RNA id: TU594301


Basic Information

Item Value
RNA id TU594301
length 7876
lncRNA type antisense_over
GC content 0.41
exon number 2
gene id G518144
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000360
NCBI id null
chromosome length 778440
location 301795 ~ 309690 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

TAAATTATCAGGAAATTTTAATTCTGAAGTGAACTAATCCTTTAATATTTTGAATCAATAGTTTTGTGTTTTTGTAACTTTTAACAGTTTTTTTTTTTTAAATATGTCTATAGTTTTTATTTTTTATTTCAGTTGCAGTTATTTTATTGCATCAAATTAAACTAAATGAAAATGATGATTTATTATTTAATTTCAGTTTAATTTCAAATGTTTAATCTAGTTTTAGTGGACTACACTAGCCCTGCGGTCTCTCTCTGTGCTGCACACGGGCAGAATGATGACTGAAGTTGTTGGTTATCCATTTAACTTTGACCTAGATGAGACTGTCGAGTCTTTTTTTGGACTCTCACGGGACGCGGCAGTGTCCGTTCTCTCTTAATATACAGCGCGAGAGGACGAGTGGAGACGAGCTGCTGCCAGAGAACATCATCGGCATCGCTTGCATTTAGGGACCGCTAATTGGCAGTTAATTAGCAGAATTGACTCAGTTGTTGGTTCCCAAGTGCCAGCCTCCGCCCGCTCCAGCTTCATTTGATCTGATATCTCTCACAGCGCCAGAGCACTGATCCGCTTTTAGCATACGAGTCTACATCTGGCCAATGTGCGGCTCACATTCAGGCCAAACCGTCACTCGAAGTCTCTGACGTCACGTTCACTCTCAGCTCTCGGAGAGGGAAACTCCTGCTGCTTACTGTCATATCTGAATGTGCTGGTCTGATGTTCTTCCTCAGTATTTCTGCCTTGTTTTCCAGTACAAATATCTACACATTCTTAAATCAAGATACATGTTCTTATGACATAAGACAAAAAGTCTTGAATGTATCAAAATTAAGTGCATTCATGCAGTAACAATTTACAATTGGTTAACATTAGTAAATGCATTATTAACGTTAACTATGAGAAATATATTTTTACAGGATTTAACTTTTGTCAGTTAATATAAACACAATTGTTCATTGTGTCTTCATCTTATTTCAGAGTGAATTAACTAATGTTAACGGATATAACTTTGGATCATACAAATGCTGAGATTAACATCAACTAAGATTCACTTAATCTTAATATCTTCATTTTGCATCTCCAGTAAATGTATTTTGATTTAAGAATGTTTCGATATTTGTGCTGCACTGTAAACCTGAATAAGTTGGGCTAACTCAAAACATTTGAGGTAATCAGTTACATAATTTTTTTGAGTTATGATGTTCCCAATTTTAAGTAAGCGGAACTATCAAGTTTTGAGTTTGTAGTACTCATGCATGTTAATTGCTTGAAGTACTGAGTTATCAAACTACATTTTGATAGCAATTAACATAAAAGATTTAGCTAATTAACTTTTTTTTATTTTGAGTTCTTGCAAATCAAATGTTATTTACTTCACTGTAAACCCTAATAAGTTGTCAGAACTCAAAAAAGTTGAATGATAATTTTTTAAGTTAAGAAATTCAAAGTTTAAGATTTTTATTTTGTTCTTGACTTGAAATATTTGTGTAAACTAATTTATACATTTAACTTAAAATTATCAGGTTATCTCAACGTAAATATTTTATAATAGAAATCCCAGCCCAGTTTCAGTTAAACTTAAGTTCATCTGAATGAAAAGAAATGAGTTCATACAACTCAAAACAATGAAAGAGTTCAGTTTATTTTAAATATGTCAGTACTGTGAACTCAAAAGAAAAAGAAAGTTCTAAATACTCATAACAGTTCATTTAACTGAACTAATTTGTGTAATTTAAGTTTGTCCTACTCAAACCAATTAAGTATTTTGAGCGTTAGGGTTTACAAACTAGACAAAAACACTGAGGAAATAATCTTGTGAAACAGTGTGCGAATGAAAGTGAGACGGTGCACTGGGGTGAAACGGTTTTATGTTCTGGGATGGTGCGTTTTGTTTCGAGGGAGAAACAAATGGAGAAAGATTGAAGAAAGAAAAGAAGGTGAATAAGTGGGTTAATTTATATGGTTTGCAGCAGCGGCACATCACATGCGGCCGTCTGACGCAGCGCTGTAGGATCGTGCTGCGCCTCGGGCCATCTGTGAGCGGAATAGCAATTTTATTACATTGTCATTAAAGCAATTTCACAGCAGTATTGTTTGTTAATGAGAAGTCGCAAACGAGGAGAGATGTCACGGGCAGGAGTAGCATCGAGCTTCTCTATCTGCTCTTTTTATATATCACTGAAAAATAAATGCGCACTCACCCTTCCCATCTGTCTCTGGGCTCTGGCTTGTAAAAGGGAAACCCACTTAAAGCTGAAATATAAAGTCTATACTGCCAAGGTTGTGTTTATGAGCTGCCGTTGGACTTTAGTGTTCACTGCTCTGCTAGTTGGACTTCATATACGGAGCACTAACGTTCAGCTGAATCCAGTGTGTCTCTGGTCTCAGACTAGCAGAAACCTGATTGTTTTGGTTGCGTTCGTTCGGGACTCTGCTGGTCCTGGCGAGGATGTATGGCTGAGAGCTTCCTGTGTTTCACTCTCAGACGGATCAGTTGGCTTTTTCCAGTTATTTATAGAGGCAGATCTGCTGCTCCTCACACAGAGGATGAGGGAAATACAGCCCACATTAGTGAAATAAAGCCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGGGGCGTCTTTCTGCTGACTCTGCAGATGAACATAGTGTGAGCTGGGAGGAAGTTAAGAGGAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACCCTGGAGAGAAGAACGACTGACAATCAGGATTTGAAGGAACGAGTTTATCAGTTTCAGGCTGAAGAGGTTGTGGGATTCTGGGGGCATTCGGAGGGCTTCACTCTTCATAAAATAGGGCGTGAAACTCTTCTGAAATTATTTTTGCTCTTGTTCAATGAATAGCCGGTAAAAATATCTGCTGGATCTTCAAAAAACACTGATCATCAGCCTCAGGAGGTCCAACTAAATATGTTTCATTTATTAATTGCTATATAAGGTTGCAATCTTTGCAACCAAAATTTGGGAGATGTCTAAATGCATTTGTAATAAAGTTGTTATTTTGATATTTTCTAGCAATAAACAAACAATAAAATAATTACATTTTAGATAGATAGATAGATAGATTCACTAATGGATGCAGATTTAGTCTAAATGAAGCTGTCACTCAGTATAGCACCAGCTTGTACTTTTTAATAAACCTGTATTTCCCATAAGAAAAATATTTGTTTAATATTTTTTTCTTACGCTAACATTGAAGACCCTTGAGCTTTGTGCCTTTATTGCTTTAAAAAAGTAACGAGACTTCGTCTTTCTCATACAGTCACAAACACAAGCCGTACCTGAGATCTGTTTTCCCAGGATTCAATTTATCGCCCATTCTCTGAGCTACACATGCCAGCAGCGCCATCATAAATTAATACCTCACGTTTGTTTATTGAAGCGTGTCGTGTCAGCGAGCGGAGATGTTCTGGATGAGCTACCAGCAGAAATGATGCCAAAACGCGACGCGCTCTGGACGAACTCCAAACTGTGTTCACACACACCAACGGTGAAATAAAAGCAGGCCCTTTAAATGTCTCTCTCAGTGGACACTCCAGCCCTCTCGTCTCTCATTATCAGTTTGCACACACCCGCCCGCGTGGTTCTTCACAGCGTGAGACGGGACTGAGGGGTGAGAGACCGAGAGGAGCAGCGAGAGAGAGAGGGTGTTGAACCGTGGGCCCCTTTAGGGTCTGAGAGAATGGGCTGATTTTGAGATTGAATGGGGTGACGGGGGTGTGCGAGGGTAATGACAGAGTCCTCGCAGGCGGCAGTAAGTGAAAGGAGGTTAATTGAGAGGTTTCACTGATGACGGGCAGATCTCGGGCGCAGGTGCCCTGCAGCGGCTCCTCGCCGTAACTTACACTCCACATTAACCAGCATTACCCTCAGACATGTGTACACGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTCGTCGTACGACACCAGGCCTCACGTCAAAGACAAAAATCAATTTTATAAGCAGGCAGTCCATCATATTTTATGTCCCTGTTCATGTTTTAAAAATTTTTTTTTTTTTTAAATAGTTTTGCTTTTGTAAAATAACATGCTTCTTTTGAGAGTTTGTTGTGCAATGATTGCACCAGACTGAGAAAAACTGGTGTAGGATTTACTTCGAAACAATTTTCACTCAGAAATTGCTTGTAAATTTCAGAGTTCAACTCTTAGTGAATCCAGGAACTGATCAAATGCTTAATATTTTTGAGTTTTATTTAAGTTTTGGGGTCAGTAAGATTAAAAATACAAAGTGGCAACATTTCCCTAGAGAGAGAAAGACTCGTGTCGGGTCAGAACGGTGGCGAGCGTCTGTGATCCCAGTGATAATCAAAAACAACTTGCAGAGCAAAGGTGCCTGAGCCGAGGAGGAAGACAGATGAGCCGAGGGAGGGTGAGAGAGAGAGAGACAGGATCCTCACACAGGTGTGTTGACGCCCGGGGCATCTTTGGCTCTGATTTGAGCCTGACTATCATGTCTTTAAGGACGCAGCGTCAGATGTCTGTGAGCTTTACCGGGGCCAAGACAAACCTGCCGCAGTTGTCAGAGCTTGCTGATGTAGCCAGTGAAGGTGTTTCTCGCGTGCGTCTCTCTCTCCTGCGGTAGACTGGCTGCTGTTGTGCCGCAGGACAGAGAGACGGAGAGACAGCAGAACAAAGTCTCGCTGTAAAAACCAGCAGCTGCTACTGCGGGATCAAAGGAGCAACAAGCGGCCCTTCCTGACCGGCCGACGCTCCAGGTGTTTGACGGACAGCTGACAGCCGGGGCCGACTCGGACCCTCCGGTGGGCCGCGCATATATGGGTGCAGCCCGCCTTCATACGCCACGATCACAGCCAGTCAGAACATTTTCTGATGCTTTTGTGGACCAATGAGATTCTGAGAAAGAAACACGGACGAAATAGCTTTATTGGTACGCTGCGGCTGGTCGGGACACTCCCAGCTGTTGTGTCTTTGATCAGGACACAGGCAGATATTTGAAAACACATCT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU594266 lncRNA upstream 98858 202513 ~ 202937 (+) True G518118
TU594253 lncRNA upstream 129647 171928 ~ 172148 (+) True G518105
TU594156 lncRNA upstream 188733 112694 ~ 113062 (+) True G518013
TU594131 lncRNA upstream 200895 64327 ~ 100900 (+) True G517989
TU594471 lncRNA downstream 369892 679582 ~ 679807 (+) True G518309
CI01000360_00276724_00299803.mRNA mRNA upstream 1927 276337 ~ 299868 (+) True CI01000360_00276724_00299803
CI01000360_00239322_00269102.mRNA mRNA upstream 32607 239126 ~ 269188 (+) True CI01000360_00239322_00269102
CI01000360_00045139_00056179.mRNA mRNA upstream 245449 45139 ~ 56346 (+) True CI01000360_00045139_00056179
CI01000360_00032742_00035125.mRNA mRNA upstream 266646 32742 ~ 35149 (+) True CI01000360_00032742_00035125
CI01000360_00313760_00316560.mRNA mRNA downstream 3581 313271 ~ 316840 (+) True CI01000360_00313760_00316560
CI01000360_00461890_00465387.mRNA mRNA downstream 152013 461703 ~ 465569 (+) True CI01000360_00461890_00465387
CI01000360_00577462_00621640.mRNA mRNA downstream 267772 577462 ~ 621645 (+) True CI01000360_00577462_00621640
CI01000360_00631283_00631570.mRNA mRNA downstream 320410 630100 ~ 631892 (+) True CI01000360_00631283_00631570
CI01000360_00647308_00657918.mRNA mRNA downstream 337144 646834 ~ 658405 (+) True CI01000360_00647308_00657918

Expression Profile