XLOC_006224


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006224
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 45009947 ~ 45015599 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013676
CAGACTTGGTAAacttcaattcaagtttatttaaaaagtataaaaatcatttaaaattgaGAAGTATAAAAGTGACAACTGGCAAAAAATAATGTTGAACATTGTTCAGTCacaaaaaaaacagtataaaaaggCTCAGACATTTTCCTCTTCAGGACAAAAATAGCACCAAAAACCCTGGAAAAACAGAAGACAGAATTAGACAGCAATTAAAGCCGCAACATGCCAAAAACAAACCTacatactactaataataattaaaaaacccTAAGGCTTTTACCAGCATGCAACAGAACATCACTTCTCAATGCTCTCTTGCAGGATTGTGTGAATGCCAAACCCACTAATCTCTTGAGGTCAGTAACTCCAGTAACAGAAAGGACAAGCGCACAACAAATTTTCCTCCTACACATAATGGGCCATCAAACTACAGCAATAGCCCACACAAAGTACCATCACTTGCTCCAAACCCATTACAGCATAGGTCtcgaactcaattcctggagggccacagctctgcagttttgcttcaaccccaAACACAACTGATCtaaatcaaggtgttcaaaaagAGCAACGACCACCTTCATTAGTTGGAGCAGCAGCAGTGTTTGGGGAGCTGTGGCCCTGCAGGAATGGAGCTTGAGACCTATgagttttctgttgaacacagatcATATTTTGCAAACCTGAACACACTGTCTGTTTCTCCTATATGGACGTCAGGCTTAAAGCTTCAGTTAAAGATCAGCTTTTGTGTTTACCAGATGAAAGAAACAAGCAGGTTTGGAATAACAgagttcttacaccttttccaacttcaaattccTGCACTTTacaagcactttcaaggtgcatttGTATGTTTTTCTAGCACCTAATAACCACGGTTAATTACATTTATGTATCTTGTATGTAAATTTACATGCATagtgttattaaaaaataataataacattaacttaaattgttgaatactttagAGCATAGATTTATTaggatagtacacccaaaaatgattaaaaaataaattaaaaaaatgttcagctattggatactactactactactactactactactacatgtattggaaatgttttttatgtattgGAAATGTTTTTTGGTCTTTCTACCTAAAGATCTCAAAAAATGAGCTCGCAGTAAGATTTTGTTAGGGTGTAGTACCAAACTTTCATGACCAGTCGTTCATGACATTtcatgtgcattgctatttttttaGTCATTGGATTGGCATTTCAGGTGCAAATATGAAATCTAggtgaatgtctcctaaatacAATGCGTATGAAGCTGAATTTGAATTGTGAATTCTTAAACTTTACCGTATTTACAGCTATCTGCAGTTTTCTACAAACCCAATATCTGCAGTCTTTGAATTTGAAAGTTTGAAAATATCTATAAAAATCTgaccaaaaaaattaagttgtcttaaacTTCAGATGATTCACTAATCgagttaagaaattcaaatttaaagaaattcaaagtcaaaacattttaatagcaTATAATCAGTTTTATTAACTTACGATTGTTAATGCAATTTAACAATTAAGTTCGGATTTTTTTGGCATACTATTAGCTCCATAAATACGCACCTGCGGTGAACATTATGCATAGAaaacccaaatatattttaaggtcacaTAGATGTAATTGaacgcatatgcaaccaaaacagtcaatttcgagccctgcaattTCAAAatcaagcaggttcaagcactgtcaaaaatctaagcacttttctaaccttgaaaacactattaaaaatctaatttcagAATTCCAGCACCCGTAAGAACCCTGAAATAAGTGAAAGGAAAGTTAGATTATCAGTTTGGGGTGAACTACCCTTTTAAATTAGAGCTTTAGATTTATGAATCATGTCGTCATTATATGTCTGATATTCAGAAACAAGAGGTTTCTGCGCAAGTAATAAGGATCTTGCGCCACATCAAACCTTGGATGTGCAGCATTTTGCAATCCATGCCAATCATTCCACTTCTGCAACAGCCACCACACTCAAACACATGGTCAAGatgttaaattaaaacatttgtggcGTTTTGACAAACCTTTGCGTGAGACTAGTTCCTTAGCAATCTCAAAGCCTGAATTTGCCCTTGAACTTATTTTATCTGTAAACTAAGTTGTAGTTTGGTGTAGTGTAAAAACGAATGCAGTCAAGACTTTCGCCGATCCACCTTGCAGTTTAAACAGCAGCAATAAAACGCCAGcacatgcagtgtaaaaacacaTGACACGACTACTtcgaaaatcatgcagtctgaactcagcatgaGTCTTTTCAGTGATCTCAAATTAGACTTCTGCACAACTAAAATCGCATAAATCATTTGCAAATTTAAGATTTGACTATTTGCTAATCAAAGAGAAGAAACTTACTTTGCTATAAAATGGGGACCTAAAATCAAAAAGATGAATTTGCTGTGATAGCCACTGTtggcctttttaaaaaaattgtattacatATTACTTGCACCTGAGAAGTCAGACAAAACTGAACAAAATGTGCAGTGGGGACGCTCCAATCAGTTCACTActgaacatttgtttatttttattaagctgATTACTGCATTATGTTTATTAAGTACAGgttttaagttctgtttgttaaaaccaagtgtcttgcagtactgtttttgtaataaatggaaagcaaatatGAAATTCTcttcccctttttggctgatctgaaaaatggtctgACTAAATTAAAGTCACCtaaaccatgagatttgtgatccattacaccaatACCAATAACCCCATTTAGCTGAACCATATGGATTTAACATGTATCCTTTTAACACTTTACCTGTAGTAGCTGCCTGGTGAACCAGTCTGGAAAGAACCATCTGCTTCAGTCACTGagcaacacaaaagaagaattaGTACAAGGCAACACCAATTCActtactaaataaaaacaaaacaaaagacaagccAAACTCTACATCTCATTAGCCACTAATATTGGAGGATACTTTTGATCTATTTTGTACAGCTACAAGAACATTTTAAGAGCAGTGCATTTTGACAGTAAATATAACTAGAATCTATTGgttgttttaaaacaatgagTTGCACATTAAAACAAACTGAAGTTGGTTTTAGAAAGTTAATGATTTAAATGTTATGCATGTTAGCCAGGTTTAGgaatattgacattttaaatttgGAAACAACGCAATTTGTAATGTGATTGtgcagaaatgaatgaatgaacaagttgTGCTAAAAAGAGAAAATTTAGGGTTGGTATTACCTTTCTGAAGCTTGCATTACGCTTTTGTTCCCAAATTTTGTGGTTTATTAAGCCAGCGGAAGCCTGAACATTTGAATCATCTTCACGGTCAAAACTTTCATCTTGGGCTTTGTGTTGAGTGCTCTGGTTGAACATTGCATCATGccgtttcttttgttttgtttgtttgttttttttgcacgCAGAATTACCATAGATGAGCACTAAACATCTAGTCGTTTTGTGCATGTATactttaccttttaaaaaggggAATCTATTTGCGCTTTTAGAGGGGACTCTGCAGGTCTTACCTCAAGATCCTTTTCAATAGAAGACAAACACGTAGAGTCTCTGTGACGTCAGAGGGATTTAGTGACTCTGACGCAAGGTTGCAAAGAGAGTTATCGCTTTTAAAACAGGTATAAACACATTAGGAATTCCAGGAGTGTCTTTGTATTGTGTATAAATCATTGCTTGGGTTGAACATTCACTATTATATGTTAAAGGGGTCATAAGTCAAAAAACTTAAAGTTTGCAGTTAGCTATAATTATTGAATAGATCACATTAATAACGTCAAAAGGTTTAAAAGTTCTTAATAATATACAGAACAAAAACATGAACAacttagggctgcacgattctggctaaaatgacaatgaccattttattttttgcttaaaatcaagatcacaattttctcacgattccgTCCATGTGATAAAGGTCAACACGAGTAGCCCATTATtggttataataattataattctcAAAGATTTAACAGAATATTAGGTCTAttaagtattaataatattaagtcTACTGGTGGTCAAGATGCTAAATTTTGTAGACTTGCAATGGTGAactgaaataaactaaattggtcctGATCATTAATGCAAAGCATTACATTAGTATTTACACAAAACTGCTGTATTAGGGAATTTAGGGAGTCTGTATGAGAAATTCTTGCAATCCATCAACATGACCGATTTTTCCACTAGAAAAATTAAATTTGTAATCAGATTACCTCCTGCATTATTGTCAGCTGTATTTAGGCTAGTAGTTATACCGACACTTACACTTTATAAACTACAGGTTTGctgtaaaagtaataaaaacaaaatgcttgtCTTAATCATAAATCTAAAATTCGATATGATCCTTCAAATCAAACTGGATTCCTTGAAGACCACAGCGCCGCAGTTTTGCTCCAATACTAAATCAACGGCGGATCCAACTAAATCAAGATGTTCAAGACTAGACACCAAGCAGGTGCgagttagagctaaactgtggccctccaggaattgagaccACCGATTTAAATGTGATTGCTGTTGGTTTCACTTTTACAGCTCTTGTCCCGGCTGCCGTGACCAAGagacacaaataaatatacatcTCCCCAGTGGCTACCAAAAGATTGCTCTGTGCAAACTAAATGTTATTTCAGTACTTTtacttgttattcacagcctatgcggATTCTCTTGTGATTCAGTGACCGCGAAAGCATTACAggacaaaaaattaaattttggggtgaattataccttaaaaaaatacaacttatGACTTTTTAGAAAGCTTGTGCGGCACCTTTAAGCCAATTGAACCATTCAaagtcaggagagaagcataatTGTAGAAATGCTTTAGATTATTAAGGGGAACGAATAGAtcttcgattaatcgtgc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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013676 True 5527 lncRNA 0.34 2 45009947 45015599

