RNA id: TCONS_00019047


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00019047
length 5281
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_008760
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 42219583 ~ 42225721 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATCAATTTGAGTtggcacaacatgaaggaattaagtttttacaaatttaagtggattgaacataaaacaattaaattttcctcccaaaaaaagtcaagaattgtgttgttccagctcaatttaaataagtagtttgaacaaacagcaaagttTACTTTTGAGTGTGGATAAAAGTGGCAAATGCATAAATGTACCttgaaaggaatagttcacccaaatataaaCATTCCTAGGTGAGTGATGAGATGCTTACTCCACGAGACACAAGATTGTTTTCACGAAAACGAGATGAGATTTGTACACTTTCTAAAAAATCTGCaataaggaaaagaaaaaaaaaaaaaaatatatatatatatatatgcaaaatagTCTTTCAttcaactgaaaataaaatcacaaaatgcaaaacactttaggtgcttttttttataaacttgtaatgaatgttattttactgtaattaaggacatgcaaacactgcaaaatattttgctaatatacaaacagaaaatagACATGAGATCTCGTCACACCCCTAAAAATTACCCAATAATTTACTCATCCGCAATCCTATCCTTTATGCAATCTCATAGaaaaatttgtaactttttgatttagtgtctaattaatatttttatgaccactttcatacattttagtatgatttgctcatctcccaatgatggttgggtttgggggcaGGCCtgcttttaaaaatcgtacattttcgtacaaatgaaattgtacgaatttatacaaatttgccacttttctgacaaaacgtaaaatagatttgttttctcatgagatctaGCTGGTGTATATGACTTTACACTGTCAGACGAACACAGTCGGAGTACTTTTACACATTATCCTGGCTCCTCCATACTGTATAATGTTGTTGGGTAGTGGTCCTTTTTTGTAGCTTTCAAAAGCACATAAATTCATTGTAAAACTCAAATGTTACTAGGGCGTTAACACATTACTTATGAAGGGGATCGTTGTGCattgaaacaaaaatatttctaatttcTAATTCTAAACTCAGTCAATGACTTCCGATGTCTGCCGAatgcaaattaatttaaacatattttaggcTGACCTCATATGTACCTAATGTAAGACGCATGATGTAAAGCAATGGTCCTCAACCACTGGGCCGCGGACCTGTACCGAGCCACAGAATAAATCATTaatcatttctgttttatttattatctgagtctgaactatcttttattttgaaaaatgaccatattctcttgcttacatctcagtcacttgaACGCCCAAATTTAAACCACAAGCACCAAAATgagtctttggaaagtttctttgctaagggaaaAGGCCCAGCGAAGGATCTGCAAACTGCCAAGAAACAGAcccacaacccatttgtcaacaaatcaggtcgTACCCAAACGTGTGTACCCAAACACCATGTTTGTGCacaaagatcaactgctggagatcgcaaatgactatggccttttaggggccgttcACATGCCTTATATGTGGAGGAAATTAcacagcactgcagtgtttgggtgttcagtGTTCGTCTGAGATAAtaagtctaccgaaatgtgtacaTTCCATACAAATTataaagctgattggtcagttcttgctATGTGACTCATTGTATGCTTGCAGCGTTCATTCAACTGCGTGAGTCTGGAAGGCGCGAGTGCGTCAGGTCACCTCCATGAGCTAGccacgcacctccattggaaataacgaacttgcaagaactctagaaaaaaaattgtatcagagtgacagcaatgttttgtcagagAAACCAACCCCTGTCTGCGGTAAAAGGTAAAATTGTCAATCGTTAAGCGGTCCGCGGTGATAAAAAGATTGGGGTAAGATGCATTCATAGAGTTAGTTCTAAAAATAGAAACATCtcctttatttaatgtaatagaGTAACGGCAAGCCAGCTAGTTTTCTTGTTTGTTGTCGTCTTCTGtggtaaaaaatgctgggttccccCAGTTATGTTGTCCTAACAGaaaacaatcaagttaacctAAGCGTTTTTACAAATTCagatggattgaacataaagatattaagttgtccctaacaaaacgtaagaattgtgttgttttatgtggctagAAGGACATCCGCCGCATAAAACCTATATtagagtaattggcagttcattccactgttgcgactcctgataaatcagggactaggcagaaggatagtgagtgaATGTGGtgtttcatccattcattttccttcggcttagtctttttattctttaggagtcgccacagcggaatgaaccgccaacttatccaaaatatgttttacacaggggatgcccttccagctgtaacccaacccaaacacacactcatccacatacacacagtacggccaatttagtttatgtaATTCACCTATACGCATGTCTtcggattgtggggaaaaccggagcacccggaggaaacccacactaacacggggagaacatgcaaactccacacaaaaatgccggGACTcgaaggcaacagtgctaaccactgagccacccctgtgttgtttcaacttattttaaataagtagctaaACTAACTTTTGGATGAATTGTGTGGTGTTTCACCCAAGATGTGTCTATTTCCAAAAGTTGTCCAAAACATGCATTCGACAGTCACCTGAAGTTGGTGATTTATaactttataattaaaaaaaaataatacttttgtttcaaaaacacatcaaTGTGCTTAATAAGACATGCATTAACCACCTGCAGCTTTTAGAAACTTTAAATAAAGGGTAAATACCCACCACCATTATAGAGCAATGGAGAGCTAGGATGaagtttaaaactgctttaattgtgTTCGTCTGACAAGAAAGCCATACACACCGATGACTTGTGGGTGagtaaactgacatttaaattcattttttggggtgaactattcctttaagcagTGCAAATGTTATCAAATAATGCAAAGTAGATACATTTTCATTAGGTCTCCCATACTTTTGGACCTCGCTCTTTATAATGGCCCTACCACCAAAGTCTGAACGCCACTGCACTAGAAACCAAATATCAAACAGCAGCTGTGCTCAGATTCTGCACAGACTTTCAccaacatatttgtttttgcatGAAGTTTAACCAACTGTTGCTTCTGGTGATTGTTAGTGAATGTGTAAAGTCAGTTCTTCTCAAGCTCACACACAGGTGTCCCAGTAGAAGAACTACAGGTAGGGCAGTGGTCAAACACGAAGAGCTGCACAACACAGGACATTAAGTAGATGATCATGCGCACACTTCTATAGCCAGCTGTGCTAGTGGTTCTGGGTCAGTGTGGTCACATCAGGTTCTGTATCCCAAAATCTGGCGTGGCATTCAATGTGAGCGACATTTTGCAACCTGCAGACACTCCCAATAGTTGCAGACTTTGCACTCCTTGTAGAGAAACGTCAGCCTGTACTGGTAATTGTAATGCATTAAATACTTCTATACCTAATGTATGTTTACCATTGCAATCACTACCAGTGTATTTTCAAGTTTACTAGTTGAGTAAATACTGTGTGGATTCCAGATGTTTTTGTGGAACACTTCATctaaggttccattagttaacattatgtacactctaagaaatgctgggtcATTTAAACCcatgggtaaaatatggacaaagccaaacattgggttaaattattaatttaattaaaacaaaagtacCCTAGCTGTTggtttagtttatatttttacccagaattgggttgaaataacccagcattttagggtgtattagttaacatgaactaacgatgaaaaatatgttatttaaagTTAACCAAtacatggttaaaaaaaacaaaacaacactcttttaatattattattctgatAATATACTAACAATGAACAGATCAGCTTGACAATTATTATACTCTAAGTTGTTTTAactcaacattgggtcaaatatggacaaacctgcccatttggttcaaaagtgtcatttaaatttaagaaaaaaaAAGTAACCCAATGTTGGATTTCTCCATATTTGACACAATGGGGTTGTTTTAactcaacattgggtcaaatataaaGAAACCAGCCCATTGGGTTcgaaagtgtcatttaaattttagTGGAAGAAGTAACCCAATGTTGGATttctccatatttgacccaatgttcaGTTAaagcccagcatttttagagtgtaatatTGCCCGATGTGTgctaattcattaattaatgtaaacTAATATGACCTTGCTGTAGCTACTTAATAATTAGATATGTGAAATTAGTGAGATTGGaatgttaatgtttaaaatgtaaaaaaaaaaagactttccccacatttaaaaaatactatagtaaatagtgTGCacttgtttttgaaccatactctAGTGTGCTATTTAATTAATtggttgtggtgattttatagttgctacaTTTACACAACCACTAATGACCGAGTTCTGTTTTTTTTCTACACTTATAGAGGATATTATACTATAATACATCATCATTTACTGTGGCAAAAATTAAAGCATGCTGCAGTATTCGTTACTGTATCATTAACTAGTTACTGTAGCATTCATTGACAGAGTTGAAAATACTATAACAAATGCAGTGTATCAcaatttactatagtatggatcaaaaacactagtattaaCAACAGATAAATATAGGATTGTTTTCATATGGGATAGaccttttttacaaaaaaaatctagttAAATAATTTCACTCAAAATTGTTAAAACTGACTATTCTGACAGCAGATTAAAGTTACTGATAGTAACATGAAAATAAACTAGCTGTACTATGGTAACATTTTAACTcaagtaacaattcacactattaccTACTGGCTTAttgcctgcctattattaagatattggcagTTTATTGCTTCTTATAATGTAAGGTTTTATTCTACATCCCAAATAGCCTACCTAAACTACTA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00019045 lncRNA upstream 17317 42152798 ~ 42202266 (+) False XLOC_008759
