iffo1 (iffo1)


Basic Information

Item Value
gene id iffo1
gene name iffo1
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035906.1
NCBI id CM008309.1
chromosome length 35377769
location 9975197 ~ 10000914 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU120527
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>XM_022673503.1
GCACAATTTACTGACAGTTATTATGGAGTCTTATTATAAAGTCATTAAAGTAATTGCtctgttcagcacagctgtgttGTTTACTGCAAGTAGGCTGCCTAAAGAAACCGCTGCATTCCTTTTCTGACATTGCACTTCTTTTAGACAGTCATAGCTAAATGTCTTTCTACATACCTTCTTGgtttaaaaaatctatattaagcTAACGTGACCTAAAAAGCTTATTGAAACTTGAAACTAATACTGAAACAGACGAATCAGCCCGCTTTAGCTTAAACAATATTCTGAGCGGGTTTTAAAATGCGTCTTCTTTTTATAACCACCCGTATTCCGTATTCTGATATAAACAGCTGGGATTGGTCGTCAGATACACTGCTTGTGATCTATTAGCCAATCCAAACTCAATACTGGAAACGACACGGACCAATCGTAGCGCAGCAAAGAAGGAACTGTTAGAACAAGGCGGGACTAAAAACATAGGCCACGCCTCCCCAGTCTCCCGCAGTGCACTTTTTTCCGTTGCTAGGCAAGACAACAAGGAGACGCGCGTTAGCAGCAgaacatctgtttattttcatcagtttttgtttagttttcttaACAAAACCTTAATTATTTCTATTGTTTTCATTGTAACAGTTAAGTTTCTTGTTTATGCGATTTTCTAGACGATTGTAGGTCGAATTAATtagctatttctttttttaatcgcCCTCTGCGTGCCATTCAGCGACCGttgtttgttagttagctagttagccaacctaactaagctaagctaagctagttagccgGGCCAGCTGAAGCTTTTGTAGACTGTAGAGTGTGCTGCTGAAGGTGCAGAGCGCTGTGAATGATCTTAGTGCAGAGCCACTGAGTGCAGCAACACAGGGCGGTGTTCATGCCAGATCTGCAGCGTGCGAGCTTTCCGTGCCGCAGCATGAATCCGTGGCTGGGAGAACAGGGTGAAGCCTCCGCTCCGGACTCCCCTTCCACCCTGTTCCCCGACTCCTCCTTCCTCCTGCTGGCCGAGCCGCAGCTCCACACACAGGGTCCGGACGGCGGGGCCGACCTTCTCGCCCTGGCGCCGGTTAACGGCTCTCGCCACCGGACCCTTCCTCCTCATTCCCACTCTTCTCACCCTCCCGCCGCCGCTGCGCTGCGCAATGACCTGGGCTCCAACATCAGCGTCCTGAAAACGCTCAACCTGCGCTTCCGCTGCTTTCTGGCCAAAGTACACGAGCTGGAGAGGCGCAATAAGATTCTGGAAAAGCAGCTGCAGCAGGCGCTGCAGAGCAACGCCAGCGAGGAGCCGGGGCCGCGAACACAGAGCAAAGAGAGCGGGGTGCAGACTGGCTTCGTGGGCCCCATTCCCGTCCGGCCCTCGTCGCTTCCTTTCCAAAACACCACAACCGGCCCCTCCGCGAGGAGACCCACCGTTCTGTTCACGCCTCCCCTCGCCGCCACGCTCCAGGCCCGTCACGCCAATCCCACCATCACCCTCAGCGCATCAACACCCATCGAACCGTCCGCGGCGAACACCAACACAAACAACTCCAATAATGCCCCTAATGCGCACAGCTCAGCACCCAACCCTCCTCCCCGCTTTCTGCCCGGCACCATCTGGTCCTACAGCCCCAGCCGAAGACTGGGCTCGAGCACGGAGAGGGTCACCAGCCCTGGGGTGTCATGGGTGCATCCAGATGGAGTGGGCGTGCAGATAGACACCATCACCCCCGAGATCAGGGCGCTCTACAACGTGCTGGCCAAAGTCAAGAGGGAGAGGGACGAGTACAAGCGCAGatGGGAAGAGGAATACACAGTGAGAGTGGAATTCCAGCAGAAGATCATGGATCTTCAGGATGACCTGCAGGAGAGTGAGGTGTGTCAGGATGAGCTGGCTCTCAGAGTGCAGCAGCTGAAAGCTGAGCTCGTCCTCTTTAAGGGTCTAATGAGCAATGACTTGTCTGAGCTGGACAGCAAGATTCAGGAGAAGGCAATGAAGGTGGATATGGATATCTGCCGACGCATTGATATCACAGCTCGCCTCTGTGACCTGGCTCAACAGAGGAACTGTGAGGACCCTATCAAAATCTTCAAGGTTCCCAGCCCCCAGTCTTCCATCAACTGTCGTCCTCGGAAACAGGCAGCTCAGTCTGCTAATGGCAGTGAGACTGATGAGCCAATCAGCACCTCAGAAAGTGATGGAGGTGGAGTAAAAGAGGAGGATGTGGGCACCACCTCGGCCAATCAGATTAATGAAGAGATGCAGAGGATGTTATCCCAGTTgcGTGAATGTGAGTTTGAGGATGACTGTGACTCCTTGGCCTGGGAGGAGACTGAAGAGACCCTGCTGCTCTGGGAGGATTTCCCAGGATGTACTTTAACTTCAGACACCAATCATAGTGAGGTAAGACCTCAGcaagAGGAGTGTCTTGAGAAGGTGATTAAAGATACAGAGTGCCTGTTTAAGTCCAGAGAGAAGGAGTATCAGGAGACCATAGGCCAGATTGAGTTGGAGCTGGCCACAGCAAAGTCCGATATGAACAGGCATCTGCATGAGTACATGGAGATGTGCAGCATGAAGAGAGGCCTGGATGTTCAGATGGAGACCTGCAGGAGACTCATTACCCAGAGTGGAGAGAGTAAATCCCCATCTTCTGGTCCTGGTGGAGGTCTAGAAGTGAGTGATGattcagaaagagagaagacTGGAGAAGGAGGAAGATAATATTGAATGAAGAATGAAGATACTGaaaggaaagaggaaaaaaaaacagctgtttaaCTTCTTCACATCTCACTCTTAATCCTAAGCCATATTTAGCCCACAGGTGCTGGTGCAACACTGCTGAACTCATACTTTCCTCAATGGTAGGAGCGTAGACAGACTGTCTTCATCTCTCAGACCACTAAATATTTCCCAAAATATCAGAGAGCCAATGGAGCAAAAAACGACCTGAAATGACTCACACGCATAGGATTCTAAGGGTAACTGCCCCCTGGTGGTAGCTACTGAGCTACTTAATTGATGTTGTAAAGGTCTGTTGATAGACCTGATATTTTTTAGACCTGCTTTCCATTCATCTTTATTGTTTTGTGGCATACTACTGACATTTGCTTAACAGTTCACTAAgtaacattcattttatttcagggACAAAATAATGTCATTGTAAGATGTCAATTATGTTGCATGTTGTTTCAAATGGGAAGGCAACGAAGGGGTGCTAGATGAACCCTGGTGGCTTTTTGCTTTATtcaagtgaaaaaacacagtgATAGATTCTGTGATTTGATCAAATGAGCAGTACACTCGAAATTTCATATTATCAGGTGGTAAGATCTGCTTTGTGTGGTGTGGCTAACTAAAACCTTGTCGCGGATGTGACTGCCACAGGTCTGTGCACTTTGTGATAATGCCCTTCTTTCTCGCTCAGTTTAATTTTGAACTGGAATCAAACTTGAAGAACATTATTCTGTCTAAGGTAATTTAGTCTGTCTGATTGGTTGTGGATGGTGATGAATCCTAAATGATAATGCTGTATATTCTCGCAGTCATATTTTAAAtggcataaatataaatatctgcTTTGAGGGCAGAGTTTTTGTGGTTGGTGCAGCCTTAAAGGCTGTTCTGAGATCAGTTTCACTGTGTCTCTTAGTAAAAGGGCAGTTGTTTCCACAGCTTTACGAGGATTTGCAAGTCAAAATGCTTTTATATACCATCCACTTTCCATAGTACTGTATTCTAGGTCTACATAGTGTCCATGTCATGCtgttcaggaaaaaaaacagaaatgtaattgtaatgaaTTCAGCTTGGATCAGTCTGTGCTGTAAAATTAATAAGTCTAAAAGATTGTAAAACTGGTCTCAGCACAGTGTGAGCACTAAAGCTACCACTGAACTACCACTTCTtcctcaaaaaaattttggtaGAGTGGAGATTACACTTGAAAGATGGCCACAAGTTGGCACATTACATTATTCTGCTGTATATATCTTGCCTAATGTATGAGATGACACATTACATAGTGTTAAAGGAAATGAACACTCCTACGATCCTGTGTACGTGCGGGTGTGTTTATAGTCTTTGGTTAGATGTCCGGTGTTCTGTCGCAGTAGTAAATGCGGAGGTAGTCTCATAGAGTAAGGCACTTGGGTACTATCATAATGAGTCCTAACTAAGGTTTTGCTGTAGAACAGActactattaaatataagatttaaGGACTGGTTTGTTTTCTAGACACTGGCAGTTAATAAAAATATCACTGGTTAGAAATGCAGAAGTGATTCTGTCCTCAGTGTGACGTGCCAACTGTGTTTGGCTTCACATACCAGTAAACAAAAATAGCAGAAATGAACCAGGTCAAAGCTAATTTTTTCCACCTCAGATACGGATGTCACTGTTGCTATAAATGCACACAGCTTCAGAGGTGCTCACAGGTAAAGTGAAACCATGAACTGTTTGTCAATAGCATGAAAAAGAACGAACAGTtaaacccaaacacacaccaaaacattGTTATATGTCCGAATGCAGGAACTCCTATAGTGCCAAATGTGAACTGAGCTTTCAGGGAACAAACTCTGAGCAGCAGAATGCATCATGAGCTGATTCTTCCATACATGGTGCTGAACGGCCGGCTTGTAAATATTAGCTCTGctttaaaatcaaaatcaaataaaacactaTTATAACTGTATGTATGCTATTGTATATAAGTATCCTGCAATAAGAAGAGTGAGAATGGCTTTTAATGTAACATATTTCACAGTGCCGTCTGCTTAAAGAATATTTGGATTTGGTTCATCTCCAGTTTTAGATTCTGTTTCAGTAGCAGTGGTTGTTTTTCTTGGTCCTTCTGGTTTTCTTCTGGTTTTACATCAGCAAAATTCTTCTTTCAAAAAAGATCAATTGATTTTGGTCTCAATTCTTTTTTTGGTACCATTGTGTTGTGtacaaattgtgtaaaaatgttctGGTGTGAGTA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Function

