G57802


Basic Information

Item Value
gene id G57802
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 52624389 ~ 52631323 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU64250
TCGTCACTGAACATTTAGTATAACCGTGGGGATAATACATTACAGAAAATATTACAGGACATGACTACAGTATTTTGTAGtatcaatatatttacacatttACGGTTTTAGTGATGAACTAATAATATTAGTCATCATTTCCCTAATGACCTGAAGACCACAACAACAAATACGATGGTTATTATGACAGAAcgttaaaaaaaatatcagacagacagacgtacaaTACAAAAtgagacacacaaaacataaagTAACAAAGTATCTTCCCtgtgtaaaaaacaaacaaaaaacatcacaGTAATGCGCCACAAAcaatgtgccttcagaaagtattcacaccccttgaattgttccacattttgttgagttagTCTGTTAGTCTGAATTCGAAATGTATTGAATTGAATTttctgtcactggcctacacacaatgtcAAAGTTGACTTTTTGGTCTATGTTTGGCTCCGATTTTTTTCCAGTCTGGAcatattttcaactttcattcagaaccaaaAATATACCTGATCTAAACATCCATAAAATACCTATTTTAAACTTTCATTCAAAGCTTAAATTGAACCCAACTTCAACGTCTTGAAAAATACTTATTTTAGACGTTTTTTCAACTTAAATGTTGCTTACTGGGATTATTCTTGTAGTGGCGGCCATTTTTTGTTTCGCCTAGGGCGCCAGAACGGCCAGGACCGGCTCTGAATACTAGTATCCAAATAATGTACAAATCTAAAACATCTTTAGTAGCACTGTATTCAATTGAAAATGCAGTGCTGTTCACATAACCTAAACTATGTTAagaatacttttacttttaaggTAAcactggctgagataatggatgggctggacatgccgggagatgagtttggattggtctgccacgtagcatgcttctgtctataacgtgagctgctcagtatgtctTGATAGTCCTGTCTACCGCAGTGTAAGACAACATTATCAATCGATAACTACAAAGGTTTTGCTAcatttctcaacaacattgatgctCTGAATTTTTGCTGTCTTTTTTTTTGGTTTACCGAACATCACTTTTCCACTTTGTTATACTTCAAGCAAGTTCAGCCAagactagctagctagtaacaTTAGCTGAGATGGAAGCTAGCAAAAATGTAGAGGGAGCTGTCGTAACCGAAGTAGATACTGTCATCTATATGGAAGATTCTGACACTCCCAGAATTAACGGTACCGAGGTCGGAGGAATTAGTCTTGGGTACAGGTGTCCAAATAAGCCCTTCGAAACCCCACAAAACTACAGAGTTTAATGCAGCAGGCATTAAGGATATTGCCACTGATGTGAAACTGTTGAAAAATAAAGTTGATGCCCTGACAAAAGAAAACGAGGAGCTGCGCACAGCGAGTGATGAATAGGACCGATACAAGCGCCGATGGGGGCTGAGACTGAACATGCTACCTGAAACTGATGGTGAGAATATCAGAGGGATTGTGATTGACATTATTGGGAAGGTTGTTCCATATCCCCCTGCTATCCTGAACGTCGCTGTAGATGTTGTAGATAAGAGAAAGGAGATTAACAGACACAGACAAGGTCATGATGTTTGCATTGAGGAACGTGAGAGACGAGGTGTGGAGAGCTGGCAAACTTGCGCGATCTTCAGGGAGAAAGGCACTCGCTTTGCAGAAGATTTCACAAGCGCGACAGGGATGCCCATGCGAAGCTGTGGCCACAAGTCGATGGGGCAAGATGCAGGGAGAAAAAAAAGCCTCCTTTCGCGAGGGGTTTGCTGTCATTGACGACCGCAGGGTGGAGCCACATGTGACTGATTTATGCTTCAAGAGTTGGCCTGCTTATACAGTAGTAGGCTAATGAAGCCATATACCGTTTCAACTGGTGAGTTTATTCATGCAATCGTTTATCTGAACAACGCATATAGGTGATATTGCATAGGGCCATACTGTCCGTAGTGGCGAGTTTTGAATGTGAACATTAACCAACGTAAGCACACTGATTTTTGATTCTCATTTGATGGCATACCAAGAAATCAGTTAGCTTTTAGTCATTTCATTTGGTTTCAAGATTGATATGTAAGTAAATCTCCATTTCTTTTTCATATGGCGATGATTAGCTGTCAGAGATGTTTTTATTTTACGTTTGAGAGTTCTAAACTATTAATATAATATGTGTTATTACACGGTCTatccatttattttccttttatggtCGTTACTGTTCGTCAAGTACATTTTTGAAGGGCTTATGCTATATTCAGGGTCGCTTGTTTATTCTAGACAACTCTATCTCGGATACTCTGCTTGTCAACATTTCTTTGCTTTTTATTCTTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAATTGAACACCAGGGGTTTACGTACCAAAGGCTATTTTTGTTTTGGAAAGATTCATTAAAAAGtccaattgtttttatttatttcaagaGACACGTTCCTCAGATGCTGACTTAAAATTTTGGACTTCACAATGGGGTGACAAGATCATTTTTAGCCTTGGCTCATCTCAATCTGCTGGTGTGGGAATACTTTTCAGACAGTTTCCAGGTACAGTTTAAGAAAGCAGGTGTGATGCTGAGGGTCACTGGATAACTAATGTTTTCAAATATAAAAAAAGGGTCATGTTACATATTGGTAAATATTTATGGTTATAACATAGTCATTCTTCTAACATCTATTAGTGAAGTCTTAATTGAATTGAAAAACAAATATTCCACAGATAACATTATTGCTGGAGGCGATTATAATGTTGCTCCTCGTGACTGGATGGACAAGTATCCCACCAGGCATTCAGCCCATTGTTTTAATAACTTAATTCTACATTTCTGCTCCCAACTTTCAACTTTCCGACATTTGGCGTTCACAGAATCCAACTGTAGAACAATGTTCTTGGTTCAACTCTATAACTAGCGACAGACAATTAAAATCTAGAATTGATTATTGGTCGGTATCTTCCAATCTTATGAATCTTGTCAGGGAATGTAGTATTTCCTCAGATCCTCTGACAGGCCATTGTTCCATTATTCTTTCCTTTTGATAATGACAAGAGATTTTCAAAAGCATCTTTTCTTTTAAAGAATGAGCCATTTTGTTTACAGTCTAAAGCTCTAATCAGAGGGACCTGTCTCAATCCTGCTCTTTCTTCTAACAAATGGGAAATTATTAAATTCAGAAATCAATGTCTTGCCATCACTACTGGTACAATGCTAAGAAAAGATGATCCAAGCAGATGTTGATATTAACAGGCTGAGTAATAAACTTGATTTAAATGAAGATGAAAAAGGAACAGGGTGCCTTCATCTGTTCAAAGGCCAAATGGATTGAAAAAGGTGAAAAAACACATCTTATTTCTTTCATTTGGAGAACAGTAGGCAGACTAGGAATAGTATTACATCCATTTATGTAAATGACACTATCTGTTGATCGTGAAGTGATTAATAAGAAAATACTCTTTCTACACTTCGCTATATCAATCTCATCTTTCAGAAGGCGACTTGAATTCCTTTTTTGATTCAGTTCATAACTCTGTTAACCCTATAGAAGAAAGGTTTAAGAAACTCTGTGATTCTGATATAGATATTACTTTGTTGGACTAAACCATTAAACAAATGCCTATAGGTAAATCTCCTGGACCGGATAGCATGACTCCTGAATTCTATCAACATTTTTGGCGTGATTTAGAGAGTTATTGCTTTCGGGCTACAAAGAGGGTATTGCTAATGCTATCTTATCACCTCCTTTGTGACAGGGACTAATAGTTCTTATACCCAAATCAAAGAAGGACTCTCTTCACCTAGATTTAtattgtttttagattttttttaatgcttttgGCACTTTCAAACAACTTTTAACTTAGAACTCTCTACTTTTGGGTTTTGGGAGGATTTCTGTTAAGTGATAAGGATAATGTACAATATAATGATAATAGCAGTTCGGTGGCTATTAGTAATGGTACATCCCCTTGTTTCTCTATTGCTAGAGGAATTAGACAGGGTTGTCCAATCTCTTTATTTTAGCCACAGATCTACTAGTCATATTTCTAAACAAATCTGAGAATTTAAAATGGATCCGTATTTTTGGTAAAGATATAAATATCAGTCCATTTGCAGATGATACTGCCCTTTTCCTAAAGGATAGAGTGTTTATTCCCTTGGCTATTGACAGAATCAAGACATTTTCTATGGCCTCTGGGTTGACTCCCAACCTTAACAAATGTGATCTCATGCCAATTCTTTGCTGTGACTCCGTCAACATTGCCTTCGTCAACATTGCCTGTTAAAAAGGAAGTTAAATATTTAGGAATTGTTATCACTAAAAAATGTTCAGATAGAGAATCTTTAAACATCGATAATAGGATTAATTCCATGAGAGTGATATCTCAATCTTGGGTCGTATTCTTTTGTCCAAGACCGATGGTTTATCTAGAACCATTTACCCAAGTCAGTCCCTTTTTATTTCTtataataacattttaaaaaagttAATTAtgttatatttagatttgtttggaGGAATAAAACATTAGGGTTAGAAGAAAATCAGAAATCACAATTAGTATGATCGTGGAGGTTTACAGGATATTGATTTTGATTCGTTAATGGTTGCTTTTAGAATTAAATGGTtgatatgtctgtctgtctaatcctACGTCTATGTGGTATCATATCCCTAACAGTCTGTTTA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Function

