LOC113535805


Basic Information

Item Value
gene id LOC113535805
gene name NA
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047620.1
NCBI id CM018566.1
chromosome length 19313417
location 2357669 ~ 2378000 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026929324.2
GTTGTGTGAGTGCGGTTTTAGCAGCGCAGCtaacagaagaaaaacaaaaaaaaataacgcGGAGAGTTAGGACATGAGGACATGACGAAGAGAAATAAACTCATATTCACTCCCAGGACAGAGTTACACCGAGGATTCATTCTCAACATGTGAATTTATGGAGATAGGGACGGGGAAAGATGAAGGCGCTTCgtcatgttcagtgtttttggTGGTTCCTGGCGGTTGGCTGTCATCCAGACGATTCGCGCGCGCACGCAGAAATCCTCTACATCTAATCAAACTGGACACCTGGCTGTGAGGTTTCATTCATCAGCTCAAGAGCAGACAGCATATAAAGGCTTTGATAACAAGCTCAGCACCCTGTCAGATCTGGATCAGCACTACTACACCCTGTGCATGTTCTACGAGAACTGTGAGGTGTTGATGGGAAATTTGGAGATCACTAACACTGAGCACAACTGCAACCTTGACTTCCTCAAGATTAGTCACTTAAACCCTTAACTTACCCTCAGCCTCAAACTCAGCTTCAGCTTCCTTGAGCTGAGTCACACCAAAATTAACCTTTAACCTTAATTCTAAATCATAAACTTAAACTTAACCTACGTAACATCTTATGGCTAAGTAACACCAATGTTAATGCCAACATTAAGTCCCAACAACAAATATTCTTCAGGGTAAATCATATGAAACTTACCTTTGTACCCTAAACCTTAAACCCAATACCCTGCTTTATCTAAACTCAGAATCATTCCCAAATTCTTCCCTGGGCTCAATAaagtacatccatccatccatccactcgtCTAAATGACCACAACTTCCTAAAGACCATCACAACAAAATCTTTAGTCCTAAACCATAACCCTTAATAGCTACAAACTGATGGTAGGTGAATCATAAGTCTAAACTTCTCAACCTAGTCCTACACATTTAGTTAACTTAATGTTCAGTCACACTGTCACTACTTTTCCACCAGTTAAGGCTCAATTTATGCAGCTGTATTCTTTAGATGTGACAAAACCATCTGCATTCAGTATTTTACTAGCAAACTGACCTTGCCTTTATTAACTCATGGAGGAGACTTTACACTTAAACTTGTCAGGAGCTGGAATAACAGAAAATTGTGATCTGTCTGAGAGTTTCTGAGGCCTGGATTGAGAACCTCTGCTAtggtttatgtttatgtgaTGTTAGAGCTAGATAGTCATAAGGCACTGTTATCATCTTCATAATTTGTTGTATCATTGTCGTGTTAAGGCTGTCAGTAAGGATTCTCAACATTTGGGCATCTGGAGGCTTGATAAGGGCTATCAGTAGATATGAAaaggggaagaagaagaagaaactgtttttcttttttcatggtTAATCTCTTGGGCCTTTGCTGTTTCTATGATTCACTCTGTGATTATGTGGAACAGATGTTCACCTACATTTCAGATTCTCAAGATAAAAACACAATGGGaagtttgtgtatttgtaatGTAGCTTTATTCTCCAGGGACTTTccctaacacacctgattgaGCAAAGAACATCTGctatatcttttttttaccaGGTCATTTCAGCATGAACACTATCATCATTGCCATTAAATTACAGCTATTACAAGCTTTAATGGTGGTTTAATTCTTTCAGGGCTATTTCCATTTTCTATACTGAATGCAAGCTTGATTAAATCTACTCTGAGTGTATGAGAACAGAGACTGTGAGTTCTTTCAGATTGTCTTCACACTGTAAGTGCTCAGTAAACACCACCATAAAGTTAagcaaacttttaaaaaaaatgttagaatgCATACATGCCAACATACCTTCCTCTAGAATCTTTACAGGGTGTCACAAATGtttccatacacaggggaaattaatactttttagcaaaatgtcttccaaaaaagtttttcatacttagtttatattatgtttttttcagatagcctttaagaatgcctttgacaaaagaagaacgtttTGAAAtaattctcatggctggatcaggaagctgtcgcaaaattatgatggactttaacagaaAACATGACACGCACATCAAGCACAACACTTGCGAAACTTATTAATGAATTCGAAAAGACTGGACAATTTCcactgaaaggaaattgtaGGGAATTGCCACAACTTTGTGGCAGTAGTTTGTGAAATATGTGGTgtgttgtgatggtcaggtgtccacaaacttttggccatatagtatatatatttttctttcagagCATCCAGCATTTTTCCTTCTGAAAATTCCTGAAGGAATTGACATGTtgctctgttttcactttggttaacgaTTTCCTTACGTTGCCCATGATGCAACTTAGCACAGCTGTGTCATATAGCCGCAATTCATTCTGGAACTTTTTAAAgcatttgctgtctccactacttctgtGTTAGATTTATCATTAAAACATTGAATGCACTGGAAAAAGGTGAGTAACAAAATAAgcttttgctctttt
>XM_034299894.1
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>XR_003403636.2
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016310 phosphorylation biological_process
GO:0000166 nucleotide binding molecular_function
GO:0004713 protein tyrosine kinase activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026929324.2 False 2483 mRNA 0.38 3 2357669 2377978
XM_034299894.1 True 2561 mRNA 0.38 4 2357669 2377980
XR_003403636.2 False 2435 misc_RNA 0.38 2 2357669 2378000

