LOC103029753 (ormdl2,LOC103029753,LOC108276395,LOC107549034)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103029753
gene name ormdl2,LOC103029753,LOC108276395,LOC107549034
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035911.1
NCBI id CM008314.1
chromosome length 35718434
location 3655323 ~ 3661822 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU174638
CTGCGATTTCCTGGTTACGGTGGAGGTGTGTTATATGACAGCAGTCGTTAATCTGTCACAATGAATGTGGGCGTTGCTCACAGCGAGGTGAACCCCAACACCCGGGTGATGAACAGCCGAGGGATCTGGCTCACCTACTTGCTGTTGACCATCGTGTTGCATGTCGTCCTGCTGAGCATCCCTTTCTTCAGTGTGTCACTAGTGTGGACTCTAACAAATGTCATTCACAATCTGGCAATGTATGTGTTCCTGCACACAGTCAAGGGGACTCCATTTGAGACACCTGACCAGGGCAAAGCACGATTGCTCACACACTGGGAACAAATGGACTACGGCATCCAGTTCACATCATCAAGAAAATTCCTGACCATTTCACCCATAGTGCTGTACCTGCTGGCcagcttttacaccaaatatgATGCCACTCACTTCCTGATCAACACAGGCTCCCTCCTCAGTGTCCTCCTTCCAAAGCTGCCTCAGTTCCATGGAGTTCGTTTGTTTGGGATCAATAAATACTGACGCATCGCTCATCATTCATTCAGGAGGCTTGACGAGCTAAAGGAACAGTCTAGCAGAAAGCAGTGGCTTAGTTTATTCTCTGGTTTGTTGCCTTTACATTATCCAAGCTGGAAAAAGCTGTCAACCTAAACTGAACTGCATTTTTACACTGTGGTAatgtcttgatttttttttttgtgcttttgtctGATTGATTGATATTTTTCCACAAATTTCAgtggatatatatataggtgAACCAAAATGTTATGCCTGTATGACCAACATGCTGCTAAAACAACTTCACATTATAGTGCCTCTGAAGGTGTTGCGTGATACATTAGGCACCAGTAGTTCCTTTAACCTTTGACCAAAtagtcatccatccatccattcatccaggACAGGGCACCATTCCAAAACTATAGGGTATTACATAAAAACAGTCATGCACACACTTACCTAAGAGGAAAGACAACATCAAGCTCCATACAGACACTGACCAGTGATTAATCCCATAAACCTGTATGGTATGCAGTACCTGCAACACCACATTTGTGAATTGGTCTTAATTTGAGCGTGGCATAGGACCAGAGTTGTAATTGAATACATTTGAAGCTGAACAAATACATGGAACCATATATGAAACCTTTATCTTAGTTGACAGTTGACAAAACAGACATTGCTCCAAGTTTAAATACCTTTAGGTTGCTGCTTCATAGAGTTTGTTTAAGATAACACATTGGTCTCTAAGAGTTTCAGCTTTTTAGACAAGGTTAAAAAGGGGTACCCTACAGGACAAGTTCTtctgggatagcagtatgtcaATTGATCATATCGGTCAGTAAAAGTTGTTGTGAATTAGCAAATGAGGTTGAACATTTAGCATGCTCATAAAGTGGCATCAACTATTGGTGtgggagtgaggtctgatagtgggtgcagatggatgggGCATTCTATTTCTAACGTTTTAGGTGGAGGTATTTGAAAATTTTTCATTCCACAGTTTTacatgtgtactgggaatacattacagaaggcattaccacccacagcagACAgcgcagtgtgtggtaatgttcGTGGCCAACTGTGTATTGCTAGAATTGTCTGGATGGCTAGACTTTTTTTCTATTCACACACATCAATTTGATTTTTTACGTCTGCTGATTTCTTTCATAGTCAATTTGTCAACTGTACAAACTGACTTCACTTACCACTTAGATCATATCGCAAGTCTCAGACCATAACATGAgctactgttatatatatatatatatataaaatacattattagcTTCACCTTTGAACGTTCAAAATGCTTTGGTTCATCAGTGTAGAGGGTCAGTCAAAGGTCGCAGGATATATGTTTACTTTAGAAACGAAAGGGATTGAGATGAAAAATGAAACAAGTCAAAAGGAAAATTACATATATGAATACACTAGAAAGTAATAAGTGAGGGGGCTGTTGTTTAGCCTATTTCTGGAACATCCCTGAAAAGCCACCATATTTTGTGTCCTGTGACTTTTTACTCACCCTGTATATTCCAGGCTGTTAATTCACTTCAAATGCAGGTTAAATTAATGAGTCTTAATAAGTCTCACTGCAGGCAGTGTGCAATACCCTGATTCCAAAATGTTCCAAAACGATGCCTGGATCCAGTTTAGTTTGATTGTGGAGTTCCTTgactttttttagtttctgaGATTTTGAACCTTCTTTCATTATCATGTCAGATAGCAAATCAAATGCAAAAGTCACCTGAGTGGGCTTagagaaaaataagaattaaatgattaaaatgcatttatttaatacagtttCCTTTTAAAACTGAGCATCCCTCCTGCAAACATTTAAGTTGATATTCCAGTATCAAGTGCCTTGCTCTTCTACCATGTTTAATGCAGTTTccgttttaaatattatttataaattattgcaTTGTTTTTCATTTCCAGCCGTGGCAAAAATGGCTTTGTTTGTgcaaatgtaaagattttttcttgcatcttgAAAACTGAACTACTGCTCGATgagatgtcttttttttttaaatgaggttTTGTGGATACTGGTGTAGATATTTGCCATTTACAGGTTTCAGTGGTCATCTACAGCTCACTTCTGCACAGTGGTTGGTTAATTCTGGTCAGGGGGAGGAATTAAGAATGACCAGCTCTCCTCTACACACCGGAATACCTGTTCCTGTTGGAattccgattttttttttcatgttttaaagaCTGTCCTgcatttatttcacattttagaTTTATGCTGTTTTGGATCTGCAGCTATGAATGTTAATGGCACCATAATAGATGATgcttgtttctgtatttgctaaTTGCTGTGTACTTTCACATAGTAAAAATGAGCTGCTGCCATTGTCATACATTTTATGATAAAAGATTAAACCACACATTAACACTTTCCTTTTTCCACTGGGTTTACCACTACATAGCTGTTGGTTATAGCCTATGCCTGTCCCTATTTAGCCTGGAATAACCTCTGAATCCTGCacaattttaatgttttcccAGCTTCAATagaacagttcagcttggaaaactataatttaatgGGTCTAATTTCCCCAAGCTTTGATGTGTTGGGGTACTTTGATAATTCTGTTGGGCGTAACTTGTATAATAAACATGTACAATAAATAATGGGGGaaaagtgtttatattatagtatgttaatatacactttcaagcataacattatgaccaccatCTTGTTTCTATACCCATTATCAATTTTTCAGAtgcactgatcatataggagcacatagtagttctataattacagactgtagtgctGTATCAGtttttctgcatactttattatcattaCACTGCATTCTCAAAGTTCTTCAATGGTCATTGCTTGCTCGGTTAattattttcagcactgcagtgattagcactgattagcgtggtggtgtttgttgttctggtacagtgagtggatcagatacagcagtgctgctggagtttttaatcaCTATGTTTAATCTCTTACTGTCCTCCACTcgattacacactcctacctccTGGTttactattctcagtccagcagtgacactgaaaACTCATGATGGTCATAATGTCATGCTTGATTGtgtatattacacatttaaatcTTCCGGGTCAAAATTGAACCAAAACTGAGGCCaaacatgtatttaaatatttatttatttttgtgtgaatTGTCTCCATAAGTAAACCACAGTATGTTGGGTGCATGTTTTAATTGTGGTAAATATTTCAATGCAGCAAACTTTGACTATTATTAGTAAATATTGATCATCACCTGTTTACTTTGTATTGTTTAATACAGGTCAGATGGGAATATCACTGCAATTCCTCTCTAACAGAAGTGGTTATCTGTTGGAGAGAGTGGTTAAGTGTGATGTTCCCGATATCTTTTTTCAACAATGATCTTTGTGCTAAAAGGCTTTTGGGAAATCCAGCCCGACTAGTCGGATCAGGTTTTTTGGGAGCTGGGAAAGTTACAGGGAGTTGTGAAGGATAAGGGGTATTCCAGGATGCATTGATGGTAATCACTGTTCTGTATCAATTGAAATGATCTACTGTGCATTATGAATGCTTTTATAGTgtattttgtctcttttttttttacatgcaaatCTACTGTAAAAATGCACAAAGCTCAGAGATCTCTGGATATATTTCCAAAAGCCCAAAAGGGTGGACATTAAA