NR:

description
uncharacterized protein LOC105941010, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU64250 True 6912 lncRNA 0.37 2 52624389 52631323

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110524698 LOC106573080 coding upstream 73180 52528778 ~ 52551209 (+)
LOC110524688 LOC106573082 coding upstream 99671 52520506 ~ 52524718 (+)
LOC110524629 LOC106573088 coding upstream 706405 51900323 ~ 51917984 (+)
LOC110524623 LOC106573089 coding upstream 729472 51888400 ~ 51894917 (+)
LOC110524604 LOC106573091 coding upstream 772614 51801997 ~ 51852291 (+)
LOC110524804 NA coding downstream 67357 52698680 ~ 52702647 (+)
LOC110524813 LOC106573076 coding downstream 76227 52707550 ~ 52722838 (+)
LOC110524844 LOC106573071 coding downstream 251547 52882870 ~ 52889860 (+)
LOC110524847 LOC106561671 coding downstream 273321 52904644 ~ 52925473 (+)
LOC110524881 LOC106573069 coding downstream 294312 52925635 ~ 52936875 (+)
G57758 NA non-coding upstream 32024 52565022 ~ 52592365 (+)
G57769 NA non-coding upstream 69012 52553300 ~ 52555377 (+)
G57740 NA non-coding upstream 129007 52495138 ~ 52495382 (+)
G57738 NA non-coding upstream 129419 52494434 ~ 52494970 (+)
G57736 NA non-coding upstream 131414 52492738 ~ 52492975 (+)
G57811 NA non-coding downstream 113033 52744356 ~ 52748628 (+)
G58134 NA non-coding downstream 231249 52862572 ~ 52862774 (+)
G58205 NA non-coding downstream 311562 52942885 ~ 52943257 (+)
LOC118964862 NA non-coding downstream 334492 52965815 ~ 52988549 (+)
LOC110524575 fgf3 other upstream 1173454 51449353 ~ 51451460 (+)
LOC118964841 NA other upstream 2540393 50037523 ~ 50184257 (+)
G53181 NA other upstream 3730477 48893497 ~ 48893912 (+)
G52324 NA other upstream 4241132 48380542 ~ 48383257 (+)
G52080 NA other upstream 4599431 48006674 ~ 48024958 (+)
LOC118936380 LOC106581842 other downstream 1034892 53632830 ~ 53705421 (+)
G59031 NA other downstream 1356817 53988140 ~ 53988597 (+)
LOC110525327 LOC106573036 other downstream 1413526 54044813 ~ 54089850 (+)
G59963 NA other downstream 2089865 54721188 ~ 54721463 (+)
G61202 LOC106573044 other downstream 3274185 55905508 ~ 55923376 (+)

Expression


Co-expression Network