XLOC_006042


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006042
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 28915538 ~ 29097526 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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>TCONS_00013621
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>TCONS_00013622
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>TCONS_00013623
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>TCONS_00013405
CTTCTCCCATTCTCTCAGCTCAGGCTCATAAGTCTTTCTTTTGACAGACAGGTGTGATAGTGTGAACAAGCTGCCCCAGAGGGGGATAAAGAATGACCCCAAACTGTGAAGCTCCAGGGCTGTTCCACTGGGTGCTTTGCTTTGCTCATGTCAGCCCTCATCAGACCTCATCAGCTTTATTTGGAGAACTCATTCGCACCTTCAGGAAGACCTTAACGATGAGCGTAAAGCTGCAGATCACAAGGTTGGAGAGATTTAGCGCCACATTCTGGTCACCGAAATTACCCAGCATGCCCCTGGAGAACAGAGGACGCACCTTTGACATGATGGATGGCATTGGTGGATGGCATGGAAGACCACCTTACCTGAGCGCCACCAACCCCAGAGCCCTTGATGATTTAAATGGATGAGTGTCTTTATTTCTCCGTAAAAGAAGCTGTTTGTCTCTCAGCTTGTGTAATAACCGATCTCTCACCAGACGTCGGTAACTGCTATCATTTTTCATTCCCGCTCTCCATGACACGCATgggctttttttttgctttagtgcTCACTCCCTGTTTTGATCTCTTTCACTTTCTGTCCTGTATTGATCACGCATTCATAACTGCCAGCACATTTTTGTTGCTCTTGACCTTAACACTTGCTGTGTCGTCCTCCTCCCCACcgtttgcattattattatgacCGGTCACTGAAGACTAATGTGGTGTTACATTAGTGTTGTAATTACATAGTAGTTACATTCTTCACCTTTATTTCATCagaggtacatttttttaaataaaat

Function

GO:

id name namespace
GO:0140029 exocytic process biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013619 False 830 lncRNA 0.44 3 28915538 29004355
TCONS_00013620 False 957 lncRNA 0.46 4 28915538 29051176
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TCONS_00013622 False 2585 lncRNA 0.42 5 28915539 29097526
TCONS_00013623 False 2336 lncRNA 0.41 4 28915548 29097526
TCONS_00013624 False 818 lncRNA 0.45 3 28915553 29051176
TCONS_00013405 True 790 lncRNA 0.45 2 28916605 29051154

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006041 ly6pge coding upstream 1101 28903959 ~ 28914437 (+)
XLOC_006040 CU639469.1 coding upstream 12618 28819768 ~ 28902920 (+)
XLOC_006039 NA coding upstream 97656 28808092 ~ 28817882 (+)
XLOC_006038 nsmce4a coding upstream 118901 28785814 ~ 28796637 (+)
XLOC_006036 si:ch211-67n3.9 coding upstream 141191 28701233 ~ 28774347 (+)
XLOC_006045 unc5b coding downstream 30434 29127960 ~ 29227803 (+)
XLOC_006046 myofl coding downstream 141324 29238850 ~ 29288902 (+)
XLOC_006047 parga coding downstream 194485 29292011 ~ 29349324 (+)
XLOC_006048 ogdhl coding downstream 255316 29352842 ~ 29406695 (+)
XLOC_006049 NA coding downstream 349291 29446817 ~ 29449721 (+)
XLOC_006037 CU640488.1 non-coding upstream 175169 28740235 ~ 28740369 (+)
XLOC_006030 NA non-coding upstream 348052 28565179 ~ 28567486 (+)
XLOC_006027 NA non-coding upstream 432132 28475601 ~ 28483406 (+)
XLOC_006025 CR762431.1 non-coding upstream 500979 28406913 ~ 28414559 (+)
XLOC_006053 CT025909.1 non-coding downstream 493468 29590994 ~ 29591115 (+)
XLOC_006054 CT025909.2 non-coding downstream 657767 29755293 ~ 29755427 (+)
XLOC_006056 NA non-coding downstream 791663 29889189 ~ 29891820 (+)
XLOC_006063 AL929330.1 non-coding downstream 1154215 30251741 ~ 30251857 (+)

Expression


Co-expression Network