AMCG00004425 (zbtb44,LOC106580932,LOC106612543,LOC102781915)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00004425
gene name zbtb44,LOC106580932,LOC106612543,LOC102781915
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 49298736 ~ 49318835 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00004425
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>TU10030
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TTCAAACCTAGCCAACCATTCTGTTTTGAGATTGCGAGTATATTCAGTGGGGATGTTTTGTACAAACAGAAacttaaaactgtaaataaaa

Function

symbol description
zbtb44 Predicted to enable metal ion binding activity. Orthologous to human ZBTB44 (zinc finger and BTB domain containing 44).

NR:

description
PREDICTED: zinc finger and BTB domain-containing protein 44-like isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0046872 metal ion binding molecular_function
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function

KEGG:

id description
K10515 ZBTB44, BTBD15; zinc finger and BTB domain-containing protein 44

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00004425 True 6781 mRNA 0.41 7 49298736 49318835
TU10030 False 5091 lncRNA 0.37 4 49307845 49318816

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00004426 LOC106580931 coding upstream 5668 49279160 ~ 49293068 (+)
AMCG00004422 NA coding upstream 258700 49009691 ~ 49040036 (+)
AMCG00004415 NA coding upstream 452133 48830538 ~ 48846603 (+)
AMCG00004416 LOC105903796 coding upstream 655306 48629172 ~ 48643430 (+)
AMCG00004414 NA coding upstream 674584 48613149 ~ 48624152 (+)
AMCG00004428 NA coding downstream 84373 49403208 ~ 49411567 (+)
AMCG00004427 NA coding downstream 106930 49425765 ~ 49429808 (+)
AMCG00004431 NA coding downstream 200289 49519124 ~ 49522913 (+)
AMCG00004430 LOC107598122 coding downstream 228434 49547269 ~ 49571300 (+)
AMCG00004434 NA coding downstream 290044 49608879 ~ 49631014 (+)
G8140 NA non-coding upstream 50702 49246488 ~ 49248034 (+)
G8111 NA non-coding upstream 269553 49024156 ~ 49029183 (+)
G8103 NA non-coding upstream 338905 48955967 ~ 48959831 (+)
G8083 NA non-coding upstream 450610 48847526 ~ 48848126 (+)
G8044 zbtb16 non-coding upstream 829925 48463181 ~ 48468811 (+)
G8167 NA non-coding downstream 115208 49434043 ~ 49435751 (+)
G8188 NA non-coding downstream 263283 49582118 ~ 49586095 (+)
G8356 NA non-coding downstream 747600 50066435 ~ 50068081 (+)
G8371 NA non-coding downstream 818794 50137629 ~ 50139705 (+)
G8372 cbl,LOC107601723 non-coding downstream 824470 50143305 ~ 50144990 (+)
AMCG00004424 NA other upstream 238681 49043590 ~ 49060055 (+)
AMCG00004421 NA other upstream 272381 48897117 ~ 49026355 (+)
G8099 NA other upstream 364641 48932450 ~ 48934095 (+)
G7999 NA other upstream 1151580 48146888 ~ 48147156 (+)
AMCG00004380 NA other upstream 3330430 45962010 ~ 45968306 (+)
AMCG00004442 NA other downstream 487526 49806361 ~ 49814024 (+)
AMCG00004449 NA other downstream 619717 49938552 ~ 49951533 (+)
G8377 NA other downstream 832429 50151264 ~ 50157719 (+)
AMCG00004463 NA other downstream 917842 50236677 ~ 50243043 (+)
AMCG00004477 NA other downstream 1422553 50741388 ~ 50753432 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000339_05624136_05625750 NA coding CI01000339 null 5623720 ~ 5625750 (-)