XLOC_025446


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025446
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 31097933 ~ 31105653 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00050181
TAACTTCATAGCCCTTTTATAACGTCTGCTGTTTTGAAACCCAAGTTAGACATTTAAAAgtattgatatttaaatatatcatCTTTCTTTTGTTTGGGCGTTGCTAAAAACAACGTGTCACCAATATCAACAAGAAACGACTGGTTCACAGTGACAAAACAGCAGGGGAACATATAGATTACTGTCGTTTTCTGGATTTTGTTCGTGTGTAGACAGTCTTTGTTTGTTCTATGATGAAAGTAATCTGCAAATGACTTCGAGCGAAGAGCGCCTGTGCAGACCGCGCGGAAGAGGCGAGCGGCCAATGCACCGGAGCACCCTGACTCTCGGCGACCGCAACACATGCTTTTACTCTACAACACATACAGAGAGTTTTTCTAGAAGAGGACATGATGGTCAAGCACTGATCTTTCCACACCGAAATCCATGTTATCCCTCTCAGCATAATGGAAAGCTGGACCTCAAAAACATCCCTGTGACACAAGGACAGACACACTCCAGAGATGAATATGGCCCAAAGAGATCATACCACATTACGTCCTACATCAAGCAGGGCTACGGAACAGAAGACAGAACCGCCAGGGCTTTGTGATGAAAGAAGTCACCAACCCCACTGAGCCCACACCATACCAGAGCACATATCACACAGCACACTGCAGCAGATACCAAACAAATGAAGACACCAGTGGACGGCCAGTCTATTGGCACAGCCATAACATTATCACAGGACAGGAGGAGGCTGCAGCTGGGCCTGGGAGACCCAGAAGACAGTCTGGCGAGAGTGTTTTGTGGGAAGCTCGACGTTGGGAGACACATCACGACTCGTTACGTTTGTACTAAACTGCTCAACTGCAACATGAGACCAGTAAACAGTTAATAAATGTTCTCTATTATGCTGGTTAGCAGTCAAATATTACGAACAAACCTTCAAAATTAGGTctctgtggagaaaaaaaaaaaacatttaaaataagcatGAGCAAATAATTGGTTTGTTACAtttctataaattatataaaaattaaatttgggttatttttatttattttagtatgatttataCACCGAATGAGCCACAACATATGACCACATACCTAATATGATGTTGGTCCTCTATAAGTTTCTAAAACAGTCCCAAACACCGGCAAGACCCCTGAAGATAGTCCTTTCATAGTTGGCACCAAGAAACTGACAGCAGATCCTTCAAGTTCTGCGAGTATTGAGGTGAACATTTTTGAGGTTGATTTGTTGGGTTAATAAACCCCACACACAGATTCTCAATTGGAGTGAGATCTGGTGAATTTGGAGGCCAGGGAAACATCTTGAACTCTTGTGTTCTTCAAAGGGTTCCCACTTTCATGAAGGGCAGATTCAAGGACTAACATTTGAAATCAAGTACCATTGTAATTTACACCCCCAGTAAGTGTAGTGCCATGTATGTCCTTACCGTtcttaacatttcacttacacttaatTTAAATGTGGGTAGGTTTTCCAGAGATGTTTGTCGTTCAAAAGCAGCAGTTTCCTAAATGTTGATCAAATTTGCGTTACTAGTCGTAGTTCTTGTACAGGATTTAAATTGTAAGATTTatgaattaagattttttttttttacagcagcaCAGTACAATTGTTGAACTAACACTATcaacacatttaattttaaatttaattcaagcacttttaaGGACCTGTGTGTTTAAGCACTTTCCAGGCCTTGAGATCCTATGTTTGAAATTCAAATACTAAAGTGTAGGAAATGGAAACCCAGTCTTCAACCCTTCCTCTGGGAAACCCCATTACCATTATGATCTTAAAAATGTTTAGTGGGTAGCAAGTGTGATATTTTCGTCTCCAACACCCTGAACATCACAATCCCTCCACTACGTACCATTATCCTTCAGTGCATGTTGGTGTATTACCTCCGATATTTCtttggcattttagaatgaccaaaacaacatttcagatattttacaatgtgttcagcttgctggtttatccattcacacacattttttaatcaccacataatcttttttttattgtgcatactggaatttgttcagtaaaagtgttaccatcatagtttatgcgcatcttttcttatcacataaaaagtttattctactcaatTTTCAACATTTATGCGCATCTTGCCGTTTGCATCAACTGTTTTATCATGTGCATGTCCAAAATGCATGTGAAATAGGTGGATGGACACATAGCTACTCTCACCTACCCACACTTTAACATGTGCTATTGTTAGGAGGTAATATAATATTCACCTCACCTGTGTCAATATTTGAGCTCATCATTGTATATTGCGTTTCCACTTGCACCACAATATTTGTCAGTTACCCATATGCCCGACCATTATAAACATACTCGGTAAGTAAACAGCATCATGCATTGCGTGATAAACTACTAAGCGTTGTTCTGCCTACTTATGCCATCTAAACTATAGAAAATGTGCATTTTACTCCACTAAATCTTGTAGGAGGAAGCAGGAAAAATTGTACTAGCTtgacaaactgaataaaaaggcTCTATTCTGATTGATTTGTGATAATTTTGTCTTTAGTACtctaaaaatgtctttattttcccTATTTGACTTAATACAGGCCGAAACATGAcaataattgcatttaaaaaaaaaaatactgctgtTGCAAATGATCAAGTTTAATTTGATAGGGACATTTTTTACGTTGTGCTCTCCAACATGTCTTACTGATGGTACGTCAGGAAAACCAGCTATACTGTTATTAGATTTCGAAAATGTGCTTTTTCATAATTATGTTTCTGAAACCTTTAGTTCattgaaatatttacattttgttttatttcaattatagTACTTTGATATTTGCTAAAACAACCTCAAAGTTTCACCtctaatatttaaacatttatcatCTATTGTTTTTAATAACTTCACAGATTTGGTTACAAAATCTAGTTTCAAATCAGTTTAATGCTTTAAAGAACACAAACAAAACGACAGGTAAAATGACATGGAGAGAAGACAAACTTAAGACAAGCTGATAGAACACACAACAGAGAGGAAATGAacgtgtataaatatatacacacacacgcgcacactcacacacacacacaacgagaGGTTTTCAATTGGAAAATGGCTAGAGCTAGAGGACAGTAATGAGGGTCCACACAGCACTAGTACAGCAGTATGGGTCTAACGTCCCCTTCACAAACACTCCAGTTCAGGTTTTCCAGTGCAATTTTCAGAACAGTGCAGAAATGCATGTTTCCAAGCCATTCATAGACAAAAAGGCTACATTTCATGAATTCTGATGATGTGTTCTGTGCATCTAATTGGTTAAAGCAAATATTGGGCAGATGCCTTGCAAATTTAACAGATTCAAAGAAATTAAGCGCTCTATATTTTGCACAGACTTATTAAATGTGCTATGACATGCAAATATACATGACTGTAAGAGCTGAAATGAGTATTTCagcattgaaaaaataaaacacttttgatGGAAAACAAATGTATACTTCAAACTGAAACCTAAAAACAAAGTTATACGTGAACCTTAAGAGATCTCTGCATACATTTAAGCTGTTCTCTAGATGTTACTTATCACTATCAGCTTAGTTTCTGCAAAAGCTTTACGTTGGTCTGTGGAAATTTGACGATAAGCAGGGAAGATGACCACATTAAACTCAAATTTGTCTG
>TCONS_00052713
TTCGAGCGAAGAGCGCCTGTGCAGACCGCGCGGAAGAGGCGAGCGGCCAATGCACCGGAGCACCCTGACTCTCGGCGACCGCAACACATGCTTTTACTCTACAACACATACAGAGCATTACGTCCTACATCAAGCAGGGCTACGGAACAGAAGACAGAACCGCCAGGGCTTTGTGATGAAAGAAGTCACCAACCCCACTGAGCCCACACCATACCAGAGCACATATCACACAGCACACTGCAGCAGATACCAAACAAATGAAGACACCAGTGGACGGCCAGTCTATTGGCACAGCCATAACATTATCACAGGACAGGAGGAGGCTGCAGCTGGGCCTGGGAGACCCAGAAGACAGTCTGGCGAGAGTGTTTTGTGGGAAGCTCGACGTTGGGAGACACATCACGACTCGTTACGTTTGTACTAAACTGCTCAACTGCAACATGAGACCAGTAAACAGTTAATAAATGTTCTCTATTATGCTGGTTAGCAGTCAAATATTACGAACAAACCTTCAAAATTAGGTctctgtggagaaaaaaaaaaaacatttaaaataagcatGAGCAAATAATTGGTTTGTTACAtttctataaattatataaaaattaaatttgggttatttttatttattttagtatgatttataCACCGAATGAGCCACAACATATGACCACATACCTAATATGATGTTGGTCCTCTATAAGTTTCTAAAACAGTCCCAAACACCGGCAAGACCCCTGAAGATAGTCCTTTCATAGTTGGCACCAAGAAACTGACAGCAGATCCTTCAAGTTCTGCGAGTATTGAGGTGAACATTTTTGAGGTTGATTTGTTGGGTTAATAAACCCCACACACAGATTCTCAATTGGAGTGAGATCTGGTGAATTTGGAGGCCAGGGAAACATCTTGAACTCTTGTGTTCTTCAAAGGGTTCCCACTTTCATGAAGGGCAGATTCAAGGACTAACATTTGAAATCAAGTACCATTGTAATTTACACCCCCAGTAAGTGTAGTGCCATGTATGTCCTTACCGTtcttaacatttcacttacacttaatTTAAATGTGGGTAGGTTTTCCAGAGATGTTTGTCGTTCAAAAGCAGCAGTTTCCTAAATGTTGATCAAATTTGCGTTACTAGTCGTAGTTCTTGTACAGGATTTAAATTGTAAGATTTatgaattaagattttttttttttacagcagcaCAGTACAATTGTTGAACTAACACTATcaacacatttaattttaaatttaattcaagcacttttaaGGACCTGTGTGTTTAAGCACTTTCCAGGCCTTGAGATCCTATGTTTGAAATTCAAATACTAAAGTGTAGGAAATGGAAACCCAGTCTTCAACCCTTCCTCTGGGAAACCCCATTACCATTATGATCTTAAAAATGTTTAGTGGGTAGCAAGTGTGATATTTTCGTCTCCAACACCCTGAACATCACAATCCCTCCACTACGTACCATTATCCTTCAGTGCATGTTGGTGTATTACCTCCGATATTTCtttggcattttagaatgaccaaaacaacatttcagatattttacaatgtgttcagcttgctggtttatccattcacacacattttttaatcaccacataatcttttttttattgtgcatactggaatttgttcagtaaaagtgttaccatcatagtttatgcgcatcttttcttatcacataaaaagtttattctactcaatTTTCAACATTTATGCGCATCTTGCCGTTTGCATCAACTGTTTTATCATGTGCATGTCCAAAATGCATGTGAAATAGGTGGATGGACACATAGCTACTCTCACCTACCCACACTTTAACATGTGCTATTGTTAGGAGGTAATATAATATTCACCTCACCTGTGTCAATATTTGAGCTCATCATTGTATATTGCGTTTCCACTTGCACCACAATATTTGTCAGTTACCCATATGCCCGACCATTATAAACATACTCGGTAAGTAAACAGCATCATGCATTGCGTGATAAACTACTAAGCGTTGTTCTGCCTACTTATGCCATCTAAACTATAGAAAATGTGCATTTTACTCCACTAAATCTTGTAGGAGGAAGCAGGAAAAATTGTACTAGCTtgacaaactgaataaaaaggcTCTATTCTGATTGATTTGTGATAATTTTGTCTTTAGTACtctaaaaatgtctttattttcccTATTTGACTTAATACAGGCCGAAACATGAcaataattgcatttaaaaaaaaaaatactgctgtTGCAAATGATCAAGTTTAATTTGATAGGGACATTTTTTACGTTGTGCTCTCCAACATGTCTTACTGATGGTACGTCAGGAAAACCAGCTATACTGTTATTAGATTTCGAAAATGTGCTTTTTCATAATTATGTTTCTGAAACCTTTAGTTCattgaaatatttacattttgttttatttcaattatagTACTTTGATATTTGCTAAAACAACCTCAAAGTTTCACCtctaatatttaaacatttatcatCTATTGTTTTTAATAACTTCACAGATTTGGTTACAAAATCTAGTTTCAAATCAGTTTAATGCTTTAAAGAACACAAACAAAACGACAGGTAAAATGACATGGAGAGAAGACAAACTTAAGACAAGCTGATAGAACACACAACAGAGAGGAAATGAacgtgtataaatatatacacacacacgcgcacactcacacacacacacaacgagaGGTTTTCAATTGGAAAATGGCTAGAGCTAGAGGACAGTAATGAGGGTCCACACAGCACTAGTACAGCAGTATGGGTCTAACGTCCCCTTCACAAACACTCCAGTTCAGGTTTTCCAGTGCAATTTTCAGAACAGTGCAGAAATGCATGTTTCCAAGCCATTCATAGACAAAAAGGCTACATTTCATGAATTCTGATGATGTGTTCTGTGCATCTAATTGGTTAAAGCAAATATTGGGCAGATGCCTTGCAAATTTAACAGATTCAAAGAAATTAAGCGCTCTATATTTTGCACAGACTTATTAAATGTGCTATGACATGCAAATATACATGACTGTAAGAGCTGAAATGAGTATTTCagcattgaaaaaataaaacacttttgatGGAAAACAAATGTATACTTCAAACTGAAACCTAAAAACAAAGTTATACGTGAACCTTAAGAGATCTCTGCATACATTTAAGCTGTTCTCTAGATGTTACTTATCACTATCAGCTTAGTTTCTGCAAAAGCTTTACGTTGGTCTGTGGAAATTTGACGATAAGCAGGGAAGATGACCACATTAAACTCAAATTTGTCTG

