G1190854


Basic Information

Item Value
gene id G1190854
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 58236746 ~ 58238710 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1358361
AAGAGCTTTCAAAAGTGTGTAAAAtatcaagtcagttaagacaaaAAATGTGTACAGTAAATGAAGCAAAATATCTCTGTACTCTAAATTATTAAATAGCTTATTTATGCTCCTTGGTGTTGATGACCAGTCCACATATAGAACATTATTATTAATAAATTAGCATATCTGAGATTGTATTTCCCTCTGCTTACAGTATGGCAGTCTACTGATAGCTTTTCCATTGTGTGTTTTCTACATGTCAGGCTCTTTTTAAAATCAGTTGTTCTCGTAGCCTGTTaccagatctgttggtgctgtATTGACAACTCAAaccaatgaccataggagttgtcaAGACAGCATAagcagatctgggatcaggctaccATTTCTCCATGACAGCACTTCATAAGACGTGAATTGATTGAATGTAATGCATTGATTGTTTTGGCTAGCATAATTAAGGTGCAATACGTggaaattgctctgccatttcctggttgcaaaaattctaatatTTTGCCTAATGTCAGTTTATATGACAAAACAAGCAGccattgtgtagagaatcattgtaccatctaaactgctgtgaaatatattttccataaccaacaaatattgtatttttagctgtttgaagctggtataCAAAAACGAAAGTAAAACAAGCAAAAACGAAAcataagaatgggaagcatagaaatagtgcatatAAAACAGTTATACAGCTTCTCGGACtcgctttcaatgagaatgacagatctataactcagaTTTCTATGTaaatttggtcaggtcacccaaaaagttacatattgcagcttttacTAATTAATTTAAATGAAtataatgtatgtacagtatgtatttggTTATTTCCTGTGAGAAGGCATGTTGATATTTTATAACTGAGAATAAGATAAAGA
>TU1358360
AAGAGCTTTCAAAAGTGTGTAAAAtatcaagtcagttaagacaaaAAATGTGTACAGTAAATGAAGCAAAATATCTCTGTACTCTAAATTATTAAATAGCTTATTTATGCTCCTTGGTGTTGATGACCAGTCCACATATAGAACATTATTATTAATAAATTAGCATATCTGAGATTGTATTTCCCTCTGCTTACAGTATGGCAGTCTACTGATAGCTTTTCCATTGTGTGTTTTCTACATGTCAGGCTCTTTTTAAAATCAGTTGTTCTCGTAGCCTGTTaccagatctgttggtgctgtATTGACAACTCAAaccaatgaccataggagttgtcaAGACAGCATAagcagatctgggatcaggctaccATTTCTCCATGACAGCACTTCATAAGACGTGAATTGATTGAATGTAATGCATTGATTGTTTTGGCTAGCATAATTAAGGTGCAATACGTggaaattgctctgccatttcctggttgcaaaaattctaatatTTTGCCTAATGTCAGTTTATATGACAAAACAAGCAGccattgtgtagagaatcattgtaccatctaaactgctgtgaaatatattttccataaccaacaaatattgtatttttagctgtttgaagctggtataCAAAAACGAAAGTAAAACAAGCAAAAACGAAAcataagaatgggaagcatagaaatagtgcatatAAAACAGTTATACAGCTTCTCGGACtcgctttcaatgagaatgacagatctataactcagaTTTCTATGTaaatttggtcaggtcacccaaaaagttacatattgcagcttttacTAATTAATTTAAATGAAtataatgtatgtacagtatgtatttggTTATTTCCTGTGAGAAGG
>TU1358368
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>TU1358358
CTGAGGTcaactatcttcattatatagcTCTAATAACATACCTCCCTTCCATGCTCTGAAGGGTAGTAGTTCTTTTTAacaaataagtgtgtgtgtgtataattggAAAGATAATTGCTAAAGCCTGTGATAAGAGTGATGTTGACAGGTTAACAGGTTAACGTTGTTTTGTGATTGTCCATTGGTCATGTTAATGCTATTTTTTGGTTGTCTATTGGTCATGATGAGCAATATGCATCAATACCACAACAGACACTTCAGTACCACTTTATTTGACCAGTTGCAGTGTCATAACATTGTCGTATTGTCATAAACATGACATGCCAAATGATATAAGATATCCTGACAGTTTGTCACTGAATGTCAAGTGACAATCAGTAGTAAAATGTCAAACAGGACTTCATAACTATCCCAGAAAATGCAATGGGAGTGTATCTAAGCAATTATGGATTTTCTTTATTGAAAGTATCCCAACATTGCTAGTGTGACACTGGTTTATAACCCTCGTCAAAGGTTTCCACCAACGTTAATTAGACTGATTACGGTAATTTGATTTGTGAAAGAGTAAACTACTACTGAAAACACCCAGGGGGGTGCAGTTCTTGCCTGAGCTCTGGTTGGAAAACAGATTcaatgaatacgacccaggtgTCCTCTCCATTTACCACGTGAGAGACTCTGAAGCAGGTGGGAGGGAGTGGTAGTTGCTATGGTGATGACTAGGGAACACCCACTGTTGGTGACATTAATAACTCATAACCGGATAATCATAATAGGAAACTCTTATCTCTGGAGGCTTCACGCTTTTCTCAAACAGATACTGTAAACCTGTAGAATATACTATTTTATTTTCCTCCactctttcattttctctctgAGTGTGtcggtatgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtg
>TU1358363
GTAATTTGATTTGTGAAAGAGTAAACTACTACTGAAAACACCCAGGGGGGTGCAGTTCTTGCCTGAGCTCTGGTTGGAAAACAGATTcaatgaatacgacccaggtgTCCTCTCCATTTACCACGTGAGAGACTCTGAAGCAGGTGGGAGGGAGTGGTAGTTGCTATGGTGATGACTAGGGAACACCCACTGTTGGTGACATTAATAACTCATAACCGGATAATCATAATAGGAAACTCTTATCTCTGGAGGCTTCACGCTTTTCTCAAACAGATACTGTAAACCTGTAGAATATACTATTTTATTTTCCTCCactctttcattttctctctgAGTGTGtcggtatgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtg
>TU1358366
TAAAGAGCATGCTGGGTCATTATTGACTATTGACAGTGTATCAGCTGAGGTcaactatcttcattatatagcTCTAATAACATACCTCCCTTCCATGCTCTGAAGGGTAGTAGTTCTTTTTAacaaataagtgtgtgtgtgtataattggAAAGATAATTGCTAAAGCCTGTGATAAGAGTGATGTTGACAGGTTAACAGGTTAACGTTGTTTTGTGATTGTCCATTGGTCATGTTAATGCTATTTTTTGGTTGTCTATTGGTCATGATGAGCAATATGCATCAATACCACAACAGACACTTCAGTACCACTTTATTTGACCAGTTGCAGTGTCATAACATTGTCGTATTGTCATAAACATGACATGCCAAATGATATAAGATATCCTGACAGTTTGTCACTGAATGTCAAGTGACAATCAGTAGTAAAATGTCAAACA
>TU1358367
CTGAGGTcaactatcttcattatatagcTCTAATAACATACCTCCCTTCCATGCTCTGAAGGGTAGTAGTTCTTTTTAacaaataagtgtgtgtgtgtataattggAAAGATAATTGCTAAAGCCTGTGATAAGAGTGATGTTGACAGGTTAACAGGTTAACGTTGTTTTGTGATTGTCCATTGGTCATGTTAATGCTATTTTTTGGTTGTCTATTGGTCATGATGAGCAATATGCATCAATACCACAACAGACACTTCAGTACCACTTTATTTGACCAGTTGCAGTGTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1358361 False 911 lncRNA 0.33 1 58236746 58237656
TU1358360 False 875 lncRNA 0.34 1 58236782 58237656
TU1358368 False 1371 lncRNA 0.38 1 58236782 58238152
TU1358358 False 919 lncRNA 0.39 1 58237748 58238666
TU1358363 False 375 lncRNA 0.43 1 58237748 58238122
TU1358366 False 439 lncRNA 0.36 1 58238272 58238710
TU1358367 True 290 lncRNA 0.37 1 58238377 58238666

