XLOC_020067


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020067
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 3329052 ~ 3335881 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00042020
gtTGGTTTGTGGCTTTTAACTCAGTTAACAAATACAATTACAACGTAAAAGTATATATCACGCAAATAATACGGAAAAAATATCGGTACCAATATCGGTTGATAAATTGATTTCTTTAATGCTAACATTATATGCCCAATATTAAAATTATTGGCCCTTCAAAAGTTTCTAATTGGTTACTGGTTTAGATTGGatctgttttaactgtttttttttccacatgacGAAACGTGTTGCATGCAACAGATACAGTTTTTAATCGATGAAAGACAAGTAATATATCAAGCCCCGCCCATTTTCTCCCAATCATTAAAAACACCATGTGAGGAAGTAGAATGAGTTGCACATACTTTGGCTCAATTATAAATTCACAAAGCATGGTTTATTTTAACATAAGCTGTGAAACAGTTGCAGATGAAGGACGATGTCAATTTAATTGGGTTTTTCTTTCTCTCGTTAATCTTGCACACACTCTTGAGGAGTCCCAGATCATGATTCCTGTCCCAAGTTTAAACACCGAACTGCTGTCCAGTTGGCTCCGTGTCTCAGGAAACTGATGCACAAACAAGcacaaatcttttaaatgtaACCTTAAATCTGAAGTCTTGAGCATGCGAAaatctgtcgtacggcgctgcgagaaggggcgggattaaacaagatgattacacatttaaaaaaatgcgcgattgctccatattttaaatttctgtacagagacattgtgttttgatcctcaattgacGCAGTCAAGTGATACGATTTCGCAGGATGGAGTTCAATAAGCTGGAACTTTCCAACGAGGCGATCTGCGAAGCTTGACGCACGACCTTACagttccggtctgatgcattcgcctgcaaatgaatggaagtctatagggagaaaagtccagtgtgaccctAGCTTAAAATGTACACCCGCTCATGATCTTCTGTTTGCAGTATGCGCTTGGCCTAAAAAGACAAAACTCTCTACCAAAGATGCTTGAGAGGACAACTGGCCGAAGCTATCCAAACAGTAATGAGTTCGATGTAACAGTGCTTGGGTTTACATATGGTATAAACACAAGATACCTATGACAGCATAACTCTTCAGATATCTCACGAATGAATAACTGGCTTGTTGCGCAAGAAACGATCATCGTTGAACCCCCAAAACACAAGACACAGAGGGTAAAGCAGAATCAGCTTTGCAGTCAAAGAGTTTTGATGACGTTTCGAGGGAGTGTGTGGTCCTCATCGTCTTATCAGCAAGGAAATGTCTGGGAATTGAGCCAAAATGCTAGTTTTCCCAAAACGAGCCCAGTTTGCGAGTCTCTACTGTATGTTCTTACTGAAGCCATTAAGCACACAACTTTGCACCTTTGTCCAACCTGTCAGTTCATTTATGGCTTTAAATCACTTTCTAATGGTTTGTTTTTATCCTTATGTATTGATCCCCCCCCCAAATACACCCAATgggtaaaataaatgaaaaaatacacTGCTGGGCTCTATTATGCAAAGGTTCCACCGCCAAATTGACATCACCAAACACTTATTTTCCAGCATCTCCCATTCAACCAACCATCACTTTTCAGATCATCCAATCACTGGCAAGTTGTTAAAACCAAGCCCCTCCCAACTTTTCACTTATGTTGTACAGTTTACAATAGCATACAAAGGCATCCCTACAAAAGTACAAGGGATTTTACAAACATCTACACAGCTCAGACATGCACTTCTTGAATGTTTCCAACAAGAGTTTCTTGGCCAAATTGGCAGTGAGCAAATCTCATGAAGGGTCGCATCAGTAAGATGGGATATGCACTACATTTGGTGTCACACTTgatctttttaaaacatttgttcattacAGAATCAAAAGCTACATGCATGGCCACATTTGCAAAATGGGACAAGATGCAGTGGAATTCTGCACGGGTATGGGCAAATGCTCATGTCTAACAGGCCAGATGTAATCCAAATGGACGCCGTTTAAACCAAATGCATGGAACTTATCAGCATGGAAAAGTTGAGCGTATGTTTGGGAAGCGAGCCAACACTGTAGAAATGTGTCCAATAAGAGTTTCTTGGCCAGGGTGGACTGTCAGCATCTCTGACAGCGAGACATTTAATCATTACAGAAGTAGAAGCTGCAAGCAAGTCTACATTTCCGAAACGGGACAAGATGCAGTGGTGTTCAGCACAGGTAAGGTCGTGTCCTCTTGTCTGGTTTTGGCAGGCATAATCCAAAGGGATGGAATTTTAACCAAGTGTGCGCTTCTCGTAGTGTCATCAGCAAGGGATAGGGGAGTGTATATCTGGGAAGCGAGCCAGAACTGGAAAGTTTCAGTCTGCAAGTTTCTGTACATTTTCTTGAATAGTGTCTCTTTTCAAGTAGAGCCCAAGTGTGAGCTTCTTAAATGTGTCCAAGAGTTTCTTGTCTGTTAACTTTTTCCTAAAGAGAGGGACAGATGACACTTGACCAACTTTTGATGCCAAATCGGACTTTTATATGAGACACTgaacagggccggagcaagctgaactgccgctctaggtaGAGGAAGATCAccccgccctcaaccccaatgtgaaaacgaaagtaaccggttatgaaaatgaagtgaggtgtcgcgacctctgttctgccgccctatgtggggatataactgaggatgcgcgggtgtcgcggacctctattctgccgccctgtGCGGATATAACTAaagacgcgcgggtgctgagggaggtgtcacggacgccgccctctctattctgccgccctatgcgcggatataactgaggatgcgcgggtgctgagggaggtgtcacggacgccgccctctctattctgctgccctatgcgcggatataactgaggatgcacGGGTGCTGAAGGGGGTGTcatggacgccgccctctctatgctgctgccctatgcgcgaatataactgaTGACGCGTGGGTGCAGAAGGAGGTGTCAcagacgccaccctctctattctgcctccctatgcgcggatataactgaggatgcacgggtgtcgtggacctctattctgccgccctatgcgcggatataactgaggatgcgcgggtgctaagggaggtgtcacggacgccgccctctctattctgccgccctgtgctgatataactgaggacgcacggTTTGTAAGGGAGGTGTCACGAACGCCGCCctgtctattctgccgccctatgcgcggatataactgaggatgcgcgggtgctaagggaggtgtcacggacgccgccctctctattctgctgccctgtgctgatataactgaggacgcacggTTTGTAAGGGAGGTGTCACGAACGCCGCCctgtctattctgccgccctatgcgcggatataactgaggatgcgcgggtgtcgcggacctctattctgccgccctatgcgtggatataactgaggacaggCATAGCTGATGGAGGTGTCCCTGGCGCCGCCCtttctattctgtcgcctatgcgcgaatataactgtgaggacgcgggtggtgagggaggtgtcgcggacataactgaggaagcgggtggtaagggaggtgtcgcgaacgccgccctctctatactgccaccctaggcggccgcctaggtcgcctctatggatgcacCGGCCCTGACACTGAACTCACATGGAActcccactaaagctaagcagggctgtgcctggtcagtaccttgatgggagaccacatgggaaagctaggttgctgccggaagtggtgtaagtgaggccagcaggaggcgctcaacctgcggtctgtgtgggtcctaatgccccagtatagagaaggggactctatactgctcagtgagcgccgtctttctgatgagacgtgaaaccgaggtcctgactctctgtggtcatttaaaatcccaggctgtccttcgaaaaagagtagggcaTCCTGcctaaatttgcccactggcctctgtccgtcatggcttcctaaccatccccatatcattacTGGCTTCCTCACTcctctctccaccaatcagctggtgtgtggtgtgcagtctggcacaatatggctgacgtcacgtcatccaggtggatgaggagattcccccccaaaaatgtgtccagaaaagcgctgtataaatgcaaggaattattacctttattattattattacagaagTTGAAGTTACATGCATTTCCTTGGCCAATTGGAACAAGATGCAGTTGTTCAGCAGGGATAGGGTGTATCTGTTTGTCAAGCTTTGGTCGGACATTATTCAAATAGCTGACATTTAAACACGTGAGTTTGCTTGACAAGactaaaaaaaagagtaaacttGGGAGGCCAGCCAAAACTGAAAAGTGTTCAGTTTGGAAGTTTCAGTACATGTTCTTGAACAGTGTCTCTTTTCAAGTGCACATGAGTTGGCATGTCTACAACTCAAACGTGAGCTTCTTGAATGTGTCCAACAAGAGTTTCTCGGCTGTTAACTTTTGCCTAAGAGTCATCAACAATAAGGATGACACATGACCAACATTTGGTGGCAAATCCGACCCTATGGGACATTTAATCATTACATTTCCTTGACTGCGAATTGGAACAAGATACAGTTGTTCTGCAATGATAGGGTGTGTATCTGTTTGTCTAGCTTTGTTTGTCTCTTTTCTAGCACATGTAAGTCTGAATCTTAATTATATAGTAAACGTCTTCAGCCTGTTCAACAAAGTTCTTGGCTGTCAGAGAAAGAAAGTTCCCAAaggtatacagtagtcaacatttgaaaagGATCACAACCTTTCACCAAAGTCGCACTGTTGAACAAGACCCATTCTAGTCTTAGGACACTTAAAGAACGTTTTGATCcacatcaaatgttgactactgtagatcTGGAAGTTGAGTTAAAACTGCACAGTTTACCTAAGATGAGATTTATACCAGCACTGTTTGTGTCCAATTGATCATCTTGGCCCAAATCAGACTTTTGCATGAGACCTTTTATTGATATCGA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>TCONS_00042021
cagaagTTGAAGTTACATGCATTTCCTTGACTGCGAATTGGAACAAGATACAGTTGTTCTGCAATGATAGGGTGTGTATCTGTTTGTCTAGCTTTGTTTGTCTCTTTTCTAGCACATGTAAGTCTGAATCTTAATTATATAGTAAACGTCTTCAGCCTGTTCAACAAAGTTCTTGGCTGTCAGAGAAAGAAAGTTCCCAAaggtatacagtagtcaacatttgaaaagGATCACAACCTTTCACCAAAGTCGCACTGTTGAACAAGACCCATTCTAGTCTTAGGACACTTAAAGAACGTTTTGATCcacatcaaatgttgactactgtagatcTGGAAGTTGAGTTAAAACTGCACAGTTTACCTAAGATGAGATTTATACCAGCACTGTTTGTGTCCAATTGATCATCTTGGCCCAAATCAGACTTTTGCATGAGACCTTTTATTGATATCGAAAGCGAATCAAGATACAAGGTGTTCTGCACAGGTAAGTTTATATGGCTTTGTTTGGACATTATCCTAACAGTTGTTTTAAGTCTGTATTTCTTGGAAGTGAGTAAAAACTCTTAAAAGAGCTCAGTCTGCAAGTTTCTATGTTTGTTTCCCTTAACCGCCTCTTTGGTTTTGGTCCCAATGTCACATTGGGGTGCCCATTTGGCCCAAAACAAGACTTTTCGATGAGACTTTTACAGAAGTAGAGTCAGTATTTGTTCAATATGCATCTACTTGTCTTGCTTTGGTTGAATGTCACAGTTTTCATTCTGTGAGTTTAATTGTTTCACTATCAGTGTACATTGGTCACGACCTCAGTGTCTCATAGGTCAGATTGGTCATTTGACCCAAATCCGACATTTGCAGGAACATTTCCattgttttcatttgttaaaTGAAGCACAGGTAAATTTGCATCTGCTTGTTTGGCTTTGGTTGAACACTCCATTTTTCCCAAAAGTGCCTagtctgcacattttccatgaaCACTGTCCCAATGGCCAGCTTGATAATCTGACCCCCAATCAGACCTTACCATGAGACTTGTAATTGTTACAGAAGTAGAGTCAGGATTTGTTAATATGCATCATCTTGTCTGGCTTTTGTTGGGTATACAGTTTTTCCAAAAGAGCCCAGCCtgcaagtttttgttttttgaacagCGTCCTTAAAGTTCCAGTGTCCCATTGGCCAGCTTGATAAATTGACCCTAATCAGACCTTTGCATGAGATCTTTAAATGTTATAAGTAGCGCTCTATTTTGACATGACGCAGGTGCACTTACGAAGGGCAAGTACGAATCTACTTGCTATTTTAACGATTGGAAAAATAGTTGTCGCACCTTGCGCATGGTTTAAAAGGGTTGTCCTTATTCGcataatgagttatgggtgttttGGGCATGAAGTGCAATAAACTTTTAAGAGTCTCATCTCTCTCtgattttgtaagtggaaaaactgaacgttgAACTATTGAGTAAACGGATCTGCTCATGCACAGAATCGACATCTACAGAACCAGCCAAATTGACCAAAGCTCTCTGAGGTGGAGGCAGCATGGAAGGAGGTAGcggttttcatatttatgtagacaATAACAATCTTTTACATTTGAatcctttcattttcatatttaaagatgttCGACGTGCTGTgcgcatccctgtgtgtgtaataagcaaaatGTATGCGCGTTTCGGACTGGCGTATTACTATTGCACTCTTtaaatcatacctgtcaacattgagtgtgaaaataaaggatatgcccaccataataagagatacagccccccccccccataaatagtataaattagcagcaaataaacaagcaaacagtttagcttatttaaagtgatagctattataatgaaatagaatcaagctatcttATCTCATTAGCCATTTTTTCactataacttacacattctgattaaagagcaatgaattatgtatttatttatttagtttgattacattaaataacagaggtatcactt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00042020 False 6541 lncRNA 0.44 2 3329052 3335881
TCONS_00042021 True 1995 lncRNA 0.38 2 3333503 3335881

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020066 gipc3 coding upstream 811 3303671 ~ 3328241 (+)
XLOC_020065 CU929402.2 coding upstream 57345 3244950 ~ 3271707 (+)
XLOC_020064 si:ch1073-178p5.3 coding upstream 89218 3238474 ~ 3239834 (+)
XLOC_020063 CU929402.1 coding upstream 94558 3232925 ~ 3234494 (+)
XLOC_020062 lim2.2 coding upstream 96418 3223489 ~ 3232634 (+)
XLOC_020068 CU652528.1 coding downstream 39381 3375262 ~ 3376270 (+)
XLOC_020069 CU539058.1 coding downstream 48851 3384732 ~ 3388004 (+)
XLOC_020070 CABZ01031768.1 coding downstream 424876 3760757 ~ 3760871 (+)
XLOC_020071 FO904903.1 coding downstream 578437 3914318 ~ 3929075 (+)
XLOC_020072 NA coding downstream 728720 4064601 ~ 4167110 (+)
XLOC_020061 NA non-coding upstream 106635 3219003 ~ 3222417 (+)
XLOC_020058 NA non-coding upstream 218539 3110036 ~ 3110513 (+)
XLOC_020054 NA non-coding upstream 401436 2922151 ~ 2927616 (+)
XLOC_020050 NA non-coding upstream 501196 2814463 ~ 2827856 (+)
XLOC_020048 NA non-coding upstream 533601 2792575 ~ 2795451 (+)
XLOC_020073 NA non-coding downstream 747715 4083596 ~ 4085474 (+)

Expression


Co-expression Network