XLOC_023969


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023969
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 14931982 ~ 15034584 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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AATCACTCCAGTCTTTCCCCCATccaacttttgtttgtttattgtcttCATTCCTCAGCATTTGCTTCAAAACGTGTTGACGATTGTTTGGCGAATGTGGAAAAGCGTCAGGCCTCACCTTCATTATTGGCCAGCATCAGATGAATGTAAGAAATGATTACACCAGCAGCCCCAGTCATTATCTTATCAAACAATGGCAGGTCTGCTCAAATTAAACATTCTTCTGCTGACAGGTGTGTACGAATGTGCGTCCCAGGCCTCCAGTGTGACAGACGGGGGGTGTGCTGTGACGGAAAGACCCTCGCTAACACTTGCCTGACAGACAATAAAACACAGAAAGCTCGTCCTGCAGGTgaacagtATAATTTGACACCCCCTGCCCCCAATTCTGGACAAAAAAGGGTCCTGTGAGAGAggagtgtacagccaagcacatggcAGGACAGGCGCTGGTGTCCTGGGCTGGGGCCGTATGGAAGGTCAGGGGGGTTGGCGAGGAGCGCCAGCCAGGACTCTGAAGGAAACAGTGGGAGAATGAGGCGGCTTGAGCCCGCTGGTCACCAGCCAACAGCCCAGCCTCGAGTGTACGCTTTCCTCCGCGAAACACTCCACAGTGGTGGAGGGGGAAGGTATGCAGAACCACACAATGTAGATATTTTGGTTGTTGACAATGCTGACTTTGGTGGTTTTAACacttagttgttgtttttttatggtgATTATAACCATATGACCATCCAATACTGTTCATAAGAGACAGTTCATTTATAaaattagttcatccaaaaaaataaaagttctgtttataaatactcaccctcatgtcatttgaTTATGATCATAGAACTTTGATCATCTTCAGATCACAATTAAGATCTTATAGAGTAGATCTAAGAGCTCTCTCATCCCGAATACAGTATAATAAGGGTCCCGAGTCAttaaaagtccagaaaaggaaccaaaaacattgtcagaacattccatgtgacttcagtggctcAGCTGTAATGATATGAAGCTTTAATAAGACCTGCCAAAAACTGTAAAATCGGCTTTGAAATCTCTTAATTTGGGTTCTGAAGTTGATTGAATGTCTCAGGGAATTAGAACGACATGAGGGTGGGTAAtttataactgaattattttttttttgtgaactaaccctttaaccctTTAGGCTGTAGAAGATGTAGGTTATATTTTCTTTAGTAGAATAAAAAAGATTAAGAATATTGTTTGCGAAATATTGAAAATcagtatgagtgcatgtgtgaatgtgagagtgtatgtgtgttttacagtactaggttgcggctggaaaggcattcgctgcgtaaaacatatgccggaatagttggcagttcattctgccgtAGCGACCCCATATAatggactaagtcaaag
>TCONS_00049208
CAGCATTTGCTTCAAAACGTGTTGACGATTGTTTGGCGAATGTGGAAAAGCGTCAGGCCTCACCTTCATTATTGGCCAGCATCAGATGAATGTGTGTACGAATGTGCGTCCCAGGCCTCCAGTGTGACAGACGGGGGGTGTGCTGTGACGGAAAGACCCTCGCTAACACTTGCCTGACAGACAATAAAACACAGAAAGCTCGTCCTGCAGATAATTTGACACCCCCTGCCCCCAATTCTGGACAAAAAAGGGTCCTGTGAGAGAggagtgtacagccaagcacatggcAGGACAGGCGCTGGTGTCCTGGGCTGGGGCCGTATGGAAGGTCAGGGGGGTTGGCGAGGAGCGCCAGCCAGGACTCTGAAGGAAACAGTGGGAGAATGAGGCGGCTTGAGCCCGCTGGTCACCAGCCAACAGCCCAGCCTCGAGTGTACGCTTTCCTCCGCGAAACACTCCACAGTGGTGGAGGGGGAAGGTATGCAGAACCACACAATGTAGATATTTTGGTTGTTGACAATGCTGACTTTGGTGGTTTTAACacttagttgttgtttttttatggtgATTATAACCATATGACCATCCAATACTGTTCATAAGAGACAGTTCATTTATAaaattagttcatccaaaaaaataaaagttctgtttataaatactcaccctcatgtcatttgaTTATGATCATAGAACTTTGATCATCTTCAGATCACAATTAAGATCTTATAGAGTAGATCTAAGAGCTCTCTCATCCCGAATACAGTATAATAAGGGTCCCGAGTCAttaaaagtccagaaaaggaaccaaaaacattgtcagaacattccatgtgacttcagtggctcAGCTGTAATGATATGAAGCTTTAATAAGACCTGCCAAAAACTGTAAAATCGGCTTTGAAATCTCTTAATTTGGGTTCTGAAGTTGATTGAATGTCTCAGGGAATTAGAACGACATGAGGGTGGGTAAtttataactgaattattttttttttgtgaactaaccctttaaccctTTAGGCTGTAGAAGATGTAGGTTATATTTTCTTTAGTAGAATAAAAAAGATTAAGAATATTGTTTGCGAAATATTGAAAATcagtatgagtgcatgtgtgaatgtgagagtgtatgtgtgttttacagtactaggttgcgg
>TCONS_00049209
CAGCATTTGCTTCAAAACGTGTTGACGATTGTTTGGCGAATGTGGAAAAGCGTCAGGCCTCACCTTCATTATTGGCCAGCATCAGATGAATGTGTGTACGAATGTGCGTCCCAGGCCTCCAGTGTGACAGACGGGGGGTGTGCTGTGACGGAAAGACCCTCGCTAACACTTGCCTGACAGACAATAAAACACAGAAAGCTCGTCCTGCAGATAATTTGACACCCCCTGCCCCCAATTCTGGACAAAAAAGGGTCCTGTGAGAGAggagtgtacagccaagcacatggcAGGACAGGCGCTGGTGTCCTGGGCTGGGGCCGTATGGAAGGTCAGGGGGGTTGGCGAGGAGCGCCAGCCAGGACTCTGAAGGAAACAGTGGGAGAATGAGGCGGCTTGAGCCCGCTGGTCACCAGCCAACAGCCCAGCCTCGAGTGTACGCTTTCCTCCGCGAAACACTCCACAGTGGTGGAGGGGGAAGCTTTATCCTGTGCTGCTGGTGTGAGAATCAGCCTGGCATTTGATTCAGTGCAGAAGCAGGAGCAGCAGCACCTGGATTTCCTCTGCAAGCACTTCACCAAAACAAGGCCAATCCCAGTCTCTCGTACCTGACCGTTTTCTGCTGTAAGGATTCATCTCTATATTTCCCTCCCTGCTGGGTCTCCCGAGGGGGCAAAATAACAGACTTTACCCTGCAATCATTCCTTACACATACTGTTTTCGTTTAAGCTGAAGCCTCATTTGGGTCTCATCTGAGTCCTCGCCATTGGAG
>TCONS_00047592
gctggcagctagctctctgcaactctcacatggttgctcACTGAAGTTAAGCAGCGCTGTGCTCgatcagtacctgaatgggagaccacatgcgaaagctaggttgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000115854

