G1644518


Basic Information

Item Value
gene id G1644518
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 59542730 ~ 59595237 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1881235
CTTCATTACCAATCATTATCAAtcagtactttgtagaagaaCCTTCGACAGCAATttcagctgtgagtgtttctgggtaagtctccaagagctttccacacctggattgtgcaacatttgcccattattcttttcaaaattcttcaagctctgtccaattggttgttgatcattgttagacaacagtggcggtcagtgctgtctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagattagctagatctactgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctctatcataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctccattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagattagctagatctactgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctctatcataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctccattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagattagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagcgtgatctactgtctctattgtattatgacagatcagctagatctactgtctctattatattatgacagatcagctagatctactgtctctaatataaatagacagaccggctagatcaactgtctctatgataatttgacagaccagttggatctactgtctctatcataatatgacagaccagctagatctgtctctattataatatgacacaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctacagtatctattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattataatatgacagaccagctagatctcctgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatggcagaccagctagatctactgtctctattatgttatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattgtaacatgacagaccagctagatctactgtctctatgataatttgacagaccagctagatctcctgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgac
>TU1881236
CTTCATTACCAATCATTATCAAtcagtactttgtagaagaaCCTTCGACAGCAATttcagctgtgagtgtttctgggtaagtctccaagagctttccacacctggattgtgcaacatttgcccattattcttttcaaaattcttcaagctctgtccaattggttgttgatcattgttagacaacagtggcggtcagtgctgtctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagattagctagatctactgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctctatcataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctccattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagattagctagatctactgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctctatcataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctccattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagattagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagcgtgatctactgtctctattgtattatgacagatcagctagatctactgtctctattatattatgacagatcagctagatctactgtctctaatataaatagacagaccggctagatcaactgtctctatgataatttgacagaccagttggatctactgtctctatcataatatgacagaccagctagatctgtctctattataatatgacacaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctacagtatctattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattataatatgacagaccagctagatctcctgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtcgctattattttatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatcttcagtatctattatattatgacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctaatgtctattatattatgacagaccagctagatctacggtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctttattgtaacatgacagaccagctagatctactgtcactattataatatgacataccagctagatctactgtctctaatataaatggacagaccagctagatcaactgtctctatgataatttgacagaccagttggatctactgtctctatcataatatgacagaccagctagatctgtctctattataatatgacacaccagctagatctactgtctctgtctctattatattgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctaatataaatagacagaccggctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctaaatctacggtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattgtaacatgacagaccagctagatctactgtcactattataatatgacataccagctagatctactgtctctaatataaatggacagaccagctagatcaactgtctctatgataatttgacagaccagttggatctactgtctctatcataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgtgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatatttcacagaccagctagatct
>TU1881237
CTTCATTACCAATCATTATCAAtcagtactttgtagaagaaCCTTCGACAGCAATttcagctgtgagtgtttctgggtaagtctccaagagctttccacacctggattgtgcaacatttgcccattattcttttcaaaattcttcaagctctgtccaattggttgttgatcattgttagacaacagtggcggtcagtgctgtctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagattagctagatctactgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctctatcataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctccattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagattagctagatctactgtctctattatgacagaccagctagatctactgtctctgttatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattattacagaccagctagatctactgtctctaatataaatagacagaccggctagatcaactgtctctattacattatgacaaaccagctagatcgactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctac
>TU1881233
acagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattgtaacatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacacaccagctagatctcctgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatcttatgacagatcagctagatctactgtctctattatcttatgacagatcagctagatctactgtatctattatattatgaaagacc
>TU1881234
ctattatattatgacagatcagctagatctactgtctctatgataatatGACTAaccagttggatctactgtctctattataatgtgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatcttatgacagatcagctagatctactgtctctattatcttatgacagatcagctagatctactgtatctattatattatgaaagacc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1881235 False 1792 lncRNA 0.36 3 59542730 59595237
TU1881236 False 2508 lncRNA 0.36 4 59542730 59553570
TU1881237 False 1117 lncRNA 0.36 2 59542730 59558465
TU1881233 False 274 lncRNA 0.36 2 59552061 59589550
TU1881234 True 242 lncRNA 0.34 2 59552574 59589550

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
rdh14a LOC106607934 coding upstream 54336 59482942 ~ 59488394 (+)
LOC110498210 osr1 coding upstream 315212 59220036 ~ 59227518 (+)
LOC110498208 LOC106608166 coding upstream 520411 59015463 ~ 59022319 (+)
prlh2r LOC106608506 coding upstream 638565 58895252 ~ 58904165 (+)
LOC110498202 LOC106608562 coding upstream 649989 58883806 ~ 58892741 (+)
LOC110498214 LOC106607310 coding downstream 144321 59739558 ~ 59760715 (+)
LOC110498234 LOC106607246 coding downstream 178731 59773968 ~ 59799587 (+)
ankef1b LOC106609265 coding downstream 219364 59814601 ~ 59839856 (+)
LOC110510484 LOC106607199 coding downstream 270355 59865592 ~ 59961717 (+)
LOC110498222 LOC106603387 coding downstream 401288 59996525 ~ 60022616 (+)
G1644551 NA non-coding upstream 6083 59536341 ~ 59536647 (+)
G1644547 NA non-coding upstream 21924 59520105 ~ 59520806 (+)
G1644539 NA non-coding upstream 40431 59502003 ~ 59502299 (+)
G1644534 NA non-coding upstream 46231 59496233 ~ 59496499 (+)
G1644533 NA non-coding upstream 46917 59495609 ~ 59495813 (+)
G1644603 NA non-coding downstream 60109 59655346 ~ 59656776 (+)
G1644610 NA non-coding downstream 70527 59665764 ~ 59666169 (+)
G1644572 NA non-coding downstream 89331 59684568 ~ 59686349 (+)
G1644635 LOC106607662 non-coding downstream 103682 59698919 ~ 59704672 (+)
G1644641 NA non-coding downstream 132391 59727628 ~ 59729262 (+)
G1644280 NA other upstream 345717 59196684 ~ 59197013 (+)
G1644123 NA other upstream 485507 59054523 ~ 59057223 (+)
LOC110498189 klhdc1 other upstream 1244495 58293310 ~ 58298259 (+)
G1642993 LOC106611338 other upstream 1366245 58164477 ~ 58176485 (+)
G1642565 NA other upstream 1860177 57656349 ~ 57682553 (+)
G1644569 NA other downstream 13363 59608600 ~ 59609394 (+)
G1644651 NA other downstream 152747 59747984 ~ 59748345 (+)
LOC110498402 LOC106604468 other downstream 788284 60382983 ~ 60392450 (+)
plaat1l LOC106611413 other downstream 803670 60398860 ~ 60402461 (+)
chrna2a LOC103467111 other downstream 877886 60462967 ~ 60475546 (+)

Expression


Co-expression Network