XLOC_033405


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_033405
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 5814145 ~ 5818376 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00068544
aaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggaactcttcacagcactgcatctgaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcagatcagtgttgaagctggaacctcatcttgtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtgtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattgctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgtttattataatggcatttccaaaggcatcatttgaaaagattttttgcagtgcagttttacttgagcttgacataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataatttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaacttataaaatatatatttttggttaaaatatatatttttgcatttttgtgtgatttttattatttatttttatttgtggcattataaataaattataaatgtttcattaaaaatgtattgtgtttatttgcatactcatttacaatgaactactatttatactatttaatgggcactatatttgtcatttaagtttgacatatatttatatttgtatacctaCATGATGCAGGGTTTAGTTACAGCAAATGcttgaaatgttttcaaacatgaagcttttttattattttattattcgtttcaaattaagtatactgcctatgatctggttttactatgatcattttgcacatcaggttacccccacaaagtaatctcacggtaaatatacatttgtattttaataagacaataaataacatgtaatattaatacacattttgatatttaagttatattataaggtTATAATCAACCTTCAGCCGGAAGATTACCAAATAGAGACAAATTGTGACGTAGATTGCGACGTTGTGATTGGACTATAACTtcaaagccaaattaaaagatccttcgtgttgctaactatgttttgctaactttgccactttactaacagtgtcctttatcaatgagttatcactgtgttttaaatagttaccgattaaccaagatcgtaaccctaaacttaaccctaacTACACCTTTCAAGGAACTACAATTTGTAGCGCCATGTCTTTCCCCTCCCATCTATACAGCGACaaaggattgtgggtaatgtagtttaaagcctttttgtaataaaatggaacagatacaaattttaatgaactaaagactatctgaataaggtcattgtgcatatatttatgacatatatgaaagccaggcataaatttgttattttacaatgagtattttttaaacagcttttattgacttgatcagtatatatcagactattatatccaacattatttattgaacatagcataggtaatagtcttgctgatattctctcactcatttctcgtttgaaatgtgaatactttttccttttctacggggctctactcatcccctttgagtaaaagggcagttaacctatgtagatgtattatcttcaacatggacaagaaattgtattgtcacatgtacagttgtggtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
>TCONS_00068545
cggttttccacaaggtaagtaaaaaatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggaactcttcacagcactgcatctgaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcagatcagtgttgaagctggaacctcatcttgtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtgtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattgctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgtttattataatggcatttccaaaggcatcatttgaaaagattttttgcagtgcagttttacttgagcttgacataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataatttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaacttataaaatatatatttttggttaaaatatatatttttgcatttttgtgtgatttttattatttatttttatttgtggcattataaataaattataaatgtttcattaaaaatgtattgtgtttatttgcatactcatttacaatgaactactatttatactatttaatgggcactatatttgtcatttaagtttgacatatatttatatttgtatacctaCATGATGCAGGGTTTAGTTACAGCAAATGcttgaaatgttttcaaacatgaagcttttttattattttattattcgtttcaaattaagtatactgcctatgatctggttttactatgatcattttgcacatcaggttacccccacaaagtaatctcacggtaaatatacatttgtattttaataagacaataaataacatgtaatattaatacacattttgatatttaagttatattataaggtTATAATCAACCTTCAGCCGGAAGATTACCAAATAGAGACAAATTGTGACGTAGATTGCGACGTTGTGATTGGACTATAACTtcaaagccaaattaaaagatccttcgtgttgctaactatgttttgctaactttgccactttactaacagtgtcctttatcaatgagttatcactgtgttttaaatagttaccgattaaccaagatcgtaaccctaaacttaaccctaacTACACCTTTCAAGGAACTACAATTTGTAGCGCCATGTCTTTCCCCTCCCATCTATACAGCGACaaaggattgtgggtaatgtagtttaaagcctttttgtaataaaatggaacagatacaaattttaatgaactaaagactatctgaataaggtcattgtgcatatatttatgacatatatgaaagccaggcataaatttgttattttacaatgagtattttttaaacagcttttattgacttgatcagtatatatcagactattatatccaacattatttattgaacatagcataggtaatagtcttgctgatattctctcactcatttctcgtttgaaatgtgaatactttttccttttctacggggctctactcatcccctttgagtaaaagggcagttaacctatgtagatgtattatcttcaacatggacaagaaattgtattgtcacatgtacagttgtggtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
>TCONS_00068769
attatcttAAACAGATTAAGGCTCATTTTGGACTACACTTACATTACTTTACAACTGCTTAATGCAGTACTGATGTATCTAGTAGTTTAGTGGGTTTAACTaatgtcacatctgtttttattcatttcagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaagggtaatgtttttgttcagaattaatcattatttaaaatcattgtattttctttgttattatgtacagattttaaaagaatgtactttcttttaataaagaactcttcacagcactgcatctgaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcagatcagtgttgaagctggaacctcatcttgtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtggtaagtcatagttttattaatttttttattttattgcaacactaagtagtccattctgtggccaatatgatataaagggcctaaaatgggactgacgtgatcattgttttgatttctagataagtactcatggggctacacatgcagctgaagttagcttcattgagtaggacatttctttcagtatactcctaaagagattcacccaaaaatgaaaattctgtcattattgactcatccttcacttgttccaaatatgtCTGACTTGCttacttcagttaaacacaaaaaaattatattttaaagaaagatgaaaacctgcaaacattaacttccatagtatttgttttttcctactatgtatgtcaatgttttcagctttccagctttcttcaaaaacttccttcatgttcaacacaaagtaacttgaaagtttttaaaaaaggtttacaaccacttgagggagagtaaatagtgaactgttcctttaacccaatctagttgactttactagaaaATTGTATAGAAACCCAGTGGCTTAAACCCATTACATTTTATACAAGGTACAACTTAACAGccataattgaattaaaatgttactgtaagttcaagaagattgtaaaggttctaggttaatttaaagtgggctgtttagtttcaccttgtgtaaaaacataaaggatttaaggcaacatgtttcgatgcagttttctaataaagtcaactagtttgggttaagagtgtaatgggttacagtaatagcagtgaataatgcaggcataaaataaatgtttagccatgtaaagcaataagcttgttataatttagaaatattttagggTGGAGCACAGTATGCTGTTGTAGTTTTTATATAATTGATGAGTCAAACATGagatgtgttttaaattgcaagacgtgaattaacaatatgttcatcaagattcaaatcttgcatcttatattttttaaggttttggcccaataatacccatattctgctatttaaaaaatcatgctggaatttgtgtcagcattcccttcaatgaaaactacaacagtggacatcagtggtgataaaaatgtatgtgaaggataagggtgttcataatgagaagtgcagttactatcctgatctctgagtttgtaaaactgacagatctgcttggaataaatggaaacatgctggaaatgtttaacctattatacagttaattcaagagtgccaggtttaatgacactttacatatataaataaatatcactgaactttctaaatgaaacctaacactcattctttgttcagtaatgatgttgtgcacttctaatactttacagtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattgctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgtttattataatggcatttccaaaggcatcatttgaaaagattttttgcagtgcagttttacttgagcttgacataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataatttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaacttataaaatatatatttttggttaaaatatatatttttgcatttttgtgtgatttttattatttatttttatttgtggcattataaataaattataaatgtttcattaaaaatgtattgtgtttatttgcatactcatttacaatgaactactatttatactatttaatgggcactatatttgtcatttaagtttgacatatatttatatttgtatacctaCATGATGCAGGGTTTAGTTACAGCAAATGcttgaaatgttttcaaacatgaagcttttttattattttattattcgtttcaaattaagtatactgcctatgatctggttttactatgatcattttgcacatcaggttacccccacaaagtaatctcacggtaaatatacatttgtattttaataagacaataaataacatgtaatattaatacacattttgatatttaagttatattataaggtTATAATCAACCTTCAGCCGGAAGATTACCAAATAGAGACAAATTGTGACGTAGATTGCGACGTTGTGATTGGACTATAACTtcaaagccaaattaaaagatccttcgtgttgctaactatgttttgctaactttgccactttactaacagtgtcctttatcaatgagttatcactgtgttttaaatagttaccgattaaccaagatcgtaaccctaaacttaaccctaacTACACCTTTCAAGGAACTACAATTTGTAGCGCCATGTCTTTCCCCTCCCATCTATACAGCGACaaaggattgtgggtaatgtagtttaaagcctttttgtaataaaatggaacagatacaaattttaatgaactaaagactatctgaataaggtcattgtgcatatatttatgacatatatgaaagccaggcataaatttgttattttacaatgagtattttttaaacagcttttattgacttgatcagtatatatcagactattatatccaacattatttattgaacatagcataggtaatagtcttgctgatattctctcactcatttctcgtttgaaatgtgaatactttttccttttctacggggctctactcatcccctttgagtaaaagggcagttaacctatgtagatgtattatcttcaacatggacaagaaattgtattgtcacatgtacagttgtggtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
>TCONS_00068546
ACTTACATTACTTTACAACTGCTTAATGCAGTACTGATGTATCTAGTAGTTTAGTGGGTTTAACTaatgtcacatctgtttttattcatttcagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggaactcttcacagcactgcatctgaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcagatcagtgttgaagctggaacctcatcttgtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtgtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattgctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttctt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00068544 False 1904 lncRNA 0.31 4 5814145 5818376
TCONS_00068545 False 1886 lncRNA 0.31 4 5814174 5818376
TCONS_00068769 False 3424 lncRNA 0.31 1 5814953 5818376
TCONS_00068546 True 556 lncRNA 0.38 3 5814989 5816977

