XLOC_003555


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003555
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 31205483 ~ 31209887 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008635
GTTCCTGtcagaaaaatgaaaatgcagCACTTGACCTGTATGAGGTTACAGAGGAGCAATGGCTGAGGCTTTCGGGAGGTAGATCCACGTGCATTTTTGTCTCTGGTGGGCAGGGATGTGAAAAAAAGCCATTTATGCTTGAATATAGTCTTTGAGGTTGCTGGAGGAGTGAAGTAAACGTACATGAAGCTTCAGAGAGAGATTTATACTGGAGGAAGGTGAAACAGGTGGATAGACATCTTAGTAAAAGAAGATAATGTACAAGTTTTAGAGTTTAGGAGGAGGTATTCATCCGAGGCTTTTGATTGCATCTTTCATGTGTACACGAATACACACCTCATTCTCCTTAGAACTGTGAGGCGAAGTAATTAAGCTTTATTACAGAAGTCATATACacagaatgtttttgttttttgcagcaCTGAGAAATGAAATACCCAGAGTTTTTAAGGCAAGACACTAGAGGCGATTTATTTTTCACACAAAACATCGAAAGTAGCCTACacaattgctgtttttttctaaatcaaCTTCCCCAGGACATGCAAGTCAGATATTTGTACTTCTGGGGTACTTGCAAGCTTAATTTATTCATATCTACGGGTACATTGACAGAGCTTTGAACTAAAAAATGACTTCCTGAAAGTTGTTGTCAAAATTCCGATTTAAAAGTACACTCAAGAGAATTTATTAGCTGTATTCTTTATGCCGAGCCAGCAGGTGGCGATGTTACTGTGTGCTCGCGCACATATACGCTTCTGAGCATAAAATACATACCTGTTAACACTAGGGATTAACTGCAGcttgtttacttattttagttCAATACTTCATTCATAAATGCAACATTTTGAAACACAGCTCCTCATTTGATTGTCTTTAAAAAGAAGTTTGCCACCTATGTGGAGGCTTTAAAAATAATGAAGGATGAGAAGGCTGAACAATTGAAGTAAAACAATATGGTTTTATTTAACCCCTTACAGAGTTTCTGTTTGATGTCTGCACGGTATGTTGTTCTTTTAtactttatgtttttatatttgattcaTTGTATATCTGACATGTCTTAGTCAGTTTGTGAAAGAGTATGTTGaaattgttatgttttttaaAGGCAAAAAACTGTTAACATTGTGAAGTGAAAATAGCCCCAAAGTCCcccaaaaaatagttttaaagaaattccacaaatgacaaaatatgtataattattgttattatttacataaacagCATAAACAACATATATTAAAAAGCTGCATATAAATTGAActgtttagcctattaaaattaatagctattataagaAATTggatcaagttatcaaatcttgtaaccttttcttcactgtataattcAAACATTCTGAATAAAAAGCAGTGAATAAATCACGCATTTAGATTTTTCGTTTGATcgcattaaataacagaggtgtcactttgaAAATGCACAGATCCATAATGAAAGCACTCGATTGTTTTCTTAATTGTTTATGcttatttaaaacaacaattgTGTTTTTAAACCCACCAGGATCTACATCTTTAGATCTTGAAATTATTATTGTAACAACATATATatctgttcaaacacacacccaaaactcAGGGTGTCCATTTTCGTTCTGCTTCAAATCACACGTAcactatttatcactatggagcttGTCTGATAGTCACACACTGACtattttgaggattgtataggtgAGGCAATGGCGCCTGTTATGGAAATGAAGGGAATcccgccatttttatatttatttcaacatGTTTCCatgtctaaataaaatgaaagcacagaacagattcacatttaagagccaGGGGTATCCcttggtggttcggcggtatggttTGCATATAAGGTGAATCAGCACTTTGATGTTTATGgtcacccttcATGGAAAGATCAAAAATATagaagaaatacgggaaaatacctttacaggatgatagtgggatagaattgTAGAAGTACAGGAGAATCCCGgaaaaaaaacaggagggttgacaggtatgatattATATCAACgcaaaatgatttattaaaatgtgtttttagcgCTTTGTTTGAAACAACTTCTTAACTATTATAATTTGGAAGTTTTGGTGATGCATATTGTTTTACACCCTATTCACCTGTGGTGTCTTGCCTTCGGTTTTTGTAAATGAAGCAACCTAGCAAATGCTGAGACAAATAAAAGTTGAACATCTGAAAAGCATGTTTAcacacaccaaacaaaaacagatgCAGTATATTTGAGAAATACTCATAATAGAAATCTAATAGAAGCTCAATGGAAACAGTCAAGCAGAAAGAGGGAGCAAAAGCAGAGGTCTTCAACTTCAGTTCAGGCAAAAATAACCTTACAGAGATGCAGAACGGACGCCTGTACATACTGTAAAAGTGCTGCATTTTAAGCCTGCTATTGTGTATATTACcatattaatgtatttacatgTGATGATTACATTCCATATtgtttaaaataaggttattaaccatgtatataaaaaatatcattcattttgATGGTATAATGAAAAGAAAATCTAGCTTAACATCTTTAAGCCTTTTTATTTTTGACTGTAAGATTGACACCTAGTAGTTGAACCCTAACCATAAAAGATGCTGTTGAAGACCTCTATAGAAAAGCAAAATGTGctttttcagataaaaaaagataaattatgataaaaataaaGCCCCCTCTCTCATGCAAAATTTATACAACTTTATGTAACAGTTTAGCAAATAACACCCagttctatttgacatttttgataACCCTTATATgaaatctgcagatatttttgcCCTAAAAACGTAATACAGAAATGGGGATTTTAATGACAATCCATTGTTAATTGACAAATGTACAATTTCAAATCCAATAGTAAAGAGTGAAACTTTCTAAATATGTTAGGTTGTCTTCCTTCCCGATAGCCATTCATGAATCCCCAAATTTGGCCATTTGTTAATAAAGTGTCATATTAAGTACTGATTGTTTTGATCGTCACATTAGTAAACCTCATCCATTTATTCTAGTTCTGTATATCCACAATAACATTTCCTTCGATGTTGGCAGTTCAGAAGCATTTAAAAATCTGTGTACATATTCTTTTGGTCGGggcttataaaataaaaaacaataatgagAACTGGAATTGATCAAGTCAAATCCTCATTGGCCAGGAgaagaaaataatgcacactagATTCTATTTACTACCATTGTCAAGTCTGACAGCAGGTGGCGCTGATCCATGTGCCATTCGACGTCATTCAGCCATCACTAAATCAGTAACAAAAATGGCATTTCTTTAAGACAGAGAAAGTAATAATATAGCTTGCAGTGCATTAAGAGCCCATCTACGCTCCTTCAAACTCATCCATGCTTTAACAAATGACATTTGAATAAAGTATTTACCCTCTCGGCTATATAGTTTCAGCTGCGCTCATCTCTTCCAAGCACTTAAGTTcatataaaaaaagcaaaaaatatggTGCTTCTTTTGTTTCTACTGTACATGTGAGGATGTTCCTTTACATAATACTTGGCAACTCTACAGTCTatgtttaacaaacaaacaaaaaagcattttgatgacCAAGTATGCTAAGATGCTAGTTTCTGTAATGCAATAAAGATAATGTGTTATATGTGTGTTTAAATGTGGAATTAAGAAAATTGtcaaaattgcacaaaaaaaaaaaaaaaatgtaaattctattaacaaaaacaaatattaaattaatttttttctgtactTGCGACAACTTTGCAAAGgctttcacatttattattattatttttgattgtatTAGGTCGAAACTTTAAtgcttttcctttattttgaCTGTTTCTATAaagactaaaaaaataaaaacttcatttttaaactttaaaaaattgtcaaaactAAAGAAAAgccttaaggctggtttatacttgtgtgtcaagtgatcggcatgacccatgGCATCTGCCCTGTGAGCAGTGATgcatctgtgtgctgtttgtgttgctctgcaatagcacttccgaaacgctagttggcagtaggttttttgttcctctgtgatgagtttcttctgtgttttgttttttctgaatgctagtagctcaaactcactcattcataGGCAGTAACTGGTGggtgtgcaacaactttaattataaggtaaacacaaaacaaaacatttct

