G136225


Basic Information

Item Value
gene id G136225
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035911.1
NCBI id CM008314.1
chromosome length 35718434
location 30321610 ~ 30327845 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU184276
GATACTAATGCACAGTTAATACAATTTTGTAAAAGAATGATAACGCTTTAGACTGTTGATAACCTAGATAAAAACTTCAATGCAGAAATAAGACGTTTCGTCTGTTACTCTCATCATTACATACCTGTtaatagacttttttttacccttttaataaaacatctttTTTAAAGTCCTCATCTGGACTACCCTTAAGTACCATGATTTATTAATCTTCACTCATCCAATCTCACGTCGTTACGCCCACATGTAAACGTTTTGAGAATCTTTATAACAAAAGAGAGTGGGTCGTGCGTGTGGGTCGAACATTTAGTTCTGTCATCTGAAATTTTATATGAAAACGAGTAATGAaaagtaatgaaataaaaaaaaatctactttaaAAACTGGGTCGGGGGCACCTACACGCCCCCTTAAGGTACAAAAGCCACACTGCACAGCCAAGAATCACCAAAACCTCTATTACCACTCCAACACTTCAAATTCAAGCCTAGTTCATGGGATAGCAAGTGCACTAAATACGGAAAACCCACCcacgcacatgcacacacgcacGCGCGCACATACACACGCTCACGCACTCATTTGGAGACACACCCCTTTTTGCTTTaacaaaagacatttttaacATGTACTTTAAACCGTATAGAAAAGTGTGACTATTATATTCTAATCGTTTAAATCAATGGTGGCCAATCTTGGTTCAGAAAGTAAGAGTCCAGCCCAGGAGTTTGTTTCACCTTGCTGCAGAGCTGGACAGCCAATTGGAACGAAATCCTGGTATGGACTGTTACCTTCTGGACCTGCACTGTAATCATAGATAAGGtggatttacttaaataatttgaagaAATGTTTACTAACAACTTTAtgtttgaattgtttttttatagcaaTGATGCTTCGTTTTACAGCCTACATCATCCATGCTAGGTAGTTAATCCTAATATATGATCCCAGGTCGcctggggaatgactacacactgaagaATATGCAAATAGATAGTGACAGAagccaagaaaaaaaagctgccaatggcaacagattaAACTCATCTAGTTGAATGTGTATGTGGGCTCCAATGTTCTCCTGACTCAAAGGTTGGATATAAGAGTGAAATAtccaatgtttaataaaataaacttaaattatttaatttgaaacTACTTGTGGGTTTAACAGTGTGAGTTGGCCACCTCAGATTTAAAGCGACGGTGAGCGGAAGGAACGAAGCAAAGAAGCGAGAGGAACTGAATACGATACGAAATGCGCCGAGCTTTGGAAATCATATTCTAAACAGTGCCGTCAACTGCAGAGCCGATATACACACAGGGATTATGCTGTATTGCTGTCGATTCAAATGAACACGTGTTCGCAGTATTATAAGCCAAAACTGCTGCATATGTGTACACCACATCATCTAGGAAGACAGATTATTAAACTCAGGACGCAACAATACCCCTATAACAAAGTGACACGGCAGCCTTTTTATACCATTCATATCAGTACGAAAGAGCAGAGAAACATTATTGTGTGAAATTGCAAAAGATAAAGATACATTCGACGAGATACGAGTTAAAACATACGGTGTGCTGCCTCACCTCGCTTACGTCGAGGTGATTATGTCTACTGGCTGTCTAATGGATGTTCTGTGCGATACGATAAAGCCGGGCGATACaacagtattttattgtatcgtgataatttttttttttttatcgcgatacaacatttttaccatatcgcccagctctactgtACGCCAATGTGGTTCGGATTTTAGATGTGTGCTAATGTTTAATGCATGGACATAGGTCACATGATCCTTTCATCACAGGGTGACTTCTAGCTGTGACATTTTATAGGAGCTGAAGCCAAACCAAAACAAGGTCTGTGACTAAAATAGATCCCTAAGTAGTCTCTCCCTATATAGTGCACTACAAATGTGTGGAGTGAGGGAGTAGGGATTCATTTTGGTCACAGCCAAGGACAACTGAAATATGTAAGCTGTTCCGTTAGCGCAGTAAAGAGCCACAGTGTGGTACTAATGCCACAGAACAGCTTGTTAGaaacttctctttctctcaaataAAACTTggtattttatgtatttcatGTCCATAAAGCAACGATTCAATGGCGAAGATGACTGGCCGATTTACATCACACTCAACAGTCCTTAAGGTAGAATGGCTACTAGCACCTTTAGTCTAACCTTGACATTCCAACCTTACTGTACTCAAAGCAGTGTGAGATTGCTATAATCAAATCTACAACAACGCATAAAATAAACTTGGTGTGCCACTTTAAATGAGCTTATTATATTTTtctatttttttcctctattGGCGACCTATGGTCAGATAATAATTCTTATGGCAATTTGTTTATGGTTTCAAGTACCTCAGTTAGAATAATCAGGGTCTTGTAATAAATAGTcatctgctgaaaaaaaaaaaaatcaaagcacatttttgatttttctttcacatttctcatttcgttctcatttttttttctttctcgcAACATTGTGTACAAACTGAGGAAGACCCACTGCTTCCATTAGTCACCATCACAGGGACACTTATGGCTTAATATTTCAGTACGTTTTTCGCATTTgacatgttttatagttttatacacTGGGACACGGAGGACCAGCAGTCCTTGCACCTAGCACTATTTCTCCCACACGGTGGAAGCTGGTTAAAGATGCCTATTTGTGCTCATCTGAGACAAGCTCTTACaataattaattgcattaattaaGAAATTATCTGGATTTGTTTACCAAAGCAGCTGTTATTAGACTACAGAAGACACTGAACCTAAAGAGTGTTTAAAGAAAGGAAGAACACAAACTAAAAAAGTGGGCGTGGTAGAATGACATGTCtgtcatgtaatataatatgttataCCTGTAATATACCTATTTTTAAAGATGTTGTAGCTTTTGTAGATCAGTTGTAGCTACTGAAACTCTTCAATTCTCTGCTGCTGTGATGCTGGAGAAGTAACTGTAACTGTTCAGACCAATGTTGCATATGGATCACATCAAATAGAAACATCATATTTGGTGAAACATTTTTCTTCTGTGTGAATGCAgccttattatttttaaatgctccTTTCCAAACTTTCTTTAGAACTGAATAGGATCTTTtgtctaaataatttttttatcatgaaGACTGGCGTCTCATTCACAGTCTAGTcacaggcctgtcacaatagaTATTTCTgattggacaatatattgtcctagAAATTGTCCTAATTGTGGTAAAcgatattattataattttaataccATTTCTTTACACTCATGTACTAATAATAGTATGATAAAGCGTAATGAActcataattataaataatatttagacACCAGATTGGAATgggaatacacattttaaacagttcatattcataaagttttaagaattcagaaattaatatttggtggaataatcctggtttttaatcacagttttcatgcatcttggcatgttctcctccactgtcttacacactgcttttggataactttatgccactcctggtgcaaaggttaaaacagttcagcttgatttgatggcttgtgatcctccttcttcctcttgattatattcgagaggttttcaatttggtaaaaaaaaaaaacatcatttttaagtctcttatttgtttccagagctgtatatatattaaataaagtaatcatacataaaataaaaacactgttttaaaactCTTTTCCTTGCGAAGAGAAACATAATTGGTAGCTCTAGTGAGTTCATGACTGTATACTGTACGATAAATCAATAACAGAATTaatgtgacaggcctagtgcAGTCTAAACAATTGTTTTTGATAGGGCAACAAAGTTTGGAAACTTTAGCCTTTTAATTGTTAATATACTTCAATCCATTAAAGCctaatttttcattaaaaaaaaagaacaacatttatacagtttttaataAGAACTGCCTTTAAGGCTGGGATTTAGACAGAAGAAGCTAGTTCAAGATGAGCACAAAAGACTTTGCCACTCCAGTTAGGTCGGGGGAATCGGGTCTGGAAGCCTAACAGTGCCTGCAAAGTGCAAGataagagggagggaggggatgAAGGGTTAAAGTGCAAGACGAGCGTTTTTTTATTCCCTCAAATATAGGCCTTATTATCAGAATATCAGGTATAGATCTGTGCAGGATCGCTGACTGACGTCCAAACAGAGCtgtaatttgtcctttttaccCAAACTCTTTCTGATTCTCAGCCTCCTCTATATAGCTTCTCATCAAATTCCTGTAATAATAATCCTGATTGTGCTGTTCAGTGCTTTACCTCCAGGTAGAACACTCTCACTATTGCATACAGTCACTGAGCTCTCCATGTGCAGTCTAGATGCACTGCTTCAAGCCTTTTGGAACTGCTTCATGCCTCGAAAAAAGGAATTAAAGAAATGCCAGGACTCTCCTAAAACTCTCCACAGCCCTGATCATATAGTAGATATGACATTTTGAGGAGATaaagtattatttgtatttataaacaTGAGAATATGTTGTTCtcttttaaagtaaagaaaCTGACTTCAGGAATTTGGGTGTTCATtaaggctgtgttcagactttTTACAAAACCACATCAGTTGATCTATGTGTTCACGCTGTAAATTGCAAGTGATTGTATCAGAtttgcatgggttgctgtgttaATTAAGATTGGCATCAGTAAATATCTTTTAGGGCATTTTCAAGCCAGgttatttggtccggttaaaacggactctggttAGTTTGTACTTtgagtgcggttcgattgagcaggtgtgaaaacagatcAAAAGAACTGGACCGAGTCCAGCTAGTGAAgcagtttgcttgtggtgaACCGGTTTAAATCctacccagctatcaaatatactccttttattagAGATAAACTGCatataaggcgcagtttaatcttatctattagccagata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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU184276 True 6166 lncRNA 0.38 3 30321610 30327845

