XLOC_030150


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_030150
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 29560059 ~ 29565825 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00061713
ACATTCTAACAGAAATTATGATCAAGTTTAATAATCTAACACATATGGGAGTAATAGTTCATTTAATGTGGGTTCCAGCGCATGTCGGTATTCAGGGCAATGAGGAGGCAGATAAAATAGCTAAAGAATCTCTACAacaaaataaaccaattagacACATTTCACTAAGCAGAGCAGAAGGAAAAAGCCTAATCTTAGAAGCTTGTAATAGGAAATGGCAGAAAGTTTGGGAGTCCAATAACACAGGTAGACATTATCATAAGATCCAAAAAACAgtaaagaaaagcaaaatatcAAATAATCTTAGTCGAAGAGAACAAGTTATTTTAACACGTTTAAGAACAggacatacatttttaaatcaaacattacACATAATGGGGAAACATGAGACAGGTTTATGCAACACATGTCTAACAGATGAGACAGTAGAACATGTTTTAAAAAGGTGCAAAGCATATAAAAATGAGAGAAGAAACCTTAAAGAGGAATTGCAAAGTTTAGGATACCAGGATTTCACAATAAAGGGTTTATTAAAAGATGGTTTAGATTCAGGAAGACAAATAAAGGCAGTAATAAGGTTCATTAAAAATAGTGGATTATACAATAGAATTTAGGAAACCAGTTCAACCTCTTCACACTCCATCACAGTAGGTGGCGATATGCACCTTTAAAGTTGGTTCGCAACTCGCCATAAAACGAAGAAGAAGAAGGTTGATCTGAGAGTGCATGGTGAGTATATTCTACATTCTActtttttatgttcattttttatttcgaaaaaacaaacactgtttCAGTCCAAAAAGTTACatatcattatttttgttgttgttgtttttacaagagaagagaaagaaaataataataattataataataatacaactaaaaattaataataataataagaagggGAAAAGACAAATGAAAACAAGAGTAATAAAAGGGTACAGAAAATTACAACTAGGTGAATGCAGACATTCAACAATCACAATTAAATGTTCAGATACGTTGTCAATGTTGAAAgtcaatttttacatttaaaaagtatgaGATAATAATAgtggaaaacaaacacaaatgtaatTACTACAACATAAATGAACTAAAAAATAAGAAGAgtgcatttattaaatggaagGCAATATGCTAAGAGAGTTCAAGTAAGTTATAAAACATTGCTACTATTTAAAGAAATTTGTTTTCCCAGAGCATCTAACCTTTTCCAACTTTAGAAAAAAATGCATGGTATCCACAAGCCATTAGGATGTAGTTGGAGGCTTATTGAATTCCAGTGAAGTAGAATACGACGCCTAGCTAACAATAGGGTAAAGGTCAAAATatcaagttgtttagaattaaactgGGACCAAATCTTTGGAACCCCCAAAATGGCAACATTAGGGGATGGGTCTATAATCACCTGCAACACCTTAGACATAATTGTAAAATAGTGCATCCAGTAATTCTGTAACATAGAGCACATAAAGAACAAGTGACTTAAATTACGGTCTGACATAATTTAGTCAACATTTTCATAAATACATACAACCTCCATTTTAGAAAAGTCTGAACTTAAGCTAGTTTGTTTGTAGTGTACTGTCTTGTAACACCACATAATCATTTAAATTTTCTaatcatttttttctaaatgttgttttatcaGCGTAAATGCTTAATTTAGTCCTACTGCTTATTatgagtttaattttttttctcaaactttTATATTACCTTTTGAGGTGATGCGATGGCGGAGTGAATAGCACGTTTGcatcatagcaagaaggttgctggttcgagcctcggcagggtgagttggcatttctttgtggagttttcatgttctccccatgttggcgtgggtttcctccgggtgctccggtttcccccacagtccaaagacatgcggtacaggtgaattgggtatgctaaaattgaccatagtgtttgagtgtgtgtgaatgtgtgtatggatgtttcccagtgacgggttgcggctggaagggcatccgctgcgtaaaaattatgctggataagttggcgggtcattctgctgtggtgacccctgattaataggaggactaagccgaaaagaaaacaaatgaatgaatgttataccTTTTATGCAATATGAAGTCTGTGGTGTTAAATTTTGTCTGTGGTGTAACTTTAGAATGTCTGAAATTTCTTCATTCAATCTTATATTTCAATGTTTTTAGACTTTAAATTGGTTTTGATATTTATAAGTCTATAAAGGCGCCATTTCCACTTTCTTTTGTATGTATATCTAAAttaaagggggaaaaagaaagacaaagaaaatgtTCTCCTTTGGCAAAAATAGAAAGCCCCCAGtgagtattcatttattcattaattttcttttcgaattagtccctttattaatcaggggtcaccacagcggaatgaaca
>TCONS_00061714
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>TCONS_00061715
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00061713 False 2439 lncRNA 0.34 1 29560059 29562497
TCONS_00061714 False 3105 lncRNA 0.40 4 29560655 29565825
TCONS_00061715 True 2217 lncRNA 0.39 2 29562648 29565825

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_030149 NA coding upstream 316899 29241794 ~ 29243160 (+)
XLOC_030148 CT956057.3 coding upstream 345413 29214530 ~ 29214646 (+)
XLOC_030147 dpp7 coding upstream 382787 29159777 ~ 29177272 (+)
XLOC_030146 stxbp1b coding upstream 557737 28972935 ~ 29002322 (+)
XLOC_030145 NA coding upstream 641098 28916519 ~ 28918961 (+)
XLOC_030151 tsc1a coding downstream 86373 29652198 ~ 29711948 (+)
XLOC_030152 ddx31 coding downstream 148961 29714786 ~ 29745566 (+)
XLOC_030153 NA coding downstream 218347 29784172 ~ 29792624 (+)
XLOC_030154 thy1 coding downstream 228233 29794058 ~ 29803293 (+)
XLOC_030155 usf1l coding downstream 237555 29803380 ~ 29817848 (+)
XLOC_030141 CR559930.1 non-coding upstream 733919 28824612 ~ 28826140 (+)
XLOC_030140 zgc:174260 non-coding upstream 741446 28812453 ~ 28818613 (+)
XLOC_030159 NA non-coding downstream 336328 29902153 ~ 29988431 (+)
XLOC_030160 mir100-2 non-coding downstream 424322 29990147 ~ 29990221 (+)
XLOC_030161 dre-let-7a-4 non-coding downstream 424627 29990452 ~ 29990544 (+)
XLOC_030162 dre-mir-125b-2 non-coding downstream 432937 29998762 ~ 29998847 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G358362 NA non-coding CI01000152 null 880748 ~ 892477 (+)