Function

GO:

id name namespace
GO:0042985 negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process biological_process
GO:1903019 negative regulation of glycoprotein metabolic process biological_process
GO:0010561 negative regulation of glycoprotein biosynthetic process biological_process
GO:0030672 synaptic vesicle membrane cellular_component
GO:0030133 transport vesicle cellular_component
GO:0099501 exocytic vesicle membrane cellular_component
GO:0099503 secretory vesicle cellular_component
GO:0070382 exocytic vesicle cellular_component
GO:0030658 transport vesicle membrane cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00050181 False 3718 lncRNA 0.37 4 31097933 31105653
TCONS_00052713 True 3302 lncRNA 0.37 3 31098188 31105653

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025445 si:dkey-66i24.9 coding upstream 403 31093455 ~ 31097530 (+)
XLOC_025444 si:dkey-66i24.8 coding upstream 7372 31087509 ~ 31090561 (+)
XLOC_025443 si:dkey-66i24.7 coding upstream 37324 31058464 ~ 31060609 (+)
XLOC_025442 cox6a2 coding upstream 55831 31039923 ~ 31042102 (+)
XLOC_025441 prf1.1 coding upstream 109600 30980852 ~ 30988333 (+)
XLOC_025447 NA coding downstream 63566 31169219 ~ 31170874 (+)
XLOC_025448 clec19a coding downstream 72319 31177972 ~ 31188131 (+)
XLOC_025449 NA coding downstream 126156 31231809 ~ 31239563 (+)
XLOC_025450 c1ql3b coding downstream 290496 31396149 ~ 31430489 (+)
XLOC_025451 ccdc43 coding downstream 494940 31600593 ~ 31605331 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 848897 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025439 NA non-coding upstream 149479 30943288 ~ 30948454 (+)
XLOC_025437 NA non-coding upstream 189807 30907892 ~ 30908126 (+)
XLOC_025436 NA non-coding upstream 224773 30868418 ~ 30873160 (+)
XLOC_025435 NA non-coding upstream 402126 30694174 ~ 30695807 (+)
XLOC_025434 NA non-coding upstream 442375 30643162 ~ 30655558 (+)
XLOC_025455 BX324157.1 non-coding downstream 682868 31788521 ~ 31788637 (+)
XLOC_025458 NA non-coding downstream 812509 31918162 ~ 31919131 (+)
XLOC_025473 NA non-coding downstream 1188120 32293773 ~ 32297003 (+)

Expression


Co-expression Network