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
prpf6 prpf6,LOC107673318,LOC107705744,LOC107697009 coding downstream 235049 30057146 ~ 30086561 (-)
LOC103043043 NA coding downstream 332344 29947782 ~ 29989266 (-)
LOC103043345 NA coding downstream 375767 29937611 ~ 29945843 (-)
tmem27 NA coding downstream 587284 29715854 ~ 29734326 (-)
LOC103044767 NA coding downstream 639745 29672897 ~ 29681865 (-)
naa10 naa10,LOC107693544,LOC107723122,LOC107705681,LOC107696956 coding upstream 273482 30601327 ~ 30607046 (-)
LOC103035433 g6pd,LOC108276145,LOC107723128 coding upstream 282469 30610314 ~ 30632870 (-)
LOC103034470 LOC108411656 coding upstream 307331 30635176 ~ 30647734 (-)
LOC103041051 adcy6,adcy6a,LOC103147814 coding upstream 330377 30658222 ~ 30684827 (-)
scml2 scml2,LOC108275918,LOC107694433,LOC107752426,LOC107564407 coding upstream 696885 31024730 ~ 31080764 (-)
G136198 NA non-coding downstream 147052 30133620 ~ 30174558 (-)
G136174 NA non-coding downstream 234273 30087111 ~ 30087337 (-)
G136169 NA non-coding downstream 294331 30027034 ~ 30027279 (-)
G136105 NA non-coding downstream 384637 29871167 ~ 29936973 (-)
G135972 NA non-coding downstream 906592 29360169 ~ 29415018 (-)
G136255 NA non-coding upstream 114695 30442540 ~ 30442747 (-)
G136390 NA non-coding upstream 422398 30750243 ~ 30756186 (-)
G136410 NA non-coding upstream 577068 30904913 ~ 30914631 (-)
G136413 NA non-coding upstream 591323 30919168 ~ 30919973 (-)
G136415 NA non-coding upstream 600806 30928651 ~ 30929588 (-)
G136173 NA other downstream 265882 30048281 ~ 30055728 (-)
LOC103038817 LOC103038817 other downstream 1040918 29274161 ~ 29280692 (-)
LOC103034081 NA other downstream 1074225 29242243 ~ 29247385 (-)
G135910 NA other downstream 1199939 29067891 ~ 29121671 (-)
LOC103037426 NA other downstream 1506992 28809292 ~ 28814618 (-)
G136691 NA other upstream 2039348 32367193 ~ 32367462 (-)
G136773 NA other upstream 2455229 32783074 ~ 32784304 (-)
pi16 NA other upstream 3158372 33486217 ~ 33511035 (-)
G137043 NA other upstream 3219510 33547355 ~ 33550978 (-)
G137098 NA other upstream 3435629 33763474 ~ 33763827 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G115685 NA non-coding CI01000021 null 1110455 ~ 1115336 (+)
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G114511 NA non-coding NC_048566.1 CM023220.2 12988420 ~ 12988629 (-)