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006222 zbtb8os coding upstream 120997 44857087 ~ 44888950 (+)
XLOC_006223 CR786566.1 coding upstream 144237 44865594 ~ 44865710 (+)
XLOC_006221 NA coding upstream 173484 44822196 ~ 44836463 (+)
XLOC_006220 NA coding upstream 177421 44813904 ~ 44832526 (+)
XLOC_006219 CU694264.1 coding upstream 513877 44495063 ~ 44496070 (+)
XLOC_006225 NA coding downstream 256033 45271632 ~ 45291754 (+)
XLOC_006226 znfl1g coding downstream 316604 45332203 ~ 45336705 (+)
XLOC_006227 syf2 coding downstream 416061 45431660 ~ 45443008 (+)
XLOC_006228 NA coding downstream 440146 45455745 ~ 45472683 (+)
XLOC_006229 mgst3b coding downstream 460582 45476181 ~ 45482003 (+)
XLOC_006218 CT737192.1 non-coding upstream 625554 44384277 ~ 44384393 (+)
XLOC_006217 NA non-coding upstream 703492 44304878 ~ 44306455 (+)
XLOC_006234 BX914200.1 non-coding downstream 824828 45840427 ~ 45843939 (+)
XLOC_006235 NA non-coding downstream 855826 45871425 ~ 45876970 (+)
XLOC_006236 NA non-coding downstream 915558 45931157 ~ 45931536 (+)

Expression


Co-expression Network