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113535762 LOC108258868,LOC108258869 coding upstream 18529 2332872 ~ 2339140 (+)
LOC113535765 LOC108258402 coding upstream 227776 2036489 ~ 2129893 (+)
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gtf3c3 gtf3c3 coding upstream 505507 1839736 ~ 1852162 (+)
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LOC117596191 LOC108258868,LOC108258869 coding downstream 53258 2431258 ~ 2435742 (+)
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G369471 NA non-coding upstream 502694 1854746 ~ 1854975 (+)
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G369892 NA non-coding downstream 134218 2512218 ~ 2512442 (+)
G369969 NA non-coding downstream 369362 2747362 ~ 2750073 (+)
LOC113535706 NA non-coding downstream 374800 2752800 ~ 2757126 (+)
G370010 LOC108258553,LOC108257886,LOC108258555,LOC108258559,LOC108258552,LOC108258557,LOC108258561,LOC108257788 non-coding downstream 425525 2803525 ~ 2827486 (+)
G370092 NA non-coding downstream 763713 3141713 ~ 3173089 (+)
hecw2b hecw2,LOC108258347,LOC107676038,LOC107674007,LOC107556280,LOC107566886 other upstream 463840 1853186 ~ 1893829 (+)
prkag3a prkag3a,LOC108258362,LOC103034078,LOC107673997,LOC108437121,LOC107750059,LOC107676055 other upstream 549331 1797604 ~ 1808338 (+)
abcb6a abcb6,abcb6a,LOC108258352 other upstream 574229 1769149 ~ 1783440 (+)
radil radil,LOC107725399 other upstream 943925 1387799 ~ 1413744 (+)
LOC113535824 NA other upstream 986254 1371326 ~ 1371415 (+)
spry2 LOC108259026 other downstream 2029472 4407472 ~ 4414899 (+)
LOC113535386 LOC108258920 other downstream 2140121 4518121 ~ 4528516 (+)
mpc2a LOC108258922,LOC107564279,LOC107692629,LOC107665976,LOC108439361 other downstream 2158432 4536432 ~ 4549766 (+)
dmd LOC108258700,LOC107095375,LOC108439357 other downstream 2275715 4653715 ~ 4913847 (+)
LOC113537319 LOC108258902 other downstream 3182082 5560082 ~ 5569295 (+)

Expression


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