XLOC_036437 (cfp)



Basic Information


Item Value
gene id XLOC_036437
gene name cfp
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 23672254 ~ 23705867 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence


>TCONS_00071214
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>TCONS_00071215
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>TCONS_00072456
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>TCONS_00071216
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Function


symbol description
cfp Acts upstream of or within immune response. Is expressed in several structures, including cardiovascular system; digestive system; eye; gonad; and neutrophil. Human ortholog(s) of this gene implicated in X-linked properdin deficiency. Orthologous to human CFP (complement factor properdin).

GO:

id name namespace
GO:0006955 immune response biological_process

KEGG:

id description
ko05168 Herpes simplex virus 1 infection

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-9247 Acts upstream of or within immune response. Is expressed in several structures, including cardiovascular system; digestive system; eye; gonad; and neutrophil. Human ortholog(s) of this gene implicated in X-linked properdin deficiency. Orthologous to human CFP (complement factor properdin).
ZDB-GENE-081105-55 No description available

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00071214 False 5130 mRNA 0.41 12 23672254 23684659
TCONS_00071215 False 5130 mRNA 0.41 12 23672254 23702295
TCONS_00072456 False 2217 lncRNA 0.35 2 23688651 23705867
TCONS_00071216 True 3659 mRNA 0.43 11 23689992 23701880

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_036436 slc38a5b coding downstream 59792 23579974 ~ 23612462 (-)
XLOC_036435 wasb coding downstream 93594 23560183 ~ 23578660 (-)
XLOC_036434 NA coding downstream 114332 23554027 ~ 23557922 (-)
XLOC_036433 gpr173 coding downstream 255892 23415023 ~ 23416362 (-)
XLOC_036432 NA coding downstream 282012 23387884 ~ 23390242 (-)
XLOC_036438 inavaa coding upstream 47406 23753273 ~ 23776399 (-)
XLOC_036439 zgc:195245 coding upstream 70703 23776570 ~ 23780402 (-)
XLOC_036440 si:ch211-163l21.7 coding upstream 75161 23781028 ~ 23783633 (-)
XLOC_036441 lhfpl5b coding upstream 171061 23876928 ~ 23885016 (-)
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XLOC_036452 NA non-coding upstream 735661 24441528 ~ 24475095 (-)

Expression



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