XLOC_004589


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004589
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 14741152 ~ 14744702 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00010899
TTCAGGTTTCCGCCATTTTTTTTTACACCGCATGGATGGGCTCGGCGTGGTGAAGCGGGAATCAATAAAATTGaaTCCTTAAGCATGTCAGGAAGATCTGCCAAGCTTTTGGTGATAGTGAGTCAAGATGATTCAAGAAAGTTGCTTTTGCCAGATGGGATTCCCGAATCAGTGGATGCGCTCATTGAAAAGCTCTGGCAGCACTGATGATACAATCATACTCTCAAGAACTGCAAGAAAGATGGCCAGCACTGTTTCAACAAGaggagATTGATGCCGAATTTTTGCACAACACAACCTTACCTTTACAGTTAAGATTTATGGCCTCTTTGGACAGACAGATCTCTCAGATTCTCCAGGTTATTAGGAGCAAAGGTGGAGTCCTCCGTGAAAAAGCGAAGGACACTATTTAAGTTATGGATCAGAGCCTGGACATAGACATCAGAAGACAGTGCCTGCTGAAGTGCCTGATCATGTACCTTAGTGAAGATGCAAGCTGTCTGATCGAAGAATACCAGGCTGACCAGAGGGAGGAAGCAATGGATGAATTTGAAAAGAACACCATGACACTTTTTGTGACCCGTGAAAGTGATGCTCTTACTCGTGCACTGGACATTTCGATTGTCATTGACTGTGTGGAAGTACTAAATGAGTTGCCTTCTGTTGCATGTCCCTGCGCCATGATGTTTGGACTCATTTATGCACTGAACTTAAAATATCCCGATGGACTCAAATATATCTTTGAGACCTTTCAAAAAATAATCATGGACTTGGAGAGTAGACAGATGAGCCGAAGGGTGCCGAACCTGCAGGAGTAAGCAGATGTGCTGAAGAGTGCAGAACCTCTCTTTAAAGCTACTGGAGATAACTTGTATCCTTTGACTCAACTACAGTGTTCTGATTGCGATATATTTTAGATGTTGGACTTCTTCATTTCTTCATCTTCATTATAAAGCATTAAATAGTTTACCAAAACATGAAAGTTCATACATTGTTTACTCATCTTTAAGCTATTCTAagtatttaactttaattaaattagGTTCAGAGAAATTTAATGACAATTATGAGAGAAGTTTAATTTTTCGGTAAACTATTTCATTAAGATGAAGACTTCTCTTTCAACAGTTGGCTAATTTGTTACAGAgttattaaaaagtatttaattttacACTGCACATTTTAAGCCATTTTTTGGGCCAAACTTGTTTTAACCTCAGAAGAATTCTTAAGGTTTTGTGTAGTCAGTTTTGATTGACTGTTCATGAAAAGGTGTCCAATGATTACTGATTCCTATGGTGAACTTACATTGTATCCAGGGTCTTTGTATATGGATCCTAAAAACTGTTGTAcagtataattttataaaaatgctaTGCACATTGTAGAAATGTTTTATGACATAAATTGTCATGTTTGTTATGTTTACATTGTTAGACAGTGTGTATTTGTACTgtacacattgtaaaaaatgtggTATTGACAAAATAAATTGTCAATAGTT
>TCONS_00010725
aaTCCTTAAGCATGTCAGGAAGATCTGCCAAGCTTTTGGTGATAGTGAGTCAAGATGATTCAAGAAAGTTGCTTTTGCCAGATGGGATTCCCGAATCAGTGGATGCGCTCATTGAAAAGCTCTGGCAGCACTGATGATACAATCATACTCTCAAGAACTGCAAGAAAGATGGCCAGCACTGTTTCAACAAGaggagATTGATGCCGAATTTTTGCACAACACAACCTTACCTTTACAGTTAAGATTTATGGCCTCTTTGGACAGACAGATCTCTCAGATTCTCCAGGTTATTAGGAGCAAAGGTGGAGTCCTCCGTGAAAAAGCGAAGGACACTATTTAAGTTATGGATCAGGTATTGGTTGCATACAAACAAAATTGCTTGTAGCAATTAATTAATAGTGTTTTGGTTTAATGAAAACAATACATCTTAAACATTTTTAGAGCCTGGACATAGACATCAGAAGACAGTGCCTGCTGAAGTGCCTGATCATGTACCTTAGTGAAGATGCAAGCTGTCTGATCGAAGAATACCAGGCTGACCAGAGGGAGGAAGCAATGGATGAATTTGAAAAGAACACCATGACACTTTTTGTGACCCGTGAAAGTGATGCTCTTACTCGTGCACTGGACATTTCGATTGTCATTGACTGTGTGGAAGTACTAAATGAGTTGCCTTCTGTTGCATGTCCCTGCGCCATGATGTTTGGACTCATTTATGCACTGAACTTAAAATATCCCGATGGACTCAAATATATCTTTGAGACCTTTCAAAAAATAATCATGGACTTGGAGAGTAGACAGATGAGCCGAAGGGTGCCGAACCTGCAGGAGTAAGCAGATGTGCTGAAGAGTGCAGAACCTCTCTTTAAAGCTACTGGAGATAACTTGTATCCTTTGACTCAACTACAGTGTTCTGATTGCGATATATTTTAGATGTTGGACTTCTTCATTTCTTCATCTTCATTATAAAGCATTAAATAGTTTACCAAAACATGAAAGTTCATACATTGTTTACTCATCTTTAAGCTATTCTAagtatttaactttaattaaattagGTTCAGAGAAATTTAATGACAATTATGAGAGAAGTTTAATTTTTCGGTAAACTATTTCATTAAGATGAAGACTTCTCTTTCAACAGTTGGCTAATTTGTTACAGAgttattaaaaagtatttaattttacACTGCACATTTTAAGCCATTTTTTGGGCCAAACTTGTTTTAACCTCAGAAGAATTCTTAAGGTTTTGTGTAGTCAGTTTTGATTGACTGTTCATGAAAAGGTGTCCAATGATTACTGATTCCTATGGTGAACTTACATTGTATCCAGGGTCTTTGTATATGGATCCTAAAAACTGTTGTAcagtataattttataaaaatgctaTGCACATTGTAGAAATGTTTTATGACATAAATTGTCATGTTTGTTATGTTTACATTGTTAGACAGTGTGTATTTGTACTgtacacattgtaaaaaatgtg
>TCONS_00010726
TTTACCATGGGGTTGTAGCATctaatgtttttgaaaatgtctTAGATGAcctaattaaactttttttattgtttaatggtttatgtgtatatgtatttttactgTTAGTTCTCAAAGTAACTTTTTTCATAAGTCTATTTTCTATTTCTCTTTCTTACAGATTGATGCCGAATTTTTGCACAACACAACCTTACCTTTACAGTTAAGATTTATGGCCTCTTTGGACAGACAGATCTCTCAGATTCTCCAGGTTATTAGGAGCAAAGGTGGAGTCCTCCGTGAAAAAGCGAAGGACACTATTTAAGTTATGGATCAGAGCCTGGACATAGACATCAGAAGACAGTGCCTGCTGAAGTGCCTGATCATGTACCTTAGTGAAGATGCAAGCTGTCTGATCGAAGAATACCAGGCTGACCAGAGGGAGGAAGCAATGGATGAATTTGAAAAGAACACCATGACACTTTTTGTGACCCGTGAAAGTGATGCTCTTACTCGTGCACTGGACATTTCGATTGTCATTGACTGTGTGGAAGTACTAAATGAGTTGCCTTCTGTTGCATGTCCCTGCGCCATGATGTTTGGACTCATTTATGCACTGAACTTAAAATATCCCGATGGACTCAAATATATCTTTGAGACCTTTCAAAAAATAATCATGGACTTGGAGAGTAGACAGATGAGCCGAAGGGTGCCGAACCTGCAGGAGTAAGCAGATGTGCTGAAGAGTGCAGAACCTCTCTTTAAAGCTACTGGAGATAACTTGTATCCTTTGACTCAACTACAGTGTTCTGATTGCGATATATTTTAGATGTTGGACTTCTTCATTTCTTCATCTTCATTATAAAGCATTAAATAGTTTACCAAAACATGAAAGTTCATACATTGTTTACTCATCTTTAAGCTATTCTAagtatttaactttaattaaattagGTTCAGAGAAATTTAATGACAATTATGAGAGAAGTTTAATTTTTCGGTAAACTATTTCATTAAGATGAAGACTTCTCTTTCAACAGTTGGCTAATTTGTTACAGAgttattaaaaagtatttaattttacACTGCACATTTTAAGCCATTTTTTGGGCCAAACTTGTTTTAACCTCAGAAGAATTCTTAAGGTTTTGTGTAGTCAGTTTTGATTGACTGTTCATGAAAAGGTGTCCAATGATTACTGATTCCTATGGTGAACTTACATTGTATCCAGGGTCTTTGTATATGGATCCTAAAAACTGTTGTAcagtataattttataaaaatgctaTGCACATTGTAGAAATGTTTTATGACATAAATTGTCATGTTTGTTATGTTTACATTGTTAGACAGTGTGTATTTGTACTgtacacattgtaaaaaatgtg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00010899 False 1504 lncRNA 0.37 6 14741152 14744702
TCONS_00010725 False 1492 lncRNA 0.36 4 14742229 14744674
TCONS_00010726 True 1367 lncRNA 0.35 3 14742710 14744674