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_033404 BX000524.1 coding upstream 29992 5737873 ~ 5784153 (+)
XLOC_033403 BX005156.1 coding upstream 206108 5573759 ~ 5608037 (+)
XLOC_033402 si:ch211-165f21.4 coding upstream 241899 5566582 ~ 5572246 (+)
XLOC_033401 BX005156.2 coding upstream 249608 5561558 ~ 5564537 (+)
XLOC_033400 BX005156.2 coding upstream 257047 5556407 ~ 5557098 (+)
XLOC_033406 NA coding downstream 8205 5826581 ~ 5827500 (+)
XLOC_033407 hist1h2a11 coding downstream 85644 5904020 ~ 5904598 (+)
XLOC_033408 CU459186.4 coding downstream 86715 5905091 ~ 5905740 (+)
XLOC_033409 zgc:112234 coding downstream 87951 5906327 ~ 5906995 (+)
XLOC_033410 CU459186.5 coding downstream 89701 5908077 ~ 5908583 (+)
XLOC_033397 NA non-coding upstream 486312 5323983 ~ 5327833 (+)
XLOC_033416 NA non-coding downstream 125434 5943810 ~ 5947127 (+)
XLOC_033428 NA non-coding downstream 235469 6053845 ~ 6057362 (+)
XLOC_033429 NA non-coding downstream 431016 6249392 ~ 6252661 (+)
XLOC_033435 CU459024.1 non-coding downstream 879597 6697973 ~ 6698091 (+)

Expression


Co-expression Network