pip4p1a (tmem55b,tmem55ba,LOC106600488)


Basic Information

Item Value
gene id pip4p1a
gene name tmem55b,tmem55ba,LOC106600488
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047615.1
NCBI id CM018561.1
chromosome length 21248730
location 9958993 ~ 9977916 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU376185
ATGTGACGAAAGCGCGTCCAGCTGCGCTCCTCGGTGGCTTGGCAGTGTGCGCTCCGTTTCTCCGTGCCTCGCTCTCGCCATGGCGGACGGCGAGCGCTCACCGTTACTCTCAGATCTCGGCGATGGAGCTGGCGGCAGCGGAATCGGCGGCGTTTCTCCTGGACCAAGTCCGTTTTCACAACCGAACAAACCGCAGATGGACAGAGTTTACTGACAGGACACTGGCCCGATGTCCCCACTGCAGAAAAGTTTCTTCAATTGGCCAGACATACCCAAGGAGGCGGAGTCTATGGTGTTTCCTCCTGTGCTTGCTGTTCAGCATCTCAGCTGCTGGATTGATTGCGGGGACATGGTCTAAGGCACAAGTGTATGGCGGGATCTATGCTGCTTGGGTGGCCATGCTGCTACTGGTCGTGGTGACCTTAGCCAGAGCACTCTATTGGACCTGCCTACGGGTCAGCCAACCCCTGCAGAACttcacatagagagagagagagagagagagagcggaaAGGAATGGTAGCAGGGAGAGAGAGTAGGGGGACAGAGTCAGACTGGTGGTAAATAGTCTGGGAAAACTGCTGATATACAGTGAGTGATGAAAAAAAGCATTAAGCCATGTAAAAGAATGACGAATGAGAAAGATATTAGGATGGCTTGCTGAGGTGGACGGATGACTAGATTGAAGGATTGGGCTGAAAATAGTTGTTTgttttaagtaaatatttattgaGCTGAACATTGGATCCAGTGGTTTTACCGATGACTGTGTGCAAACCTACTGACACCATACTGACACCGAATTCCAGTGGCCCTGAATATTTTAATCTCGCACATAACATGTACTCATATCGAAGACTCTGACAGTGTCATCAATGGTGGTAGGAGTCTAGCAGATTATTTGGCACAGTTGAGACACTATCTGACAGACACCTACCCTCACACACCTATAATCCATGGACTGTGTTTGACTGCATAACTGGAAATTTGCCTCAACACGAGAGCAACAGAGGTGTCGAGTAGAATTTAGTCTTGACTGATTCGTTGTGTTTTGATGTAATGTAATATCATAAATGTTAGAATAAGTGCATTTGTGAATGCTGTCGATATCAGTGCATTTGCAGACTAAAGCATCAAGAGGCCTGAGAGATAAAGACGGAGACAGAGACTGTTGTCTGTCCTTCACAATAGGGCTCTGCTTCAACatacccatccacacacacatccattctCGGTTCATATGACCTTATAAACACAAACTTATTCCTAATCGGTTATTATAAATAGGCATAACTATATCTTGCTATATTAAATTAGTTAGCATTAAATCAAAAATTGCCATATATTATGACATTTTGGGACCTAATAAATCAGTAATTGAGAATTCAGAGCAAAAGTCTTGCGGtgctttttaatttgtattcacATCCTTTCCAGACATGGTACAAAAATTCAGTCACCAATTGTTTTTGATGCACTTTCACTTCAGGTCTATGGGAAACAATTAACAGCATAATATAGTCAGTAAGCATGATTGTCATACTGTTAATAAATTTTGTATAAGAATTGCACACATGCATAGAATACAGAATCTTGTCACCAACATACTAAATTCCATAAGGGGGTGCTGTAATAACgccattttagttttatttgtgctCTGCTTTCACACAGTACAAAACCTCCACATGCTTAAGAAAATTTTATGGCATATCTACACACCTGGATGAATAGTCTCACATTCccagtttgttgtttttttctgtagacagcagtaatttttattctttttctttcttcagggTGAATATTTggtattattttaatgactgcACCATTGCACTAAGAGGATCTAACAGTTCCTTGAAAAcactacagcattttttttttaaattagtgttCATGTACTAACCATGTGAAGAATTATTGTAATCTATACACCCACTCTGCCTGATGGAAGCTACCGAGCTGAATTGTCTGTTTTAGGAATTCTCTTATTATTTATGATCTGAAGGATGATGTTGAAGTTACCATTACATGACATTTGTAATGTCATTAACTTGAATATGCTACAGCTGTGGTCATATGAAATGTGCTAATCACatgtatgtttttgtatttaactGCTGTGTGTTAAAGCCCAGTTTAGGACTTTAGGCacctcttaattttttttttttttttaaattaaaaaacccTTGCAGAATGTTTTGCTGTTCCTTAATATCCCCTTGACCAGTGCACCATGAGTGCCTTTGTGTACTTTGTGTAGGTAGGCcacattttttccctcaatttttttcactctcaaGCCTAGCGGGTTTGCAGGATCTCTGTAGTAAAAGGACAGTTGTGAATAGTTAGTCTTTATCTatgattttgaaagaaaaatgcatgattTCTGTGCTGTGATTAGCAATATCTCTGTTCTGACACACATAATTCAAAGAATAAGGTAATTGTTAAACCCTTTGCTGCCTGATACATTGTATGAGGTCCAAAAGTGCAAGACTGGGAGTGAAAACTACTGTTCTAAATGGTGAATATATGTCTCCTGTAAAAACATGATGAACAAAGTTAGCATAAATCACCAAGAAGTGATTTAGTTTAAGGCTTACTGAAGGTCATGTACAAAAAGTATGTGGTGTCACTGAAAGAGGAAGTGCTCCAAGACTGGGTTCTGGGTTTATGCTGCTGAAATGCATATTACTTTGTGATTAGTGGTGTGCTGGTTTACAGTGATTAGAAAATCTACGATATTAACATTGTCCTGTATTGgtataaataatgtcactaaaatgtatgaatttgtCATTCTGTTTCATGCCTACACCAAGAGGTGCCTAGTGTCCTAAACTGTATGCTTTAAGGGTTTAAATACTAATACCAATCTTATTTATGCCAAGAGCAATGAGACCAGAATGAGGCTTTTCTGAGTTTGTTTGCAAATGATAAGTTGTTACAAGGCATGAAGGCAATTAatgaaaacaatataaaa
>XM_026925733.2
GGCCAAAAAACTATGCGTACACATGGGAATGGAGCCTTAATATATTCCCGTTTAATTGCTGTTAGAGTGAATGTGTGACgaattttttcattaaaagtgGTGCCTGCCTGGACGTGAGGGACCGAGCACATATTAAGGGGGACATCCCCATATTAACTCTCCCTTAAGAACCACCCCTACGTTACTAGGTCGATTACTGATTTAtcttttaaacagattttaacaGAAGTTTATTCCGTTCAGTTCAAAAGATTCTCACATCCGGCGTTTCGAAGATGAGCTCGCAGCAGAAAAATGCGCATGCGCTTACGTTGCCACGGTAGCCGGCCTGTAACCATGTGACGAAAGCGCGTCCAGCTGCGCTCCTCGGTGGCTTGGCAGTGTGCGCTCCGTTTCTCCGTGCCTCGCTCTCGCCATGGCGGACGGCGAGCGCTCACCGTTACTCTCAGATCTCGGCGATGGAGCTGGCGGCAGCGGAATCGGCGGCGTTTCTCCTGGACCAAGTCCGTTTTCACAACCGAACAAACCGCAGAGTTTCCCGCCATTTCCAAGCCCATCTCAGCCCTCTGTGCTTTTGGGCGAGGATCCTCCACCCTACTCACCCCTGACATCACCTGAGAGTGGCAGTGCCCCTGTGATTAGCTGCCGCGTGTGTCAGTCTCTTATCAGTGTTGAGGGCAAGATCCACCAGCACGTAGTCAAGTGTGGTGTGTGCAACGAAGCGACACCCATAAAGAATGCTCCAGCTGGGAAGAAGTATGTGCGCTGTCCCTGTAACTGTCTGCTCATCTGCAAGGTCACGTCTCAGCGCATCGCCTGTCCACGCCCTTACTGtaaGAGGATCATTAATTTGGGACCAGTACACCCCGGGCCAGCTAGTCCAGACCCTCAGCCTTCTGGGGCCCGAGTGTCATGTGGCCACTGTAGCAACACGTTCTTGTGGACAGAGTTTACTGACAGGACACTGGCCCGATGTCCCCACTGCAGAAAAGTTTCTTCAATTGGCCAGACATACCCAAGGAGGCGGAGTCTATGGTGTTTCCTCCTGTGCTTGCTGTTCAGCATCTCAGCTGCTGGATTGATTGCGGGGACATGGTCTAAGGCACAAGTGTATGGCGGGATCTATGCTGCTTGGGTGGCCATGCTGCTACTGGTCGTGGTGACCTTAGCCAGAGCACTCTATTGGACCTGCCTACGGGTCAGCCAACCCCTGCAGAACttcacatagagagagagagagagagagagagcggaaAGGAATGGTAGCAGGGAGAGAGAGTAGGGGGACAGAGTCAGACTGGTGGTAAATAGTCTGGGAAAACTGCTGATATACAGTGAGTGATGAAAAAAAGCATTAAGCCATGTAAAAGAATGACGAATGAGAAAGATATTAGGATGGCTTGCTGAGGTGGACGGATGACTAGATTGAAGGATTGGGCTGAAAATAGTTGTTTgttttaagtaaatatttattgaGCTGAACATTGGATCCAGTGGTTTTACCGATGACTGTGTGCAAACCTACTGACACCATACTGACACCGAATTCCAGTGGCCCTGAATATTTTAATCTCGCACATAACATGTACTCATATCGAAGACTCTGACAGTGTCATCAATGGTGGTAGGAGTCTAGCAGATTATTTGGCACAGTTGAGACACTATCTGACAGACACCTACCCTCACACACCTATAATCCATGGACTGTGTTTGACTGCATAACTGGAAATTTGCCTCAACACGAGAGCAACAGAGGTGTCGAGTAGAATTTAGTCTTGACTGATTCGTTGTGTTTTGATGTAATGTAATATCATAAATGTTAGAATAAGTGCATTTGTGAATGCTGTCGATATCAGTGCATTTGCAGACTAAAGCATCAAGAGGCCTGAGAGATAAAGACGGAGACAGAGACTGTTGTCTGTCCTTCACAATAGGGCTCTGCTTCAACatacccatccacacacacatccattctCGGTTCATATGACCTTATAAACACAAACTTATTCCTAATCGGTTATTATAAATAGGCATAACTATATCTTGCTATATTAAATTAGTTAGCATTAAATCAAAAATTGCCATATATTATGACATTTTGGGACCTAATAAATCAGTAATTGAGAATTCAGAGCAAAAGTCTTGCGGtgctttttaatttgtattcacATCCTTTCCAGACATGGTACAAAAATTCAGTCACCAATTGTTTTTGATGCACTTTCACTTCAGGTCTATGGGAAACAATTAACAGCATAATATAGTCAGTAAGCATGATTGTCATACTGTTAATAAATTTTGTATAAGAATTGCACACATGCATAGAATACAGAATCTTGTCACCAACATACTAAATTCCATAAGGGGGTGCTGTAATAACgccattttagttttatttgtgctCTGCTTTCACACAGTACAAAACCTCCACATGCTTAAGAAAATTTTATGGCATATCTACACACCTGGATGAATAGTCTCACATTCccagtttgttgtttttttctgtagacagcagtaatttttattctttttctttcttcagggTGAATATTTggtattattttaatgactgcACCATTGCACTAAGAGGATCTAACAGTTCCTTGAAAAcactacagcattttttttttaaattagtgttCATGTACTAACCATGTGAAGAATTATTGTAATCTATACACCCACTCTGCCTGATGGAAGCTACCGAGCTGAATTGTCTGTTTTAGGAATTCTCTTATTATTTATGATCTGAAGGATGATGTTGAAGTTACCATTACATGACATTTGTAATGTCATTAACTTGAATATGCTACAGCTGTGGTCATATGAAATGTGCTAATCACatgtatgtttttgtatttaactGCTGTGTGTTAAAGCCCAGTTTAGGACTTTAGGCacctcttaattttttttttttttttaaattaaaaaacccTTGCAGAATGTTTTGCTGTTCCTTAATATCCCCTTGACCAGTGCACCATGAGTGCCTTTGTGTACTTTGTGTAGGTAGGCcacattttttccctcaatttttttcactctcaaGCCTAGCGGGTTTGCAGGATCTCTGTAGTAAAAGGACAGTTGTGAATAGTTAGTCTTTATCTatgattttgaaagaaaaatgcatgattTCTGTGCTGTGATTAGCAATATCTCTGTTCTGACACACATAATTCAAAGAATAAGGTAATTGTTAAACCCTTTGCTGCCTGATACATTGTATGAGGTCCAAAAGTGCAAGACTGGGAGTGAAAACTACTGTTCTAAATGGTGAATATATGTCTCCTGTAAAAACATGATGAACAAAGTTAGCATAAATCACCAAGAAGTGATTTAGTTTAAGGCTTACTGAAGGTCATGTACAAAAAGTATGTGGTGTCACTGAAAGAGGAAGTGCTCCAAGACTGGGTTCTGGGTTTATGCTGCTGAAATGCATATTACTTTGTGATTAGTGGTGTGCTGGTTTACAGTGATTAGAAAATCTACGATATTAACATTGTCCTGTATTGgtataaataatgtcactaaaatgtatgaatttgtCATTCTGTTTCATGCCTACACCAAGAGGTGCCTAGTGTCCTAAACTGTATGCTTTAAGGGTTTAAATACTAATACCAATCTTATTTATGCCAAGAGCAATGAGACCAGAATGAGGCTTTTCTGAGTTTGTTTGCAAATGATAAGTTGTTACAAGGCATGAAGGCAATTAatgaaaacaatataaaaataagaaaacagtca