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008635 True 4211 lncRNA 0.34 2 31205483 31209887

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003553 stx10 coding upstream 2632 31190155 ~ 31202851 (+)
XLOC_003552 stx10 coding upstream 71910 31121340 ~ 31133573 (+)
XLOC_003551 CR855274.2 coding upstream 150195 31047854 ~ 31055288 (+)
XLOC_003549 cacna1ab coding upstream 179148 30817943 ~ 31026335 (+)
XLOC_003556 trmt1 coding downstream 26114 31236001 ~ 31258356 (+)
XLOC_003557 NA coding downstream 75097 31284984 ~ 31320539 (+)
XLOC_003558 sipa1l2 coding downstream 113859 31323746 ~ 31473982 (+)
XLOC_003559 egln1b coding downstream 348119 31558006 ~ 31603692 (+)
XLOC_003560 zgc:162816 coding downstream 399594 31609481 ~ 31621674 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 15082401 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 18493487 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 18511220 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 18519884 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 18525455 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003550 CR855274.1 non-coding upstream 230591 30974771 ~ 30974892 (+)
XLOC_003541 NA non-coding upstream 905429 30298703 ~ 30300054 (+)
XLOC_003537 NA non-coding upstream 951926 30252940 ~ 30253557 (+)
XLOC_003534 NA non-coding upstream 1101523 30091155 ~ 30103960 (+)
XLOC_003561 NA non-coding downstream 415284 31625171 ~ 31671413 (+)
XLOC_003563 AL844172.1 non-coding downstream 630181 31840068 ~ 31840189 (+)
XLOC_003564 CR556714.1 non-coding downstream 713224 31923111 ~ 31923225 (+)
XLOC_003565 CR556714.2 non-coding downstream 776041 31985928 ~ 31986044 (+)

Expression


Co-expression Network