XLOC_023341


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023341
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 12741936 ~ 12746499 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00047162
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>TCONS_00047163
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>TCONS_00046163
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Function

GO:

id name namespace
GO:0015985 energy coupled proton transport, down electrochemical gradient biological_process
GO:0015986 ATP synthesis coupled proton transport biological_process
GO:0005753 mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex cellular_component
GO:0044421 obsolete extracellular region part cellular_component
GO:0016469 proton-transporting two-sector ATPase complex cellular_component
GO:0005576 extracellular region cellular_component
GO:0045259 proton-transporting ATP synthase complex cellular_component
GO:0045263 proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) cellular_component
GO:0000276 mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) cellular_component
GO:0098800 inner mitochondrial membrane protein complex cellular_component
GO:0015078 proton transmembrane transporter activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00047162 False 2973 lncRNA 0.32 1 12741936 12744908
TCONS_00047163 False 3844 lncRNA 0.34 4 12741936 12746499
TCONS_00046163 True 4109 lncRNA 0.34 3 12741936 12746499

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023340 pdcd6 coding downstream 52365 12629649 ~ 12689571 (-)
XLOC_023339 NA coding downstream 140207 12596538 ~ 12601729 (-)
XLOC_023338 CR855257.1 coding downstream 585292 12155107 ~ 12156644 (-)
XLOC_023337 CU929203.2 coding downstream 612480 12128505 ~ 12129456 (-)
XLOC_023336 tm9sf1 coding downstream 833821 11887885 ~ 11908115 (-)
XLOC_023342 cox19 coding upstream 878 12747377 ~ 12749116 (-)
XLOC_023343 ipo4 coding upstream 7514 12754013 ~ 12832499 (-)
XLOC_023344 pck2 coding upstream 173520 12920019 ~ 12938922 (-)
XLOC_023345 CR405710.1 coding upstream 207990 12954489 ~ 12958668 (-)
XLOC_023346 dcaf11 coding upstream 216620 12963119 ~ 12983829 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc upstream 25431462 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023335 NA non-coding downstream 866724 11874337 ~ 11875212 (-)
XLOC_023331 BX005057.1 non-coding downstream 1329995 11411822 ~ 11411941 (-)
XLOC_023348 NA non-coding upstream 312168 13058667 ~ 13125473 (-)
XLOC_023349 NA non-coding upstream 477749 13224248 ~ 13245885 (-)
XLOC_023352 NA non-coding upstream 608779 13355278 ~ 13357652 (-)
XLOC_023354 CR450741.1 non-coding upstream 863099 13609598 ~ 13609714 (-)
XLOC_023356 NA non-coding upstream 1695455 14441954 ~ 14445136 (-)

Expression


Co-expression Network