RNA id: TU323803



Basic Information


Item Value
RNA id TU323803
length 11754
lncRNA type sense_over
GC content 0.39
exon number 3
gene id G285694
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000072
NCBI id null
chromosome length 5473029
location 1584297 ~ 1740592 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


AGCTGGAGCGCATCATCTGTCCATTCCGCCACTCGACTCTCGAGCCACTCACTCACCGCGCTCGATATGTGAAGGTGTAACGCTCATGTATGTGATTTGTCTGTGTCCCGAAACCCGAAATATCTGGACGAAATGCTTTCAAAAAGGTGGATTGTTGGAGATTTTGTATGGAGGCAGCGGGACACCTCCCCATAGTTCGGCTTAGAGTGTCTCTGAAGAGTGCACGAGAGACCGTCACCAGAGTTGCCGCGGCTCGGATTGAGGACCATCTGCTGAATTTACTCAACAGTCTGTGTTTTAGAGGGATAACCGAATTTCAAACGTGTCAGTATCTTGCAATAAGAGCTTTTAGAGCATTTTGGATAATATACTACAATACTGCTTGTTACGTGAGGGTCGCTGAGAGCTGAACTACACCACCAGGTGCCCCTGCTTAATCTATTCACTGGATAACAACAATTAATACTGCAGAATGTGTTCCTCTCCTTTTGGACTGCTCTCAGTTGCATCTTGTGAAATATTTGCTCGGGACCACACAGGATGAGATGGACATCAGCACTGCAATAAATTAGCCTAATTGAAATTCAGTGAGAAGTCCCCTCTGAGCTATAGGAGTACATACATTTATGTATTCTGATTAAATCAGACAGCGTTTGATAGATCGCTTGGCATCTTACTGACAGTGTGACGTCTGGAATACAAGAATAAATGAACCTGAGTGGACAGACAGAGAATTAACAATATCCAACATGTTTAAACGGGGTAAGTGCCATTTAAAACTTTTATCCCTGCTGTTTTTAAATAGACAGAAGTTGAATTTAGATTTTGAGAATAGCCTATTTATACTTGAATATTGTTTTTTGTTTTTTCTAAATAAAGATGAGAATGTATAGGTTGTGTGGAATCACTCCATGCTAGGTGGATATTTGTAATTAATACATTTATTTTTTATTTTATTTTATTTTTTTTTAAATATGTTCCTATTTGAGCTGTTCTTCATGTCATAAAGGGTTTTTATTATAGATAAAGACGCTTGTTGCAGTATTTGCAAAAACTATAAAGTCTTATTTTTTTTTTTATAAATGTAATGATTTTTTTATATACATACAAATAAGGATGCTTGTTGCAGTATATAAGGTTTTGAAAGTTTATGTAAAAGGCTGTTAAGTACAGATCTCATCCATGATCATCTTTCCAGAATCATGCATGTCTGCCCCCGGGTAAGCTCAGCGTAAAGCAGATGTGTTTAAAATATTCATCATCATATCATGAAATATTTTCTTAAGATGCTAGTGGTGGGTGCCGCACTGCAGTTTATGGCCGGTTTTTCATCTGAAAGCATTGTGCTGTCTGCCTAGCTCCAATATATTTCTCTTGGTGGGTTAAACAGGTTTGGCTCCGACAGTCTGTCACAATTATTTATGGACATTGTTTATGATCAAATGATGAAGTGTAAGGAGTCAATAGTAAGTCTATAGTTTAACTGGTTAGTGATGGAGCTGTCAGTGGGAGACAGTTGAATGACCTGCAGATCATTGCAAAGACTTGTTTTCACTAGATCTGTGATTGTCAGTCCTGGTCCGGGAGTATCCCAGCAGTGATCCTTATTTAACGCACCTGATGTATATCGTCGGCTCTTTAGTAGAGGCTCCAAGAGCTGAACAGGGTGTGTCAGATAAAGGAGACATCTAAAATGTGCAGTGCCAGGATCAGAATTGACAACCCCTGCACTAGATCAAATCATATGCGATTAAACAGATCATAAATCTTACTGTTTAAAGATTACTATGACATTTCACTTGCCCCATTTCAATTTCCCCCACTTTTAATCATCTCTAGATCTTTTGCATGGCACTATCACAAGCTCTGAGGTTGCTGACTGCTATAACTGTGTATAGCGAGTCAGTTAGGAAAACCAAATTTCCTTGGAGGAGGCCCAAAGCTTAACACAGAGACAATTGTTATTTCAATAGACTTGACGTAGGAACAAAACACATCTATCAAGCCTCTCACCGGCACGCTAAAGACCCCTTATGAATGCCTGTGAGGAGCCTGTGGTGCAGATATGAGAACAGTGGTTGGTTTTTGAACTGATTTGGATCTGATTTTCATTTACCTCGAAGTAAACCGCTACCTCTAGTGTAGGTTTGCAGCATCTTTTTGGAGACATTTGGTCCCGCATATTTTGGAACACACTGTAATCATTCTTTTTACCAACTCATTGAGAAGTCTCATTGTTTTATGGCTGTATCTAAATGAAAAGTCATTGTGAATATTATCAACCTCAAACTTTCGAACACACACACACGTTGAGTGTACCATGTTTAATGGGGACTTTCCATGGACATAATGACTTTTATACTGTACAAACTGTATCCCCTAACCTTACCCCTAAACACAACCATCACAGAAACCTTTTTACATTTTCAAAAAATATCATTCTGTATGATATATAAGCTGTTTTTCTCATGTGGACCAAAAATGTCCCCACAAGATGACCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTACATCTCACCCATGTGTTACTACGCTCCTCAATATCACCAATAAATAAGACCTGTAAATTGGCTTCAACAAAATGGATACCACTGGCAACAATGATCAACAGCATCACAAATGATAAGGTCATCCAGTTGAGTGACTGTGTTGGGTTTTATTATTTGTGTGGTGCAGATTTTTTGTAATTATGAAGAAAATTTGTTTTTATAAGTCAGATGAGTTGCTTTTAGGCTAATGAGGTTTCTTTGCTCTGTTGGGTATTAATTGGTCTTTCACTTCAGAGTGCATTAGAAATTACAGAAAAATTCTGCAGTAGTTTTCTGTTGTGTCTATGGCGCATAAACAGAAAACAGTGAGAAAATAGTGAATTTATTGGACGCTTTGCACTGGTGTGACATTTTCCAGAAACGTCCGGCCTAACTGGTTGTGTGGCAGTGCCCTGTGTGCCACTCTCAGCAGGGCTGTGCTGTTTCTTCTAGCAAGAGGTCCAATTTTCTGACATTTTTTCCTCAATTTCCTCCCAAACCAACTTAAACTCACACAGGCATGTTTTGGTCTCGGTTGGTTAAATATAAAGTGCAGCCACACTTATCCTGCCCATCTCTTAGCCCGCCTCCTATTTTCTGTCTTTCTGTTTCTCTCTATCTTCTGCTTGCACTTTTTCTGACAGTTATTTAAATTGAAACATGTATATATGATGCTACATGGTACTGTATATTCAGATTTCTGAAGCTTATCTGAAGGCAGTGCTTCAGACTATAATTGGTTTGTTGTGCTGAGTTGTCAGTATAGAGAATGGCCTCATTTTAAAATTCAGCCTTGAAACATTGTCAGGCTCAGAAATCCAGCCTGATCTACATCTGGTGACAAATATATTCTGTGCTCGAGTTGATCCAGTTCGTTTCTACGTTGTGCACAAAACAAAAAGGCATAACCCACACCTGCAAGCAAACCAAGGAGATTTTCCCTGCAAAAAAATGAGAGAAATAACTCTTTTGTGGATTAGCTATGATTATGCAGCTGTGAGTGGAGAAAGTTGGTATTCAGACGTGATCCTAGACAATGTTGTTATGGGCAGATGGATGGGAGAGGGAAGCGGCAGTTGGTAAGCAAAAGAGGGAACACCTGTGGCCTGACACCACTCTCCTGCACAGCTGCTCATATTCTCCATTTCTGAGACCTTCACTCATCACCACAAACACCCCCAGACTGAAATACAGAGTAACTAGAGACAACCTTTACAGCCTGCACCTGCTCAGCTGTTATTTGGGCTTCCCCTTATTATTTGTAATTTCCAGCACCAACGAAACCGCAAACATAATGACTGTTTTCAAACAGGTTTCTGAAAGACTTTGTTCTACCAAAAAGGTAGTCCTGTCCAAAAACGCACTCCATTGGTTGAGCCAGAAGTTGATATGTCGGACAGCTCAAAGAGCCACAGAGCCAAAGTGTTTATGATGGCTTACTTATAGTAACTGTAATATACATTAACAATAAAAATGACACACTTCACATTTAACGCTTAAATGTTTACCACAATCAATCTTCAGCATCATTTTCTCATTTTCACAACAGTGTCATTCAATATTAAAAGAGTGATAGCAGTACATTTTCTTTTGACATAATCAATGTTATAGAGTGCAACAGTTGGGTTCTTGAAGTTAAAATCCCATTCATTTTCTCCACAGGGAAATTGATTTTTAACTATAACTTATGAACCTTTACTGACAGACCTACTGTGATCTACAAGGTTGTTAATCGATGGTATGTGCTTTTGTTGAAGCCATTAGACTGCATTATTTCAACTTATTTAATAAAAAATCTCCACCAATCAGAGAATCGCAGCAAGAACACTCTAGCGTCCACCCACCCACCATAAAGCACTGCGAATATGTTCCCTACATTCTCAAACTATTTAAGTATTTGTATGCATAATATGCATATTTTGCGATAAATGTAAAATATATTTTTTTATATATGTAATCAACATCTTTAAATCAATAGTTTCATATTTCTCAATAGTTTCATATTTTGTCATTCGCAAAGCTTCATGGGATTGTAGTTTTTTCCCTCATTAAAGCTGTTAAAGGGATGGTTGATTATGATTTCACTTTTTTAACTTTAGTTAGTGTGTAATGTTGCTTTTTGAGCATCTGGAGAGTTACAACGCTCAAAGTTCAATGCAAAGGGAGATATTTTCTTTTAAAGAAATCGCTGTTTAAGGACTACAACAAACGGCTGGTAGGGACTACAACGAGCTTCTTCCCAGGTTAGTGACATCACTAACCCTAAAATTTACATAAACCCTGCCCTTGAGAACATGCAACAAAGGGGGTGAGGCCATGTTGGGCTGCTTTAGAGAAGAGGAAGAGTTGTTGTAGTAGAGTGTTGTTGCCATGTTGTCATTTTACTCCGGACTGCTTCACAAACGAGGGTCAATTCAATGCTGGATTTGCACAAAAGATTAACATGACGGCAC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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU323612 lncRNA downstream 146494 1413878 ~ 1437803 (-) True G285521
