XLOC_002939


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002939
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 36465343 ~ 36469895 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00006097
CACGACTTGTAGACGGTAAACTGACCTACTTTAAACGTGACTAATAGGAAATTTGTCCTAAATAGCAACCATAAGCTGTTTTTTAAACGAGGACACCATATTTCACCAGTGTGACAGGCGATAAAACACAGTCAGTATGCTGTTAAACGGCTTCACACTGAACTATGACTCAGTATAAGCGGTTTTATGCAGAGATTCGTTCCTACAGCCTCCACGCCCACTAACAAACCAAAGAAACTGGCGACACTTGTATTGGTCCTCAAAGAagttaaaaaggaaataaaatgcGTGAAAACATCAGCTCGCGGTTTGTTTTGGACGTTATGAAGCTGGAGTCGTTCGTGAACCGTCCTCCATCCGGATTTATCGTGGAGCGGCGCCCGGGCTGCAGACTCCTGAAGTGGGATCCGGAGAAAAGCTGCGTCTTCATCGATGACATCCATTCTAGAGAGGGAAAAGTGATTTTCTACAATTCCCCAGGAAGGTAAATGTGGTTTATTAATCCAATTTATCATATTTCACTGGTATGTTTACATGTAGCGTGTTTTTTTTAAGTCGTATGGGCATTACAGGAAAATCACAGTACGTACTTTGGGTACACGGATTTAAGACGACAACTGACCTTAAAGACGATTTACATACTAGTGTCTGCTTATGACAACACTAAAGGCCAAGAGAAGAGCAATGGGGATGTTCTAGGTAGGatttttgttcatatttgttaaaatttgttgttaatatttaatatttaattcttaATACTCAAGTTTTGTTTTACACAAGACTACAAACATTTGACATTGTTGATATAACCAAGGACCACAAAACCATTCATAacgtcaattttatttttaatttataataagtttTCTAATGTTGTAATGTTTGTTTACAACATTGAGATGCAGCTATATCAACATCTAGcatcaaaaaagtaaaaaattaaaaaaaaaaaaaaaaaactaaatccttTAAAGTTGTTCAGATTAAGGACAGATTACTAATATCTTAACAATGCTTATTAGTATTCAATAATTGTGAAATTTACAGTAGGAAGCTGTAAATGGAACTCAATCTTAATTTGTTttatggcataaaagaaaaatccataattttgttgcaatatacaatatataataatacaatatgatgtatttttggctatttttacaaatataaccACATATtttagactggttttgtggtccagataTCTACATATATTCAGCACAGACTAGACATGCTTttgtttgcatttaataaaagtattatatgcatatgcagaaagcatattaaatgcaagagactttatattacatattactgTAGTGAAAATTAAATGTAGAAAGTGGAAATGATGTTCCATTGCCATTCACAACAGAtctatttatgtaaaaatgaaacaacatgTGCATTCTTACCTGTActtactaaaatatttaaaatgattaataaagtttGCATGataaaatgtttttggtacaatTTGTACATAGAGTTATATTTTATTAGGTATCTTTGCAataaaatcattgtaaaaatgtgtaatgGTGATTATTTGTTTCtccaaagaaataaacagtactCTTTCTATTGtatgaaaaattattaaatattttttatttagttattaatattttatgtttattcataaatattggttattatttagtaaattaaataatttctttttatttaaatttaaataaacggaataaaaaagacaaaaataattttcattttcaagtagtttaaattatatttatttatttatttatttatttatttaattatattaacttaaattatataactaacttcaaaaatatatattttagtacttttttattctgtttattttatttattttattcaagatAATATTTTATGatgatttatatgtatataattatcTATTTTTACATATTGTTTAACATGGacttaaaacttatttttatgGTCTTGGTGAGATCAACAAGTACTAATTTACTCAAATGACTCAGCCAGGAAATACTGTAAAGCTATATGTCATGTCAACACGGGAGGAATTATTAAACTTTGACACAGTCACATACTGCATTTGTTAACAACACACCCTTAATAATTGTCCAAAGCTGCTGAATATTACGTGTTGGCGATAAACAGCAGTCATCCAATGATCAGATGGGAGATGGAGAGAGGCTTGGACAAGACCATTTCATCCGTCGCTGGAGAGAGCTATACAGTTGACGTGAGTGAAGACTTGTTTTCCTGTGATTTACAACATACACATGAAGATAGAATTATTAATTCACctctttgtttttcaaatatttcccacatgatgtttaaaggagcaagaaaattttaacagtattttctattatattttttcttatttgttttattttggctacaataaaagcaaaatcagcttttaatttattttaaaaccgGTTTTAAGGCcgatattattagctcccttaagcaatatttttaatgattgtctacagaacaaagcactgttatacaatgacttgcctaattaccctaccttgcctaattaacctagtttagcctttaaatgtacACCTGAATACTAATATTTTGCAAACATCAACATTAAGGTTGATGTTAGTGCAGCGCTGCAGGGATGGATGAGGGAGAACTCTCAAGCTCTTGCTGATCTGAAAAAGGTGGAACGAACCTGGAAAGACACACACTTCACCATCAAGTACCGCTCTGATGCCCTTTTTGACTTTCCCTACTGGTTTGGCTTCAGCAAACGACAGTTCAAGGTGTGTTTTAATCCTTTAGCGGCACTGTTTAAACATCTATTAATTAACAGTTGCCGTATGTTGTGGTTCACAtggtgttttatgtttatttacaatTGTAATTTGCATCATGGTAGTTTTATCACATCTCTggcgacttttgatgttgaaaattgaagtggcttttattggcattttagtagtttgagactAGGCATGGGACGTTAACCGTGTTTAAGGTatacagcggtttggaaaagtcaaggttttaaaaccgtcaaaatgttctgctatacgGTTCCTAAGGTAGGAGTAAGATTTTTTCAttacgttttttttgtttttgtttttaggacaacagtaccagcagaaaaatattttaaaagtctcccaaattaaaatattttatgtaaaaacgggaaaaggttttgttttttacccagacatttaaaaagcatatattagagcagtaatcacaatagggtatatgcagaagtatgctaAAAGACTTTTAATTTGACAGTAACCTCGGTTAAGCATTTCCAGTGAACGGTATACCACTgcaaaatcggcgcgtttaaggtctgttttctttaaaaatcagcgatctccactggctaagGGATATCCGATATAAAGCGGGTCTcggattgtacaagaagcactgcattaaattacttttccctgccatgtcttaaaaacatgaacatttattttactccagtgtATTCAATGGAGCCTCTgcactagcctgccgattctgacaggcccCTTCGAGTAAATGGCTTTTTGTCTggttttatgcttgagcaactaaatcaGGGGTGggtaaactcggtcctggagggccagtgccctgcacagtttagctccaactctaatcaaacacacctgcttgtagattTCAAGGCTATCATAGGGTCAGAattttataccggcccatgcccaTTTGAGACAAGACATTATTGAAGAAGTAGTATAGAGAGAATTAAGTTTATTTACTGGCAGTTTGTTACCAGGTTCTTGTACCAtaattgacaacacaaacacagacaatatataacttcacaatattaaaaatgtcaacatgggtcacttttcaaacttttcaacatcaaaagctattagaggaaagatcaagatctcataaagcaattcaaaagcataattaagtgaaaaaataataaatgaataaataaaaaaacatgaatcagtAAATAtggaaactgctaatttacaaatatttcttaCAATGATGTCTGTTTGATGGTTTAAAGTATTGAGAATATAACTGGAAATCCAATTTTGCAGGTCTCCTACCATGGAAGGTGATATCAACACAATTTAAGACAGAAAATGTTgacttaaaggattagttcaccccaaaatttactcacccttaagccaTTCTCTGGGTATATGACTTTCTTCTTTCAGACAAACACAGTTGGagaagttttacattttattcatttttttttccatgctgTATAATGATGTTGGCTGGTGGCTCTTTTTAAAGCCTTTTAAAAGCATACAAAAGCATTACTTCACATTACAATTATACAAAGACATGTGTGCCAAGCCCCCGATGGCACATTCACTGCTTACTAATAAAGTAACAGTGCCAAAAACTGGCCTGGCAAGCATAATACAAGGAAAtcgttttgaaaacactgtcaagTAGATGGCGTATGGGTTAGTTTTACGATGCATTTATTCGGCTGGAGGAGTGCACaattttttttgagactcgagcgaacagtgcATGCGGCgccgcatttgatttgagttgaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00006097 True 4553 lncRNA 0.33 1 36465343 36469895

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_002938 ubl3a coding downstream 58781 36363318 ~ 36406562 (-)
XLOC_002937 or110-1 coding downstream 204853 36259048 ~ 36260490 (-)
XLOC_002936 or110-2 coding downstream 210898 36251987 ~ 36254445 (-)
XLOC_002935 or109-1 coding downstream 220479 36242891 ~ 36244864 (-)
XLOC_002934 or109-2 coding downstream 224537 36237981 ~ 36240806 (-)
XLOC_002940 nipblb coding upstream 5965 36475860 ~ 36547128 (-)
XLOC_002941 slc1a3b coding upstream 88909 36558804 ~ 36592486 (-)
XLOC_002942 NA coding upstream 125485 36595380 ~ 36610901 (-)
XLOC_002943 rsf1b.1 coding upstream 143109 36613004 ~ 36633926 (-)
XLOC_002944 NA coding upstream 172271 36642166 ~ 36650904 (-)
XLOC_002926 BX088524.4 non-coding downstream 302049 36163179 ~ 36163294 (-)
XLOC_002925 NA non-coding downstream 371810 35811752 ~ 36093533 (-)
XLOC_002923 NA non-coding downstream 810663 35650584 ~ 35654680 (-)
XLOC_002922 BX663516.3 non-coding downstream 844894 35620333 ~ 35620449 (-)
XLOC_002919 NA non-coding downstream 1033688 35429504 ~ 35431655 (-)
XLOC_002945 AL845435.1 non-coding upstream 184302 36654197 ~ 36662611 (-)
XLOC_002955 BX323076.2 non-coding upstream 571183 37041078 ~ 37042232 (-)
XLOC_002957 CT573231.1 non-coding upstream 882585 37352480 ~ 37357303 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000304_17609266_17610594 MEDAG coding CI01000304 null 17609243 ~ 17610594 (-)