XLOC_006220


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006220
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 44813904 ~ 44832526 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013673
atatGAGTAGTTTCtcttaaattcaattaattttattgacATGACATACATGGGAGAGGCTGTGGTCTTTCCTGAAGGGTTGCCAGATTTTCGCAACAAAACTAGCCTGATAATATCACAAATCAAAATATACCACTAGCCTACGTCTTATTTatcaaatacatattttgcataataaatgaCTTCATTGACATGATGGCATGTGATGCCACTGTGACCAAAACAATGCTGAATATAGCATTTCAGTAAACTGACTTGCAAGTAAAAAATAGTGGGAAAAAGATCTCTTAAACAAAGTATAactttgtataaaatataattttgcataTAAAAGTGTTAGTACAGGTTGTAATAGAACGTAATCACACTCAAAACAACTGGGAAAAAAACTGTGATAAAAGGAAACCATGTGCACTCACAATcattactaaaaatatatatataaagaacaaagattaataaaaaggGTGCGGCTCAAAAGCAATAAACTTTCCAGTAACACTGACAAATCTTGGAGCAATGGAAACAATCAAGAAAACAAGTCTGcagttttcaaaatgcatctatATAATGAATGGATTCTGAACTTAGTATTTAACAGTAGaaggagctctaggctagtttttaacagcagacgacacTCAGGGCTAATTTTCAACACATCAGAtggcgctgtaggctagtttttgacagcagatgtcgctctgaGTTATTTTCATTTACAGCAAATGGCACTCTAGACTTGTTTTTAACAggaaatggtgctctaggctagcttttaacagcagatgttgctctaggctagtttttaacaggagagggtgctctaggctagtttttaacagcagacgtcgctctaggctagcttttaacaggagagggtgctctaggctagtttttaacagcagacgtcgCTCTTGGCTAGCTTTTTTGACAGCAGctggcgctctaggatagtttttaacaggagattgcactctaggctagtttgtaacagcagatgtagctctaggctagttttcctTACAGCAAATGgtgcactaggctagtttttaacaggagatggagctctaggttagttttaacagcagacatcaatctaggctagtttttaacagcagacgtcgCTCTTGGCTAGCTTTTTTGACAGCAGctggcgctctaggatagtttttaacaggagattgcactctaggctagtttgtaacagcagatgtagctctaggctagttttccttacagcaaatggtgctctaggctagtttctaacaggagattgtgctctaggctagtttttaacagcagacatcaatctaggctagtttttaacagcagatgtagctctaggctagttttccttacagcaaatggtgctctaggctagtttttaacaggagatggtgctctaggttagttttaatAGCAgacgtcgctctaggctagttttcttGACAGCAGATggttctctaggctagtttttaacaggagatggcccgttaggctagtttttgacagcagatgttgctctggGCTAAATTTCTATACAGCATATGGCACTCTAGGATAGCTTTTTTCCAGCAGATGGTgctgtatgctttacaaacagccatACTCTTCTTGCATCCAATTCCTAACAAACACCACTTGAACCAAAAGTGATCATCACCAAATTTCAGAAAGGGAATGACAAGAGTGTTCACAGTGAGCTGTGTTTACATTAAACTTGTGACAGTAAAAGCCATCTTATCTGACTCGCCAAACTAACAAGTGCTCCTCCTGATCAGCATTTGAGTTTACATTTaggacatttacattttttaaagttccATCTGCTATTTAAAACCAACCTAGAgcgcatctgctgttaaaaaaactagcttagagtgccATTTGCTCTTTAAAAACATGTGCTGTGTCCCAATTACGCCCTAAAAAATTGTGTACTTTTTTGTAAAGGtaaagtatatacttttgagtgtgtaacagaagagtatgcaaacttTGGGACATGCTACTTCCCTGTTAACAGATCATTACGTTGCTTAGTTATGTCCCTTGTCAATCATCTTGACACATCATCCACacttctttcatatttaatgacctaccttattggagaagcagcggcaggataatctgccattcacaagtctttcatgcagaaaatctccCCAGTTCTTTGGGTAACTATGCATTCAGAAGTTAGTGTCCAAACacatctttatataagttcaACATGAAATACAACACAGGAAACAAGGTTTAAATATGTTCCAGTTGGATAGATATTGATTAACAGTCATTCAAAgaactttaccgaagcctctctacttgacgatTGGTCTCGTGTGTCACCAAGTTTgtggtttgtttacactttttaccctagtttgtagttctaatcaaattcacatCCAATGTGCAATGTGTTGTGGGCAATATTAGCAGTTAAAGTATGGACGCTTCTACATTTCCAATTTTTACATCCGGGAAATTTTGGCATACTcttcaacatactatggtttgggacatactaattctactTTTGAACACTATTTAGGATagatagtatgcaaattgggacacagcactagactagagcaccatccactgttaaaaactaccctagaTCTCCATCTACTGTAAAGACACTTAGCCTAGAGTtccatctgctgttttaaaactagcctagagtatcatctgctgttaaaactagcatagagtgccatctgctgttaaagaaactagcctagagtgccatctgctgtttaaaaacaagcctagggcatcatctgctgtttaaaaactagcctagaacaccatctgctgttaaaaactagcctagagcgccatccgctgtttaaaactagcctagagcgccatctgctgtttaaaactagcctagaatgccatctgctgtttaaaactagcctagagcgccatctgctgtttaaaacgagcctagaatgccatctgctgtttaaaactaccctagagtgccatctgcttttgaaaaactagcccagagcattATTTACTGTTTAGaaattagcctagagtgccattcgACGTAAAGCACTAGCCTAGAGTAgtgtacactgttaaaaactagcctagagctccatctgctgttaaaaactagcctagagcgccatctgctgtttaaaactagcctagagcgccatctgctgtttaaaacaagcctagaatgccatctgctgtttaaaactaccctagagtgccatctgctcttgaaaaactagcccagagcattATTTACTGTTTAGaaattagcctagagtgccatccgCCGTAAAGCACTAGCCTAGAGTAGTGTAcacggttaaaaactagcctggagctccatctgctgttaaaaactagcctagagtgccatctgctgcttaaaaactagcctagagcaccatctgctgtttaaaaactagcctagagcgccatctgctgttacaacaagcctagagtgccatctgctgttaataaactagcttagagcgccatctgctgttttaaaacaAGCCTagtgcaccatctgctgtttcaacactagcctagagcgccatctgctgttttaaaactagcctagaacaacATATGCAGTtgaaatactagcctagagcaccatctgcagtttaaaaagtagcctagagcatcacctgctgttaaaactagcctagagcaccatctgctgttaaaacaagcctagagcattATCTGCggttaaaactagcctaaagcgctacctgctgtttataaactagcttagagtgccatctgctgttaaaaactagcatagagcaccatctgctgttaaaactagcctagagctccatctgctgtttataaactagcttagagtgccatctgctgttaaaaactagcctagagcatcatctgctgttttaaaactagcctagaacaacATATGCAGTTGAAAtactagcatagagcaccatctgcagtttaaaaagtagcctagagcatcatctgctgttaaaactagcctagagcaccatctgctgttaaaactagcctagagcatcatctgctgttaaaactagcctaaagcgccacctgctgtttataaactagcttagagcgccatctgctgttaaaaaactagcctagagcatcatctgctgttaaaactagcctagagcgccatctgctgtttataaactagcttagagtgccatctgctgttaaaaactagcatagagcgccatctgttgctaaaaaaagtttacaattgtTTCAAGAGAGAATATAGATGCATTTTGAAACCGTTTAGATTTTTCGGCACAACTCTAATGAACGCTCAACCTTTGGCCGAGTGCGTTTTAAGATGCATTTTCAAGGTGTATTTTAAAGGGAAAGTCTTTCCACATTCAGGACAGGAGTAAGGTCTCTCTCCTGTGTGAAGCCGCATGTGTTTCTCCAGCGAATAAAGGCGTGAGAATCCACTCTCGCACACAGGGCAGCTGAACGGTTTGCCGTCTGAATGAGCATCGACCTGGTGGCGTTTCAGATTGGTTTGACTGAAGAAGGTTTTGTCACACAGAACGCAGGCGAACGGCCTCTCGCCTTTGTGTTGATATAAGTGACTCTGGAGAGCGGTGGAACCAACAAACTTCTTCCCGCACTGATCACAGCTAAATTTCTTTACAAGCTTGCGTTTGACGCCCATGTGGATGCTACTGTGCAGTTTAAGCCAGTCTTTCCGCCTGAAGGCTCTTCCACAGAGTTCACAGACGTACGGCGCTTCTCCTGTGTGTATTCGCATGTGCGTCCCTAGGTTTGAGCTGTGGCGATACTCAATGCCACACAGTTTACACACGTACTTTTTACCAGGAGTTTTTCTGCTTCGTTTTTTCCGTTTGCCAGATTTGGAGACGGATGCTTCCGGTTCAGTGTCTGAAGAACTTTGATCTGATTCTTGAATAGTTTTAACTTCATATTTCAGTCGCTGGCAAAAGAGTGCAGCTGATCCTTCAATTTTACTCAGAACCAAAGTTTCCACATCATTATAAGTGGATTTGGACTCTGGATCTCCCTGATAAGACTCTTCATTGTTGATCACAGGCTTCATATTGATGCAGGCTGGACTCCAAC