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004588 becn1 coding upstream 37723 14556092 ~ 14703429 (+)
XLOC_004587 mto1 coding upstream 431190 14214755 ~ 14309962 (+)
XLOC_004586 kbtbd2 coding upstream 578371 14149686 ~ 14162781 (+)
XLOC_004585 GPT coding upstream 610436 14079097 ~ 14130716 (+)
XLOC_004584 fkbp10b coding upstream 784115 13905286 ~ 13957037 (+)
XLOC_004590 NA coding downstream 70898 14815600 ~ 14815945 (+)
XLOC_004591 mylpfb coding downstream 258055 15002757 ~ 15010996 (+)
XLOC_004592 CR456635.1 coding downstream 333422 15078124 ~ 15082367 (+)
XLOC_004593 NA coding downstream 366703 15111405 ~ 15115431 (+)
XLOC_004594 adprh coding downstream 403916 15148618 ~ 15196223 (+)
XLOC_004582 BX640453.1 non-coding upstream 998476 13740216 ~ 13742676 (+)
XLOC_004581 CR354395.1 non-coding upstream 1083008 13658022 ~ 13658144 (+)
XLOC_004579 BX649204.1 non-coding upstream 1283796 13457237 ~ 13457356 (+)
XLOC_004569 BX548041.1 non-coding upstream 2127701 12613335 ~ 12613451 (+)
XLOC_004568 NA non-coding upstream 2325317 12415256 ~ 12415835 (+)
XLOC_004597 CR749751.1 non-coding downstream 636992 15381694 ~ 15381814 (+)
XLOC_004602 NA non-coding downstream 1159422 15904124 ~ 15925797 (+)
XLOC_004603 NA non-coding downstream 1203334 15948036 ~ 15948551 (+)

Expression


Co-expression Network