XLOC_033024


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_033024
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 39491846 ~ 39521832 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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>TCONS_00064175
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Function

GO:

id name namespace
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GO:0051168 nuclear export biological_process
GO:0006405 RNA export from nucleus biological_process
GO:0006406 mRNA export from nucleus biological_process
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GO:0050658 RNA transport biological_process
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GO:0071166 ribonucleoprotein complex localization biological_process
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GO:0071427 mRNA-containing ribonucleoprotein complex export from nucleus biological_process
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GO:0000347 THO complex cellular_component
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GO:0043231 intracellular membrane-bounded organelle cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-4334 Predicted to enable DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within regulation of transcription, DNA-templated. Predicted to be located in nucleus. Predicted to be part of ATF4-CREB1 transcription factor complex. Orthologous to human ATF1 (activating transcription factor 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000044301 ENSDARG00000096269

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TCONS_00064175 True 2140 mRNA 0.44 8 39509434 39521832

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_033029 pfdn5 coding upstream 139756 39661588 ~ 39666722 (-)
XLOC_033009 NA non-coding downstream 727520 38759546 ~ 38764326 (-)
XLOC_033008 CR628341.2 non-coding downstream 894062 38597669 ~ 38597784 (-)
XLOC_033006 CR407584.1 non-coding downstream 1133766 38132511 ~ 38358080 (-)
XLOC_033003 BX322552.1 non-coding downstream 1876363 37615366 ~ 37615483 (-)
XLOC_032997 BX324166.3 non-coding downstream 2044703 37447028 ~ 37447143 (-)
XLOC_033038 NA non-coding upstream 516860 40038692 ~ 40044111 (-)
XLOC_033043 NA non-coding upstream 651396 40173228 ~ 40182520 (-)
XLOC_033046 NA non-coding upstream 861592 40383424 ~ 40409125 (-)
XLOC_033052 NA non-coding upstream 955598 40477430 ~ 40482198 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000340_09141937_09145844 ATF1 coding CI01000340 null 9140985 ~ 9146281 (-)