TU323598 lncRNA downstream 171429 1411299 ~ 1412868 (-) True G285507
TU323605 lncRNA downstream 178093 1402207 ~ 1406204 (-) True G285514
TU323596 lncRNA downstream 178244 1398128 ~ 1406053 (-) True G285506
TU323622 lncRNA downstream 218088 1361073 ~ 1366209 (-) True G285531
TU323796 lncRNA upstream 108474 1813397 ~ 1827905 (-) True G285692
TU323944 lncRNA upstream 128294 1833217 ~ 1833463 (-) True G285818
TU323947 lncRNA upstream 130725 1835648 ~ 1845255 (-) True G285821
TU323972 lncRNA upstream 159423 1864346 ~ 1864624 (-) True G285845
TU323973 lncRNA upstream 172015 1876938 ~ 1877182 (-) True G285846
CI01000072_01508008_01512181.mRNA mRNA downstream 72116 1507658 ~ 1512181 (-) True CI01000072_01508008_01512181
CI01000072_01379641_01387648.mRNA mRNA downstream 196649 1378344 ~ 1387648 (-) True CI01000072_01379641_01387648
CI01000072_01367142_01373874.mRNA mRNA downstream 210423 1366405 ~ 1373874 (-) True CI01000072_01367142_01373874
CI01000072_01266686_01269274.mRNA mRNA downstream 314015 1265981 ~ 1270282 (-) False CI01000072_01266686_01269274
CI01000072_01134551_01143259.mRNA mRNA downstream 441038 1134551 ~ 1143259 (-) True CI01000072_01134551_01143259
CI01000072_01792476_01805286.mRNA mRNA upstream 87150 1792073 ~ 1805712 (-) True CI01000072_01792476_01805286
CI01000072_01816759_01818078.mRNA mRNA upstream 111801 1816724 ~ 1818345 (-) True CI01000072_01816759_01818078
CI01000072_01826415_01834432.mRNA mRNA upstream 121402 1826325 ~ 1834447 (-) True CI01000072_01826415_01834432
CI01000072_01854562_01862622.mRNA mRNA upstream 149411 1854334 ~ 1862688 (-) True CI01000072_01854562_01862622
CI01000072_01901888_01919435.mRNA mRNA upstream 196001 1900924 ~ 1919473 (-) False CI01000072_01901888_01919435
TU323625 other downstream 229365 1335507 ~ 1354932 (-) True G285534
TU322054 other downstream 1300018 283623 ~ 283764 (-) True G284127
TU323892 other upstream 300628 2005551 ~ 2008309 (-) True G285766
TU323875 other upstream 463125 2168048 ~ 2170658 (-) True G285752
TU324139 other upstream 1288846 2993769 ~ 2999495 (-) True G286005
TU324361 other upstream 2265347 3970270 ~ 3976002 (-) False G286205
TU324366 other upstream 2265347 3970270 ~ 3976067 (-) False G286205

Expression Profile