LOC111193191


Basic Information

Item Value
gene id LOC111193191
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035905.1
NCBI id CM008308.1
chromosome length 42966623
location 11792985 ~ 11796524 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU107512
ATGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttttatAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttttataacagatggatggtgctgtgctggttggaTTAGTAGGTTCTAGGGTTTGATAAccgatggtgctgtgctggttggattagtaggttctggggttctATAACAAatgatgctgtgctggttggattagtaggttctggggttttatAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttttataacagatggatggtgctgtgctggttggattagtaggttctggggttttatAACAGAtgacgctgtgctggttagatgaGTAGTTTCTGGGtttttATAACAgatgatgctgtgctggttgGATTAGTAGTTTCTGGGGTTCTATAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttctATAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttttatAACAGAtgacgctgtgctggttagatgaGTAGTTTCTGGGGTTCTATA
>TU107513
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>TU107514
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>TU107515
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>TU107516
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>TU107517
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>TU107518
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>TU107519
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>XR_002650318.1
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>XR_002650319.1
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>XR_002650320.1
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>XR_002650321.1
TGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctgaGGGTTTATAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggtttataACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttttataacagatggatggtgctgtgctggttggattagtaggttctggggttttatAACAgatgatgctgtgctggttggattagtaggttctggggttctATAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttctATAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttctATAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctgggggttTATAACAGAtgacgctgtgctggttagattagtaggttctgggggttTATAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttctataacagatggatggtgctgtgctggttggattagtaggttctggggttttatAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctgggggttTTATAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctgggggttTTATAACAGATGACGCTGTGCTGGttggattagtaggttctggggttttatAACAGATGACGCTGTGCTGGTTGGATTAGTAGTTTCTGGGTTTTTATAACAGAtgacgctgtgctggttagatgaGTAGTTTCTGGGTTTTTATAACAGATGACGCTGTGCTGGTTGGATGAGTAGTTTCTGGGGTTttataacagatggatggtgctgtgctggttggattagtaggttctgggttTTTATAACAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU107512 False 565 lncRNA 0.44 5 11793291 11796522
TU107513 False 569 lncRNA 0.44 4 11793291 11796522
TU107514 False 611 lncRNA 0.44 5 11793291 11796522
TU107515 False 541 lncRNA 0.45 5 11792985 11796522
TU107516 False 539 lncRNA 0.45 4 11792985 11796522
TU107517 False 245 lncRNA 0.44 2 11795153 11796250
TU107518 False 494 lncRNA 0.45 4 11792985 11796522
TU107519 False 518 lncRNA 0.45 4 11793291 11796522
XR_002650318.1 False 719 lncRNA 0.45 3 11794045 11796240
XR_002650319.1 False 765 lncRNA 0.45 4 11794045 11796524
XR_002650320.1 False 690 lncRNA 0.44 3 11794045 11794980
XR_002650321.1 True 858 lncRNA 0.45 3 11794045 11795428

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ttc27 ttc27,LOC107689788 coding downstream 429777 11220363 ~ 11363208 (-)
LOC111193129 NA coding downstream 584301 11205127 ~ 11208684 (-)
rasgrp3 rasgrp3,LOC107744459,LOC107670874,LOC107689794,LOC106576952 coding downstream 856722 10822882 ~ 10936263 (-)
LOC103040295 LOC108430229 coding downstream 994183 10790644 ~ 10798802 (-)
LOC103026670 LOC103026670,LOC108430189 coding downstream 1075145 10715367 ~ 10717840 (-)
rlf NA coding upstream 329303 12125827 ~ 12150716 (-)
yipf4 yipf4,LOC107744423,LOC107670878,LOC106576945 coding upstream 722939 12519463 ~ 12524837 (-)
LOC103024740 LOC103024740,LOC108413681 coding upstream 934102 12730626 ~ 12735104 (-)
LOC103046657 NA coding upstream 1025391 12821915 ~ 12835548 (-)
LOC103047466 papss2a,papss2,LOC108411876,LOC105900838,LOC107715960,LOC107583551,LOC107553500,LOC107670849,LOC107689802 coding upstream 1125236 12921760 ~ 12950947 (-)
G79806 NA non-coding downstream 3395 11787424 ~ 11789590 (-)
G79804 NA non-coding downstream 6259 11786047 ~ 11786726 (-)
LOC111193195 NA non-coding downstream 7094 11781095 ~ 11785891 (-)
LOC111193194 NA non-coding downstream 7477 11782008 ~ 11785508 (-)
G79802 NA non-coding downstream 8158 11779188 ~ 11784827 (-)
G79809 NA non-coding upstream 6541 11803065 ~ 11805194 (-)
G79844 NA non-coding upstream 115404 11911928 ~ 11916389 (-)
G79849 NA non-coding upstream 128868 11925392 ~ 11926733 (-)
G79861 NA non-coding upstream 158819 11955343 ~ 12040430 (-)
G79871 NA non-coding upstream 206307 12002831 ~ 12003304 (-)
ltbp1 ltbp1 other downstream 609044 10941687 ~ 11183941 (-)
G79582 NA other downstream 863389 10928640 ~ 10929596 (-)
LOC103027264 NA other downstream 1456269 10294488 ~ 10336716 (-)
LOC103027354 LOC103027354,LOC108438753 other downstream 1721101 10034686 ~ 10071884 (-)
LOC111193185 stac,LOC107715935,LOC107670884 other downstream 3137968 8650628 ~ 8655017 (-)
G79865 NA other upstream 172917 11969441 ~ 11971939 (-)
G79945 NA other upstream 361062 12157586 ~ 12192028 (-)
ncmap NA other upstream 537875 12334399 ~ 12372804 (-)
edaradd edaradd other upstream 788638 12585162 ~ 12613731 (-)
LOC103046962 ptena,LOC108411875,LOC107670848,LOC101171856,LOC105900832,LOC105940225,LOC104929647,LOC103387686 other upstream 1075465 12871989 ~ 12912395 (-)

Expression


Co-expression Network