XLOC_020800 (si:rp71-36a1.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020800
gene name si:rp71-36a1.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 5908556 ~ 5919307 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00040998
tattattatatcacaataatattagtaaaatgaatttaaattctGAGTAAATATGAATGTacacaaatttacacaagtaaatagatagactcaatgatgggctaaaaatctgtagaaAACTGCAGATGTCTGCGCATGTAGACTCCATGTGGGCCTACTGAATATATTttagacaaaaaagaaaataagactTGGATTTAAAAATTCCCCTATATAAATTTTAGATACCCAATTATTATGATTCTTAAACCTGTTAAAACTGACACGAAGAAATAGTCagaatataaataattttggaactgtcatgtttattaatcctatCACGATACAtttttataccatatacatgttttttataaattaattatgcaTCATATTGAtgcatcaggccttttggtaactttttcTGCTTAAAACTTGCTCAATTTAGTTCCCAAAAAGTTTGCCTATaacattttgattaaataaaacatttcaggcaGTTTGTCTCTATATTTGTTTTAACTAAACATGCAGTTATATTAGTCCTTTTCATTTTCAAGTTCGGAAAAGCAATACGTACTTTTAGAACCCCTTTGCTTTCCGTACACCCAGTTGTGTTTAGGTGTGTCTTATATAGGTGTCTGCATAAGCTGTCAGCGGACACACTTCGCAGAGGGGGAACTGGAATTCCAGAAGGGAGCAGAATCGACTGCTAACGTTACACCCGCAGTCTGTTGCTGTTCTGACACACCCGAAAAAACACTGGAGTGGATATTACCAATACAATCAACTAAGCTCGGATTCTAAAGTCCAAGGCATTATGGGAAATGTTGTATTGTTTTTCCTCTTCTCGCTGTTCTTGGAAGGTGTGTCAGGTGATGCTCAGGTGGTATCAGTAAAGGTGGGAGATTCTGTCACTTTACAGACCGATTCTCAAATACAGAGCGGCGATGTGATATTCTGGAGGTTTCAACCTCAAAACATAATGATTGCTTCTATTAACAAGGTAAAAGCTAGTTTTGAATTAAACAAGGAGCTTGATGGTAATTTCAAAAGCAGACTGCAGCTGCGTGTTCAGTCTGGATATCTCACCATCAAAAACATCATGACAACAGACTCTGGTGATTATGAAGTATCCAATGACAATGGCATCAAAAAGAGTTTCAAAGTCAGTGTTGTGTCTGTTGACTTCACGAAGACCGTTTCTGTGCTGGAGGGAGATTTAGTCACTTTACACACTGATGTTCCTGATATAAAGATATATGATGCAATAGAGTGGAGGTTTGAATATCAGAAATCTcctgtagctgaaataaaagctGGAAATGTCCCTAAATATGATGAAACTGATACGAGGTTCAAAGACAGACTACAGCTGGATCCTCAGACTGCATCTCTGACCATCAAGAACATCAGAACTGAACTGGCTGGACTTTATAAAGCTGACATTATCAGCAGTGGACACACTGTACACAAGTCATACAACGTCATCGTCATTGCTCCACGGGTACCTGTATGCGGACCTTCAGGTTGGTCTTCAGGTGCTGTCGCAGGGATTGTtgtttgtcttcttcttctggtGGCTGTAGCTGTAGCTTTGGTCATTTACTATCGCCGCAAGATTGCTGTTCTAGAAAAATCGCGTAAGTCTCACAACTGATAGACAATTATCAGCTCTTTTCATGTTATTAAATGATTTGTTGTTAGTTTGTATGACTAATGAAAGCTGGAAACATATTACAGAAATCACCAGAAATGCATGAATatgatcatttattttcagttgttgttttttaacttaAAGGGCTCTGTTTTGATGATCCAGGTGTaaacgcattaagggcatgtcagaatccacttttgctattttaaggatagaaaaatccactttgcgcagcggcacatggtctaacagggttgagcttattctcttaatgagttataggtgtgttttgagaataaaccaatcagagtctcatctcctattccctttaagagccagctgcatcgcgccataagcgcatttgctatttacatggcggcctttgtaagtggaaaaactgagcatttcaccagagagaaaaaagttaaacagagcatctacagtaccagaatgagagataagcctccttatatttactttcactttcactctcgtggatagagaaacgtgttgtacgcacacacatccattagcctacataattaatttggtttgttaagcgcaaagatttgttttaaaactatttctaaattcagttctaatttccagcaaacgaataaacgaAGAGTAACAACGAAGTGTGTAACTCaaagagttatatcctaatatacatgctgtgccccatatggtctaaaacatgacaggtggatctaagcttgtttttaataaaacaaatctaaatatgcatataataaataataagcttATAATAAATAGtactgatattaataatattatacaaaaacaaattgttataaataaactgaaaaagaccaacttaatgaaacatttgagggcgcatGATCAACTTAAAGGTAGAGGAATGCACTTTGACAGCTTGCCACATCAACTGAcactttcactgagtacatttacatcgacaccaatactcagattttaatatgattaagacaaacTGTccaagagtctaccatgtaaacagagattttttgATTCCCttaaaaggaccacagacacccgcGTCAaaaaatgcagagggtttttctTACAATTCAACgtttggtatcaaattccattaaaacatcacTCTCCTTACCTGTCCTTACTTCATATTCTCATCCAATAATTGTCACGGGGCATGCacaatatgttgctgaatgaaagtgaaacagtTAAGTCTAAAAAGTCCGAAAgtgcagttaaagtcgaaaaattaacgctcaaaattacatgaaacactAGATAGTTAATCTTTTTATACTGAATCTTTCCACCAAATAGTCCTTCCtcggtcttatccatatttctttgcacgttgaacacacgtcggccacaacaggaaataaaaactgCAACCACATTAATTGCGTAATTTTTTTACACGTTAAATATTTCTAATTAATAATgctctaattttgacagcactaatatatgtTTTTTCAAGTTAATTGATTCCTCACACATAGAGCAGCACAgttcatttgattattaataatattgttttttttttttcctgcagttaACAGAGACAATGTCTTGGTGCCTAAACCCATTCATACCAACAATGAATGAAACCAATCAAAAGGTATGGTCATGAAAAATAATCATATGTTTCTTATGTGAGCCCAAAATGaagaagctgtacaatattaatATGCTGTGATGCATATAGCTGAGCTTTAAAGCAACCACAAAACAAGTTGAATCATTATTTGATGTAAAGCTAATCTAAGAAGAAAATTGTACCTGTTACTCTTTGCATGTGATGCattcatgctaagctaagctgtTCCCACAATAACTggtcatttattcatgtatagttgttgtttttgagTCAGATCAGAGTGACGGGGCACTTTCTTCCCTTTCCCAGAAAGAcctgtgtttgtgtttaattCAAAAACCATCCAATGTGCCACTGACAAACTGACCACACTTGTTTAACGCATTTATAAGACTTTAGTGTTATTTAGCTTTTGTGTTTACCTATAGTAAAAGTGTTATAGTTTAGTGCTACATTACatatcttcattttattttatctgtctATATTTTGTATCTGAATATTTTCTAATTATCTTTGGATTATCTGTTGCTCTGAATGTGAGATCTGTCACTCTGGGAATTATTTTgactattttaattttgtttgtattaTAAAGTGTCTTTATGCTGTCCTACATGACTGCCTTAGTGTCTTTTCCATCTATATTTTGTGTTATTCTCGCTCTCAAGCTTCCGTTAGGACAATTTTGTCATAAATctttcataaacatgattgtcttgaggccattataattgtgtcatgaatattcCCTTTTTCCAGAGGAGCAATGAACTTGAATGTATATTTCTCAGTAAAAGGGTCCATAATCTGTCAAATAATTGTAAAACAGCATCATTAATTggcatttaataacattttaacaacAATTTTAATTTGTAACACTTTAGTTGAGGTCAGTAAAACTATTATTGATGCTATGCTAAAGCTGCTAATGATataaaagtcattcattcattaattttccttcagcttagtccctttttcatGAAAAGGTtgcaaaatgccaactgacccagccgttactcaaaccagcgaccttcttgctgtgaggtgacagtgctaaccactgagccaccatgccaccctgatATAAAATTAATGGCACAATTATAATAACCTCaaaacaatcatgtttatgacagatttatgacaagataTGTTCtcttgatgttttcatggcaaagCCAAAAGGTTGTGATGCACttggttatgtcaagttgtcataacaaagacatgTTAAACAATGTCatctatgtatttaaaattatattactgACAGCTGTCTCATGAAtaaatctcattcatattcatgacaCACATCATGTCacgattataaaggtttcatgatagtcttatgaacacccccttcaagtaaaggGTTACCATCACTTTTGTGTGGCCTTACTAATAAGACTGTTATTGCATTTTATACAAGTAGAATCATTGACATGTGTTGTTCTGAGCTGAGTGTATATTAATGTTCACATTGTGCTGTtactggaagaagaaaaaaaaaacaataaaacaatcaaatgacGAATTGTTTTAGCCATTGTCTGTTTTCTGTTCATCTCATAC
>TCONS_00040999
GTCTTATATAGGTGTCTGCATAAGCTGTCAGCGGACACACTTCGCAGAGGGGGAACTGGAATTCCAGAAGGGAGCAGAATCGACTGCTAACGTTACACCCGCAGTCTGTTGCTGTTCTGACACACCCGAAAAAACACTGGAGTGGATATTACCAATACAATCAACTAAGCTCGGATTCTAAAGTCCAAGGCATTATGGGAAATGTTGTATTGTTTTTCCTCTTCTCGCTGTTCTTGGAAGGTGTGTCAGGTGATGCTCAGGTGGTATCAGTAAAGGTGGGAGATTCTGTCACTTTACAGACCGATTCTCAAATACAGAGCGGCGATGTGATATTCTGGAGGTTTCAACCTCAAAACATAATGATTGCTTCTATTAACAAGGTAAAAGCTAGTTTTGAATTAAACAAGGAGCTTGATGGTAATTTCAAAAGCAGACTGCAGCTGCGTGTTCAGTCTGGATATCTCACCATCAAAAACATCATGACAACAGACTCTGGTGATTATGAAGTATCCAATGACAATGGCATCAAAAAGAGTTTCAAAGTCAGTGTTGTGTCTGTTGACTTCACGAAGACCGTTTCTGTGCTGGAGGGAGATTTAGTCACTTTACACACTGATGTTCCTGATATAAAGATATATGATGCAATAGAGTGGAGGTTTGAATATCAGAAATCTcctgtagctgaaataaaagctGGAAATGTCCCTAAATATGATGAAACTGATACGAGGTTCAAAGACAGACTACAGCTGGATCCTCAGACTGCATCTCTGACCATCAAGAACATCAGAACTGAACTGGCTGGACTTTATAAAGCTGACATTATCAGCAGTGGACACACTGTACACAAGTCATACAACGTCATCGTCATTGCTCCACGGGTACCTGTATGCGGACCTTCAGGTTGGTCTTCAGGTGCTGTCGCAGGGATTGTtgtttgtcttcttcttctggtGGCTGTAGCTGTAGCTTTGGTCATTTACTATCGCCGCAAGATTGCTGTTCTAGAAAAATCGCttaACAGAGACAATGTCTTGGTGCCTAAACCCATTCATACCAACAATGAATGAAACCAATCAAAAGGTATGGTCATGAAAAATAATCATATGTTTCTTATGTGAGCCCAAAATGaagaagctgtacaatattaatATGCTGTGATGCATATAGCTGAGCTTTAAAGCAACCACAAAACAAGTTGAATCATTATTTGATGTAAAGCTAATCTAAGAAGAAAATTGTACCTGTTACTCTTTGCATGTGATGCattcatgctaagctaagctgtTCCCACAATAACTggtcatttattcatgtatagttgttgtttttgagTCAGATCAGAGTGACGGGGCACTTTCTTCCCTTTCCCAGAAAGAcctgtgtttgtgtttaattCAAAAACCATCCAATGTGCCACTGACAAACTGACCACACTTGTTTAACGCATTTATAAGACTTTAGTGTTATTTAGCTTTTGTGTTTACCTATAGTAAAAGTGTTATAGTTTAGTGCTACATTACatatcttcattttattttatctgtctATATTTTGTATCTGAATATTTTCTAATTATCTTTGGATTATCTGTTGCTCTGAATGTGAGATCTGTCACTCTGGGAATTATTTTgactattttaattttgtttgtattaTAAAGTGTCTTTATGCTGT