>TCONS_00013674
GTTTCtcttaaattcaattaattttattgacATGACATACATGGGAGAGGCTGTGGTCACGTCTTTCCTGAAGGGATGCCAGATTTTCGCAACAAAACTAGCCTGATAATATCACAAATCAAAAATATTCCACTACCCATCCgtcaaatacatattttattgaaCAAATTGCTATATATATGACAAAGTAAACAGTAAATATGATTAGTTTCtcttaaattcaattaattttattgacATGACATACATGGGAGAGGCTGTGGTCTTTCCTGAAGGGTTGCCAGATTTTCGCAACAAAACTAGCCTGATAATATCACAAATCAAAATATACCACTAGCCTACGTCTTATTTatcaaatacatattttgcataataaatgaCTTCATTGACATGATGGCATGTGATGCCACTGTGACCAAAACAATGCTGAATATAGCATTTCAGTAAACTGACTTGCAAGTAAAAAATAGTGGGAAAAAGATCTCTTAAACAAAGTATAactttgtataaaatataattttgcataTAAAAGTGTTAGTACAGGTTGTAATAGAACGTAATCACACTCAAAACAACTGGGAAAAAAACTGTGATAAAAGGAAACCATGTGCACTCACAATcattactaaaaatatatatataaagaacaaagattaataaaaaggGTGCGGCTCAAAAGCAATAAACTTTCCAGTAACACTGACAAATCTTGGAGCAATGGAAACAATCAAGAAAACAAGTCTGcagttttcaaaatgcatctatATAATGAATGGATTCTGAACTTAGTATTTAACAGTAGaaggagctctaggctagtttttaacagcagacgacacTCAGGGCTAATTTTCAACACATCAGAtggcgctgtaggctagtttttgacagcagatgtcgctctgaGTTATTTTCATTTACAGCAAATGGCACTCTAGACTTGTTTTTAACAggaaatggtgctctaggctagcttttaacagcagatgttgctctaggctagtttttaacaggagagggtgctctaggctagtttttaacagcagacgtcgctctaggctagcttttaacaggagagggtgctctaggctagtttttaacagcagacgtcgCTCTTGGCTAGCTTTTTTGACAGCAGctggcgctctaggatagtttttaacaggagattgcactctaggctagtttgtaacagcagatgtagctctaggctagttttcctTACAGCAAATGgtgcactaggctagtttttaacaggagatggagctctaggttagttttaacagcagacgtcgctctaggctagttttcttGACAGCAGATggttctctaggctagtttttaacaggagatggcccgttaggctagtttttgacagcagatgttgctctggGCTAAATTTCTATACAGCATATGGCACTCTAGGATAGCTTTTTTCCAGCAGATGGTgctgtatgctttacaaacagccatACTCTTCTTGCATCCAATTCCTAACAAACACCACTTGAACCAAAAGTGATCATCACCAAATTTCAGAAAGGGAATGACAAGAGTGTTCACAGTGAGCTGTGTTTACATTAAACTTGTGACAGTAAAAGCCATCTTATCTGACTCGCCAAACTAACAAGTGCTCCTCCTGATCAGCATTTGAGTTTACATTTaggacatttacattttttaaagttccATCTGCTATTTAAAACCAACCTAGAgcgcatctgctgttaaaaaaactagcttagagtgccATTTGCTCTTTAAAAACATGTGCTGTGTCCCAATTACGCCCTAAAAAATTGTGTACTTTTTTGTAAAGGtaaagtatatacttttgagtgtgtaacagaagagtatgcaaacttTGGGACATGCTACTTCCCTGTTAACAGATCATTACGTTGCTTAGTTATGTCCCTTGTCAATCATCTTGACACATCATCCACacttctttcatatttaatgacctaccttattggagaagcagcggcaggataatctgccattcacaagtctttcatgcagaaaatctccCCAGTTCTTTGGGTAACTATGCATTCAGAAGTTAGTGTCCAAACacatctttatataagttcaACATGAAATACAACACAGGAAACAAGGTTTAAATATGTTCCAGTTGGATAGATATTGATTAACAGTCATTCAAAgaactttaccgaagcctctctacttgacgatTGGTCTCGTGTGTCACCAAGTTTgtggtttgtttacactttttaccctagtttgtagttctaatcaaattcacatCCAATGTGCAATGTGTTGTGGGCAATATTAGCAGTTAAAGTATGGACGCTTCTACATTTCCAATTTTTACATCCGGGAAATTTTGGCATACTcttcaacatactatggtttgggacatactaattctactTTTGAACACTATTTAGGATagatagtatgcaaattgggacacagcactagactagagcaccatccactgttaaaaactaccctagaTCTCCATCTACTGTAAAGACACTTAGCCTAGAGTtccatctgctgttttaaaactagcctagagtatcatctgctgttaaaactagcat
