttttctattgtctagaaaattcttcttgattttagagtttgtagatatttggactggaaacaagacaaaaactaattaACAAGAATCTACTTGTTAATTAATGTACaaataagcataataataataaataaataaaataac

Function

GO:

id name namespace
GO:0033157 regulation of intracellular protein transport biological_process
GO:0035197 siRNA binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036784 True 4352 lncRNA 0.33 1 2135895 2140246

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_017820 tmem244 coding downstream 1275 2118356 ~ 2134620 (-)
XLOC_017819 NA coding downstream 45106 2058938 ~ 2090789 (-)
XLOC_017818 CABZ01065425.1 coding downstream 288462 1846081 ~ 1847433 (-)
XLOC_017817 NA coding downstream 372417 1745225 ~ 1763478 (-)
XLOC_017816 CR846082.1 coding downstream 410791 1607457 ~ 1725104 (-)
XLOC_017822 NA coding upstream 146426 2286672 ~ 2288716 (-)
XLOC_017823 EPB41L2 coding upstream 147052 2287298 ~ 2361226 (-)
XLOC_017824 NA coding upstream 276209 2416455 ~ 2425360 (-)
XLOC_017825 NA coding upstream 337970 2478216 ~ 2481821 (-)
XLOC_017826 BX072559.1 coding upstream 357275 2497521 ~ 2498941 (-)
XLOC_017928 CU539064.1 misc upstream 7913159 10053405 ~ 10053701 (-)
XLOC_017809 BX248418.2 non-coding downstream 937186 1198079 ~ 1198709 (-)
XLOC_017799 NA non-coding downstream 1601819 530511 ~ 534076 (-)
XLOC_017795 NA non-coding downstream 1723976 408561 ~ 411919 (-)
XLOC_017831 NA non-coding upstream 575703 2715949 ~ 2725930 (-)

Expression


Co-expression Network