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118938643 NA coding downstream 239298 57995613 ~ 57997448 (-)
LOC118938562 NA coding downstream 241704 57994889 ~ 57995042 (-)
LOC118938645 NA coding downstream 242232 57989092 ~ 57994514 (-)
LOC118938642 NA coding downstream 253714 57981197 ~ 58002323 (-)
LOC118938561 NA coding downstream 256120 57980473 ~ 57980626 (-)
LOC110486937 LOC106606542 coding upstream 3797 58242507 ~ 58274289 (-)
iqck LOC106606545 coding upstream 114017 58352727 ~ 58371333 (-)
LOC110486946 LOC106601863 coding upstream 133959 58372669 ~ 58426053 (-)
LOC110538558 LOC106606549 coding upstream 215633 58454343 ~ 58499967 (-)
LOC110538556 LOC106606549 coding upstream 266040 58504750 ~ 58507829 (-)
G1190851 NA non-coding downstream 4311 58232160 ~ 58232435 (-)
G1190841 NA non-coding downstream 16961 58219570 ~ 58219785 (-)
G1190815 NA non-coding downstream 39945 58194166 ~ 58196801 (-)
G1190820 NA non-coding downstream 71234 58161454 ~ 58165512 (-)
G1190786 NA non-coding downstream 96859 58139599 ~ 58139887 (-)
G1190856 NA non-coding upstream 3095 58241805 ~ 58242275 (-)
G1190920 NA non-coding upstream 35764 58274474 ~ 58314123 (-)
G1190951 NA non-coding upstream 106472 58345182 ~ 58347543 (-)
G1190955 NA non-coding upstream 111889 58350599 ~ 58351296 (-)
G1190956 NA non-coding upstream 115632 58354342 ~ 58355010 (-)
G1190628 NA other downstream 242722 57964952 ~ 57994099 (-)
LOC110486915 LOC106606556 other downstream 529956 57698059 ~ 57706813 (-)
G1190405 NA other downstream 737591 57495988 ~ 57499155 (-)
G1190199 LOC106601813 other downstream 1146831 57089171 ~ 57089915 (-)
LOC110486894 LOC106601810 other downstream 1151275 57054453 ~ 57085521 (-)
LOC110514412 NA other upstream 348615 58561680 ~ 58588526 (-)
LOC110486955 NA other upstream 358066 58588778 ~ 58603975 (-)
G1191298 LOC106606554 other upstream 521013 58759723 ~ 58762086 (-)
G1191335 NA other upstream 629353 58868063 ~ 58868971 (-)
G1192082 NA other upstream 667443 58906153 ~ 58909232 (-)

Expression


Co-expression Network