Function

symbol description
si:rp71-36a1.1 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

GO:

id name namespace
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-050208-407 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000095295

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00040998 False 4814 mRNA 0.35 4 5908556 5919307
TCONS_00040999 True 1677 lncRNA 0.39 5 5909525 5918699

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020799 BX005329.1 coding downstream 13928 5871035 ~ 5894628 (-)
XLOC_020798 NA coding downstream 36284 5860140 ~ 5872272 (-)
XLOC_020797 si:rp71-36a1.5 coding downstream 68870 5835693 ~ 5839686 (-)
XLOC_020793 NA coding downstream 83357 5723328 ~ 5825199 (-)
XLOC_020801 si:rp71-36a1.2 coding upstream 3883 5923190 ~ 5933924 (-)
XLOC_020802 si:rp71-36a1.3 coding upstream 21091 5940398 ~ 5958066 (-)
XLOC_020803 NA coding upstream 58099 5977406 ~ 6009822 (-)
XLOC_020804 CU468041.2 coding upstream 107288 6026595 ~ 6054749 (-)
XLOC_020805 CU468041.1 coding upstream 124865 6044172 ~ 6046595 (-)
XLOC_020795 BX005329.2 non-coding downstream 159106 5745303 ~ 5749450 (-)
XLOC_020792 NA non-coding downstream 184425 5701260 ~ 5724131 (-)
XLOC_020806 NA non-coding upstream 145563 6064870 ~ 6066867 (-)
XLOC_020808 BX004840.1 non-coding upstream 166000 6085307 ~ 6087757 (-)
XLOC_020810 NA non-coding upstream 235368 6154675 ~ 6167952 (-)

Expression


Co-expression Network