TCONS_00019046 lncRNA upstream 33176 42152814 ~ 42186407 (+) True XLOC_008759
TCONS_00017410 lncRNA upstream 128474 42090770 ~ 42091109 (+) True XLOC_008758
TCONS_00019044 lncRNA upstream 472650 41722253 ~ 41746933 (+) True XLOC_008753
TCONS_00019043 lncRNA upstream 474545 41713770 ~ 41745038 (+) True XLOC_008752
TCONS_00019054 lncRNA downstream 4367 42230088 ~ 42231230 (+) True XLOC_008761
TCONS_00017413 lncRNA downstream 36980 42262701 ~ 42280759 (+) True XLOC_008763
TCONS_00017416 lncRNA downstream 59998 42285719 ~ 42287226 (+) False XLOC_008764
TCONS_00017417 lncRNA downstream 87150 42312871 ~ 42317340 (+) True XLOC_008764
TCONS_00019055 lncRNA downstream 369903 42595624 ~ 42597390 (+) True XLOC_008768
TCONS_00017407 mRNA upstream 274077 41932069 ~ 41945506 (+) False XLOC_008757
TCONS_00017409 mRNA upstream 276194 41932853 ~ 41943389 (+) False XLOC_008757
TCONS_00017408 mRNA upstream 276194 41932853 ~ 41943389 (+) True XLOC_008757
TCONS_00017405 mRNA upstream 288523 41919484 ~ 41931060 (+) False XLOC_008756
TCONS_00017406 mRNA upstream 289112 41919518 ~ 41930471 (+) True XLOC_008756
TCONS_00017412 mRNA downstream 9728 42235449 ~ 42255867 (+) False XLOC_008762
TCONS_00017411 mRNA downstream 9728 42235449 ~ 42255867 (+) True XLOC_008762
TCONS_00017415 mRNA downstream 59922 42285643 ~ 42347209 (+) False XLOC_008764
TCONS_00017419 mRNA downstream 171404 42397125 ~ 42551156 (+) False XLOC_008766
TCONS_00017421 mRNA downstream 205477 42431198 ~ 42551156 (+) False XLOC_008766
TCONS_00017383 other upstream 2899349 39320120 ~ 39320234 (+) True XLOC_008735
TCONS_00017353 other upstream 4622510 37589787 ~ 37597073 (+) True XLOC_008706
TCONS_00017349 other upstream 4638748 37580721 ~ 37580835 (+) True XLOC_008705
TCONS_00017310 other upstream 6946542 35272927 ~ 35273041 (+) True XLOC_008681
TCONS_00017290 other upstream 7646519 34568755 ~ 34573064 (+) False XLOC_008669
TCONS_00017414 other downstream 59922 42285643 ~ 42317342 (+) False XLOC_008764
TCONS_00017418 other downstream 88907 42314628 ~ 42314755 (+) True XLOC_008765
TCONS_00017438 other downstream 1603668 43829389 ~ 43829517 (+) True XLOC_008779
TCONS_00017459 other downstream 2635562 44861283 ~ 44861399 (+) True XLOC_008797
TCONS_00017469 other downstream 3388569 45614290 ~ 45614569 (+) True XLOC_008807

Expression Profile

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