>XM_007235714.3
TTGAGTAGGGTGGAGTCCGCCGGGGAACTGCGATTTCCTGGTTACGGTGGAGGTGTGTTATATGACAGCAGTCGTTAATCTGTCACAATGAATGTGGGCGTTGCTCACAGCGAGGTGAACCCCAACACCCGGGTGATGAACAGCCGAGGGATCTGGCTCACCTACTTGCTGTTGACCATCGTGTTGCATGTCGTCCTGCTGAGCATCCCTTTCTTCAGTGTGTCACTAGTGTGGACTCTAACAAATGTCATTCACAATCTGGCAATGTATGTGTTCCTGCACACAGTCAAGGGGACTCCATTTGAGACACCTGACCAGGGCAAAGCACGATTGCTCACACACTGGGAACAAATGGACTACGGCATCCAGTTCACATCATCAAGAAAATTCCTGACCATTTCACCCATAGTGCTGTACCTGCTGGCcagcttttacaccaaatatgATGCCACTCACTTCCTGATCAACACAGGCTCCCTCCTCAGTGTCCTCCTTCCAAAGCTGCCTCAGTTCCATGGAGTTCGTTTGTTTGGGATCAATAAATACTGACGCATCGCTCATCATTCATTCAGGAGGCTTGACGAGCTAAAGGAACAGTCTAGCAGAAAGCAGTGGCTTAGTTTATTCTCTGGTTTGTTGCCTTTACATTATCCAAGCTGGAAAAAGCTGTCAACCTAAACTGAACTGCATTTTTACACTGTGGTAatgtcttgatttttttttttgtgcttttgtctGATTGATTGATATTTTTCCACAAATTTCAgtggatatatatataggtgAACCAAAATGTTATGCCTGTATGACCAACATGCTGCTAAAACAACTTCACATTATAGTGCCTCTGAAGGTGTTGCGTGATACATTAGGCACCAGTAGTTCCTTTAACCTTTGACCAAAtagtcatccatccatccattcatccaggACAGGGCACCATTCCAAAACTATAGGGTATTACATAAAAACAGTCATGCACACACTTACCTAAGAGGAAAGACAACATCAAGCTCCATACAGACACTGACCAGTGATTAATCCCATAAACCTGTATGGTATGCAGTACCTGCAACACCACATTTGTGAATTGGTCTTAATTTGAGCGTGGCATAGGACCAGAGTTGTAATTGAATACATTTGAAGCTGAACAAATACATGGAACCATATATGAAACCTTTATCTTAGTTGACAGTTGACAAAACAGACATTGCTCCAAGTTTAAATACCTTTAGGTTGCTGCTTCATAGAGTTTGTTTAAGATAACACATTGGTCTCTAAGAGTTTCAGCTTTTTAGACAAGGTTAAAAAGGGGTACCCTACAGGACAAGTTCTtctgggatagcagtatgtcaATTGATCATATCGGTCAGTAAAAGTTGTTGTGAATTAGCAAATGAGGTTGAACATTTAGCATGCTCATAAAGTGGCATCAACTATTGGTGtgggagtgaggtctgatagtgggtgcagatggatgggGCATTCTATTTCTAACGTTTTAGGTGGAGGTATTTGAAAATTTTTCATTCCACAGTTTTacatgtgtactgggaatacattacagaaggcattaccacccacagcagACAgcgcagtgtgtggtaatgttcGTGGCCAACTGTGTATTGCTAGAATTGTCTGGATGGCTAGACTTTTTTTCTATTCACACACATCAATTTGATTTTTTACGTCTGCTGATTTCTTTCATAGTCAATTTGTCAACTGTACAAACTGACTTCACTTACCACTTAGATCATATCGCAAGTCTCAGACCATAACATGAgctactgttatatatatatatatatataaaatacattattagcTTCACCTTTGAACGTTCAAAATGCTTTGGTTCATCAGTGTAGAGGGTCAGTCAAAGGTCGCAGGATATATGTTTACTTTAGAAACGAAAGGGATTGAGATGAAAAATGAAACAAGTCAAAAGGAAAATTACATATATGAATACACTAGAAAGTAATAAGTGAGGGGGCTGTTGTTTAGCCTATTTCTGGAACATCCCTGAAAAGCCACCATATTTTGTGTCCTGTGACTTTTTACTCACCCTGTATATTCCAGGCTGTTAATTCACTTCAAATGCAGGTTAAATTAATGAGTCTTAATAAGTCTCACTGCAGGCAGTGTGCAATACCCTGATTCCAAAATGTTCCAAAACGATGCCTGGATCCAGTTTAGTTTGATTGTGGAGTTCCTTgactttttttagtttctgaGATTTTGAACCTTCTTTCATTATCATGTCAGATAGCAAATCAAATGCAAAAGTCACCTGAGTGGGCTTagagaaaaataagaattaaatgattaaaatgcatttatttaatacagtttCCTTTTAAAACTGAGCATCCCTCCTGCAAACATTTAAGTTGATATTCCAGTATCAAGTGCCTTGCTCTTCTACCATGTTTAATGCAGTTTccgttttaaatattatttataaattattgcaTTGTTTTTCATTTCCAGCCGTGGCAAAAATGGCTTTGTTTGTgcaaatgtaaagattttttcttgcatcttgAAAACTGAACTACTGCTCGATgagatgtcttttttttttaaatgaggttTTGTGGATACTGGTGTAGATATTTGCCATTTACAGGTTTCAGTGGTCATCTACAGCTCACTTCTGCACAGTGGTTGGTTAATTCTGGTCAGGGGGAGGAATTAAGAATGACCAGCTCTCCTCTACACACCGGAATACCTGTTCCTGTTGGAattccgattttttttttcatgttttaaagaCTGTCCTgcatttatttcacattttagaTTTATGCTGTTTTGGATCTGCAGCTATGAATGTTAATGGCACCATAATAGATGATgcttgtttctgtatttgctaaTTGCTGTGTACTTTCACATAGTAAAAATGAGCTGCTGCCATTGTCATACATTTTATGATAAAAGATTAAACCACACATTAACACTTTCCTTTTTCCACTGGGTTTACCACTACATAGCTGTTGGTTATAGCCTATGCCTGTCCCTATTTAGCCTGGAATAACCTCTGAATCCTGCacaattttaatgttttcccAGCTTCAATagaacagttcagcttggaaaactataatttaatgGGTCTAATTTCCCCAAGCTTTGATGTGTTGGGGTACTTTGATAATTCTGTTGGGCGTAACTTGTATAATAAACATGTACAATAAATAATGGGGGaaaagtgtttatattatagtatgttaatatacactttcaagcataacattatgaccaccatCTTGTTTCTATACCCATTATCAATTTTTCAGAtgcactgatcatataggagcacatagtagttctataattacagactgtagtgctGTATCAGtttttctgcatactttattatcattaCACTGCATTCTCAAAGTTCTTCAATGGTCATTGCTTGCTCGGTTAattattttcagcactgcagtgattagcactgattagcgtggtggtgtttgttgttctggtacagtgagtggatcagatacagcagtgctgctggagtttttaatcaCTATGTTTAATCTCTTACTGTCCTCCACTcgattacacactcctacctccTGGTttactattctcagtccagcagtgacactgaaaACTCATGATGGTCATAATGTCATGCTTGATTGtgtatattacacatttaaatcTTCCGGGTCAAAATTGAACCAAAACTGAGGCCaaacatgtatttaaatatttatttatttttgtgtgaatTGTCTCCATAAGTAAACCACAGTATGTTGGGTGCATGTTTTAATTGTGGTAAATATTTCAATGCAGCAAACTTTGACTATTATTAGTAAATATTGATCATCACCTGTTTACTTTGTATTGTTTAATACAGGTCAGATGGGAATATCACTGCAATTCCTCTCTAACAGAAGTGGTTATCTGTTGGAGAGAGTGGTTAAGTGTGATGTTCCCGATATCTTTTTTCAACAATGATCTTTGTGCTAAAAGGCTTTTGGGAAATCCAGCCCGACTAGTCGGATCAGGTTTTTTGGGAGCTGGGAAAGTTACAGGGAGTTGTGAAGGATAAGGGGTATTCCAGGATGCATTGATGGTAATCACTGTTCTGTATCAATTGAAATGATCTACTGTGCATTATGAATGCTTTTATAGTgtattttgtctcttttttttttacatgcaaatCTACTGTAAAAATGCACAAAGCTCAGAGATCTCTGGATATATTTCCAAAAGCCCAAAAGGGTGGACATTAAATATGcaataaacattttaaccaCTCCTA

