XLOC_006039


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006039
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 28808092 ~ 28817882 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013618
TTACCTCTATCCTGCCCGAACACTGTGCGGATATAGAAACAAATTTACCAGTCGTCTCAAGAAGAGACAAGCTTGCTTATTGTGGAGTAGCTTCAATAAACAAACCCTAAAACTCTACGTTAACCGTGACTTGGATAAATGTACCACTTCTATTTCTGTGAGCTGGGTAAGTGAGTTTgacttgacttttttttattacttttgcagttaaattaatgatttaaattAGGTAATTTACTGCACCGACATGGCTTAAATTAGGATAGTAAGCCTTAAACGTCcataatgttcatttttgtttggTGGGGGTTTACCAGAGACTTCTTTTAGAAGTTTATGGTCTTATAAACGAATAAATGTTTATCCCCAACTGATGTGTTTACATGAAGCCTTTCCATTTGCATTAGACCTTTCAATCAATTCCAGTCAGAATACTATGCTCTATACACACTTAATGCTCCGcaaattttacacatttttaggattttcttttctttcaatgATAATCTAGTTCATTGCTGTTTGGGTTGTtcctataataatattttattcatatatgcttacaatgtattacattttatcaGCTTCCCTCCACCACAAAACATCCCATGATCCCAATAAAGGTataattatgaattctttccaaatttaaatcattttttgaaaatatattcatatcacaatgtaTAGAAGTTTTCTATATCATACAGCCCTAGTTTCTATGTCTGTAAGCATTCAGAAATTGGCTCCATTAACCATGCATCGGAATGTACTAATGTTTAAGTATTGGTGGGAGACATGCTGAAAGGTGATATTTACATCTTGCATAAATATGAGATCTAGAtgttcagatttattttattttatgttgaattACAAGTAAAATCAACATAAGCAGGGCTGAAATTACAGTCCATTTACTTTAATAGTTCAGAGTGACAGTGTTCAAAGCAGTGCCGTAATTtatcttctttattgtttatCTTATTGATTGGGTGTTTCGGAAAACTTGGCCAAATCTGATTCAATGAGAAATTAGGATCATCTAAACCTGACTCTTCAGCCATCCTTTACATTGAAATCATTgcacatgttttctttttttttttttttacacagtttttttacagtttgttttgAAGAGAAACTGGTGCACATGACTCAAGGCTGGATGGGAAGACTTGAATAACGAGTGACAGACAGGGACTGCATCTATTTATAACAAGTTTCACATTCAGGTTTGCACTTCCTGCCAAAATGTAGAGCAGCCACTGATCACCCAACAGAATCAtgtgaacacacaaacacttcaGAGGAGCAGGAGACTTTATTGACTTAAATAGCTTGGGCaatgatttttattattgtttgataCAGAGGATTGTTTCTTGTGAAGTCACTATGTTGTTTATAAAGTTCATATAGAATCTTTTTCGACATGTTGGTCTGAGATATTGCTGTATGCAAACTACATTTTAGTCATTCTTTTGTTTCTAACGGAGGCTTGTAATTGCGTTAAATATCACAGTTGCACCTTGTGACTTCAGAATTGCAAATTATGCCACTGTAACTATGTTCAGCAGCTGTGTGCATAAGTTTGGCATACAAACATGTGATAAAGCTTTTAAAACAGATGCAGGAAAAAAGGAAGGCGTCATCCTGCTCTCTAAACAAGCGCCCTGTTAAGTTAATGTGCAGAAGCccttgttataaaaaaaaaacaaaaaaaaaacctcacagCCACAGAAGAGAAGAGACTCATTTATATTGTGATGTTCCATGTTGTAGCCATTGCCAGCTTCATATACTATAAGCATAAAAAATGCTTTCAGCATTTTCTGAGTTTTTGACATTATTGTTTGTGTTGCATTATGCATATAACTTAATAATTAATCACGTTTCAGCTTTCTTGTAGTTGTGAGTTTTTATGTAATAGTcaaaatatatcacaaaataattttttagctTATACTCTTAAATAGAAATCTTATAGGCTCCTGAGGACCAGCTGTTTAAATTTAACTTTGAAACCTCTGCACTTTTGATCTCAACTCCAGATCATttccttatttaaatatttattcacccaaaactgaaaatgtcataATTTACGCAtctttcacttgtcacaaacctgcttgagtttctgtcttctgtacaaaacacaagaagatattttgaaaaattatgaAAACCTGTAGCTATTGattttataaagtatttgttttttttatttttctggaatggttacaggtttctaacatttttctaaataacttattttgcaTTCAACCAAAAAAAAGCAACTCATGATTGAAACCACTCAAAAGTGAgtaaataatttagattttaggGTGGACTAttcttttatttgtatatttaataaaatgtttcctGTAGTTTTTCATTTAATGCATGTCCTTTTAAGCATGTACCACTTCAcacctatttatttaaaaaatgtttttattggttTTTAACAAGAGCATGCAAAGTAGTTTACAACACAACATATGAAAAATTACAAACTgtcttagttttcttattttcccactatctcctcaaaataaaataaataacatttatgaattaaaaaaacatatcctttgagagaaaaaatatataaaaaaataaaaataattttaaaaaaattaaataaaaaattgttgattaaaaaataataataattgagcaagtttacaataaaagagtaaaaaaaggaaagaaaatatcGCGTTAAGGAGTCAATATTTTCTCTTTCCAGTTATTTACTGTGTGGAGCTGATACCAACTGAACAGGGTAAGCCTTTGATGTAGTCTAAAACAGGTTTCCAGGTCTTGTAAAAAGATTTGAGAGATCCTGAAAGTAAGCATCTTAACTTACTTAAGTTTTATGCAGCTAAAGATTTCTCGGATCCACATGTCATGTGATGGAGGAAGTATCTGTTTCCATTTGATAAGAATGGTTCATCTAGCTAAAAGAGTAGAAAAAGCAATAACCTGGTAAGATGCAAGTCAAGTCAACTCAATCAGAAATTGCAAAAAGTGCTGTCAAGGGGTTAGAGTCTGGATTTATGTTAATAACTTCATTAACTGTATAAAAAACACTAGACCAGAAATTTGTCAATtgaggatattttttttttttttttgatgtttacCCACTTTTTGTGCTGGAAGATTTTTTTCTTAGTTCCTAACTATTGCCAAAAGTACTCATGTTAACACTGAAGGAATGTAGATCAATTTTAGTTTTTAGCAACATTCAGGGTAGGGTCTAACTTAGCACGGTAGACTATCATTGACTTCAGTATGCTGTCATACAAAACACTGCAATTGCTATGATTATAAAGCCAGATCAGAATCAGTAAGAGCTTTACTGCcagccaggtatgttcacacacacaaggaatttgttttcgtggcagagcttctacagtgcaataGAATGGCAAAATATGTATTGATAGTACAATAGTATACATAAACAGGACAGTTTTTGGAGAGTAGGGAGGTTTGTACCAGTGATTTACTCAGCAGTCCGAACTATCCAACGTAGTCTTCAGAGGTCAGATTTGGTAGCTGAGATAGACAAGATGTGCAGTTATTGATGTGCAGATAGCCTTCTTACTGCAAAATTACCTTTTGCAGATGTCCAGGGAGTTCTCCATCCTCCAGTTGTGGACGTTGTTAAATGCTGCAATTTAAATTACATCATCACATTCAGTTGCCTTACATCACATCCAATATCCTACTGGCAGTACAAATGCACCCTTGAAAATGAGCCAAGGAGAACATTTAATTCTCATAGGTCTGGTTCCTATATTTGTTGTACCTATATCTACCTTTTTACTCGTGGTACAGTTAGTTTAATAGGTTTCACTCTTACAGTCTTAGGTCATGTCTAATTTTCACAAGCCATGTTTTCCTGAGTATTGGCTCACAGCAGGGGGAGACAAAGTGCAGCTGCTGTTGACTAGTTGATTTTGGCAGTAATCTCCCACCCCTCGGTCACACACATCTATTAGCACAGTCTGTCAAAGGATGAGCTTACTGCACCAGATTAACCCACTAACACAGCTAATGGGTCCAAAACAGGGCTGTAAATGTGCCACGGTGCCATGCAACATATATGCAAGTGTGTATCAAAAACATCAATCTGCCCTCATCTACTGTAACATACATCTGTTTCTGCAATCTAAATTTGAGGCCACACCCTCAATGCAGCTCTAACAGAACTAAAAACACTGCACTACTAAAGGGCATTATTGTTCCACCAAAGGGTTATAGATGGATCCCATGAACTGAGTTTCCTCACATTAGAGCATGCGGTAGTTGTGGTTGTTTGAGGGGGCGACAGCATGACTGATGGGCCCAAGAGCTTTTCTGCAGAGCTCTGGCCACGGGTCAACAGTGTGTGCGAAGTGCTCCAGAAAGATGATTTATGTTTGTAATGAGCTTGTGGTGCTCTTAAAAGTTCTGGCCAGAGGTGTGTTAGACCAATAGAGGAGCTTTTTAAATGGGCTAATAAGACAACAATCCTCCACACACCCGCGCACAGTGAGCGACTCAAGCCAGATGTGCAATGGACCTGAAAACATCACTCTTAATTTGACTGTAAAAAAGTGGACAGTTTGAAATGAGTCATGAATTATAATTAAACTTtctctttgtttgtttaaatcatgACTATTAAAACGTCATTCCCATACTTGCCATTTACCGAACCAAATAACTATTGTAAACTACACTCATTCTTAATGACTGGGCTTAACGGTCAAAGAATAAGTGCGTTCAAATTGAAATGTATTTACTGTATCatgtaaaatacactttaaatggtttaaaaatacagcacaaaaattGTAAACCTATACCTGTGATGGcacatgatcattcagaaatcattctaatatactGATTTGGTACACAGTAAACAATCATTATTATGATGAAAACAGTTGTTTTTAATGACTTAATGGTAAATATAAAATTGATTT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>TCONS_00013404
CTGGCACAGAACTAGTGTTTGTTACTGACAGTATCTGCTTTCTTTACATCGTCCTTCAGTCTTTCAGAGGTGGCCTGTGCCATTAATGGTCTGATGTGAAAGGAGTCTCCTGCCAGCCCTGCTTGACACCATGGGCAATGAAAACAGCACTTCAGAGCTGCCGGAGGGCACTCCACAGAATGTGGTGCTATTTCCTCCAGAAGAGACACAGTCTGACATGGTAAAGGGTGCATGAGGATTTCAGCATGCTTGTGTGAAGTTGCACTTGGAGTGTGCATGGTAATTTTACTACAGAATCATGCAAACACATAGCAGTAAATTTGGATTATTGAGTTGAGATAAATACTTAAATCAGCCTAAATTGGATTGAGATGTTCTAGTGATCAAGATGAAGAAAGGGATGTTACAATGTGCCAGTCTTTCTATTGTGGTGACCCCCGATGGAATAAACTGAAGGAAAGTAAGTAACTGCCCAGTAATAAGTAAAGGCCTCTTTTTATTACTAGACCTCTCTCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013618 False 9474 lncRNA 0.33 1 28808092 28817565
TCONS_00013404 True 516 lncRNA 0.43 2 28814353 28817882

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006038 nsmce4a coding upstream 11455 28785814 ~ 28796637 (+)
XLOC_006036 si:ch211-67n3.9 coding upstream 33745 28701233 ~ 28774347 (+)
XLOC_006037 CU640488.1 coding upstream 67723 28740235 ~ 28740369 (+)
XLOC_006035 polr1c coding upstream 113168 28690355 ~ 28694924 (+)
XLOC_006034 inaa coding upstream 127056 28675686 ~ 28681036 (+)
XLOC_006040 CU639469.1 coding downstream 1886 28819768 ~ 28902920 (+)
XLOC_006041 ly6pge coding downstream 86077 28903959 ~ 28914437 (+)
XLOC_006042 NA coding downstream 97656 28915538 ~ 29097526 (+)
XLOC_006043 CU639469.2 coding downstream 106964 28924846 ~ 28924965 (+)
XLOC_006044 NA coding downstream 265205 29083087 ~ 29083291 (+)
XLOC_006030 NA non-coding upstream 240606 28565179 ~ 28567486 (+)
XLOC_006027 NA non-coding upstream 324686 28475601 ~ 28483406 (+)
XLOC_006025 CR762431.1 non-coding upstream 393533 28406913 ~ 28414559 (+)
XLOC_006024 NA non-coding upstream 525769 28264236 ~ 28282323 (+)
XLOC_006049 NA non-coding downstream 628935 29446817 ~ 29449721 (+)
XLOC_006053 CT025909.1 non-coding downstream 773112 29590994 ~ 29591115 (+)

Expression


Co-expression Network