Function

NR:

description
type I phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 4-phosphatase-A isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0005765 lysosomal membrane cellular_component
GO:0031902 late endosome membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0016787 hydrolase activity molecular_function

KEGG:

id description
K13084 TMEM55; phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 4-phosphatase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU376185 False 2998 TUCP 0.40 4 9959329 9977901
XM_026925733.2 True 3756 mRNA 0.42 7 9958993 9977916

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
dnaaf6 pih1d3 coding upstream 6673 9943753 ~ 9952320 (+)
fndc7a LOC108280340 coding upstream 97845 9829378 ~ 9861148 (+)
LOC113533145 NA coding upstream 131105 9788997 ~ 9827888 (+)
LOC113533645 arhgap12,LOC108280343 coding upstream 316349 9532677 ~ 9642644 (+)
LOC113543105 itgb1,LOC107659805,LOC107749113,LOC107690578,LOC107563813 coding upstream 739892 9168411 ~ 9219101 (+)
LOC113533165 LOC108280405,LOC100705068 coding downstream 3270 9981186 ~ 9989044 (+)
lig1 lig1 coding downstream 25740 10003656 ~ 10034015 (+)
mpz mpz,LOC106600490 coding downstream 64972 10042888 ~ 10053540 (+)
atp1a2a atp1a2a,LOC108261056,LOC108428278,LOC107692876,LOC107749099,LOC107721700 coding downstream 83310 10061226 ~ 10130722 (+)
sdhc sdhc coding downstream 195904 10173820 ~ 10186067 (+)
G317633 NA non-coding upstream 18756 9939969 ~ 9940237 (+)
G317621 NA non-coding upstream 79237 9878915 ~ 9879756 (+)
G317618 NA non-coding upstream 83173 9874996 ~ 9875820 (+)
G317529 NA non-coding upstream 139528 9819266 ~ 9819465 (+)
G317526 NA non-coding upstream 143336 9815277 ~ 9815657 (+)
G317703 NA non-coding downstream 127850 10105766 ~ 10106921 (+)
G317754 NA non-coding downstream 179361 10157277 ~ 10157530 (+)
G317761 NA non-coding downstream 208390 10186306 ~ 10187126 (+)
G317939 NA non-coding downstream 526247 10504163 ~ 10510193 (+)
LOC117599937 NA non-coding downstream 539672 10517588 ~ 10520208 (+)
G317390 NA other upstream 543829 9412323 ~ 9415164 (+)
LOC117599964 LOC107387363,LOC107676291,LOC107756568 other upstream 1145583 8811595 ~ 8813410 (+)
G316745 NA other upstream 1689795 8268709 ~ 8269198 (+)
G316744 NA other upstream 1694932 8263339 ~ 8264061 (+)
fitm1 fitm1,LOC107688462,LOC107585187,LOC107722554,LOC107589905 other upstream 2202032 7751694 ~ 7756961 (+)
capn10 capn10 other downstream 558515 10536431 ~ 10562994 (+)
eif4e2 eif4e2,LOC107600102,LOC107579667,LOC107749152,LOC107730458 other downstream 585905 10563821 ~ 10568907 (+)
camk2n1a camk2n2,camk2n1a,LOC107659987,LOC107600060,LOC107557885 other downstream 752430 10730346 ~ 10734088 (+)
per2 LOC108280459,LOC108439864 other downstream 1421968 11399884 ~ 11464769 (+)
G318439 NA other downstream 1489383 11467299 ~ 11469499 (+)

Expression


Co-expression Network