Function

symbol description
ormdl2 Predicted to be involved in cellular sphingolipid homeostasis; ceramide metabolic process; and negative regulation of ceramide biosynthetic process. Predicted to act upstream of or within negative regulation of sphingolipid biosynthetic process. Predicted to be located in endoplasmic reticulum membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be part of SPOTS complex. Orthologous to human ORMDL2 (ORMDL sphingolipid biosynthesis regulator 2).

NR:

description
ORM1-like protein 2

GO:

id name namespace
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU174638 False 4239 TUCP 0.38 4 3655350 3661794
XM_007235714.3 True 4294 mRNA 0.38 4 3655323 3661822

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103033565 LOC103033565,LOC108432295 coding upstream 168672 3485651 ~ 3486651 (+)
LOC103033875 LOC108432887,LOC108276383 coding upstream 196961 3446644 ~ 3458362 (+)
LOC103034414 LOC108432878 coding upstream 269509 3350366 ~ 3385814 (+)
LOC103035673 dgka,LOC107671885,LOC107549042,LOC107594021,LOC107701752,LOC107756407,LOC108276149,LOC106567181 coding upstream 312847 3259953 ~ 3342476 (+)
mtfr2 NA coding downstream 83142 3744964 ~ 3758476 (+)
hbs1l hbs1l,LOC107756395,LOC107723734 coding downstream 203068 3864890 ~ 3924309 (+)
eya4 eya4 coding downstream 552808 4214630 ~ 4290861 (+)
lca5 lca5 coding downstream 668682 4330504 ~ 4349368 (+)
phip phip coding downstream 717801 4379623 ~ 4439777 (+)
G129109 pan2 non-coding upstream 32780 3621078 ~ 3622543 (+)
G129104 NA non-coding upstream 49500 3605340 ~ 3605823 (+)
G129093 NA non-coding upstream 90324 3537809 ~ 3564999 (+)
G129089 NA non-coding upstream 118649 3495402 ~ 3536674 (+)
G129086 LOC108432303 non-coding upstream 140170 3462687 ~ 3515153 (+)
G129119 LOC108432343,LOC108275541,LOC105903259,LOC105022314,LOC107756399,LOC107701744 non-coding downstream 3844 3665666 ~ 3680651 (+)
G129234 NA non-coding downstream 170203 3832025 ~ 3864584 (+)
G129235 NA non-coding downstream 172949 3834771 ~ 3835877 (+)
G129274 NA non-coding downstream 631985 4293807 ~ 4297904 (+)
G129275 NA non-coding downstream 645466 4307288 ~ 4309978 (+)
LOC103033013 NA other upstream 120127 3516459 ~ 3535196 (+)
LOC111194053 rnf41,LOC107756409,LOC107701697,LOC107723732,LOC105894303,LOC107671855 other upstream 400154 3250489 ~ 3255169 (+)
LOC103021564 LOC108432758 other upstream 773621 2849645 ~ 2881702 (+)
G128939 NA other upstream 961857 2690812 ~ 2693466 (+)
LOC103045393 id1,LOC106536610,LOC108244375,LOC107093887 other upstream 1255289 2398028 ~ 2400034 (+)
LOC103028602 NA other downstream 23101 3684923 ~ 3713561 (+)
LOC103033446 LOC103033446,LOC107756391 other downstream 638377 4300199 ~ 4378667 (+)
hmgn3 hmgn3 other downstream 691261 4353083 ~ 4371881 (+)
LOC103039794 RPS26,rps26l,rps26,LOC103039794,LOC108433306,LOC107708153,LOC100304574 other downstream 1937456 5599278 ~ 5601461 (+)
tardbp tardbp,tardbpl,LOC107570713,LOC107586522,LOC107716231,LOC107681961,LOC107695779,LOC107708842 other downstream 3747174 7408996 ~ 7415078 (+)

Expression


Co-expression Network