>TCONS_00013422
gtgttttgctgtattttaagatgcatttATTCAAGTGATGCAAAGCTgagttttcagcatcattactgcagCAGTCTTATTAAGAAATCTTTCTAATATGCTGATCTAGTGATCAATTATTATTCACTATTATCAGTTCTCAGATATTAAATATTAGTAATACGGAAACTGATACATTATCAGTCATAGGTTTGCAGTGAAGTggcagtaaagacatttataatataaCATCCTCATGTACAGAATGATAAACATATTGCtcagttaattaataataaaaacaacaagtcTTTAGGTTAAGGATGTGATCAGATTCACTGAACAACTGTGATAAAAAGAAACCATGTAATAAAATAAGAAGACTCAGAAGGAACGACCAGAAATTAATGATGTTATTGAGATGACAAAATTAACAGGAACACATTTGGTGTGGATTTCTGTGCATTACATCATCTTCAGGCTGAGTGTCGTTTAAGATGCATTTCAAAGCTGTATTTATAGGGGAAAGTCTTCCCACAGTGTGGACAGGAGTAAGGTCTCTCTCCTGTGTGAATCCGCATGTGTTTCAGCAATGAAGTGCGCCGTGTGAATCCATTTCCACACAAAGAGCAGCTGTGCTTTTTTTCTGAATGACAGTCATTGATGTGTCGATACAGATCAGAATGACTGAAGAAGCTTTTGTCACACTGAACGCAGGGGAACGGCCTCTCAcctttgtgtttatttaaatggcTTCGGAGAGCTGTGGAACCATGAAACTTCTTCTCACACTGATCACAGCTGAATTTCTTCTTGCGTTTGCGTTTGACACCAGTATGAACGCTGATGTGCAGTTTAAGCCAATCTTGACGTTTGAACCCTTTCCCACAGATTTCACAGACGTATGGCGTCTCTTCTGTGTGTATTCGCATGTGACGCACCATATTTGAATTATAAGTAAACTCAAAACCACACAGCTTACAGACAAACTTTTTACCAGGGGTTGGAGATGTGGAGATGGGAAGCTCATCTTCTGTGTCAGTATCTGGTGAACTTTGATCTGATGTTTCATCAGTTTTTACTCGATATTTCAGCCGTCTGCAAAAGAGAGCAGCCGATCCTTCTGTTTTACTCAGAACCAAAGTTTCTACATCATTATAAGTGGATTTGGACTCTGGATCTCCCTGATAAGACTCTTCATTGTTGATCACAGGCTTCATATCGATGCAGTCCGGACTTCAAGCAAACATCTAGTGAAACAGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013673 False 5130 lncRNA 0.41 3 44813904 44828280
TCONS_00013674 False 2582 lncRNA 0.37 2 44813913 44816829
TCONS_00013422 True 1242 lncRNA 0.38 2 44827059 44832526

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006219 CU694264.1 coding upstream 317834 44495063 ~ 44496070 (+)
XLOC_006218 CT737192.1 coding upstream 429511 44384277 ~ 44384393 (+)
XLOC_006217 NA coding upstream 507449 44304878 ~ 44306455 (+)
XLOC_006216 NA coding upstream 571558 44201926 ~ 44242346 (+)
XLOC_006215 CU138544.1 coding upstream 712939 44100845 ~ 44100965 (+)
XLOC_006222 zbtb8os coding downstream 24561 44857087 ~ 44888950 (+)
XLOC_006223 CR786566.1 coding downstream 33068 44865594 ~ 44865710 (+)
XLOC_006224 NA coding downstream 177421 45009947 ~ 45015599 (+)
XLOC_006225 NA coding downstream 439106 45271632 ~ 45291754 (+)
XLOC_006226 znfl1g coding downstream 499677 45332203 ~ 45336705 (+)
XLOC_006214 NA non-coding upstream 753276 44060024 ~ 44060628 (+)
XLOC_006228 NA non-coding downstream 623219 45455745 ~ 45472683 (+)
XLOC_006234 BX914200.1 non-coding downstream 1007901 45840427 ~ 45843939 (+)
XLOC_006213 NA coding upstream 700638 43873437 ~ 44113266 (+)

Expression


Co-expression Network