G153405


Basic Information

Item Value
gene id G153405
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000029
NCBI id null
chromosome length 9486966
location 3142987 ~ 3184240 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU174210
TTTAAATATGTTTTAGTAGCTTTCTGGGCATTGAAAAAGGGAGTGTTATTGCTGGCGATGCAGGCGATGCATCAGATTTTATCAAAAATATCTTAATTTGTGTTCTGAAGATGAACGAAGGTCTTACGGGTTTGGAACGACATGAGGGTGAGTACTTAATGACAGAAACTTCATTTTTGGGTGAACTAAGCCATGACTGGCTTTTTGTGCATAGTAGAAAGTTGCAAATTGAGATGCAGCCCACGGTTTCCTGCAGAGTTCATATCCTGAGCTCATTACTGAATGTGAGTTTCAGCCGTTTTGACCTAGGGCAAGTTTTTAAGTCTACCTCCGCACTGCTACTGTAGAAGACACACAGTTGCACACGTTCATGCATACCGTGGGTCAGCTGAGTGCAGGTTTGATCTAGACCTTGACTCCCTTTACTTTCTCCTGCGGCTAGCTGAGCAAAGGTCACACCTGTGTGAACTGAAGCAAAGAATCTTCTCAAACTCTGGCTGTGCTCTGTGTAGATAAAGCTCTCCCACTCGCTATTATTTCATTTGGCCTCTGAGATGACTTCTTCCCATTCACTCGAATCAGCTTCTAGCAGGCAATCAACGTTCCAGTGCTATCGTTTTTCTGAATCGGCTAAGCCTTCAAGGTAAACGCGCAATCAATGATAAGAAGCTCATTCACTTTCTCCAGTGAAGCCCCCTCACACATTTTACTGATAGGCTCTGAGTGAGCTCTGATGAATTGAGGCTATTTTTAGCCAGATGCCAAGTTGAAGTCTGTTAAATAGCATTGTGTTGTCATCAAGGGAATTGCAAAGAATTTAACTATTGCAGTTCTGCTACCTGTTAACGATTCTGTTTCCTTATGGTTCCACTACTGATTATTTTAGTACTGTTGTGAGAGAAATTTGGAAAGAAATGCACTTACATCTTCACATAGAGATGGCATAAATGCAATCCAAAAACAAACAAAAATGTGGTGACATTTCATTTTATTTAATATAATAATGTAGAGAAGTTGTTGTATGAACAACCATTTTATATCTTGCAAGCCTTAAAGTCACTATGAAATCAAAATTGACAATTATTTTATTTATATGGATTATTACAGTATTTATTATAAATGATTTATCCCTGCACATCATTATTTTTTTTATTCATGTGTTTGGTACAATAAAAGAAGCTGTTCTGAAGAGTCATTTAAGGTATCGTACAATGGTATGTGTTTGATTTACTAAAATAATCCGACATAAGATTCATTTGCATGGGAATCGGATTAAACTGATAGAATTATAATGTTTTGATTTACAAAAAAGGACTCAAAGTCAAACTTTTGGAATAGGACTAAAAAGAACCGACTAATAAGAGTCATTGGTTTGAGAATCTGATTGCTCTGGTCACACTGTTTTGATTCAATAAAATGAACCGGCTCATAAGGCACAATCGCTCAGCAATTGGACTAAACTTCTGTATGATTTTAATTTACTAAAAAATAACCAACTCAAAAGAATCATACATCCAGGAATCATTTGTTCAGTAATTGGACTCCACTTGTTGTGCTGTGCAGTTTTGATTTACTAAAATGAACCGGCTAATATGAGTAATTCAGATGTCAATCGGAGTCACATGTAAATCGTTGTGAAGAAAACATGAGTCAGAATGAGGCTGCGTTGTAAAGCTTAAAAATGCTGCCTTCGGAGTATGCATTCCAAGGTCAAGTCAAGTCATCTTCATTTGTATAGCGCTTTTTACAAATTTTATTATTATTAGATTATTTTGGCTTTACAGCAGCTCTAGGAAAAAGTTATTATCGAGCTAAAGTAGGTTTTTGATTGAATCACTTCCAGTGTAAAAATCATTAATTATTAATTCAGGGGCCACTTAAATGACACCTTTTTAACTGAAAACAGAAGACTTTTAATGTGTTATTGCCGTTCATTTGTTTAGTCTATAGGTTTGCGCGTTTGAATGTGTATGTGCGCAGACACTTAGTCTTTTTAAAAAAAGTTACATTGGCAAATTACTTGTCTGGCCTGCATAATACAGAATTACTAGTTGTTTCTGCGGATCCATGCGAAATCATTTTGATAACGTTTTATTTATACATAGGGAAAGGAAAGGGAAGGGCCTTCACAGGGGATAGTTTAGTTGACACTTCAGAGCTGCGTTGTCGTCGTGTCTAGGTGCAGGTCCTTCATCTCATCTGGATATGGCCTGGATCTGGCAGACTACGGTAAACCTCTGGATAAACAGAGAGAGACTAATATTAGCGTAGACGCCGTTCTTCTTATGATGTAGCAAGTACATCAGGTGTTATGGGAAGTTTTCCCGGTTCTGGCTGACCTAATTTAGGTATGAAGGTATGAAGGCATCAAGGCACGTCCGAATCCAATGTTAGCTTCACTTCCTGTCTCCTGAGATACCTTCATCTGATCGATTTTTAAAGGCAGCATAGATGTATCCTTCACTTCGTTCCATTTTGTGACAGTTGAGCTAAAAAATAAAGATGGTGTCTGGTGTGTGTAAATGTTTTTGACCAACATTTTCCACTTTTGATGTAATTTCTAGCGAGAAATTACTATTGTAGTTATTAAATATTCACTTAGTTATCACCAAAGATCACACTGTTTTGTTGTATATCAATAAACCGTTATGCTGCCTCAGAAGTCTGTCAGAAATCAGTTTCATGAGTTACCTTCATGCACAAATGCTGTCAGTTGCCTAAGCTTTTGGACGCAGCCTGTGTTTGCGCAGCAATCTGTCAGCATTAGTGAAAAAATTTGAATAACTGACGGTAAATGGGTTCAGGTGTTTCTAAAAAATGTAACCGGTTCTGAATGAAAAGTTGTCTATTCCCAACCAAAGATGTTACTGAGGTAAACCTTTCTCACTGCAGTTAGATGCATCTTATGAGTGTACTTGCCATTTGTGTGCACACCTCCAGTGCCTTGGAGTTCTCAAAGACCTTACCTTGTTTGACTGACCTATGTCTTGAACTCATTTTGTTTGATAATGTTCCAAGCTGAAAAATAGTGAAAAACTCTTTAGAAGAAGCCTGCTGGAGTTACATGAGACATAGTTAGGAATGCTAATGAGGTGATTAGCCCCTAATATGTGATTGGAAGAGGCGTCCAGCAGTTCCACACTACAGGAGACCCCATTAATTTGAGGAGACAGTTGATTAGTCTGCATATTTTATATTTTTTATATTAAAAAAAAAATGCCTTTGTTGATTTAATCCCAAGTTAATGGCTTCAGTCTATTCATAAAACATTTTTATGCCAGGGAAGTTTCAGCACATAATGAACAAGGGCATTGCCATAATAATTACCATGTTCTGGAACTCCAGAAAGCATATATTGCTTATGACCATTCACATTTAGCTGATGTCATTTTATAAGCAGAAGTCCATGGTGTAATGGCCTGCCGAAGATACTGTTATACTTTCTGCAAGACTAAGTCCCTTTTTTATATATAAATTGCATCTTATCATTGGATCGTTAAAGATTATTTTTGCTTTCCTCAGGTGTTTTGAGGCAGAGCGTAATGAGACTGACCAGAGAGGAGCAGCAGGTGAATGTTTCATTGCTATTGTAGGCTCTGCTTAAATGAAGATCCATTGCTTCCACAAGTGAATATGAGGTTAAAGAAAAGTGCCTCTGTGGGCAATTCTCAATGCCGCTGTGATCCGTCTCCACTCTCATACGGGTGTGTTTGTGCGCGTCCCTCGGGGTGTCGAGTCATGCTATTATCAACTCTTTATTTCTTTAATGAATTTTCACCTCTCTTCTCAGCATCCAGCTAGCCACAATAGAGGAGCATCACCCCATGTCTGAGGTGCCCAGAATTCCATTTGCTGGTGACACACAATTCAGCTGTTGGCGAATGGTTGTTTTATTTCTGGGAAAGGTCTGCACAAGATTTTGTATCCACTGACATTGCAGTGGAAAGCAAGGTAATTTGTTTTGTATCACCTGTGTGGAGGTGATTCTCTATTTGAGAAGTGATTCTGGAAAGGGTTGTGTGGTTATCAAAGCTGGTAATCAAAAGGGTTGTTGGTTCAAACTAGGTACACCATTCAAAAGTTTCGTGTCAGTATGAAAAAGATTTTAAAGAAAAGAAATGAATACTTTTATTCAGCAAGGATTCTTTAAATTGATCAAAAGTGACAGTAAAGACATTTATAATGTTTTATAAGATTCCTAATGCAAATAAATGCAGTTATTTCAAATGTTCTATTCATCAAAGAATCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTATCCCAGTTTCCACAAAATATTATGCAGCACAACTGTTTTCAACATTGATAATAATCAGAAATGTTTCTTGAGCACCAAATCAGCATATTAGAATGATTTCTGAAGGATCATGTGACACTGAAGACTGGAGTAATGATGCTAAAAATTCAGCTTTGCATCACAGGAATAAATTACGTTTTAAAATATATTCAAATGGAAAAAAAAGTTATTTTAAATTGTAATAATATTTCACAACATTACTGTTTTTACTGTATTTTTAATCAAAAAATGTGGCCTTGGTGAGCATAAGAAACTTCTTTCAAAAACTATTACTTAAAATAAATTAATATTCAAAAATATTACCAACCCCAAACTTTTGACTTAATATCATTTTAATTCATTTATTTTTATTCTGTTATTTATTATTGATCAGTCCTAATTGAGGTAATTTAAGAATTCCTTTGTTTAAAAAGCGTTCTTGTGTTCCAACAGCTGGACACATTTTTGACTTTTTACTTAAGTTTACTTTTATTGTCATAAAAAGGCAATGCTTGCTCAGGAAACAGCAAGACATGAGCAGCGGCCAATGACCTTTATCTGAATGTTTTAAATAGCTGTTAGCACACTATTTAAAGCAAAATATCAATCTAAAAAATAAACATAAAAGTCTAAAAAGATGTGTTGACCTGCTAATTGACTAGTTGGCTGTCATCCCATTGTGCCCTTTAAACCAAACGCACACTAAAAAGA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU174210 True 7635 lncRNA 0.36 2 3142987 3184240