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TCONS_00049030 False 313 lncRNA 0.46 2 14934317 14934716
TCONS_00049031 False 1404 lncRNA 0.43 2 14934317 14951262
TCONS_00049208 False 1163 lncRNA 0.43 3 14934372 14951172
TCONS_00049209 False 769 lncRNA 0.53 6 14934372 15034584
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_023966 CR388067.1 coding upstream 247635 14684233 ~ 14684347 (+)
XLOC_023965 dbx1b coding upstream 421500 14507567 ~ 14510482 (+)
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XLOC_023971 AL929172.1 coding downstream 85013 15119597 ~ 15119730 (+)
XLOC_023972 AL929172.2 coding downstream 100018 15134602 ~ 15134718 (+)
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XLOC_023973 CR762411.1 misc downstream 183240 15217824 ~ 15218109 (+)
XLOC_023961 CR382374.1 non-coding upstream 797278 14134590 ~ 14134704 (+)
XLOC_023953 NA non-coding upstream 1306259 13619831 ~ 13625723 (+)
XLOC_023952 NA non-coding upstream 1369168 13558992 ~ 13562814 (+)
XLOC_023977 NA non-coding downstream 449689 15484273 ~ 15486780 (+)
XLOC_023978 BX323543.2 non-coding downstream 452910 15487494 ~ 15489644 (+)

Expression


Co-expression Network