XLOC_023318


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023318
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 10269856 ~ 10275658 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00047159
TCATGTCAaacaattgtttattattaattattatggtACAAATTAATGTGACAGACTTGAAGCTGTTAAGAAATACACAAAGTGCAGCTTAACTGACCGAACAGATATTGCTCTATATAATACATACAGTTTTCAGTCTATAAAATTTAAAGCATCCTTAGCAGGTTAAACAGCTTTGGTTTCGAGGTCTTGAGAGTAATAACAACGTTGACTTTTTAAACTCGActgcgtgtttgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtattccagTCTGTGTTCTTCAATAAATTTCAAAAGGTTTCCATCAGCTTTCGAAAGCAATTGcgttgaactgccaacttttcttTGTTCTCCATTTATACAGGGCAATTCCAGGCAATCAAACTCAAAAATGCATCTCACATAGTggaaagagaaaaacaaacattaacaatGCAGAAACCCAATGATAAAAAAGAAGAAAGTCAGGTAACAATCGTCTGTTCTATACACGTGACCCTGGAAAGCACATGGTAAAAGTAAAGCAGGTGAGAATCTGAAAACTACTTACAAACATATACACAAGTCCTTCATGTTGAACTTTTACAGAAAGGTATCGTGTTTTGACATTGCTCACTACTTAGCAGGACAGTGCTGAGGTAATTCGAAATGATATACTCCTCCGTTTAATCAATTTTCTTCAATCGGTTACATATTTCAAGATTGTCAGCGACATTTAGCCATTTCTCTGTACAATGTGCATATAACTATTGAGCTTTGGTCCAGCATTGAAAGGATGAGCAGAAGGCAGAGCTTAGATCCCCGTCTCttggttttcatttttggttaCAGCTTTTGTTTCCTAAGCCTGTATACCTTAAGACGTCCTGTCTCTGCAACCGAGCGCAGATGCCATGCTTCTGAATATTCAGGAAAAACAACAAGCTGGTGAAATGGCATTCTACCATACAACAAGAGTTCAGTTAATGAAATTAGACATCTCTTTTAATATGAGCCGAGATTTCTGTTACGTGGATGATTTTTTAGTTAGTGTATAGTAAATGTTCATTGTGATGAACAGCAAGTGTAAATACcttaaaatattttccttttttgtttgtttttgctgatGGACAGGTAGATTGGGTTTAATTTTagatttacaaatttacaaatcaGTACAAAATTGTAAATTTTATGAACTTCGGAATTCTGATAGCATATTTAAATGCCATAAAGCAAGCCCCCTTTGTAGTTTTTGACTTGTTCAGTGGAGGACAGAGACATAAAATGAACATCtgcttaatttactcaccctcgggCCATTTAGTAAATATGTGACTTTGCTGTCTTTGATTTTGCCTCACTTTAAaactcaaaaagttaaggtaactcaaactgtttgaggaaacaggactgcaacaaaccatttaagttcaaaaactaatcctaatgagtactgtgaacttcatCCATTTGGGTAAaggaagcaatttgagcacagaaaaacccaataaatgaagagaactcaaacagtttgaggaaaccgattgctacaacccatttgagttaaaaaaaaaaatctatatgagtactgtaaagtttctccatttaagttgaagtaataaggtatttatttaactcattacTTTAAACacggagttcaaaactcttttcaaatgagtagaattaactatCAGTCAATTCTgaattaactacactcatttcatttgataaagttgactgttaggttttacagtgtgggtttACACTTTAGTTTCGCCATATAAATGGcggtaattttaatattaaacatgtaaaaatacTGGTCAACAGTATGTTTCCTTTTATATGAtgaataactgtaaattattaagTAATGATTATCAGTAAATCCCAGAATTCACTTCCTTTGTTGTTGACATTGTTATGATTTTCTTTACTATTGTTCTGCTTTTTGTGATGAGCATTGCTTCGTTATATGACTTTCCCATCACCAACATGCTTTTggttgtttttgtctgtgtagtAAAGGTATAATGTGCTCACTTACTGCGtattcaaactgcttatttaaaccAACATAACCCATAAGGTACTTTTGGGACAAcgtaattgttttgtgttcaatccaccaAAATTTATGAAAACAATTAATTCATCATAACCACATGCTTTAGGTCGTTTTTATCGGTGTAATAAAGGTATAATGCActcaaaaattacatttgctgcttattcaaactactttttttaatATGAGTTGAACCAACAGTCCATAAGgtatttttgggacaacttaattgttttgtgttcaatccgcttaaattttttaaaacaattaaattaactgcactgtaaaaatgcagggttacaATTCATTGCTGTTGTCCAaacaaaaatagattaaatttatcgcaattatatttacaaatttaagtagattaaacataaaacaattgacaAGTTGCACCCAAAAAAACTTTGAATTGTGTAGCTTCAACTCATTTTGTTTTGAGTGTGGTATCACTTTATTCTGATGGCCCCTTTAGCGCATTtcgttgaatttaagttacattgcatctgcatgccaactaattctcattggatTATAAGTAGATTGATAAATTGGCTTTAGGGTTAGTTtaggttgacatgtacttgcaaagctacttatacacaaaaaaaaaaaaaaagatgtctgaAAAATTGTTGCACATGATTTATATGTgttgaaacaaacaaattaaatttggtattgtttaacttaatttgttggtttaaattcagcccaaatacattgtttacaaccacttaccttaaataaataaataaatacaaagaataatctttgaataatttttagtttagtcagttaaatgttaaagtatcaacagatattaagcagacagtctactaatgctcaaatgagaagtagttgcaatgcaatttttagtcaacaaaatgcgCAAtagggaccattaaaataaagtcttaccaattaacttcattgatttgtgttgggacaatatgaaggagttgtgtttgtttttttacagtatgtatagattttaatattttaaaactttgGTGTATTAAcactaaaatgaatgaaatagagCTTATATTTGAATTCTTCTACCATATTTATGATGGTAAAATTTAGGCAACTACAGCTGACTTTTGacataattgtttttacagtTCATGTTTATTGATGTAATTGACTCTAAAAGTGTCAGTAGTTTTGAGTTACATTATTTGGAATTACTAAATAGCTTAAACATTTCAGTTCCAGTTTAAAATCTTtaatattctaaaaataaaaacatcacctAACTTTCAGATGCtctaagggtgagtaaattaactgtcaattttattttttggttgaaTATCATCATCATTTATCTGTAAACTTACACCTTTTACTTTTAGTTTTACTTGTAGTCATTAAATATGAAGTGAATCCATTAGagaagtgtttctcaaccacattcctggaggaccatcagctctgcacatttcccatgtctccttaaccaaacatacctgattcagatcaccagctcattagcagagattgaaagacctgtaatgggtgtgacagactaAGGAGACACCCAAagcatgcagtgctggtggtccaccagaaacgtggttgagaaacactgcattggAGAACACTTTCAACATTAGCATTTCCCTTCGGTTGAATTGTAAGCTATTTATATCGCTGTTAAATCATTAACATACTTTCTAAAGACATTGCCAACAACTATACGTAAAATTTCCTTTGTGATTcttgaaatataatataaaaaggaataaaaaagaattatgaatgttgaaatatttgattttcaatcaaaatgagcattttccaaattttttttgaCATCAGAGAAAATAGTTCTGACACAATGTGAGTTGTTGCACAGTCCAAATGATAAAGACACACAGACAAAAAGATAACTTGCATAACCCAAGAGAAATCTTTAAAAGTAATCCATCTCATTTACTTGAAAtctttatgaatatatttatatatagaatatatttaGTTGAGTGTGACGAGTAAAATAAAACcctttgctttaaaaaataaaacatccgaTCACATGTAAAGAATAATAGAATTTGAGTAGTTTCAGGCCAAGGTATAACACAATGTCCTTGTTCTTTGGCTAGGAGGCTTTGGCAATGCCGTAAAATAGCTTCAATCAAAGCTGCAACAAATGCGGTACATGTGGTATAATCACTGAGAATCTCTTAGCAAAATATTCCTCCCAAATGCACTCTTCACTGGCTGATGCCTTAATGTTAATGAACCGATGACACAGACGACGAGGACTTCACATAAATAATGTGACAAGTTTTGAAATAAACGTTGATATTTTTGGAACTTGTGATTTCAATTTTGGTGACAGATTAGCAgagatatttacattaaaaacccAAGTGATAAAATAAGACATAGATTGAATGTCACACCCACCAACCCCATCCCTcttttttttgttcctttttttctttcgttttttttttctccccagtaaaaatgtaaaaatgtaaaacacatttacaattaaaaaacCTTAGGAATCAGATGCAACAAACTTTGGTAAGTAGTTTCTTCACCATCCTTGATTTAAATATGATCCCACAATCTGCTTCACacaactctgtttttttttttttcttgacttttttGGTTTTTGCTTTTGTGATGATAACACTGACAATAATTCTTTTAGCCTTTGTCAACAGCTCATCCAGTCGACAGAGCATTGGATAGCAATCGTCCAGTTCTTTAAAGTCCGCAACATCAGATGTTTGACCATCGCATTGGATGCTCACTGGTGTTCCTCCATATTATCAACCAGAGGGTCCATCGGTGCGCCCGGCACAAGTCCCTCAGGCTGTTTAAGCCTCTTTATAGTGTTTTTCAAAGCTTGCCTCTTATTGCAGAACCAGACGCGCACCACCTCGCGATCATAGTTCAGTTTCTCAGCGATTTCTGTCATCTCCTGACCGGAGGGGTGAGTATTCTTCTCGAAGTGGCTGTTGAGGATTTCCAGGGCCTGCGGCGTGAAAGAGGTCCGGCGTTTGCGCTTTTTGGAGGGCTCGCTGCCGATAAACTCGGTCAGGTTCTGCATGCCAGAGCGATGGCGGGCTTCCGCCTCGGCCATCCAGCGCTCCAGCACGGGCTTAATCTTCTGGGCGCTTTTTGGGGTGATGTCCAACTTCTCGAACCTGGCAGGATATAAAAGGCCAGGGTTCAGTTTGCCTGTCAGACTGCTAGCTATAGTGTTCTCTTGGGCTTCCTGTGGTAGGAAAAAGTGGCTTCTCAGGATGGTGTGTCTGGGGGAGAATTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00047159 True 5353 lncRNA 0.34 2 10269856 10275658

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023317 CR391965.1 coding downstream 13826 10255914 ~ 10256030 (-)
XLOC_023316 zgc:173856 coding downstream 248515 10018653 ~ 10021341 (-)
XLOC_023315 zgc:171474 coding downstream 255232 10010630 ~ 10014624 (-)
XLOC_023314 zgc:171750 coding downstream 263698 10003426 ~ 10006158 (-)
XLOC_023313 si:ch211-146l10.7 coding downstream 271908 9995077 ~ 9997948 (-)
XLOC_023319 ankha coding upstream 73489 10349147 ~ 10394277 (-)
XLOC_023320 NA coding upstream 221711 10497369 ~ 10499902 (-)
XLOC_023321 fam49bb coding upstream 517115 10792773 ~ 10897557 (-)
XLOC_023322 asap1b coding upstream 622110 10897768 ~ 11057305 (-)
XLOC_023323 AL840641.3 coding upstream 629514 10905172 ~ 10905286 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc upstream 27902303 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023310 NA non-coding downstream 395165 9870547 ~ 9874691 (-)
XLOC_023309 BX649325.1 non-coding downstream 557246 9712495 ~ 9712610 (-)
XLOC_023307 NA non-coding downstream 657500 9507674 ~ 9612356 (-)
XLOC_023304 NA non-coding downstream 983214 9252734 ~ 9286642 (-)
XLOC_023324 dre-mir-7147 non-coding upstream 672406 10948064 ~ 10948145 (-)
XLOC_023325 AL840641.1 non-coding upstream 735778 11011436 ~ 11011551 (-)
XLOC_023326 AL840641.2 non-coding upstream 772788 11048446 ~ 11048560 (-)

Expression


Co-expression Network