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000029_02976262_03013586 MAN1A1 coding upstream 129074 2976107 ~ 3013913 (+)
CI01000029_02956475_02956765 NA coding upstream 186099 2955888 ~ 2970825 (+)
CI01000029_02904113_02950205 NA coding upstream 191664 2903780 ~ 2951323 (+)
CI01000029_02860076_02868432 NA coding upstream 274050 2858909 ~ 2868937 (+)
CI01000029_02772065_02813214 TBC1D32 coding upstream 328496 2772065 ~ 2814491 (+)
CI01000029_03266557_03286137 NA coding downstream 82243 3266483 ~ 3286145 (+)
CI01000029_03291762_03308373 NA coding downstream 107522 3291762 ~ 3308793 (+)
CI01000029_03324084_03378615 CEP85L coding downstream 139844 3324084 ~ 3378615 (+)
CI01000029_03499444_03499713 NA coding downstream 314953 3499193 ~ 3500186 (+)
CI01000029_03511828_03527110 GOPC coding downstream 327588 3511828 ~ 3528842 (+)
G152522 NA non-coding upstream 90257 3052495 ~ 3052730 (+)
G152465 NA non-coding upstream 150834 2901660 ~ 2992153 (+)
G152446 NA non-coding upstream 406936 2735816 ~ 2736051 (+)
G152433 NA non-coding upstream 518240 2624445 ~ 2624747 (+)
G153423 NA non-coding downstream 7353 3191593 ~ 3201635 (+)
G153430 NA non-coding downstream 212605 3396845 ~ 3490373 (+)
G153449 NA non-coding downstream 270070 3454310 ~ 3456618 (+)
G153461 NA non-coding downstream 299704 3483944 ~ 3484379 (+)
G153466 NA non-coding downstream 312051 3496291 ~ 3496522 (+)
G152451 NA other upstream 380048 2761594 ~ 2762939 (+)
CI01000029_01526863_01527414 NA other upstream 1615088 1526754 ~ 1527899 (+)
G151495 NA other upstream 2771065 366541 ~ 371922 (+)
G151415 NA other upstream 2917742 170521 ~ 225245 (+)
G153475 NA other downstream 360885 3545125 ~ 3562004 (+)
G153790 NA other downstream 1549349 4733589 ~ 4740107 (+)
G154587 NA other downstream 2086780 5271020 ~ 5271535 (+)
CI01000029_05461497_05468985 BATF other downstream 2273001 5461497 ~ 5470346 (+)
G155079 NA other downstream 3098445 6282685 ~ 6288398 (+)

Expression


Co-expression Network