symbol description
iffo1 Involved in DNA double-strand break attachment to nuclear envelope; double-strand break repair via nonhomologous end joining; and protein localization to site of double-strand break. Located in nuclear matrix; nucleoplasm; and site of double-strand break.

NR:

description
PREDICTED: intermediate filament family orphan 1 isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU120527 False 995 lncRNA 0.38 2 9984874 10000908
XM_007249839.2 False 6173 mRNA 0.43 9 9975199 10000914
XM_022673503.1 True 6187 mRNA 0.43 9 9975197 10000914

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103040328 NA coding upstream 616 9968033 ~ 9974581 (+)
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LOC103023172 si:dkey-27n14.1,LOC108428912,LOC107749301,LOC107685608,LOC107596760,LOC107678125 coding downstream 205649 10206563 ~ 10212681 (+)
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G89429 LOC108429011,LOC108268485,LOC101064094,LOC107741984,LOC107684166 non-coding upstream 460510 9513107 ~ 9514687 (+)
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G89453 NA other upstream 364943 9602771 ~ 9610254 (+)
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G88849 NA other upstream 2395237 7578610 ~ 7579960 (+)
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G89806 NA other downstream 687352 10688266 ~ 10688820 (+)
LOC103044517 onecutl,LOC108441924,LOC107732477,LOC108268128,LOC107741751,LOC106580869,LOC107663311,LOC107689849 other downstream 779188 10780102 ~ 10791128 (+)
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Expression


Co-expression Network